This report is in Vietnamese.

1. SEMINAR VẬT LÝ SINH HỌC TÍNH
TOÁN- MÔ PHỎNG MD PROTEIN
Học viên: Nguyễn Lê Đức Thịnh – Lê Đại Nam – Trần Đình Bảo Trân – Vũ Lân
THÁNG 6, 2018
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN-KHOA VẬT LÝ

2. i
Mục lục
Mở đầu.......................................................................................................................................1
1. Tổng quan về protein khảo sát...............................................................................................2
2. Khái quát về các cấu trúc và tính chất của protein ................................................................4
3. Các bước thiết lập hệ mô phỏng và mô phỏng MD protein...................................................7
4. Phân tích kết quả mô phỏng.................................................................................................11
5. Phụ lục .................................................................................................................................13
Tài liệu tham khảo ...................................................................................................................15

3. 1
Mở đầu
Chúng tôi lựa chọn mô phỏng động học protein Caspase với pdb id 1c9f bằng các chương
trình mô phỏng VMD và GROMACS.
Cấu trúc của bài báo cáo gồm 4 phần chính là tổng quan, khái quát, mô phỏng và phân tích mô
phỏng.
 Tổng quan: giới thiệu về protein caspase và 1C9F (phân loại, vai trò, gây bệnh, …)
 Khái quát: mô tả chi tiết protein (độ dài chuỗi, số chuỗi, liên kết,...)
 Mô phỏng: mô tả các bước dùng GROMACS để thiết lập hệ mô phỏng và mô phỏng
động học protein
 Phân tích mô phỏng: từ các số liệu mô phỏng, vẽ các đồ thị và nhận xét, phân tích các
dữ liệu này.

4. 2
1. Tổng quan về protein khảo sát
 Về protein Caspase [3]
Cơ thể con người liên tục phát triển, loại bỏ các tế bào cũ và thay thế bằng những tế
bào mới khỏe mạnh hơn. Quá trình tiêu hủy và dọn dẹp tế bào chết gọi là apoptosis.
Các tế bào được lập trình để tồn tại, chết đi hoặc nhân lên về số lượng thông qua một
hệ thống điều khiển phức tạp, là chìa khóa tổ chức của các sinh vật đa bào. Đặc biệt, cái chết
được định sẵn của tế bào - apoptosis - rất quan trọng trong việc kiểm soát nhiều khía cạnh sinh
lý bình thường ở động vật, bao gồm phát triển phôi, cân bằng nội môi, lão hóa và miễn dịch.
Trong quá trình phát triển phôi thai, quá trình apoptosis liên quan đến sự hình thành các mô
hình sinh học, cũng như trong việc tạo ra sự đa dạng của các tế bào tạo thành các mô khác
nhau. Việc duy trì cân bằng nội môi mô cũng được hỗ trợ bởi quá trình apoptosis để loại bỏ
các tế bào bị tổn thương, già, tự miễn dịch hoặc ác tính. Các tế bào này thông quá trình này gọi
là apototic. Việc loại bỏ các tế bào apoptotic bởi thực bào đóng vai trò quan trọng trong việc
ngăn chặn giải phóng lượng nội bào (bao gồm các enzym tiêu hóa) vào các mô xung quanh nơi
chúng có thể gây ra tổn hại. Các rối loạn tự miễn dịch cũng được cho là có liên quan đến việc
loại bỏ các tế bào apoptotic không hiệu quả. Ngoài ra, apoptosis đóng một vai trò trong việc
bảo vệ chống lại vi rút và vi khuẩn gây bệnh bằng cách nhắm mục tiêu vào các tế bào bị nhiễm
để tiêu hủy và loại bỏ, cũng như kích hoạt phản ứng viêm. Việc điều chỉnh apoptosis ở bất kỳ
thời điểm nào từ phôi thai đến tuổi trưởng thành có thể dẫn đến mất tế bào, hoặc tích tụ các tế
bào bệnh lý không thích hợp, dẫn đến nhiều bệnh khác nhau từ rối loạn phát sinh thần kinh
(quá apoptosis) đến ung thư (thiếu apoptosis). Ví dụ, các tế bào tiền thân kháng apoptosis tự
nhiên là nguồn gốc của ung thư võng mạc.
Apoptosis là một quá trình phức tạp liên quan đến một cơ chế tầng có sử dụng nhiều
protein. Tuy nhiên, các enzyme quan trọng trong quá trình này là các caspase, một họ protease
cysteine kiểm soát và làm trung gian phản ứng apoptotic.
Caspase là viết tắt của cysteine-aspartic protease. Hầu như tất cả các tế bào động vật
đều chứa caspase, nhưng chúng xuất hiện dưới dạng zymogens không hoạt động và không gây
hại gì. Có nhiều cách kích hoạt caspase khác nhau, thường là thông qua quá trình phân giải
protein của zymogen ở các amino axit aspartic tích trữ. Sau khi caspase được hoạt hóa chúng
hoạt động như một protease cysteine, sử dụng một chuỗi bên cysteine để xúc tác phân cắt liên
kết peptide ở các amino axit aspartyl trong chất nền của chúng. Có rất nhiều caspase như vậy
trong một sinh vật, chúng làm việc cùng nhau trong một tầng thủy phân protein (proteolytic
cascade) để kích hoạt bản thân và kích hoạt lẫn nhau. Mức độ đặc hiệu cao của caspase cho
phép kiểm soát một cách chính xác quá trình xếp tầng tránh việc phân giải protein bừa bãi. Các
caspase có một số vai trò trong tầng thủy phân protein như: là tác nhân gây ra quá trình chết tế
bào, các yếu tố điều chỉnh bên trong nó, và là nhân tố kích hoạt lập trình tế bào chết (kích hoạt
bởi các caspase hoạt động sớm hơn trong tầng). Vào cuối tầng này, các caspase hoạt động trên
protein truyền tín hiệu, protein tế bào cơ và hạt nhân, protein biến đổi nhiễm sắc thể, protein
sửa DNA và endonuclease nhằm định vị một tế bào và tiêu hủy nó bằng cách phân hủy bên
trong nó, bao gồm cả DNA. [1]
Bảng 1. Phân loại các caspase
Sự chết được lập trình sẵn của tế bào Loại capase Enzyme Loài
Apoptosis Bắt đầu
(Initiator)
Caspase 2 Người và chuột
Caspase 8 Người và chuột
Caspase 9 Người và chuột

5. 3
Caspase 10 Người
Phân cắt
(Executioner)
Caspase 3 Người và chuột
Caspase 6 Người và chuột
Caspase 7 Người và chuột
Pyrotopsis Gây viêm Caspase 1 Người và chuột
Caspase 4 Người
Caspase 5 Người
Caspase 11 Chuột
Caspase 12 Người và chuột
Caspase 13 Gia súc
Khác Khác Caspase 14 Người và chuột
Caspase cũng có vai trò trong pyroptosis. Pyroptosis là một dạng chết tế bào được lập
trình gây ra phản ứng miễn dịch. Nó khác biệt về mặt hình thái so với các dạng tế bào khác -
tế bào sưng lên, vỡ và giải phóng bên trong các tế bào viêm. Ở đây quá trình chết tế bào được
thực hiện thông qua một loạt các kích thích bao gồm nhiễm trùng vi khuẩn cũng như các cơn
đau tim (nhồi máu cơ tim). Caspase-1, Caspase-4 và Caspase-5 ở người, và Caspase-1 Caspase-
11 ở chuột đóng vai trò quan trọng trong việc gây chết tế bào bằng pyroptosis. Điều này hạn
chế thời gian sống và sinh trưởng của các mầm bệnh ở nội bào và ngoại bào.
Thiếu hụt Caspase được xác định là nguyên nhân của sự phát triển khối u. Sự tăng
trưởng khối u có thể xảy ra bởi nhiều yếu tố, bao gồm đột biến trong một chu kỳ gen tế bào
làm loại bỏ các hạn chế về sự phát triển của tế bào, kết hợp với các đột biến trong các protein
apoptopic như caspase. Ngược lại, quá kích hoạt một số caspase như caspase -3 có thể dẫn đến
sự chết của tế bào diễn ra quá mức kiểm soát. Điều này thể hiện trong một số bệnh thoái hóa
thần kinh nơi các tế bào thần kinh bị mất, chẳng hạn như bệnh Alzheimer. Caspase tham gia
xử lý các tín hiệu viêm cũng liên quan đến bệnh tật. Việc kích hoạt không đủ caspase có thể
làm tăng tính nhạy cảm của cơ thể đối với nhiễm trùng vì phản ứng miễn dịch thích hợp có thể
không được kích hoạt. Vai trò không thể tách rời của caspase trong tế bào chết và bệnh tật đã
dẫn đến nghiên cứu về việc sử dụng caspase để làm thuốc. Ví dụ, viêm caspase-1 liên quan đến
việc gây ra các bệnh tự miễn; thuốc ngăn chặn sự kích hoạt của caspase-1 đã được sử dụng để
cải thiện sức khỏe của bệnh nhân. Ngoài ra, các nhà khoa học đã sử dụng caspase để điều trị
ung thư, tiêu diệt các tế bào không mong muốn trong các khối u.
 Về 1c9f [2]
Caspase được thiết kế để phá vỡ các protein thành những mảnh có kích thước nhỏ, và
hỗ trợ tế bào để phá vỡ các phân tử khác của nó. Các tế bào cũng có một số protein hoạt hóa
caspase để thực hiện công việc này. 1c9f là deoxyribonuclease để kích hoạt caspase. Trong quá

6. 4
trình apoptosis, caspases phá vỡ một protein ức chế, protein này liên kết với hai domain lớn ở
phía dưới, tạo ra dạng hoạt hóa. DNA trượt vào rãnh lớn ở phía trên và miền các axit amin đang
hoạt động.
Caspase hoạt hóa DNase (CAD) là một protein khoảng 40 kDa, tồn tại dưới dạng phức
tạp với ICAD ức chế trong tế bào sống, gây ra sự phân mảnh bộ gen ở giai đoạn cuối của quá
trình apoptosis. Mặt khác, người ta thấy có sự tương đồng khoảng 80 chuỗi axit amin tại N
termini của CAD và ICAD. Ở đây, cấu trúc ba chiều của domain CAD của protein này được
xác định bằng quang phổ NMR đa chiều và thuộc tính của các domain CAD được xem xét
bằng thí nghiệm cộng hưởng plasmon bề mặt. Domain CAD là một domain được xếp chồng
độc lập gồm một alpha-helix và năm beta-strands tạo thành một dải đơn. Cấu trúc tổng thể
được phân loại trong protein siêu xoắn ubiquitin. Domain này có thể liên kết chặt chẽ với
domain CAD bị cô lập của ICAD. Nó cho thấy chức năng của các domain CAD trong hệ thống
CAD-ICAD, sự tương tác protein-protein thông qua các domain CAD đóng một vai trò quan
trọng trong việc ức chế hoạt động CAD DNase và trong việc gấp chính xác dạng protein CAD.
[5]
2. Khái quát về các cấu trúc và tính chất của protein [5]
 Cấu trúc protein:
Protein 1c9f gồm 1 chuỗi và có độ dài 90, số lượng axit amin là 87.
Hình 1. Mô tả protein 1c9f bằng VMD
Cấu trúc bậc 2 của protein được chúng tôi vẽ bằng VMD như sau

7. 5
Hình 2. Cấu trúc bậc 2 của protein 1c9f, phần màu vàng beta sheet và màu tím là alpha-helix
Hình 3. Cấu trúc các nhóm axit amin thuộc các cấu trúc bậc hai với dải màu vàng là cấu trúc
beta sheet và màu tím là alpha-helix
Hình 4. Thông tin trích xuất từ file pdb 1c9f về các cấu trúc bậc 2 của proein

8. 6
 Các tương tác của protein
 Liên kết Hydro
Hình 5. Số liên kết Hydro theo frame
 Tương tác tĩnh điện
Hình 6. Phân bố điện tích của protein, phần màu xanh là điện tích dương, màu đỏ là điện tích
âm và màu xám trắng là trung hòa.
Hình 7. Phân bố mặt phẳng thế tương tác tĩnh điện của protein 1c9f, màu xanh là thế dương
và màu đỏ là thế âm.

9. 7
 Hiệu ứng kị nước
Hình 8. Phân bố các vùng axit amin kị nước (màu xanh) của protein 1c9f
3. Các bước thiết lập hệ mô phỏng và mô phỏng MD protein [4]
Sau đây chúng tôi trình bày tóm tắt các bước thiết lập hệ mô phỏng và các bước chạy
tính toán mô phỏng động học. Chi tiết các dòng lệnh có thể được tham khảo thêm ở phần phụ
lục. Các đồ thị được vẽ bằng phần mềm ORIGIN.
 Các bước thiết lập hệ mô phỏng:
- Bước 1: Chọn và xử lý tập tin pdb, chuẩn bị các tập tin mdp cần thiết.
Sau khi thảo luận, chúng tôi chọn protein thuộc nhóm caspases, với tiêu chí số amino
axit phải nhỏ hơn 100 để giảm thời gian chạy mô phỏng. Trong đó, protein kí hiệu 1c9f thỏa
mãn điều kiện trên và được lựa chọn. Sau khi tải tập tin pdb tương ứng, chúng tôi sử dụng phần
mềm VMD để chọn ra chuỗi A của protein. Các tập tin định dạng .mdp [4] chứa các điều kiện
mô phỏng như áp suất, nhiệt độ, điều kiện biên và những yêu cầu khác được chúng tôi chuẩn
bị sẵn cho từng bước thiết lập hệ và chạy mô phỏng.
- Bước 2: Chuẩn bị các tập tin đầu vào cho phần mềm gromacs
Các tập tin topology (topol.top), position restraint (posre.itp) và các tập tin định dạng
.gro được khởi tạo qua câu lệnh pdb2gmx. Chúng tôi chọn trường lực số 15 all-atom force field
(2001 aminoacid dihedrals) với lưu ý bổ sung thêm dòng lệnh –ignh nhằm bỏ qua các nguyên
tử H trong tập tin PDB.
- Bước 3: Đưa nước vào hệ mô phỏng
Chúng tôi tiến hành mô phỏng protein ở môi trường nước, do đó cần khởi tạo một hộp
mô phỏng và lấp đầy nước vào hộp mô phỏng đó. Hộp mô phỏng được tạo bởi lệnh editconf
và ta lấp đầy nước bằng lệnh solvate.
- Bước 4: Thêm ions vào hệ
Sau khi kiểm tra, protein khảo sát trung hòa về mặt điện tích. Như vậy số ion Na+
và
Cl-
thêm vào hệ sẽ bằng nhau. Nồng độ của dung dịch NaCl được lấy bằng 0,154 M phù hợp
với nghiên cứu [6]. Các câu lệnh cần thiết cho phần này chính là grompp (đọc các tập tin cấu

10. 8
hình, topology, điều kiện mô phỏng để tạo ra một tập tin duy nhất .tpr) và genion (thêm ion
vào hệ). Mỗi phân tử nước sẽ được thay bằng một ion.
Hình 9. Hộp mô phỏng bao gồm protein, các phân tử nước và các nguyên tử ion.
 Các bước chạy mô phỏng động học
- Bước 1: Cực tiểu hóa năng lượng
Để phù hợp nhất với protein trong môi trường thực tế, chúng ta phải đảm bảo phân tử
protein ở trạng thái năng lượng thấp nhất, nhằm giúp hệ hồi phục về trạng thái có cấu trúc ít
sai hỏng nhất. Trong bước này, ta sử dụng hai lệnh grompp và mdrun. Quá trình cực tiểu hóa
năng lượng phải thỏa mãn hai tiêu chí: thế năng của hệ âm và có giá trị 105
-106
kJ/mol cho một
hệ protein trong nước; giá trị lớn nhất của lực tác dụng lên từng nguyên tử nhỏ hơn 1000
kJ/(mol.nm).
Hình 10. Đồ thị thế năng của hệ thay đổi trong quá trình cực tiểu hóa năng lượng.
- Bước 2: Chạy cân bằng hệ NVT và NPT
Bước này được thực hiện nhằm đảm bảo nước và ions ổn định và sắp xếp ổn định quanh
protein. Các câu lệnh cần thiết trong phần này là grompp và mdrun. Quá trình này gồm hai
phần nhỏ:

11. 9
- Chạy cân bằng NVT để đưa hệ đạt nhiệt độ phù hợp: N, V, và T tương ứng với số hạt,
thể tích và nhiệt độ T không đổi. Điều kiện của bước này đó là nhiệt độ của hệ sau khi
chạy phải ổn định quanh giá trị được chọn mô phỏng (gần 300 K). Ở bước này chúng
tôi nhận thấy, với số bước chạy lần lượt là 50000, 80000 và 100000 bước, hệ đều có
thể đạt được nhiệt độ ổn định
-
Hình 11. Đồ thị nhiệt độ của hệ theo thời gian trong quá trình cân bằng NVT với bước chạy
là 80000 và 10000. Đường màu đen thể hiện giá trị nhiệt độ từ mô phỏng, đường màu đỏ
(xanh) thể hiện giá trị nhiệt độ lấy trung bình trên từng 20 (40) giá trị của nhiệt độ.
- Chạy cân bằng NPT
Sau khi hệ đạt nhiệt độ ổn định cần thiết, ta cần ổn định áp suất hay mật độ phân tử
trong hệ để phù hợp với các hệ sinh học. Trong bước này, số hạt N, áp suất P và nhiệt độ T là
hằng số. Sau bước chạy cân bằng này, áp suất của hệ phải ổn định ở thang gần 1 bar. Chúng
tôi chạy cân bằng cho các trường hợp 50000, 80000 và 100000 bước thì chỉ có trường hợp
100000 bước thỏa điều kiện áp suất ổn định.

12. 10
Hình 12 . Đồ thị áp suất của hệ theo thời gian trong quá trình cân bằng NPT với bước chạy là
80000 và 10000. Đường màu đen thể hiện giá trị áp suất từ mô phỏng, đường màu đỏ (xanh)
thể hiện giá trị nhiệt độ lấy trung bình trên từng 20 (40) giá trị của áp suất.
- Bước 3: Chạy mô phỏng MD
Sau các bước chạy cân bằng, bây giờ chúng tôi tiến hành chạy mô phỏng hệ để thu thập
dữ liệu. Ở bước này ta sẽ không giới hạn chuyển động của các protein nặng, và việc chạy sẽ
diễn ra trong 1ns.

13. 11
4. Phân tích kết quả mô phỏng
Đại lượng đầu tiên mà chúng ta quan tâm chính là độ lệch căn quân phương RMSD
(Root Mean Square Deviation), đặc trưng cho sự ổn định của cấu trúc. Như đã đề cập
ở trên, chúng tôi chạy mô phỏng lần lượt cho các trường hợp đã chạy cân bằng NVT,
NPT có số bước là 50000, 80000 và 100000.
Hình 13. Đồ thị RMSD của các nguyên tử mạch chính protein theo thời gian trong quá
trình mô phỏng MD với số bước NVT/NPT lần lượt là 50000, 80000 và 100000.
Ta thấy ở các trường hợp 50000 và 80000 bước chạy, hệ không đạt trạng thái ổn định do
RMSD của hệ có xu hướng tăng liên tục cho tới hết thời gian chạy mô phỏng, phù hợp với
kết luận ở trên khi chạy cân bằng NPT (áp suất không thỏa điều kiện). Còn trong trường
hợp 100000 bước, RMSD cho thấy hệ thay đổi cấu trúc nhanh trong khoảng 0,15 ns đầu,
sau đó RMSD của hệ dao động trong khoảng từ 0.19 nm tới 0.3nm so với cấu hình ban đầu.
Điều này cho thấy hệ mô phỏng đã ổn định trong khoảng thời gian từ 0.15 tới 1,0 ns.
Tiếp theo là sự linh động (flexibility) hay thăng giáng (fluctuation) của từng amino acid
trong quá trình mô phỏng MD được chúng tôi phân tích qua đồ thị độ linh động trung bình
rmsf (root mean square fluctuation). Ở đây chúng tôi chỉ lấy kết quả cho trường hợp mô
phỏng của hệ ổn định (số bước NVT, NPT là 100000)

14. 12
Hình 14. Đồ thị RMSF trung bình của các amino acid trong quá trình mô phỏng MD.
Đồ thị trên cho thấy sự linh động khác nhau cho từng đoạn amino acid. Những đoạn amino
acid dao động lớn như từ 0-7, 16-19, 29-30, 41-45, 77-85 dao động mạnh hơn rất nhiều so
với các đoạn còn lại. Điều này là phù hợp với kết quả trong phần khái quát protein mà
chúng tôi đã phân tích, các amino acid này thường không phải là các cấu trúc bậc hai ổn
định (những cấu trúc bậc hai ổn định alpha-helix và beta sheet chúng tôi đã chỉ ra) hay nằm
ngoài protein.
Ngoài ra, chúng tôi còn phân tích thêm một đại lượng đó là bán kính hồi chuyển (Radius
of gyration). Đây là đại lượng cho biết độ compact (độ chặt) của protein. Nếu như protein
được gấp xoắn ổn định, nó sẽ có giá trị bán kính hồi chuyển khá ổn định. Nếu protein đang
mở xoắn, giá trị này sẽ thay đổi theo thời gian.
Hình 15. Đồ thị giá trị bán kính hồi chuyển theo thời gian cho protein và mạch chính.
Từ đồ thị ta có thể thấy, giá trị bán kính gần như không thay đổi nhiều, đặc biệt là trong
khoảng thời gian từ 0,15 ns trở đi, chỉ dao động trong khoảng từ 1,30 tới 1,35 nm cho mạch
chính, và từ 1,35 tới khoảng 1,40 nm cho protein. Như vậy protein khá ổn định trong khoảng
thời gian phù hợp với phân tích RMSD ở trên.

15. 13
5. Phụ lục
Sau đây chúng tôi xin viết tường minh các dòng lệnh được thực hiện trong chương trình
mô phỏng GROMACS
- Chuẩn bị các tập tin đầu vào
mkdir -p 0start/ #
cp 1c9f.pdb 0start/ #
cd 0start/ #
gmx pdb2gmx -f 1c9f.pdb -o 1c9f_processed.gro -water spce -ignh #
- Tạo hộp mô phỏng và thêm ion
mkdir -p 1edit/ #
cp -a ./0start/. 1edit/ #
cd 1edit/ #
gmx editconf -f 1c9f_processed.gro -o 1c9f_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic #
gmx solvate -cp 1c9f_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1c9f_solv.gro -p topol.top #
gmx grompp -f ../../para/ions.mdp -c 1c9f_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr #
gmx genion -s ions.tpr -o 1c9f_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -conc
0.154 -neutral #
rm -- #*.*
- Cực tiểu hóa năng lượng
mkdir -p 2min/ #
cp -a ./1edit/. 2min/ #
cd 2min/ #
gmx grompp -f ../../para/minim.mdp -c 1c9f_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr #
gmx mdrun -v -deffnm em #
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg #
rm -- #*.*
- Chạy cân bằng NVT
mkdir -p 3nvt/ #
cp -a ./2min/. 3nvt/ #
cd 3nvt/ #
gmx grompp -f ../../para/nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr #

16. 14
gmx mdrun -v -deffnm nvt #
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg #
rm -- #*.*
- Chạy cân bằng NPT
mkdir -p 4npt/ #
cp -a ./3nvt/. 4npt/ #
cd 4npt/ #
gmx grompp -f ../../para/npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr #
gmx mdrun -v -deffnm npt #
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg #
rm -- #*.*
- Chạy mô phỏng MD lấy dữ liệu
mkdir -p 5md/ #
cp -a ./4npt/. 5md/ #
cd 5md/ #
gmx grompp -f ../../para/md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr #
gmx mdrun -v -deffnm md_0_1 #
rm -- #*.*
- Loại bỏ các hiệu ứng do điều kiện biên tuần hoàn
cd 5md/ #
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact #
rm -- #*.*
- Phân tích độ lệch căn quân phương RMSD
cd 5md/ #
gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg --tu ns #
rm -- #*.*
- Phân tích độ linh động rmsf
cd 5md/ #
gmx rmsf -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -res -o rmsf.xvg #
cp *.xvg ../ #
rm -- #*.*

17. 15
Tài liệu tham khảo
1. Caspase. Truy xuất ngày 28-5-2018 từ https://en.wikipedia.org/wiki/Caspase
2. David Goodsell. Caspases. doi:10.2210/rcsb_pdb/mom_2004_8
3. Jennifer McDowall. Caspases. Truy xuất từ
(http://www.ebi.ac.uk/interpro/potm/2004_8/Page1.htm)
4. Võ Văn Hoàng, Huỳnh Kim Lâm, Nguyễn Trung Hải, Nguyễn Hà Tùng Chương (2016)
Mô phỏng trong vật lý. Nhà xuất bản đại học quốc gia TP.Hồ Chí Minh.
5. Yamazaki, T., Uegaki, K. 1C9F-NMR STRUCTURE OF THE CAD DOMAIN OF
CASPASE-ACTIVATED DNASE. DOI: 10.2210/pdb1C9F/pdb
6. Zhejiang .J Univ Sci B (2016 March). 0.9% saline is neither normal nor physiological.
doi: 10.1631/jzus.B1500201