EKSTRAKSI DNA TOMAT (ISOLASI DNA)

1. EkstraksiDNA:
DNATOMAT
PROGRAMSTUDISARJANAFARMASI
FAKULTASFARMASI
UNIVERSITASMUSLIMNUSANTARAAL-WASHLIYAH
MEDAN
TA.2022/2023

2. Diserahkan Untuk Memenuhi Tugas Kelompok
Mata Kuliah: Bioteknologi Farmasi
Dosen Pengampu: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si.
Disusun Oleh :
KELAS – 5J
Army Indah Perwita Siregar (222114059)
Lusi Grasia Situmorang (222114195)

3. 01 PENDAHULUAN

4. Tanaman tomat merupakan tanaman dikotil, tanaman dikotil adalah inang dari
Agrobacterium dan tomat tanaman semusim yang memiliki umur lebih pendek daripada tebu
sehingga lebih mudah untuk diamati hasilnya, disamping itu tanaman tomat memiliki morfologi
tanaman yang mudah untuk diamati.
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup dari
satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.
Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA
genom meliputi gen danintergen
Ekstraksi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan berbasis molekuler.
Permasalahan utama yang sering muncul dalam proses ekstraksi DNA tanaman adalah kehadiran
senyawa kontaminan pada sampel yang diisolasi seperti senyawa polisakarida, polifenol, protein,
RNA, dan senyawa metabolit sekunder. Beberapa permasalahan yang sering muncul saat ekstraksi
DNA yaitu DNA patah-patah selama proses ekstraksi, DNA mengalami degradasi akibat kehadiran
enzim nuklease, adanya kontaminan senyawa polisakarida, dan ikut terisolasinya senyawa metabolit
sekunder
1.1 Latar Belakang

5. Rumusan Masalah
1. Apakah ekstraksi DNA itu ?
2. Bagaimana proses ektraksi DNA pada tomat?
3. Bagaimana pengaruh deterjen terhadap efektifitas hasil ekstraksi DNA?
Tujuan Percobaan
1. Mengetahui proses ekstraksi DNA pada tumbuhan dan dapat mengaplikasikan
teori yang telah didapatkan pada pembelajaran dan dalam kehidupan sehari-hari.
2. Menambah wawasan dan ilmu pengetahuan bagi praktikan serta bagi pembaca
tentang cara ekstraksi pada buah-buahan.
Manfaat
1. Mengetahui teknik ekstraksi DNA pada tomat.
2. mangetahui pengaruh deterjen dalam efektifitas ekstraksi DNA.
3. mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi ekstraksi DNA
1.2
1.3
1.4

6. BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Tanaman Tomat
Tomat merupakan tanaman yang berasal dari benua Amerika. Tanaman tomat
merupakan golongan herba semusim, tingginya dapat mencapai 2,5 meter,
ditanam sebagai tanaman buah di ladang, pekarangan, atau ditemukan liar pada
ketinggian 1-1600 m dpl. Terna setahun ini tumbuh tegak atau bersandar pada
tanaman lain, bercabang banyak, berbau kuat serta berambut. Buah ini berasal dari
keluarga terung-terungan atau Solanaceae (Siddiq, 2010).
Tanaman tomat merupakan tanaman dikotil, tanaman dikotil adalah inang dari
Agrobacterium dan tomat tanaman semusim yang memiliki umur lebih pendek
daripada tebu sehingga lebih mudah untuk diamati hasilnya, disamping itu tanaman
tomat memiliki morfologi tanaman yang mudah untuk diamati

7. 2.1.1 Klasifikasi buah tomat
Tomat merupakan salah satu jenis tanaman perdu yang
masuk dalam family Solanaceae alias suku terung-terungan.
Menurut ilmu tumbuh - tumbuhan (Botani), tomat
diklasifikasikan ke dalam golongan sebagai berikut :
Kingdom : Plantae (Tumbuh-tumbuhan)
Devisi : Spermatophyta (Tumbuhan berbiji)
Subdevisi : Angiospermae (Berbiji tertutup)
Kelas : Tubiflorae
Ordo : Solanaceae
Famili : Lycopersicum
Genus : Lycopersicum esculentum Mill

8. 2.1.2 Morfologi Buah Tomat
Tomat merupakan tanaman semusim, tanaman ini memiliki umur sebanyak satu kali
periode panen dan selanjutnya akan mati setelah berproduksi. Bentuk tanaman ini adalah
perdu atau semak dengan ukuran 18 panjang kurang lebih 2 meter dengan besar buah
tomat sangat bervariasi mulai dari 2 cm hingga 15 cm dan tergantung pada varietasnya.
Tanaman ini memiliki batang berwarna hijau dan bentuk buahnya persegi empat hingga
bulat. Permukaan batang tomat dipenuhi rambut-rambut halus dan dilengkapi rambut
kelenjar. Akar buah tomat adalah akar tunggal yang tumbuh menembus hingga tanah,
serta serabut akar yang mampu tumbuh dan menyebar kearah samping.

9. 2.1.3 Kandungan Buah Tomat
Tomat memiliki kandungan yang sangat khas yang disukai oleh semua
orang, hal ini disebabkan karena kandungan tomat kaya akan vitamin A,C,dan
mineral yang baik untuk kesehatan. Selain itu, tomat juga mengandung likopen
yang berfungsi sebagai antioksidan untuk melindungi tubuh dari radikal bebas
dan penyebab kanker. Tomat yang matang juga memiliki kandungan
antioksidan p-coumanc chorogeniccoods dan tyramin yang berfungsi
mencegah datangnya rasa amarah. Masyrakat eropa juga banyak mengonsumsi
buah tomat untuk menurunkan risiko serangan jantung

10. 2.2 DNA
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang
paling penting dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke
generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk
genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-
fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen danintergen.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan
kloroplas

11. 2.3 Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti
protein, karbohidrat, lemak dan lain-lain. Ekstraksi DNA terdiri dari tiga tahap utama yakni
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari komponen lainnya serta pemurnian DNA
(Corkill dan Rapley 2008). Pemecahan sel atau lisis pada proses ekstraksi sel bertujuan
untuk menghancurkan membran dan dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat keluar
(Holme dan Peck, 1998). Selanjutnya tahap pemisahan DNA dari makromolekul lain seperti
protein, sebagian kecil RNA, lipid dan polisakarida.
Ekstraksi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi
atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak. Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan
bagian terbesar dari DNA berada pada nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma
dengan membran. Nukleus terdiri dari 90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah
organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Karena DNA terdapat pada nukleus, maka
perlu adanya metode pelisisan sel sampai pemanenan sel. Dimana metode tersebut
merupakan bagian dari metode isolasi DNA

12. BABIII
METODE
WaktuDanTempat BAHAN
Tomat
Isopropanol
Aquadest
Garam
Deterjen
Tempat pelaksanaan pembuatan
produk dilakukan di wilayah kos
jl. Kenanga, Harjosari, Medan.
Adapun waktu pelaksanaan
penelitian dilakukan pada bulan
Desember tahun 2022 selama 1
hari.
ALAT
Wadah
Piring
Pipet tetes
Plastik
Pisau
Saringan
3.1
3.2

13. SECTORNEWS
Venus has a beautiful
name, but it’s terribly hot
Despite being red, Mars is
actually a cold place
VENUS
SATURN
Saturn is the ringed one
and a gas giant
MARS NEPTUNE
Neptune is the farthest
planet from the Sun
JUPITER
It’s the biggest planet in
our Solar System
MERCURY
Mercury is the closest
planet to the Sun

14. 3.3 Prosedur
1. Tomat dipotong menjadi ukuran yang lebih kecil.
2. Masukkan dalam plastik kemudian di haluskan dengan dalam plastik
3. Setelah halus disaring menggunakan saringan masukkan dalam wadah.
4. Dalam wadah yang berbeda masukkan deterjen perbandigan (1:1), larutkan dengan aquadest
5. Tambahkan garam 1 spatula dalam larutan tersebut, aduk hingga merata.
6. Masukkan hasil ekstraksi tomat yang telah disaring kedalam larutan. Homogenkan secara
berlahan
7. Campuran kemudian disaring dengan saringan
8. Lalu tambahkan isopropanol sebanyak 5 mL ke dalam masing-masing campuran
9. Larutan kemudian dihomogenkan
10. Amati dan catat hasil yang tampak dari keseluruhan proses meliputi warna, bentuk,serta
sedikit banyaknya DNA yang terbentuk

15. 3.4 Pengumpulan Dan Analisi Data
Metode pengumpulan data
Metode pengumpulan data pada penelitian ini menggunakan metode
eksperimen.
Teknik pengumpulan data
Teknik pengumpulan data pada penelitian ini dengan menguji (menganalisis)
DNA pada tomat.

16. BAB IV
HASIL DAN
PEMBAHASAN

17. No Perlakuan Hasil
1. Tomat dipotong-potong kemudian dihaluskan dengan menekan
dalam plastik, selanjutnya disaring (wadah 1)
Tomat menjadi halus dan terdapat
ekstrak berwarna merah
2. Dalam wadah tambah garam dan deterjen perbandingan (1:1)
larutkan dengan aquadest, homogenkan (wadah 2).
Larutan Berwarna hijau keputihan
3. Masukkan larutan hasil fitrat tomat dalam larutan wadah 2,
homogenkan
Campuran berwarna orange
4. Tambahkan isopropanol sebanyak 5 ml, homogenkan Campuran berwarna orange
kemerahan
5. diamkan selama 30 menit larutan tersebut Terdapat 3 lapisan :
Lapisan atas isopropanol
Lapisan tengah untaian DNA
Lapisan bawah yaitu ekstrak tomat
4.1 Hasil

18. 4.2Pembahasan
Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel
lainnya seperti protein, karbohidrat, lemak dan lain-lain. Ekstraksi DNA terdiri dari
tiga tahap utama yakni perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari komponen
lainnya serta pemurnian DNA Pemecahan sel atau lisis pada proses ekstraksi sel
bertujuan untuk menghancurkan membran dan dinding sel sehingga bagian dalam
sel dapat keluar.
Percobaan ini menggunakan satu buah tomat, Langkah-langkah yang
dilakukan yaitu pertama menyiapkan alat dan bahanyang akan digunakan.
Selanjutnya melumatkan sampel tomat yang akan digunakan. Hal ini bertujuan untuk
mengeluarkan isi sel. Ini termasuk dalam tahapisolasi jaringan (preparasi ekstrak sel)
di mana substansi yang akan diamati diawalidari proses ini.. Setelah itu,
memasukkan ekstrak kedalam wadah lalu menambahkan garam dengan
perbandingan 1 : 1

19. Ini merupakan tahap pelisisan membran sel. Penambahan garam bertujuan
untuk memekatkan DNA.Hal ini dapat terjadi karena karena ion Na+ yang dikandung oleh
garam mampumembentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Saat ion
Na+garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Setelah
penambahan, campuran dihomogenkan dengan tujuan agar DNA di dalam sel dapat
berkumpul secara maksimal .
Fungsi penambahan larutan sabun yaitu untuk merusak membran sel dan
membran inti sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel dan untuk
mengurangi kontaminan.Penambahan larutan sabun dalam isolasi DNA dapat dilakukan
karena larutan sabundapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik larutan sabun dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa ”lipid protein -deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian
juga dengan larutan sabun, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.

20. Selanjutnya campuran dihomogenkan agar DNA yang diharapkan dapat
keluar dari sel secara maksimal.Selama proses menghomogenkan, harus dilakukan
secara perlahan agar larutansabun tidak berbusa. Apabila larutan sabun menimbulkan
biuh maka akanmengganggu pengamatan, karena DNA yang berhasil diisolasi
nampak tipis, dandapat dipastikan lapisan DNA tersebut akan tertutupi jika terdapat
banyak buih.Setelah homogen, dilakukan pendiaman selama 30 menit. Pendiaman
bertujuan untuk mengumpulkan untaian DNA.
Hasil yang diperoleh untuk sampel ekstrak tomat yaitu terbentuk 3 lapisan.
Terbentuknya lapisan ini berdasarkan teknik sentrifugasi yaitu teknik pemisahan
campuran berdasarkan berat molekul campurannya. Lapisan atas yangterbentuk
merupakan etanol karena memiliki berat molekul paling kecil yakni, 0,8g/mL, lapisan
tengah merupakan kumpulan untaian DNA, dan lapisan paling bawah merupakan
ekstrak sampel yang sebenarnya merupakan senyawaan protein yang telah
kehilangan kelarutannya sehingga mengendap.

21. Hasil yang diperoleh untuk ekstraksi berbeda banyaknya untaian DNA
yang dapat teramati. Hal ini disebabkan oleh beberapa hal di antaranya
kadar air dalam buah dimana semakin rendah kadar airnya maka hasil
presipitasi DNAnya semakin tinggi begitu pula sebaliknya, cara
mengekstrak buah yakni apabila sampel diekstrak secara perlahan maka
untaian DNAnya tidak akan rusak, akan tetapi apabila dilakukan secara
kasar maka untain DNA akan mengalami kerusakan, juga larutan sabun
yang digunakan apabila terbentuk buih maka kemungkinan untaian DNA
yang tipis akan tertutupi oleh buih sabun tersebut (Fauziah, 2010).

22. Bioteknologi adalah penerapan yang didasarkan kepada sistemkehidupan untuk
mengembangkan proses dan produk komersial. Bioteknologimencakup teknik DNA
rekombinan, tranfer gen, anipulasi dan tranfer embrio,regenerasi tumbuhan, kultur sel,
antibodi monoklonal dan rekayasa proses biologi. Dengan teknik ini, kita dapat
memindahkan gagasan ke penerapan praktis.Misalnya kita telah berhasil mengubah
secara genetis sifat tanaman budidayatertentu untuk meningkatkan daya tahan
terhadap hama dan penyakit tertentu.Bioteknologi mempunyai potensi untuk
meningkatkan produksi tanaman budidaya, peternakan dan pegolahannya secara
biologi. Bioteknologimenyediakan bagi para pakar suatu pendekatan baru untuk
mengembangkanvarietas-varietas baru dengan produksi yang lebih tinggi dan lebih
bergizi , tahan terhadap serangan hama dan penyakit, serta terhadap keadaan
yangmerugikan, atau mengurangi kebutuhan terhadap pupuk dan bahan-bahan
kimialainnnya.
BAB V
APLIKASI BIOTEKNOLOGI

23. BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
6.1 Kesimpulan
1. Langkah-langkah yang melumatkan sampel tomat yang akan digunakan. untuk mengeluarkan isi sel
ini termasuk dalam tahap isolasi jaringan (preparasi ekstrak sel) di mana substansi yang akan diamati
diawali dari proses ini.. Setelah itu, memasukkan ekstrak kedalam wadah lalu menambahkan garam
dengan perbandingan 1 : 1. Ini merupakan tahap pelisisan membran sel dan penambahan
isopropanol.
2. Penambahan larutan deterjen atau sabun yaitu untuk merusak membran sel dan membran inti
sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel dan untuk mengurangi kontaminan..
Penambahan larutan sabun dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena larutan sabun dapat
menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik larutan
sabun dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein -deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan larutan sabun, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
3. Faktor yang mempengaruhi proses ekstraksi DNA antara lain pemilihan jenis jaringan yang akan
digunakan dan umur jaringan tersebut, penanganan dan penyimpanan jaringan tersebut sebelum
diisolasi DNAnya, dan perlakuan homogenasi jaringan, terutama pada jaringan tumbuhan yang
dinding selnya banyak dan kadar air dalam buah dimana semakin rendah kadar airnya maka hasil
presipitasi DNAnya semakin tinggi begitu pula sebaliknya,

24. DAFTARPUSTAKA
Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. PT. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta.
Caren Chang, John L Bowman, Elliot M Mayerowitz 2016. Field Guide to Plant Model Systems. Cell .167 (2) : 325 -
339.
Corkill G, Rapley R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acid: Basic Tools & Techniques in Molecular Biomethods
Handbook. Ed ke-2. New York (US): Humana Press.
Fauziah. (2010). Teknik Isolasi DNA . Makassar : UNM.
Hutami R, Idzni N, Ranasasmita R, Suprayatmi M. 2017. Jurnal Pertanian. 8(2):106-112.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor (ID): IPB Press.
Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, Hase T. 2000. Loop-mediated isothermal
amplification of DNA. Nucleic Acids Research. 28(12): 63.
Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.
Yuwono. (2005). Biologi Molekular . Jakarta : Erlangga

25. SARAN
Dalam proses pengamatan usahakan untuk memanfaatkan waktu sebaik
mungkin dalam kegiatan agar kerja lebih efektif
Seharusnya waktu untuk mengamati proses pemisahan DNA lebih lama
agar DNA dapat lebih jelas terlihat.

26. TERIMAKASIH