My presentation for my project about gene expression patterns in inguinal hernia patients.

1. İNDİREKT İNGUİNAL HERNİ VE İNMEMİŞ
TESTİS PATOFİZYOLOJİSİNDE ROL
OYNAMASI MUHTEMEL GENLERİN
KESELERDEKİ EKSPRESYON DÜZEYLERİ
Dr. Oğuz Kızılkaya
Trakya University Pediatric Surgery Clinic
oguz@fikrikumbara.com

2. Çalışmanın Amacı
İnguinal herni ve inmemiş testis patofizyolojisinde genetik etmenlerin rolünü araştırmak.

3. Kanda çalışılıp inguinal
herni ile ilişkili bulunan
genler
Fıtık kesesinde çalışılan
genler
EFEMP1 TBX1
WT1 TBX2
ADAMTS6 TBX3
EBF2 SIRT1
GATA6 ACE

4. Literatürde prosesus vajinaliste düz kas hücrelerinin apoptoza uğramaması ve CGRP aracılı
hücre farklılaşmasının gerçekleşmemesinin kasık fıtığı gelişiminde rol alması ortaya konulan
en önemli iki teoridir.
Akciğer ve kardiyovasküler sistem düz kas hücreleri ile ilgili çalışmalarda GATA6 geninin Fas-
FasL ve p21-CDK aracılı apoptoza yol açtığı ileri sürülmüştür
Ayrıca Wnt/ β-Katenin ile CGRP aracılı diferansiasyona sebep olduğu tariflenmektedir
Bu dokulardaki mekanizmalara benzer şekilde GATA6 geninin inguinal herni oluşumunda rol
aldığı düşünülebilir.
Kısa Literatür Özeti

5. PPARƴ
GATA6
SMC/
Leydig-Sertoli
Ang II
FasL-promoter
(Bax/Bcl-2?)
Fas-FasL
Apoptoz
NFATc1
p300
Dediferansiyasyon
p21-CDK
mTORC1
TGFβ1
CPI-17
Artmış
Kalsiyum
Duyarlılığı
Wnt/β-Katenin
CGRP HGF

6. Çalışmanın Özgün Değeri
Hayati tehlike yaratabilen inguinal herni sorununun oluşum mekanizmalarının anlaşılabilmesi önem
taşımaktadır
Bu konu uluslararası araştırmalarda da yoğun ilgi çekmektedir
GATA6 geni ile inguinal herni hastalığı arasındaki ilişki araştırılacaktır. Bu gen kanda çalışılıp dokuda
çalışılmamıştır. Kanda ilişkili bulunması dokudaki etki düzeyinin ortaya konulmasını zorunlu kılmaktadır
İnguinal herni hastalarının kanında GATA6 geni ile ilgili bir takım verilerin irdelenerek sonuca bağlanması
kaynakların etkin kullanımını sağlayacaktır.
Ayrıca proje çalışması sonucu elde edilecek veriler uluslar arası saygın dergilerde yayınlanma ve
konferanslarda sunulma potansiyeline sahiptir

7. Çalışmanın Yaygın Etkisi
İnguinal herni çocukluk çağının en sık görülen cerrahi hastalıklarından biridir (%5)
Bu sorun hayati tehlike yaratabilir (inkarserasyon %3)
Çocukluk çağında en sık yapılan elektif ameliyat niteliği taşıyan ve hayati tehlike ortaya çıkarabilen bu
önemli sağlık sorununun genetik kökeni ile ilgili verilerin ortaya konması günümüzde uygulanan tedavi
modalitelerini olumlu yönde etkileyebilir
İnguinal herni ve inmemiş testisin patofizyolojik mekanizmanın genetik kökeni ile ilgili elde edilecek
veriler toplumda insan gücü, işgücü ve maddi kayıpların önüne geçilmesi için yeni ufuklar açabilir

8. Çalışma Hipotezi
İnguinal herni GATA6 gen ekspresyon bozukluğu sonucu oluşur.

9. Yöntem ve Gereçler
Çalışma prospektif kesitsel bir çalışma olarak planlanmaktadır.
İngunal Herni ve İnmemiş testis olarak iki grup mevcuttur.
Çalışmaya 2018-2021 yılları arasında TÜTF Çocuk Cerrahisi AD Polikliniğine başvuran ingunal herni/inmemiş testis
tanısı konup bilgilendirilmiş onamı alınan hastalar ardışık olarak dahil edilecektir.
Çalışmaya dahil edilme kriterleri
• Erkek
• Tüm çocuk yaş grubu
• Ek sistemik ve inguinoskrotal hastalığı bulunmayan İİH hastası
• Ek sistemik ve inguinoskrotal hastalığı bulunmayan inmemiş testis hastası
• Toplam yaşı 40 haftanın üzerinde olan hastalar
Çalışmadan dışlanma kriterleri
• Sendromik herhangi bir hastalık
• Hipospadik hasta
• Umblikal, femoral, Spigelian, Lomber herni mevcudiyeti
• Prematür doğum öyküsü
Operasyonda eksize edilen kese genetik çalışma için TÜTF Tıbbi Genetik AD’a yönlendirilecek, yeterli sayıya ulaşılana
kadar -20/-80 santigrat derecede saklanacak, tüm genom analizi yapılacak, ilgili bir gen lokusu bulunabilirse bu lokus

10. Çalışma Gücü
İnguinal Herni ve inmemiş testis gruplarında GATA6 polimorfizmi/doku gen ekspresyonu araştırılması
amacıyla %5 yanılma payı ve %80 power değeriyle her bir gruptan n=55’er bireyin çalışmaya alınması
gerektiği hesaplandı.
%90 power n=73
%95 power n=89
%99 power n=125
Comparing 2 Proportions: Sample Size Calculation
Two Proportions, Z-Test (H0: Pi1 = Pi2)
N vs. Power (Pi1 = 0.27, Pi2 = 0.07, Alpha = 0.05)
0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00
Power Goal (No Continuity Correction)
40
50
60
70
80
90
100
110
120
130
SampleSizeforEachGroup(N1=N2)

11. İş paketleri
• İnguinal Herni Grubu
• Operasyon esnasında herni kesesinin eksizyonu
• Kesenin 2 parçaya ayrılıp koruyucu solüsyona konulması
• İlk parçanın genetik laboratuarına ulaştırılması
• İkinci parçanın dondurularak saklanması
• İnmemiş Testis Grubu
• Operasyon esnasında herni kesesinin eksizyonu
• Kesenin 2 parçaya ayrılıp koruyucu solüsyona konulması
• İlk parçanın genetik laboratuarına ulaştırılması
• İkinci parçanın dondurularak saklanması
• Hidrosel Grubu
• Operasyon esnasında herni kesesinin eksizyonu
• Kesenin 2 parçaya ayrılıp koruyucu solüsyona konulması
• İlk parçanın genetik laboratuarına ulaştırılması
• İkinci parçanın dondurularak saklanması

12. İP
No
İP
Adı/Tanımı
Kim(ler)
Tarafından
Yapılacağı
AYLAR
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
1
Kasık fıtığı
hastalarının
ameliyatları
TÜTF ÇCer AD
Öğr.Üyeleri
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X
2
İnmemiş testis
hastalarının
ameliyatları
TÜTF ÇCer AD
Öğr.Üyeleri
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X
3
Kan ve doku
materyalinin
genetik
incelenmesi
TÜTF Tıbbi
Genetik AD
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X
4
Doku
materyalinin
histopatolojik
incelenmesi
TÜTF Histoloji
ve Embriyoloji
AD
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X
5
Kan genetik
verilerinin analizi
Proje
yürütücüsü
X X X X X X
6
Dolu genetik
verilerinin analizi
Proje
yürütücüsü
X X X X X X
7
Doku
immünohistokim
ya verilerinin
analizi
Proje
Yürütücüsü
X X X X X X
8
Sonuç Raporu
Hazırlanması
Proje
Yürütücüsü
X X X X X X

13. Çalışma İmkanları
İnguinal Herni ve İnmemiş testis ameliyatları TÜTF Çocuk Cerrahisi AD bünyesinde gerçekleştirilecektir
Doku gen ekspresyon analizi, TÜTF Tıbbi Genetik AD tarafından PCR ile gerçekleştirilecektir
Histopatolojik değerlendirme TÜTF Histoloji ve Embriyoloji AD tarafından immünfloresan boyama ile
gerçekleştirilecektir
Çevre merkezlerden doku toplanabilecektir

14. Başarı Ölçütü
Prosesus vajinalis dokusunda GATA6 polimorfizmi nedeniyle GATA6 gen ekspresyonu azalmıştır. (%1
hastada)

15. Risk faktörleri
• Polikliniğe 3 sene içerisinde en az 200 inguinal herni ve 200 inmemiş testis hastası başvurması
beklenmektedir dışlanma kriterleri sonucunda yeterli sayıya ulaşılacağı beklenmektedir
• Risk faktörü olarak kan ve doku analizlerinde hedeflenen GATA6 gen ekspresyonlarına
ulaşılamaması görülmüştür

16. B Planı
GATA6 gen ekspresyonu ile ilgili beklentiler karşılanmadığı halde EFEMP1 ve WT1 gen ekspresyon
düzeylerine bakılacaktır. Bu genler ile ilgili başarı ölçütleri belirtildiği gibidir.
Prosesus vajinalis dokusunda EFEMP1 gen ekspresyonu azalmıştır (%1)
Prosesus vajinalis dokusunda WT1 gen ekspresyonu azalmıştır(%1)

17. Çalışmanın Kısıtlılıkları
Literatürde kontrol dokusu olarak başka bir sebeple batın operasyonu geçiren hastalardan periton
dokusu alındığı belirtilmektedir. Ancak prosesus vajinalis dokusunun periton dokusundan farklı olduğu
belirtilmiştir. Dolayısı ile çalışmanın kontrol grubu olarak periton dokusu kullanılması uygun olmayabilir.
Bu nedenle bu çalışmada periton dokusu kullanılmamış olup, kontrol grubunun olmamasının da
çalışmanın en büyük kısıtlılığı olduğu düşünülmektedir
Kontrol prosesus vajinalis dokusu fetopsiler esnasında elde edilebilir. Ancak bunun da kendi içinde
zorlukları vardır
Gen ekspresyon oranının düşük olduğunun tahmin edilmesi nedeniyle belirlenen hasta sayısının yetersiz
kalması beklenmektedir

18. Çalışmanın Tahmini Bütçesi
Hastabaşı operasyon paket maliyeti 1100 TRY x 110 = 121.000 TRY
Hastabaşı postop kontrol muayene maliyeti 50TRY x 110 = 5.500 TRY
Genetik çalışma kit maliyeti = 100.000 TRY
Immünohistokimyasal çalışma kit maliyeti = 100.000 TRY
TOPLAM = 326.000 TRY

19. Tüm bu bilgilerin ışığında çalışmamızı 3 yıllık dönemde TÜBİTAK 1001 Projesi olarak 326.000 TRY
bütçe ile gerçekleştirmenin en uygun yöntem olacağı kanısındayız