2. Komputasi Evolusioner: Asal-usul
• Perspektif sejarah
• Inspirasi biologis:
• Teori evolusi Darwin (disederhanakan!)
• Genetika (disederhanakan!)
2
3. Perspektif sejarah (1/3)
• 1948, Turing:
mengusulkan "pencarian genetik atau evolusioner”
• 1962, Bremermann:
Optimasi melalui evolusi dan rekombinasi
1964, Rechenberg:
Memperkenalkan strategi evolusi
1965, L. Fogel, Owens dan Walsh:
memperkenalkan Pemrograman evolusioner
• 1975, Holland:
Memperkenalkan Algoritma genetika
1992, Koza:
Memperkenalkan Pemrograman genetika
3
4. Perspektif sejarah (2/3)
• 1985: Konferensi internasional pertama (ICGA)
• 1990: Konferensi internasional pertama di Eropa (PPSN)
• 1993: jurnal EC ilmiah pertama (MIT Press)
• 1997: peluncuran European EC Research Network EvoNet
4
5. Perspektif sejarah (3/3)
EC di awal abad ke-21:
3 konferensi EC utama, sekitar 10 yang terkait kecil
• 4 jurnal EC inti ilmiah
• 1000+ makalah terkait EC yang diterbitkan tahun lalu (perkiraan)
• Aplikasi yang tak terhitung jumlahnya (artinya: banyak)
• perusahaan konsultan dan R&D yang tak terhitung jumlahnya (artinya: ?)
• Bagian dari banyak kurikulum universitas
5
6. Evolusi Darwin (1/3): Kelangsungan hidup yang terkuat
(Survival of the fittest)
• Semua lingkungan memiliki sumber daya yang terbatas
(yaitu, hanya dapat mendukung sejumlah individu)
Life forms have basic instinct/ lifecycles geared towards reproduction
• Oleh karena itu, beberapa jenis seleksi tidak bisa dihindari
• Orang-orang yang bersaing untuk sumber daya yang paling efektif telah meningkatkan kesempatan
reproduksi
• Catatan: kebugaran dalam evolusi alami adalah turunan, ukuran sekunder, yaitu, kita (manusia)
menetapkan kebugaran tinggi untuk individu dengan banyak keturunan
6
7. Darwinian Evolution (2/3): Keragaman mendorong
perubahan
• Sifat fenotipik:
• Perbedaan perilaku/fisik yang mempengaruhi respon terhadap lingkungan
• Sebagian ditentukan oleh pewarisan, sebagian oleh faktor-faktor selama perkembangan
• Unik untuk setiap individu, sebagian sebagai akibat dari perubahan acak
• Jika sifat fenotipik:
• Menyebabkan peluang reproduksi yang lebih tinggi
• Dapat diwariskan
maka mereka akan cenderung meningkat pada generasi berikutnya, yang
mengarah ke kombinasi sifat baru ...
7
8. Evolusi Darwin (3/3): Ringkasan
• Populasi terdiri dari beragam kelompok individu
• Kombinasi sifat-sifat yang lebih baik beradaptasi cenderung meningkatkan
representasi dalam populasi
Individu adalah "unit seleksi"
• Variasi terjadi melalui perubahan acak yang menghasilkan sumber keragaman
konstan, ditambah dengan seleksi berarti bahwa:
Populasi adalah "unit evolusi"
• Perhatikan tidak adanya "kekuatan penuntun"
8
9. Metafora lanskap adaptif (Wright, 1932)
• Dapat membayangkan populasi dengan n sifat seperti yang ada dalam ruang
dimensi n + 1 (lanskap) dengan ketinggian yang sesuai dengan kebugaran
• Setiap individu yang berbeda (fenotip) mewakili satu titik pada lanskap
• Oleh karena itu, populasi adalah "awan" titik, bergerak di lanskap dari waktu ke
waktu seiring perkembangannya – adaptasi
9
11. Metafora lanskap adaptif (cont'd)
Seleksi "mendorong" populasi ke atas lanskap
Pergeseran genetik:
• variasi acak dalam distribusi fitur
• (+ atau -) yang timbul dari kesalahan pengambilan sampel
• dapat menyebabkan populasi "mencairkan" bukit, sehingga melintasi lembah
dan meninggalkan optima lokal
11
12. Genetika: Natural
Informasi yang diperlukan untuk membangun organisme hidup dikodekan dalam DNA organisme itu
Genotipe (DNA di dalam) menentukan fenotipe
Gen Sifat fenotipik adalah pemetaan yang kompleks
Satu gen dapat mempengaruhi banyak sifat (pleiotropi)
Banyak gen dapat mempengaruhi satu sifat (poligeni)
Perubahan kecil dalam genotipe menyebabkan perubahan kecil dalam organisme (misalnya, tinggi,
warna rambut)
12
13. Genetika: Gen dan Genom
• Gen dikodekan dalam untaian DNA yang disebut kromosom
• Dalam kebanyakan sel, ada dua salinan dari setiap kromosom (diploidi)
• Materi genetik lengkap dalam genotipe individu disebut Genom
• Dalam suatu spesies, sebagian besar materi genetik adalah sama
13
14. Genetika: Contoh: Homo sapiens
• DNA manusia disusun menjadi kromosom
• Sel-sel tubuh manusia mengandung 23 pasang kromosom yang bersama-sama
menentukan atribut fisik individu:
14
15. Genetika: Sel Reproduksi
• Gamet (sperma dan sel telur) mengandung 23 kromosom individu daripada 23 pasang
• Sel dengan hanya satu salinan dari setiap kromosom disebut haploid
• Gamet dibentuk oleh bentuk khusus pemisahan sel yang disebut meiosis
• Selama meiosis, pasangan kromosom menjalani operasi yang disebut crossing-over
15
16. Genetika: Crossing-over selama meiosis
• Pasangan kromosom sejajar dan duplikat
• Pasangan dalam terhubung pada sentromer dan menukar bagian dari diri mereka sendiri
16
• Hasilnya adalah satu salinan kromosom ibu / ayah ditambah dua kombinasi yang sama sekali baru
• Setelah crossing-over salah satu dari setiap pasangan masuk ke setiap gamet
18. Genetika: Setelah pembuahan
• Zigot baru dengan cepat membelah dll menciptakan banyak sel semua dengan isi genetik yang
sama
• Meskipun semua sel mengandung gen yang sama, tergantung pada, misalnya di mana mereka
berada dalam organisme, mereka akan berperilaku berbeda
• Proses perilaku diferensial selama perkembangan ini disebut ontogenesis
• Semua ini menggunakan, dan dikendalikan oleh, mekanisme yang sama untuk mendekode gen
dalam DNA
18
19. Genetika: Kode genetik
• Semua protein dalam kehidupan di bumi terdiri dari urutan yang dibangun dari 20
asam amino yang berbeda
• DNA dibangun dari empat nukleotida dalam spiral heliks ganda: purin A,G;
pirimidin T,C
• Kembar tiga ini dari kodon, yang masing-masing kode untuk asam amino tertentu
• Banyak redundansi:
• purin melengkapi pirimidin
• DNA mengandung banyak sampah
• 43 = 64 kode kodon untuk 20 asam amino
• Kode genetik = pemetaan dari kodon ke asam amino
• Untuk semua kehidupan alami di bumi, kode genetiknya sama!
19
20. Klaim utama dalam genetika molekuler: hanya aliran satu arah
Genotipe Fenotipe
Genotipe Fenotipe
Lamarckisme (mengatakan bahwa fitur yang diperoleh dapat diwariskan) dengan
demikian salah!
Genetika: Transkripsi, terjemahan
20
21. Genetika: Mutasi
• Kadang-kadang beberapa perubahan materi genetik sangat sedikit selama proses
ini (kesalahan replikasi)
• Ini berarti bahwa anak mungkin memiliki informasi materi genetik yang tidak
diwarisi dari salah satu orang tua
• Ini bisa berupa:
• Bencana: keturunan tidak layak (kemungkinan besar)
• Netral: Fitur baru tidak memengaruhi kebugaran
• Menguntungkan: Fitur baru yang kuat terjadi
• Redundansi dalam kode genetik membentuk cara yang baik untuk memeriksa
kesalahan
21
22. Motivasi untuk komputasi evolusioner (1/2)
• Alam selalu menjadi sumber inspirasi bagi para insinyur dan ilmuwan
• Pemecah masalah terbaik yang dikenal di alam adalah:
• otak (manusia) yang menciptakan "roda, New York, perang, dan sebagainya" (setelah
Douglas Adams 'Hitch-Hikers Guide)
• mekanisme evolusi yang menciptakan otak manusia (setelah Darwin's Origin of Species)
• Jawaban 1 Komputasi saraf
• Jawaban 2 Komputasi evolusioner
22
23. Motivasi untuk komputasi evolusioner (2/2)
Mengembangkan, menganalisis, menerapkan metode pemecahan masalah alias
algoritma adalah tema sentral dalam matematika dan ilmu komputer
Waktu untuk analisis masalah menyeluruh berkurang
Kompleksitas masalah yang harus dipecahkan meningkat
Konsekuensi: Diperlukan teknologi PEMECAHAN MASALAH YANG KUAT
23