Metode isolasi DNA genomik siap-PCR dari jaringan ikan zebra dapat menghasilkan DNA berkualitas tinggi dalam waktu singkat 10-20 menit tanpa memerlukan proteinase K, DNAzol atau resin serta biaya rendah kurang dari 2,5 sen per sampel. Metode ini mampu mendeteksi transgenik bahkan dari subset kecil sperma ikan.

1. Method for Isolation of PCR-ready
genomic DNA from zebrafish tissue
Oleh :
Nurhayati
1510411024

3. Ikan Zebra
Ikan zebra adalah suatu model
sistem yang lumayan kuat 
kemudahan dan kecepatan hewan
transgenik dan mutan dapat
dihasilkan serta ditandai.
Komunitas ikan zebra pada umumnya menggunakan pitokol
isolasi DNA yang melibatkan proteinase K pencernaan.
Identifikasi transgenik atau pemetaan mutan memerlukan
isolasi DNA yang tinggi untuk genotip PCR.

4. Diagram Alir
DNA
Endapan Supernatan
• dipanaskan sampai 95◦C (sampai
jaringan rapuh)
• dinginkan sampai 4◦C
• ditambahkan 1 M Tris-HCl ph 8.0 ,
50 mM KCl, 1.5 mM MgCl2 dan
gelatin
• disentrifuges
• dilakukan PCR
menggunakan EGFP-
Specific Primer

5. Reaksi PCR
•Template DNA
• Primer : (forward 5’-ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA-3’ and reserve 5’-
CGTCCTTGAAGAAGATGGTGCG-3’)  200 nM
• enzim Taq DNA Polymerase  0,1 mM
• PCR buffer : - 10 mM tris-HCl, pH 8.3
- 50 mM KCl
- 1.5 mM MgCl2
- 0.01% w/v gelatin
- 0.01% v/v Tween 20
- 0.01% v/v Nonidet-P40 (NP-40)
•dATP , dCTP, dGTP dan dTTP  masing-masing 0.2 mM
25 µL PCR

6. Fragment DNA
- Disintesis menggunakan EGFP-Specific
Primer
- Dilakukan denaturasi sehingga didapatkan
single strength
- Dimasukan dATP, ke dalam tabung untuk
menyambung hasil sintesis sambungan DNA
- Terjadi penempelan primer (mulai
mensintesis) sehingga didapatkan double
strength
- Selanjutnya pemanjangan (polimerisasi)
dibantu oleh enzim Taq DNA polimerase
- Dilakukan replikasi sebanyak 35 siklus
- Ditambahakan 1% seakem LE agarose
- Elektroforesis selama 45 menit dalam TBE,
Asam Borat 90 mM, dan EDTA 2 mM
Hasil
Replikasi DNA

8. HASIL
Ikan Zebra Transgenik dihasilkan dengan
menyuntikan DNA konstruksi menjadi embrio
tahap sel satu yang kemudian menjadi dewasa.
Metode ini memberikan DNA yang cukup
berkualitas sehingga transgen terdeksi bahkan
dengan pengenceran beberapa kali. Selain itu,
metode ini juga handal dan hemat biaya.

9. KEUNTUNGAN METODA
Menghasilkan DNA PCR-ready dalam 10-20 menit dari
beberapa sumber ikan zebra termasuk embrio
paraformaldehida, tanpa penggunaan proteinase
K,DNAzol, atau resin
Memiliki biaya reagen <2.5 sen per sampel
Menghasilkan DNA dengan kualitas yang cukup untuk
identifikasi transgenik, bahkan dalam subset kecil
sperma.