Download to read offline
More Related Content
Similar to BIOLOGI_M6KB2 PPT
BIOLOGI_M6KB2 PPT
- 1.
- 2. Tehnik Polymerase ChainReaction (PCR) merupakan metode amplifikasi (penggandaan) fragmen DNA secara in vitro. PCR merupakan proses yang berulang dan terdiri dari tiga tahapan utama: 1. Denaturasi DNA template menggunakan pemanasan 2. Annealing atau penempelan primer (berupa oligonukleotida rantai tunggal dan pendek) 3. Extension atau pemanjangan primer menggunakan enzim taq polimerase Polymerase Chain Reaction
- 3. EnzimTaq Polymerase Taq Polymerasetahan dan stabil pada suhu tinggi untuk mengkatalisis terjadinya proses elongasi primer pada DNA template. Enzim taq polymerase berasal dari Thermus aquaticus yang hidup dihabitat sumber air panas dan sumber panas bumi dengan ketahanan enzim pada suhu 50oC- 80oC. Komponen Utama Proses PCR
- 4. Primer Primer merupakan DNArantai tunggal tunggal atau sepasang oligonukleotida dengan rantai yang pendek untuk menginisiasi terjadinya proses ekstension oleh enzim taq polymerase. Tanpa primer, enzim taq polymerase tidak akan bekerja untuk menginisiasi terjadinya proses pemanjangan (extention) pada tahapan PCR. Komponen Utama Proses PCR
- 5. dNTPs dNTPs (Deoxynucleoside triphosphates) yangberupa dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP merupakan basa nitrogen yang dibutuhkan dalam proses PCR. dNTPs berupa basa nitrogen bebas yang akan mengisi DNA template sesuai dengan basa nitrogen template pada tahapan extention. Komponen Utama Proses PCR
- 6. cofactor Enzim Cofactor enzimmerupakan komponen non protein yang diperlukan untuk aktivasi aktivitas biologi suatu protein. Pada proses PCR, enzim taq polymerase diaktifkan dengan menambahkan MgCl2 ke dalam PCR mix. Komponen Utama Proses PCR
- 7. Buffer Reaksi PCR hanyaakan berlangsung pada kondisi pH tertentu. Oleh karena itu untuk melakukan proses PCR diperlukan buffer PCR. Fungsi buffer di sini adalah untuk menjamin pH medium. Buffer PCR yang digunakan berkaitan dengan pH dan kapasitas buffer nya. Dalam perdagangan ada dua jenis buffer PCR yaitu “Low-salt buffer” (pH 8,75 dan kapasitas buffer rendah) dan “High-salt buffer” (pH 9,2 dan kapasitas buffer tinggi) Komponen Utama Proses PCR
- 8. DNATemplate DNA template adalahDNA yang digunakan dalam analisis. Biasanya DNA template adalah DNA hasil isolasi terhadap objek penelitian yang telah dilakukan. Komponen Utama Proses PCR
- 9.
- 10.
- 11.
- 12.
- 13.
- 14.
- 15.
- 16.
- 17.
- 18.
- 19.
- 20.
- 21. Laju PCR dinyatakan dengan2n Jumlah DNA Copy
- 22. 0 2E+11 4E+11 6E+11 8E+11 1E+12 1.2E+12 1 3 57 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 JumlahCopyDNA Jumlah Siklus PCR Jumlah Copy DNA dengan Persamaan 2n Siklus Jumlah Copy DNA 0 1 1 2 2 4 3 8 4 16 5 32 6 64 7 128 8 256 9 512 10 1024 11 2048 12 4096 13 8192 14 16384 15 32768 16 65536 17 131072 18 262144 19 524288 20 1048576 21 2097152 22 4194304 23 8388608 24 16777216 25 33554432 26 67108864 27 134217728 28 268435456 29 536870912 30 1073741824
- 23.
- 24. PCR Replikasi DNA InVitro In Vivo
- 25. PCR Replikasi DNA Metodeyang umum digunakan untuk memperbanyak DNA pada segmen tertentu Proses biologi untuk memproduksi dua DNA yang identic dari satu template DNA Terjadi secara in vitro dan prosesnya terjadi menggunakan tube PCR Terjadi secara in vivo dan prosesnya terjadi pada sel hidup Tujuan utamanya untuk memproduksi DNA secara eksponensial pada fragmen DNA tunggal Tujuan utamanya untuk menggandakan seluruh DNA genom dalam sekali proses DNA target lebih pendek DNA target lebih panjang Tidak berkelanjutan, hanya sampai 30-40 siklus Proses berkelanjutan Denaturasi DNA menggunakan suhu > 90oC Denaturasi DNA menggunakan enzim helicase Polimerasi DNA menggunakan enzim taq polymerase Polimerasi DNA menggunakan enzim DNA polymerase Tidak memiliki garpu replikasi Memiliki garpu replikasi Taq polymerase bekerja pada suhu 72oC DNA polymerase bekerja pada suhu tubuh 37oC Pendekatan sederhana untuk penggandaan DNA Proses yang sangat kompleks dengan memanfaatkan banyak enzim dan proses Kecepatan sintesis 1-4 kb per menit Kecepatan sintesis 1 kb per menit
- 26.
- 27.
- 28. Reverse Transcriptase PCRmerupakan sintesis rantai ganda complementary DNA (cDNA) dari rantai tunggal RNA template melalui suatu reaksi dengan bantuan enzim reverse transcriptase. Pada cDNA, intron tidak muncul karena mRNA telah mengalami seleksi intron.
- 31.
- 32.
- 33.
- 35. Prinsip DNA rekombinan Prinsipdari DNA rekombinan adalah penggunaaan DNA interest/target yang digabungkan dengan DNA vector dengan memanfaatkan enzim restriksi dan enzim DNA ligase sehingga dihasilkanlah DNA dengan komponen DNA asal dan DNA vector yang kompatibel.
- 36. Enzim Restriksi Enzim restriksimerupakan enzimyang memotong DNA pada titik khas, tergantung dari jenis enzim restriksi yang digunakan. Gambar disamping menggambarkan pemotongan DNA menggunakan enzim Hpal yang memotong dan menghasilkan ujung tumpul.
- 37. Enzim Restriksi Enzim restriksi memotongpada wilayah spesifik, tergantung dari jenis enzim restriksi yang digunakan.
- 38. Enzim Restriksi Nama EnzimTitik Pemotongan Sumber Enzim Pada awalnya, enzim restriksi merupakan enzim yang dihasilkan oleh berbagai bakteri sebagai mekanisme pertahanan bakteri tersebut terhadap DNA asing yang masuk ke dalam bakteri. DNA asing yang masuk ke dalam tubuh bakteri akan dirusak dan didegradasi menggunakan enzim restriksi dengan cara memotong-motong DNA tersebut sehingga tidak fungsional.
- 39.
- 40. Enzim DNA Ligase EnzimDNA ligase menggabungkan DNA yang terputus dengan cara mengikat gugus OH bebas dengan gugus fosfat untuk membentuk ikatan fosfodiester.
- 41. Vektor Kloning Vector cloningadalah agen yang membawa fragmen DNA yang diinginkan masuk ke dalam sel target. Umumnya vector cloning yang digunakan dalam teknologi rekayasa genetika adalah plasmid, vector lamda, virus, kromosom artificial bakteri, kromosom artificial khamir, dan cosmid.
- 42. Vektor Kloning Plasmid Episom Plasmidadalah molekul DNA ekstrakromosom bakteri yang kecil, melingkar, dan berikatan ganda Episom adalah tipe DNA ekstrakromosom yang lebih besar daripada plasmid Mengandung informasi penting untuk pereplikasian diri Tidak mengandung informasi untuk pereplikasian diri Tidak bisa berikantan dengan DNA kromosom bakteri Mereka bisa terintegrasi dengan DNA kromosom Beberapa gen yang berada di plasmid memberikan ciri khas pada bakteri seperti resistensi antibiotik, toleransi logam berat, dll. Episom tidak mengandung gen spesial. Plasmid F mengandung hanya DNA faktor F. Plasmid digunakan sebagai vektor Episoms tidak digunakan sebagai vektor
- 43. Vektor Kloning Bakteri memilikikemampuan untuk mentransfer plasmid melalui mekanisme konjugatif dari satu sel bakteri ke sel target bakteri yang lain.
- 44. Vektor Plasmid Salah satuplasmid yang umum digunakan sebagai vector adalah plasmid pBR322 yang mengandung wilayah resisten tetrasilin dan resisten ampisilin.
- 45. Vektor Plasmid Plasmid vectorpBR322 membantu bakteri untuk bertahan terhadap antibiotic ampicillin dan tetrasilin karena pada plasmid terdapat gen resisten ampisilin dan tetrasilin.
- 46. Transfer Gen InterestkeVektor Plasmid
- 47. Agrobacterium tumefaciens Agrobacterium tumefaciensmerupakan bakteri vector dalam teknologi rekayasa genetika. Infeksi tanaman oleh bakteri A. tumefaciens menyebabkan pembentukan tumor-tumor kecil pada jaringan tanaman.
- 48. Pengaruh infeksi A.tumefaciens
- 49. Agrobacterium tumefaciens Struktur kimiadari tiga opine (molekul seperti asam amino) yang diproduksi oleh plasmid A. tumefaciens diekspresikan dalam tanaman yang terinfeksi;Opine digunakan sebagai makanan oleh A. tumefaciens. Zat ini menimbulkan bintil tumor kecil pada jaringan tanaman sehingga plasmid dari A. tumefaciens dinamakan denganTi- plasmid atau Tumor Infection plasmid.
- 50.
- 51.
- 52. Agrobacterium tumefaciens Kemampuan Agrobacteriumtumefaciens menginfeksi tanaman dengan cara mentransformasi plasmid nya pada DNA tanaman target menjadikan bakteri ini sebagai vector yang pontesial dikembangkan dalam teknologi DNA rekombinan dan rekayasa genetika tanaman.
- 53.
- 54. Produk Bioteknologi Racun daribakteri Bacillus thuringiensis (Bt) digunakan pada tahun 1930 sebagai insektisida alami.
- 55. Produk Bioteknologi Larva seranggaakan memakan daun pada tanaman jagung Racun Bt pada tanaman jagung berikatan dengan system pencernaan larva serangga Racun Bt menghambat penyerapan nutrisi pada larva serangga sehingga menyebabkan larva kekurangan nutrisi Racun Bt juga menyebabkan infeksi pada saluran pencernaan larva serangga Larva serangga mati karena
- 56. Produk Bioteknologi 1991 1938 1990 1995 Bacillus thuringiensisberhasil diisolasi dari lambung serangga yang mati Bacillus thuringiensis untuk pertama kali dikomersilkan sebagai biopestisida di francis Ratusan Bacillus thuringiensis diisolasi Gen yang berhubungan dengan gen racun Bt berhasil di sisipkan pada tanaman kapas
- 57. Produk Bioteknologi Golden rice,merupakan padi dengan kandungan gen yang berasal dari tanaman kacang, jamur, padi liar, dan bakung.
- 58.