2. Serum/plazmada serbest DNA-
RNA
• 1948-Mandel P, Metais P
– Serumda nükleik asit
• 1951- Ayala W
– Romatoid artrit
• 1966- Tan EM
– SLE
• 1977- Leon SA
– Kanser
• 1989- Stroun M
– Kanser
• Kanser
– Myeloid, epiteloid, solid
• Tanı
• Prognoz
• Travma
– Hasar derecesi
• İnme
– Hasar derecesi
3. Maternal Kanda fetal DNA
• Tek kopya fetal DNA
• Lo YM, Lancet, 1990
• Rh geni
• Lo YM, Lancet, 1993
• Cinsiyet tayini (Y krom)
• Lo YM, Hum Genet, 1993
– High Sequencing Systems,
Illumina
• Quantitative real-time PCR
• Digital PCR
4. • Lo YMD, Lancet, 1997
– 12-40 hf arası
• 30 erkek fetus
• 13 kız fetus kontrol
GH Cff-DNA Fetal
hücre
Kat
11-17 hf %3,4 %0,001 3400
37-43 hf %6,2 %0,01 620
Lo YM; 1998, Am J Hum Genet
5. Maternal kanda fetal DNA
• Trafik iki yönlü
– fetal kanda maternal DNA (%0,9)
– maternal kanda fetal DNA (%14,3)
(Sekizawa, 2003)
• İdrarda da bulunur (Tsoi NBY 2012)
• Fetal DNA plasenta (trofoblast)
kökenli
– 4-5. haftadan itibaren
(Guibert, 2003)
– Plasental karyotipi yansıtır
(Masuzaki, 2004)
– Anembryonik gebeliklerde
saptanabilir (Alberry, 2007)
• 11-14 hafta
• Ortalama cff-DNA %10
• %4’ün altında analizi zor
– Obezite ile azalıyor
– CRL, PAPP-A, sHCG,
sigara ile artıyor
• Konsantrasyon GH ile artar
• Klirensi hızlıdır (30 dk) (Lo, 1998)
– Doğumdan sonra tamamen kaybolur
(Lo, 1999)
6. Prenatal tanıda serbest fetal DNA
• Annede (-), fetusta (+) (babadan veya de Novo) genlerin
tanısı
– Rh negatif anne - Rh pozitif fetus
• 2007’den itibaren
– Fetal cinsiyet tayini (SRY)
• X’e bağlı hast. (Kız ise işlem gereksiz)
• Ambigius genitalia
• KAH > steroide başlamak için (fetus erkekse gereksiz)
– Tek genetik hastalıkları
• Baba hasta - otozomal dominant hastalıklar
– Akondroplazi, Huntington
• Ebeveynlerin farklı mutasyonlar taşıdığı resesif hastalıklar
– Kistik fibrozis
7. Aneuploidi- serbest fetal DNA
• Serbest RNA
– PLAC4 gen sekansları
– Farklı alellerin oranlarının ölçümü (SNP’s)
• Serbest DNA
– Massively parallel (next-
generation) sequencing: MPS
– Digitally Analysis of Selected
Regions: DANSR
– Targeted sequencing of SNP’s
Full otomatik
9. MPS
Fetal
cfDNA
Maternal
cfDNA
Kromozom: 1 2 3
……
21 Trizomi 21
VS
Full genom
T21 de %10
daha fazla 21
Krom cfDNA
GGCCCTGGGGACAGTCTCCAATCCACTGAGTCATCT chr10
GACACGGTGGAGCTCGGCCACACCAGGCCCAGCTGG chr14
TCCGCCCAGGCCATGAGGGACCTGGAAATGGCTGAT chr21
Z skoru
10. DANSR
• Hedef kromozomun bir
bölgesi
• Lokus-spesifik
oligonukleotid kullanılır
• Sadece ilgilenilen bölgeyi okur
– Daha ucuz
– Daha hızlı
– Olasılık rakamı verir
11. Targeted Sequencing of SNP’s
(Single Nükleoid Polimorfizmi)
• DNA dizisinde tek bir nukleotid
(A,T,C veya G) diziliminde
değişiklik
– Kişiler arasında
– Kromozomlar arasında
• Araştırılan kromozom
üzerindeki
– SNP’leri
– Alellerin dağılımını analiz
eder
• Referans kromozoma
(dizomik) gerek yok
• Paternal DNA gerekir
17. Istanbul Tıp/Premed
N Endikasyon cffDNA Sitogenetik
1 IAY Tr21 Tr21
2 IAY Monozomi X Normal
3 Monozomi X Monozomi X
4 IAY+1trim+patUS Tr21 Tr21
5 IAY+1trim Tr13 Normal
6 IAY XXY Normal
7 IAY+1 trim+patUS Tr21 Tr21
8 IAY+PatUS Tr18 Tr18
9 Tr21 Tr21
10 Tr21 Tr21
11 XXY Normal
12 NT Tr21 46,der(21q;21q),+21
13 NT Tr21 Tr21
18. Diğer sendromların tanısı
Sendrom Bölge Delesyon alanı Görülme sıklığı
22q 22q11 3Mb 1/4,000
Cri-du-chat 5p 5-40Mb 1/50,000
Angelman 15q 5-6Mb 1/20,000
Prader-Willi 15q 5-6Mb 1/20,000
1p36 1p 1.5-10Mb 1/10,000
Trisomi 16 Krom 16 NA 1/50,000
Trisomi 22 Krom 22 NA 1/40,000
19. NIPT: Non İnvazif Prental Test
• Diagnostik olmasa bile çok güçlü
bir tarama metodu
– FPR:<%1 DR:>%99
• Operatöre bağımlı değil
• Erken yapılabilir (> 10 hf)
• Kabul edilme oranı yüksek
• İnvazif değil
• İnvazif girişim gereksinimini
azaltıyor
– Fetal kayıp riski az
– Anksiyete az
• Sadece Tr 21,13,18, (+ send.)
• AS ile konfirmasyon gerekli
• Yetersiz fetal fraksiyon (< %4)
• Plasental-mozaisizm riski
• Çoğul gebelikler
• “Vanishing twin”
• Maternal aneöploidi
• Maternal malignite
• Klinik çalışmalar?
• Fiyat
– Cihaz ve biyoenformatik pahalı
– Zor (her yerde yapılamıyor)
• Az sayıda araştırmacı ve firmanın
tekelinde