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系統的レビュー研究計画書作成ワークショップ
第二回
検索式とデータベースについて
尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓
京都大学大学院 辻本康
滋賀医科大学 岡見雪子 平大樹 山本晴香
精治寮病院 阪野正大
亀田総合病院 総合内科 佐田竜一
このコースの目標
• 各参加者が興味を持つ臨床疑問を洗練した
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2
SR&MAの全体像
3
構造化された疑問
系統的な検索
・データベースの選択
・検索式の作成
・文献の選択基準
・事前登録
漠然とした疑問
選択文献を対象とした
批判的吟味
・事前に規定した
評価基準(Risk of bias)
発表
結果の統合とまとめ
(=meta-analysis)
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第四回第五-七回第八回
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4
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第一回 第二,三回
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前回の復習
システマティック・レビューとは?
5
Iinstitute of Medicineによる定義
構造化された疑問にフォーカスして、
似ているが異なる研究を探して、
事前に規定された科学的な方法に基づき、
• 選んで
• 評価して
• まとめる
科学的な調査
データとして可能であれば、
メタ・アナリシスをする
6
http://www.nhlbi.nih.gov/health-pro/guidelines/about
前回の復習
臨床疑問の構造化?
7
「治療の効果」の疑問を構造化
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Intervention 治療あり
Comparison 治療なし
Outcome 結果
Whiting,2011
8
前回の復習
システマティック・レビューの検索方法
9
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10
11
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検索式とデータベースについて
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12
構造化された疑問
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今日の目標
• 「系統的検索」とは何か説明できる
• 統制語とは何か説明できる
• 各データベースの特性を説明できる
• Cochrane Libraryでの検索式を作ること
ができる
13
QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索
・PubMedとMEDLINEは同じものである
・統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
・系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
14
今回のエフォート目安
・動画 30分
・先行レビューを探す 15分
・CENTRALでの統制語の検索 30分
・検索実施とフォーム入力 20分
15
検索についてどの程度知っていますか?
16
???
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17
発見的検索と系統的検索
発見的検索 系統的検索
日常の検索 向く 不向き
目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する
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該当するものすべてが必要
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該当するものの一部だけを見て
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18
諏訪, 2013
系統的検索のもっともよい方法?
19
系統的検索のもっともよい方法
20
諏訪, 2013
全部読む
流石にそれは無理なので
検索システムにお願い!
21
諏訪,山下, 2015
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検索システムごとの差
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22
検索システムごとの差
命令そのまま
• Cochrane Library
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• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる
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23
データベース
医学分野では
24
http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelib
rary/search?searchRow.searchOptions.sea
rchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
検索システム
25
http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelib
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http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced
http://ovidsp.tx.ovid.com
臨床試験登録データベースとは?
出版バイアス=ポジティブな結果が報告されやすい
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ClinicalTrials.gov
ICTRP
26
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_3_unpublished_and_ongoing_studies.htm
http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm
https://clinicaltrials.gov/
http://www.who.int/ictrp/en/
系統的レビューの事前登録データベース
27
介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと
・原著の検索
• MEDLINE(PubMedでの検索を次回扱う)
• EMBASE(実施する人は修了後に)
• CENTRAL(今回扱う)
・臨床試験登録の検索
• ClinicalTrials.gov (実施する人は修了後に)
• ICTRP (実施する人は修了後に)
28
※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、RQの種類による
網羅的な検索式をつくる
29
問題提示
糖尿病の医療費は1兆2088億円
30
インドア派:トジルDr.
自宅で文献検索
漠然とした疑問
トジルDr.の漠然とした疑問
31
糖尿病の患者さんに対して、胃
の病気ではないのに胃を切除す
る手術(減量手術)を行ってい
るときいた。そんな蛮行ゆるさ
れるのか・・・
かえって死をはやめるのでは?
現存するエビデンスを調べたい。
先輩の意見
都合の良い文献だけをpick up
して紹介して、エビデンスが有
ると主張してもダメです。
やっていることはセールスマン
とかわらないですね。
フェアーな臨床的判断をするた
めには、現存するすべての関連
する研究をまとめたのちに、判
断する必要が有ります。
また、その判断に至ったまでの
過程を見える化する必要があり
ます。
32
構造化された疑問
P: 糖尿病患者
I: 減量手術
C: 手術しない
O: 死亡
33
→このPICOについて簡単な
検索式を用いて調べたい
PICOをそのままCochrane Library検索式に
#1 diabetes
#2 gastrectomy
#3 death or mortality
#1 and #2 and #3
→ 0件
2016/4/3 実施
ちなみに
A AND B
A OR B
A NOT B
35
A
A
A
B
B
B
ちなみに
各種検索ツールで検索しているのは
いわゆる 抄録 だけ!
(基本的に本文は検索していない)
36
タイトル
著者情報
雑誌情報
アブストラクト
統制語
検索のポイント0
検索の”網羅性と適合率”
網羅性: 関連のある研究をできるだけ拾う
適合率: 関連のない研究をできるだけ拾わない
37
検索のポイント1 構造化からの検索式
※治療・介入に関するreviewの場合
Patients #1 健康状態を示す用語
Intervention/Exposure #2 介入/暴露を表す用語
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm
※アウトカムに関連する用語は入れない!
検索のポイント2
統制語(controlled indexing terms)を使う
データベース毎に固有のものがある
例:MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE)
“gastric resection”や”partial gastrectomy”の
MeSHは”gastrectomy”
注意点:そのMeSH wordがいつ作られたかもチェック
39
MeSHを知ろう!
Medical Subject Headings
MEDLINEで検索可能な各論文に人力で付与
されているキーワード
階層性があるので、その上位、下位のどこ
まで検索するかを規定することができる
※Cochrane LibraryではMEDLINEのMeSHがそのまま統
制語として流用されている(ややこしい)
40
PubMedのアブストからだと(新しいものにはついていない)
41
こんな感じで
42
43
44
45
類似語
上位概念 下位概念
Cochrane Libraryからだと
46
検索のポイント3
キーワードも加える
MeSHをつけているのは必ずしもその分野の
専門ではない司書さんです。
また、つけるまでに一定のタイムラグがあ
ります。
なので、追加で関連しそうなキーワードも
orで検索しておきましょう。
47
再出:PICOを検索式に
#1 and #2 and #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death or mortality
どこがマズイか分かりますか?
PICOを検索式に
#1 and #2 and #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death or mortality
ポイント1 構造化からの検索式
アウトカムは検索ワードに入れない!
再出:PICOを検索式に
#1 and #2 and #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death or mortality
ポイント2 統制語
統制語を使っていない!
再出:PICOを検索式に
#1 and #2 and #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death or mortality
ポイント0 網羅性
ポイント 4 キーワードをorで加える
なんとなくわかった
具体的にどうすれば?
52
Advanced Searchへ
53
統制語(MeSH)を検索式に入れる
54
1. MeSHをクリック
まずはPに関する言葉を入れる
55
結果からぴったりなものを探して選択
56
“Add to Search Manager”を押す
57
Iを示す言葉をANDで追加し絞る
58
Gastrectomyがあった
59
Bariatric Surgery(減量手術)もあった
60
いい方or 両方を“Add to Search Manager”を押して追加
61
例えば
#1 MeSH descriptor: [Diabetes Mellitus, Type2]
explode all trees
#2 MeSH descriptor: [Gagastrectomy] explode all
trees
#3 MeSH descriptor: [Bariatric Surgery] explode
all trees
#4 #2 or #3
62
DM
胃
切
除
PとIをつなぐ
63
例えば
#1 MeSH descriptor: [Diabetes Mellitus, Type2]
explode all trees
#2 MeSH descriptor: [Gastrectomy] explode all trees
#3 MeSH descriptor: [Bariatric Surgery] explode all
trees
#4 #2 or #3
#5 #1 and #4
64
結果をクリックしてみてみる
65
Trialsを押すとどんな研究があるかざっとわかる
66
ぴったりはまる研究があれ
ば2,3個アブストラクトを読
んでみてください。
MeSHが見つからない場合,重要なキーワードがある場合
free wordそのままを検索するのではなく
67
“:ti,ab,kw”というのを最後につけてください (お経)
68
2語以上のフレーズは
必ず引用符でくくる(お経)
例えば
“metabolic surgery”:ti,ab,kw
※小文字と大文字は区別しない
69
たくさん”or”で繋いだ場合も最後に”:ti,ab,kw”です
70
例えば
#1 MeSH descriptor: [Diabetes Mellitus, Type2]
explode all trees
#2 diabetes or DM or T2DM:ti,ab,kw
#3 #1 or #2
#4 MeSH descriptor: [Gastrectomy] explode all trees
#5 MeSH descriptor: [Bariatric Surgery] explode all
trees
#6 “gastric resection” or gastrectomy or “metabolic
surgery” or “weight loss surgery”:ti,ab,kw
#7 #4 or #5 or #6
#8 #3 and #7
71
DM
胃
切
除
Pだけ、Iだけ似たコクランレビューを参照
72
似たレビューを参照
73
pdfを開いて、Ctrl (Macならcommand) +F で内部の検索窓
→”search strategies”で検索するとすぐにたどり着けます
既存のレビューを使う際の注意点 統制語その1
統制語は突然変わることがあります
コピペの前に実際に動くことを確認してく
ださい
74
既存のレビューを使う際の注意点 統制語その2
Explode (下位概念も検索)していない検索式もありま
す
上位/下位概念の確認はしてください
例:
A –a
-b
-c
この検索を
MeSH descriptor: [A] explode all trees
とせずに、
MeSH descriptor: [A] or MeSH descriptor: [b] or
MeSH descriptor: [c]
としている
75
キーワード検索に使われている記号の解説 その1
ワイルドカード
? この部分だけを変化させて検索
例:wom?n (woman や women)
部分一致
* 以下の語尾を変化させる
例:random* (random, randomized,
randomized, randomlyなど)
76
http://www.cochranelibrary.com/help/search-functionality-now-available-in-cochrane-library.html last accessed 10/22/2016
キーワード検索に使われている記号の解説 その2
近接演算子(andよりも適合率が高い)
NEAR/X X語以内に出現するものを検索
例:small NEAR/2 cancer
(small cell lung cancer, small cell
esophageal cancer, small cell bladder
cancer など)
77
http://www.cochranelibrary.com/help/search-functionality-now-available-in-cochrane-library.html last accessed 10/22/2016
キーワード検索に使われている記号の解説 その3
※検索式を作るステップの中で、
各行がどの程度の意義を持っているかを確
認するステップがあります
本WSでは、プロトコル作成後にもう一回ブ
ラッシュアップします
ややこしいので現時点では各行が動くこと
の確認に留めて「コピペ」してください
78
今日の目標
• 「系統的検索」とは何か説明できる
• 統制語とは何か説明できる
• 各データベースの特性を説明できる
• Cochrane Libraryでの検索式を作ること
ができる
79
QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索
・PubMedとMEDLINEは同じものである
・統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
・系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
80
Answer:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
○系統的検索の目指すのは網羅的な検索
X PubMedとMEDLINEは同じものである
前者が検索インターフェイス、後者がデータベース
X 統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
フリーワード検索のこと
○系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
81
今日の目標
• 「系統的検索」とは何か説明できる
• 各データベースの特性を説明できる
• Cochrane Libraryでの簡単な検索式の作
り方を説明できる
82
次回までの課題
• RQを1つに絞る(ない人に譲ってもOK)
• 自分のリサーチクエッション(RQ)にもとづき
Cochrane Libraryの簡単な検索式を作る
※プロトコルができた人から、もっと詳しくやり
ますので、なんとなくで作ってみてください
※絶対に検索結果からの該当論文探しをしない!
83
課題提出前 チェックリスト
 Cochrane Libraryで検索
 統制語(MeSH)を見つける(ないことも)
 フリーワードを入れる
 PとIについてそれぞれ統制語とフリーワード両方
いれる(あれば)
 アウトカムは検索式に入れない
 統制語は語尾が explode all treesとなっている
 フリーワードは語尾に必ず :ti,ab,kw
 2語以上のフリーワードは必ず ””でくくる
 Pが似ているCochrane reviewの検索式
 Iが似ているCochrane reviewの検索式
84
参考文献
Cochrane Library の使い方
http://media.wiley.com/assets/7098/67/Cochrane_QRG_long_JPN.pdf
『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』諏訪敏幸 近畿病院
図書室協議会 2013
「診断制度研究の系統的レビュー作成のための文献検索」諏訪敏幸、山下ユミ
2015.8.29
Cochrane handbook for Systematic Reviews of Interventions [internet]
available from http://community.cochrane.org/handbook
Handbook for DTA Reviews [internet] available from
http://srdta.cochrane.org/handbook-dta-reviews
http://www.jamas.or.jp/web_help5/ruledetail.html
厚生労働省 平成24年度国民医療費の現状
(参考)キーワード検索と統制語検索
86
著者の書きたい概念
この論文から言えることはひとつの臓器
だけ診ていても患者さんは治らないとい
うことだ。 検索者の調べたい概念
全身を診ていると、時間ばか
りかかる。患者さんの利益に
なるのだろうか?
“総合診療”と
タイトルにつけよう
“総合診療”で
調べよう
ネコ https://pixabay.com/ja/考える-喫茶店-コーヒー-猫-漫画-1217109/
キーワード検索
87
“総合診療”と
タイトルにつけよう
“総合診療”で
調べよう
ここが一致したら
検索ヒット
キーワード検索
88
“全身診察”と
タイトルにつけよう
“費用対効果”で
調べよう
検索ヒットせず
(いいか悪いかは別にして)
検索者の調べたい概念
全身を診ていると、時間ばか
りかかる。患者さんの利益に
なるのだろうか?
著者の書きたい概念
この論文から言えることはひとつの臓器
だけ診ていても患者さんは治らないとい
うことだ。
統制語の場合、その主題を検索対象とする (詩を極端な例に)
89
朝食
彼はコーヒーをいれた カップ
彼は灰をおとした 灰皿の中に
何も言わずに 私を見ないで
彼は立ち上がった 彼はか
ぶった 頭の上に帽子を 彼は
身にまとった レインコートを
雨が降っていたから そして彼
は家を出た 雨の中を 一言も
言わずに 私を見ないで そし
て私は 片手で頭をかかえた
そして泣いた。
ジャック・プレヴェール 朝食 (日本語訳)
http://furansu-go.com/dejeuner-du-matin/
これは、
時代背景を
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付与しよう
書籍の主題付けのプロ:司書さん

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20161027 srws@kameda第二回系統的検索その1central

Editor's Notes

  1. 赤でかこった部分は2人以上いないとできません
  2. 赤でかこった部分は2人以上いないとできません
  3. 明確に定式化された疑問について、関連する研究の特定・選択・批判的吟味、および採用研究からのデータを集めて解析する、網羅的で明確な方法を用いるレビュー
  4. https://pixabay.com/ja/%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%AA-%E6%9C%AC-%E8%AA%AD%E3%81%BF-%E6%95%99%E8%82%B2-%E7%9F%A5%E8%AD%98-%E5%AE%B6%E8%B3%83-%E3%82%AD%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%83%84%E3%82%A7-%E3%81%93%E3%81%AE%E6%9C%AC%E3%81%AF-488679/
  5. 赤でかこった部分は2人以上いないとできません
  6. みなさん 何だと思いますか?
  7. それは、全部読むこと
  8. MEDLINEは一番良く知られた医療系データベースです。 1600万件以上の文献が含まれています。 ただし、これだけでは全ての医学雑誌に載った文献を網羅することはできません。 ついで有名なのがEMBASEになります。 ヨーロッパ系の医学雑誌や薬の開発情報に強いデータベースとされ、2700の雑誌、600万以上のMEDLINEに収載されていない論文が載っているとされます。 Embase includes six million+ records and 2,700+ journals that are not covered by MEDLINE. また、RCTについては、Cochraneの中にも検索用データベースがあります。 日本独自のデータベースといえば医中誌ですね。 この他にも看護系研究に強いデータベースや精神科系の研究に強いデータベースなどいろいろあります。 みなさんのRQに応じて検索データベースを選ぶことになります。
  9. MEDLINEを検索するフリーサイトが皆さんご存知PubMedになります。 先程もお話したように、有料のMEDLINE検索サービスが使えない場合には、PubMedのadvanced search builderを用いて検索式を作っていくことになります。
  10. 自分のRQに関連した
  11. つづいてCochrane libraryに関して、検索式を作っていきましょう https://pixabay.com/ja/%E4%BD%9C%E6%A5%AD-macbook-%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF-%E3%83%A9%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97-%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF-690680/
  12. 平成24年度国民医療費の現状より。
  13. 1どうしたらいいですか?と会場にふる。 2構造化してくださいと。会場にふる。
  14. Narrative review 都合の良い文献だけをpick upして紹介して、エビデンスが有ると主張してもEBMとはいえません。 やっていることは、お薬セールスマンの人とかわらないですね。 フェアーな臨床的判断をするためには、現存するすべての 関連する研究を総括したのちに、判断する必要が有ります。 その判断に至ったまでの課程を見える化する必要があります。 https://pixabay.com/ja/%E6%AD%8C-%E9%9F%B3%E6%A5%BD-%E3%83%91%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%82%B9-%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88-%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%B3-%E5%A3%B0-531290/
  15. 糖尿病
  16. 言葉の説明 網羅性の高い検索=該当する研究に関して漏れが少ない 適合率の高い検索=検索結果の中に含まれる誤った研究が少ない 会場にふる。”さっきの検索式ではどのような問題点があるでしょうか。いまから勉強してもらってまた聞きますね。” Handbook 6.4.4  Sensitivity versus precision 
  17. ポイント: #1はP #2はI ここに「Outcome」は入らない!  →実際の文献を読んでヒトが判断する  アブストラクトにすべてのアウトカムが載っているとは限らないため
  18. 同じくくりの言葉にしましょう、とか、これはこのくくりの下位にあります。など 例:赤とんぼ ギンヤンマは同じくくり。上位語はトンボ。さらに上位のくくりは昆虫 MeSHは その”くくり”で一括検索できる→網羅的 medline 言い換えると・・・ MeSHは同じ概念に違う単語が沢山有る場合に有効 しかし、注意点はMeSHを作っている人はその分野の専門家ではない ★以下重要!!!!!!!★ MEDLINEでは1976年以前はabstractがほとんどなく、Abstractの中の単語では検索できず、また、1990年代以前はデザインに関するindexがほとんどないため、Publication typeやMeSHでは検索できない ∴  一つの状態を表すwordはMeSH+free wordであることが必須!
  19. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  20. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  21. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  22. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  23. Cochrane handbook for Systematic Reviews of Interventions は書籍もあります。
  24. ネコ https://pixabay.com/ja/考える-喫茶店-コーヒー-猫-漫画-1217109/