Dokumen tersebut membahas tentang kit pemurnian fragmen DNA/RNA hasil PCR atau reaksi enzim dari merek Magen. Kit tersebut digunakan untuk memisahkan DNA/RNA dari komponen reaksi lainnya dengan hasil lebih dari 80% untuk aplikasi selanjutnya seperti sekuensing, kloning, pelabelan. Terdapat berbagai jenis kit sesuai dengan jumlah sampel dan jenis nukleotida yang akan dimurnikan.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu metode yang sering digunakan pada bioteknologi modern yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu metode yang sering digunakan pada bioteknologi modern yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
isolasi DNA yang dilakukan dengan metode kitcen preparation dengan memanfaatkan detergen dan garam dapur (NaCl) sebagai pengahncur memberan sel pada buah
Mekanisme yang DNA timbulkan terhadap sel dan organisme merupakan inti dari ‘dogma sentral’ biologi, yang juga mendeskripsikan proses sintesis protein. Hal mana sekuens (urutan) DNA harus diterjemahkan untuk membuat protein. Pengkodean (penerjemahan) ini membutuhkan kreasi dari cetakan RNA (RNA template).Kreasi dari duta RNA (messenger RNA, mRNA) disebut transkripsi (transcription). Pembentukan protein dari mRNA disebut translasi (translation).
isolasi DNA yang dilakukan dengan metode kitcen preparation dengan memanfaatkan detergen dan garam dapur (NaCl) sebagai pengahncur memberan sel pada buah
Mekanisme yang DNA timbulkan terhadap sel dan organisme merupakan inti dari ‘dogma sentral’ biologi, yang juga mendeskripsikan proses sintesis protein. Hal mana sekuens (urutan) DNA harus diterjemahkan untuk membuat protein. Pengkodean (penerjemahan) ini membutuhkan kreasi dari cetakan RNA (RNA template).Kreasi dari duta RNA (messenger RNA, mRNA) disebut transkripsi (transcription). Pembentukan protein dari mRNA disebut translasi (translation).
Tugas Mata Kuliah: BIOTEKNOLOGI FARMASI SINTESIS DNA MANGGA
Dosen Pengampu: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si
Kelas: 5J
ANISAH SIREGAR (222114152)
IRAYANA NURUL (222114154)
Program Studi Sarjana Farmasi
Universitas Muslim Nusantara (UMN) Al-Washliyah
MEDAN
#Bioteknologi
#BioteknologiFarmasi
#Farmasi
#FarMaSIUMIAy
#FarmasiUMNAIWashliyah
#UMNAIWashliyah
#UniversitasMuslimNusantaraAIWashliyah
Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat, lemak dan lain-lain.
Ekstraksi DNA daging sapi segar secara sederhana dilakukan dengan mencampurkan filtrat atau sari nanas dengan filtrak dagi sapi, garam dan air yang sudah didiamkan selama 10-15 menit lalu diaduk perlahan dan searah lalu ditambahkan alkohol.
Hasil yang di dapat pada percobaan ini yaitu terbentuknya untaian atau benang-benang putih diatas alkohol akibat proses ekstraksi DNA.
Indikator Koentji Pada Jalur GlikolisisSalesIndogen
Glikolisis adalah proses reaksi pelepasan energi yang memecah satu molekul glukosa menjadi produk akhir 2 molekul Asam piruvat dan energi berupa ATP dan NADPH.Indikator kunci siklus glikolisis diantaranya glikogen, glukosa, piruvat, asam laktat, dan glusida lainnya.
Kenali 7 jenis penyakit autoimun yang paling banyak ditemukanSalesIndogen
Penyakit autoimun merupakan suatu kondisi dimana sistem kekebalan tubuh seseorang menyerang sel-sel yang sehat pada tubuhnya sendiri. Secara normal sistem kekebalan tubuh akan melindungi tubuh dari serangan patogen dari luar seperti bakteri patogen, virus dan benda lain yang tidak dikenali oleh tubuh.
TORCH adalah Penyakit infeksi yang disebabkan oleh sekelompok virus HIV, Rubella, Cytomegalovirus (CMV), virus herpes simplex dan parasit Toxoplasma gondii, yang dapat menyerang semua kalangan, dan paling berbahaya jika menyerang anda yang sedang hamil.
Berbagai pemeriksaan untuk mendeteksi COVID-19 saat ini banyak macamnya. Mulai dari pemeriksaan PCR, Rapid Test antibodi, Rapid test antigen, sampai dengan pemeriksaan menggunakan alat GeNose.
Vaksin mRNA merupakan salah satu vaksin dengan teknologi terkini yang memanfaatkan material genetik virus SARS-Cov-2. Dibandingkan dengan vaksin konvensional, pembuatan vaksin mRNA lebih cepat, lebih murah dan terpenting meminimalisir terjadinya infeksi. Saat ini terdapat 2 jenis vaksin mRNA yang sudah menjalani tahap uji klinis fase 3, yaitu mRNA-1273 dari Moderna dan Vaksin BNT162 dari Pfizer.
Batuk-batuk seringkali menjadi tanda seseorang mengalami infeksi saluran pernapasan atau respiratory. Salah satu penyebab infeksi pernapasan yaitu Respiratory Syncytial Virus (RSV). RSV biasanya memiliki gejala ringan seperti flu.
Pemeriksaan RSV dapat dengan mendeteksi antibodi orang terinfeksi terhadap virus RSV. Deteksi tersebut dapat menggunakan perangkat ELISA Kit, dengan prinsip deteksi antibodi dari sampel darah yang melewati serangkaian proses reaksi pengikatan antibodi dan substrat kemudian diukur menggunakan alat spektrofotometer dengan panjang gelombang tertentu.
Deteksi infeksi helicobacter pylori dengan elisaSalesIndogen
Helicobacter Pylori sebelumnya dikenal dengan Campylobacter pylori merupakan bakteri gram negatif, berbentuk heliks. Helicobacter Pylori biasanya hidup diperut, namun karena adanya evolusi dari bentuk heliknya, bakteri ini dapat menembus lapisan mukoid pada lambung dan menimbulkan infeksi di lambung serta usus halus.
Klamidia adalah penyakit menular yang menyerang organ vital wanita maupun pria. Penyakit klamidia disebabkan oleh bakteri Chlamydia trachomatis (CT). Selain pada organ vital, C. trachomatis juga dapat menginfeksi dubur, tenggorokan, dan mata. Penularan terjadi jika bagian tersebut terkena cairan yang dihasilkan oleh organ kelamin yang terinfeksi klamidia, misalnya pada bayi yang baru lahir dapat terinfeksi bakteri C. trachomatis di daerah matanya akibat ibunya menderita klamidia.
Ribuan penduduk china bagian barat laut dikabarkan terserang brucellosis di tengah pandemin COVID-19. Brucellosis merupakan penyakit zoonosis (penularan dari hewan ke manusia) yang disebabkan oleh bakteri Brucella. Brucella termasuk bakteri gram negatif berbentuk batang, nonmotil (tidak dapat bergerak). Terdapat beberapa jenis bakteri Brucella, dan setiap jenisnya memiliki target hewan berbeda, diantaranya Brucella abortus pada sapi, B. ovis pada domba, B. melitensis pada kambing, B. suis pada babi, B. neotomae dan B. canis pada anjing.
Pemeriksaan batuk rejan atau pertusis dengan teknik elisaSalesIndogen
Batuk Rejan atau Pertusis adalah batuk yang berlangsung lama, bisa lebih dari 3 bulan biasanya menyerang anak-anak atau bayi. Batuk rejan merupakan infeksi pada saluran pernapasan atau paru-paru yang disebabkan oleh bakteri Bordetella pertussis. Bakteri B. pertussis adalah bakteri gram negatif, berbentuk granula bipolar yang mengeluarkan racun pertusis (PT), racun adenylate cyclase, filamentous hæmagglutinin, pertactin, fimbrial, dan sitotoksin tracheal.
Deteksi vaskulitis dengan pemeriksaan ancaSalesIndogen
Vaskulitis adalah penyakit yang disebabkan oleh adanya peradangan pembuluh darah sehingga menyebabkan penyempitan, penebalan dinding pembuluh serta melemahnya pembuluh darah. Keadaan tersebut dapat menyerang berbagai pembuluh darah, dari arteri (pembuluh darah dari jantung ke seluruh tubuh), vena (pembuluh darah dari seluruh tubuh kembali ke jantung) sampai pembuluh darah kapiler (pembuluh darah terkecil).
Flu sering sekali terjadi pada saat kekebalan tubuh kita menurun, biasanya flu terjadi musiman. Penyebab Flu yaitu virus influenza yang memiliki single strain RNA.
Penelitian mengenai influenza ini terus dilakukan guna mendeteksi strain baru dan sebagai upaya pembuatan obat atau vaksin yang efektif. Metode yang sering digunakan untuk mendiagnosis penyakit influenza yaitu enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Metode ELISA sandwich umum digunakan berbagai spesies, human, unggas, babi dsb. Produk ELISA konvensional untuk deteksi virus Avian Influenza bisa ditemukan di PT INDOGEN dari Merk Mybiosource, Abcam, Sinobiological.
Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR atau reaksi enzim dari Brand Magen
1. Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR
atau reaksi enzim dari Brand Magen
1. DNA
Deskripsi
DNA (deoxyribonucleic acid/asam deoksiribonukleat) adalah suatu asam nukleat
yang mengandung instruksi/informasi genetik spesifik untuk perkembangan biologis
dan fungsional tubuh seluruh makhluk hidup eukariotik, prokariotik dan beberapa
virus.
2. Struktur DNA
DNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari satu basa nitrogen (Adenin,
Guanin, Citosin, Timin), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa (Deoksiribosa), dan satu
gugus posphat. Bentuk dari DNA double helix atau double strand, strand satu
dengan strand kedua bersifat komplementer atau berpasangan dan dihubungkan
dengan ikatan hidrogen (Gambar 1).
Gambar 1. DNA double helix
Bagian dari molekul DNA yang membawa informasi genetik adalah basa
nitrogennya, sementara gula dan fosfat berperan dalam membentuk struktur (tulang
punggung) DNA.
2. RNA
Deskripsi
RNA (Ribonucleic Acid/Asam Ribonukleat) adalah molekul polimer yang terlibat
dalam berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi
gen. Banyak virus mengkodekan informasi genetik mereka menggunakan genom
RNA.
3. Struktur RNA
Sama halnya dengan DNA, RNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari
satu basa nitrogen (Adenin, Guanin, Citosin, Urasil), satu gula D-ribosa dan satu
gugus phospat. Berbeda dengan DNA, RNA hanya memiliki untai tunggal atau
single helix (Gambar 2). Ada tiga macam RNA yang fungsinya berbeda-beda,
namun saling berhubungan dalam proses sintesis protein yaitu mRNA, tRNA, dan
rRNA.
Gambar 2. RNA single Helix
3. Isolasi DNA/RNA
Genom pada semua sel adalah DNA, sedangkan pada virus genom dapat berupa
DNA atau RNA. Saat ini telah berkembang pesat teknologi dalam keilmuan biologi
molekuler. Salah satunya teknologi rekombinan DNA, yaitu teknologi mendasar
yang dilakukan dalam penelitian bioteknologi modern. Teknologi ini mulai
berkembang sekitar tahun 1970an. Prinsip dasar dari teknologi ini adalah
mengisolasi DNA dari organisme target yang disisipkan ke sel inang dengan cara
transformasi atau sering disebut juga dengan kloning DNA. oleh sebab itu penting
untuk melakukan teknik isolasi DNA atau RNA yang benar agar diperoleh sampel
DNA atau RNA yang berkualitas baik.
Sebelumnya pernah kami bahas juga mengenai teknik isolasi DNA/RNA. Disini
akan kami bahas secara ringkas mengenai isolasi DNA/RNA.
4. Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA dari suatu sel
sebagai tahap awal suatu analisis genetik. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada
dasarnya merupakan serangkaian proses pemisahan DNA dari
komponen-komponen sel lainnya. Saat ini isolasi DNA secara teknis menjadi lebih
mudah dengan munculnya berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi dalam bentuk kit.
Isolasi DNA diperlukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi DNA
Yaitu:
1). penghancuran (lisis),
2). ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein,
3). pemurnian DNA.
Prinsip dasar isolasi DNA dapat diaplikasikan dengan berbagai macam tahapan
ekstraksi dan purifikasi DNA dengan berbagai modifikasi disesuaikan dengan
kebutuhan atau jenis sampel yang diekstraksi.
Isolasi RNA
Sama dengan DNA, isolasi RNA digunakan untuk memisahkan RNA dari zat lain
sehingga dihasilkan RNA murni. Dan prinsipnya pun tidak jauh berbeda dengan
isolasi DNA. Isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu: Ekstraksi RNA, Pemurnian RNA,
dan Presipitasi RNA. Namun, molekul RNA relatif lebih pendek dan lebih sulit rusak
dengan shearing sehingga disrupsi sel dapat dilakukan dengan lebih agresif.
Isolasi RNA dapat dilakukan dengan mudah menggunakan Kit Isolasi RNA.
Penggunaan Kit Isolasi RNA memberikan hasil isolat RNA yang lebih murni dari
kontaminan dan dari degradasi RNA.
5. 4. PCR
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah pemeriksaan laboratorium untuk
mendeteksi keberadaan material genetik (DNA/RNA) dari sel, bakteri, virus atau
material genetik makhluk hidup lainnya. Prinsip kerja PCR yaitu sintesis enzimatik
untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Metode
ini dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mullis pada tahun 1985. Metode ini
sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis
genetic.
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA template (95°C),
penempelan (annealing) primer (55-60°C), dan polimerisasi (extension) rantai DNA
(72°C). Teknik amplifikasi DNA menggunakan PCR dapat meningkatkan jumlah
urutan DNA menjadi ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106
-107
kali. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekuler
karena relatif murah, cepat dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Saat
pandemi ini teknik PCR menjadi gold standard dalam pemeriksaan COVID-19.
Kini terdapat 2 jenis PCR yaitu PCR konvensional dan RT PCR (Real time PCR).
Pada analisa PCR konvensional, deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir
reaksi dan pengamatan masih harus dilakukan dengan elektroforesis. Dengan
analisa Real Time PCR memungkinkan untuk dilakukan pengamatan pada saat
reaksi berlangsung. Pada Real Time PCR pengamatan hasil tidak lagi
membutuhkan tahap elektroforesis, sehingga tidak lagi dibutuhkan gel agarose dan
penggunaan Ethydium Bromide (EtBr) yang merupakan senyawa karsinogenik.
RT PCR/Q PCR merupakan pengembangan metode PCR yang hasil amplifikasinya
dianalisis selama proses amplifikasi dengan menggunakan pewarna DNA atau
pelacak berfluoresensi. Adapun perbedaan antara PCR konvensional dan Real
time PCR dapat dilihat pada tabel berikut (Tabel 1).
6. Tabel 1. Perbedaan PCR Konvensional dan Real time PCR
PCR Konvensional Real time PCR
Sensitivitas lebih rendah Sensitivitas lebih tinggi
Presisi lebih rendah Presisi lebih tinggi
Tidak otomatis Otomatis
Hasil tidak dalam bentuk angka Data dikumpulkan dalam fase
pertumbuhan eksponensial PCR
Deteksi keberadaan DNA dilakukan
pada akhir reaksi
Pengamatan dapat dilakukan saat
reaksi berlangsung
Pengamatan keberadaan DNA hasil
amplifikasi dilakukan di gel agarosa
setelah dilakukan elektroforesis
Keberadaan DNA hasil amplifikasi
dapat diamati pada grafik yang muncul
sebagai hasil akumulasi fluoresensi
dari probe (penanda)
5. Kit Permurnian Fragmen DNA/RNA Magen
Produk PCR atau DNA/RNA hasil reaksi enzimatik maupun gel agarose biasanya
dimurnikan dari komponen reaksi untuk menghilangkan nukleotida atau primer atau
molekul kecil yang dapat mengganggu kinerja untuk aplikasi selanjutnya. DNA/RNA
yang dimurnikan dapat digunakan untuk sekuensing DNA/RNA fluoresen otomatis,
kloning, pelabelan, pencernaan enzim restriksi atau transkripsi / terjemahan in vitro
tanpa manipulasi lebih lanjut.
Produk yang kami tawarkan dari brand Magen merupakan Kit untuk memurnikan
dan mengkonsentrasikan fragmen DNA atau RNA dari PCR atau reaksi enzimatis
antara 60bp-20kbp dengan hasil melebihi 80%. Berikut adalah list produk Kit
pemurnian Fragmen DNA/RNA dari Brand Magen.
7. Tabel 2. Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA hasil PCR dari Brand Magen
Nama Produk No. Katalog Size
HiPure Gel Pure DNA Mini Kit D2111-01
D2111-02
D2111-03
20 preps
100 preps
250 preps
HiPure Poly Gel RNA Kit R2114-01
R2114-02
R2114-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure PCR Pure Mini Kit D2121-01
D2121-02
D2121-03
20 preps
100 preps
250 preps
HiPure DNA Clean Up Kit D2141-01
D2141-02
D2141-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure Nucleotide Remove Kit D2142-01
D2142-02
D2142-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure RNA Clean Up Kit R2144-01
R2144-02
R2144-03
10 preps
50 preps
250 preps
Sumber:
1. https://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat
2. Kemenkes
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC342166/
4. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016117300304