Pesantren di Indonesia memiliki corak budaya yang berbasis nilai-nilai kearifan lokal. Nilai-nilai tersebut antara lain toleransi, gotong royong, dan kekeluargaan yang telah turun temurun dipegang erat oleh masyarakat setempat. Corak budaya pesantren yang mengakar dari nilai-nilai lokal tersebut kemudian menjadi ciri khas tersendiri yang membedakan pesantren di Indonesia dengan negara lain.