Tugas Mata Kuliah: BIOTEKNOLOGI FARMASI SINTESIS DNA MANGGA Dosen Pengampu: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si Kelas: 5J ANISAH SIREGAR (222114152) IRAYANA NURUL (222114154) Program Studi Sarjana Farmasi Universitas Muslim Nusantara (UMN) Al-Washliyah MEDAN #Bioteknologi #BioteknologiFarmasi #Farmasi #FarMaSIUMIAy #FarmasiUMNAIWashliyah #UMNAIWashliyah #UniversitasMuslimNusantaraAIWashliyah

1. EKSTRAKSI DNA BUAH MANGGA
Nama Anggota Kelompok :
1. Anisah Siregar
2. Irayana Nurul
Mata Kuliah : Bioteknologi Farmasi
Dosen Pengampu : Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si.

2. 1.1 Latar Belakang
Sel tanaman dilindungi oleh membran dan dinding sel. Membran sel terdiri dari
ikatan antara protein dan lemak, sedangkan dinding sel tersusun atas polisakarida.
Membran dan dinding sel harus dihancurkan untuk mengeluarkan DNA-nya.
Penghancuran sel dapat dilakukan secara mekanik, kimiawi maupun enzimatik. Proses
penghancuran sel dipengaruhi oleh kuantitas dan kualitas sampel, serta teknik
penghancurannya . Ekstraksi DNA dari tumbuhan dilakukan melalui proses penghancuran
dinding sel (lysis of cell walls), pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa serta
penghilangan protein dan RNA (cell digestion), dan pengendapan DNA (precipitation of
DNA. Proses ekstraksi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen seluler
lain seperti protein, RNA, dan lemak. Pada dasarnya beberapa metode ekstraksi
DNA memiliki prinsip yang sama, namun dapat dilakukan modifikasi untuk
menghancurkan inhibitor yang ada di dalam masing-masing sumber spesimen. Optimasi
prosedur tersebutdapat dilakukan terhadap suhu dan lama inkubasi yang digunakan
dalam proses ekstraksi DNA.

3. 1. Untuk mengetahui cara melakukan ekstraksi DNA.
2. Untuk mengetahui pembuatan DNA mangga yang berhasil dan yang gagal
1.2 Rumusan Masalah
1.3 Tujuan
1.4 Manfaat
1. Bagaimana cara melakukan ekstraksi DNA?
2. Bagaimana cara mengetahui pembuatan DNA mangga yang berhasil dan
yang gagal?
1. Menambah wawasan dan pengalaman penulis mengenai proses
pembuatan eksraksi DNA buah mangga
2. Sebagai bahan informasi untuk menggetahui lebih dalam tentang
membuat penemuan baru tentang ekstraksi DNA buah mangga

4. 2.1 Pengertian dan Prosedur Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA adalah proses dimana DNA dipisahkan dari protein, membran, dan material sel lainnya yang
terkandung di dalam sel yang mana DNA tersebut dipulihkan (Elkins, 2013). Ada empat prosedur ekstraksi
DNA yang paling umum dipakai (HoffOlsen, 1999):
Organik (variasi dari phenol/kloroform): penggunaan proses kimiawi larutan multistep yang labor-intensive
namun menghasilkan sampel DNA double-stranded yang banyak dan jelas.
Anorganik (Chelex atau silika): mudah dan murah karena hanya menggunakan satu tabung yang mana Mg+
meresin beads dan menghasilkan DNA single-stranded.
2.2 Klasifikasi Buah Mangga
Mangga (Mangifera indica L.) berasal dari daerah sekitar Bombay dan daerah sekitar kaki gunung Himalaya,
kemudian dari daerah tersebut menyebar ke luar daerah, diantaranya ada yang sampai di Amerika Latin,
terutama Brasilia, sebagian ke benua Afrika, juga negeri di kawasan Asia Tenggara, seperti Vietnam,
kepulauan Philipina dan Indonesia . Keluarga mangga (Anacardiaceae) ini mempunyai banyak genus dan
spesies (jenis). Genus Mangifera mempunyai 62 spesies, namun yang menghasilkan buah yang enak ada 16
spesies. Mangga yang umum dikonsumsi termasuk species Mangifera indica L.

5. 2.3 Memisahkan DNA dari Komponen Sel Lainnya (Presipitasi)
Presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan etanol atau isopropanol atau bisa juga dengan larutan garam
terkonsentrasi (saline) untuk membuat debris (pellet), yaitu protein hancur, lipid, dan RNA yang tergumpal
bersama. Larutan alkohol tidak dapat melarutkan DNA namun dapat membuat protein dan hal lain
tergumpal bersama. Untuk memisahkan debris dan DNA, dilakukan sebuah teknik bernama sentrifugasi,
yaitu teknik yang menggunakan gaya sentrifugasi untuk memisahkan partikel yang lebih berat dan lebih
ringan. Debris akan lebih berat dari DNA, sehingga debris akan berada di bawah ketika sudah disentrifugasi
dan DNA akan berada di atas (supernatan). Proses ini disebut juga sebagai presipitasi. Pellet nantinya bisa
diresuspensi menggunakan air distilasi steril.
Pengisolasian DNA dilakukan dengan cara memberikan isopropanol untuk mempurifikasi DNA. Kemudian,
phenol-kloroform digunakan untuk menghilangkan protein sel dan histon. Setelah diisolasi, DNA disimpan
di larutan buffer yang sedikit bersifat alkalin, seperti buffer TE atau air ultra-pure.
2.4 Definisi DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan
pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada keturunannya. Informasi genetik disusun dalam
bentuk kodon yang berupa tiga pasang basa nukelotida.

6. Struktur dan komponen untai ganda DNA.
Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di mana
setiap nukelotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan
basa. Polimer tersebut membentuk struktur dua untai heliks
ganda yang disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa
yang ada. Terdapat empat basa dalam DNA, yaitu adenin (A),
sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin akan membentuk
dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin.

7. 2.5 Sejarah Identifikasi DNA
Sejarah identiikasi DNA dimulai setelah Wyman dan White meneliti fenomena polimorfisme DNA melalui
pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi, yang kemudian disebut Restriction Fragment Length
Polymorphisms (RFLPs). Lima tahun kemudian, Alex Jeffreys mengemukakan hasil penelitiannya tentang
minisatelit pada rangkaian DNA manusia. Jeffreys dan rekan-rekannya sedang menganalisis gen mioglobin
ketika meilhat fenomena suatu daerah sepanjang 33 bp yang terdiri atas urutan DNA berulang (tandem
repeat). Daerah ini kemudian disebut minisatelit. Penelitian lebih lanjut ternyata menunjukkan adanya variasi
jumlah pengulangan pada minisatelit lain dan unik untuk setiap individu. Selanjutnya, banyak penemuan lain
yang menjadi pmilestone identifikasi DNA seperti Variable Number of Tandem Repeats (VNTR), teknologi
Polymerase Chain Reaction (PCR), dll.
2.6 Kuantifikasi DNA
Kuantikasi DNA merupakan suatu proses untuk memastikan bahwa DNA yang didapatkan dari
ekstraksi adalah benar berasal dari manusia dan bukan berasal dari misalnya bakteri. Selain itu, kuantifikasi
DNA dalam sampel juga penting dalam pemeriksaan PCR. Dalam pemeriksaan DNA tidak diharapkan jumlah
DNA yang terlalu kecil atau jumlah DNA yang terlalu banyak. DNA yang terlalu banyak dapat menyebabkan
kesulitan saat interpretasi dan memakan waktu yang lebih lama, sedangkan DNA yang terlalu sedikit dapat
mengakibatkan hilangnya alel-alel yang diperlukan karena reaksi PCR gagal untuk mengamplifikasi DNA
dengan baik. Jumlah DNA yang dikehendaki untuk pemeriksaan DNA adalah antara 0.5 ng – 2.0 ng.

8. 2.7 Evaluasi Mutu Ekstrak DNA
Evaluasi mutu ekstrak DNA dilakukan dengan mengukur konsentrasi dan kemurnian DNA serta
elektroforesis ekstrak DNA. Konsentrasi dan kemurnian ekstrak DNA dapat diketahui dengan analisis
spektrofotometri. Pengukuran konsentrasi dilakukan pada panjang gelombang 260 nm sementara pengukuran
kemurnian ekstrak DNA dilakukan pada panjang gelombang 260/280 nm. Sebanyak 3 µl larutan elution buffer
digunakan sebagai blanko. Elektroforesis ekstrak DNA dilakukan. dengan menganalisis ekstrak DNA sebanyak 5µl
pada media gel agarosa 1.5%. Hasil elektroforesisis selanjutnya dilihat di bawah cahaya UV.
2.8 Ekstraksi DNA
Molekul DNA harus dipisahkan dari material seluler lainnya sebelum dapat diperiksa. Protein sel yang
menyelubungi dan melindungi DNA dapat menghambat kemampuan menganalisis DNA. Oleh karena itu, metode
untuk mengekstrasi DNA telah dikembangkan untuk memisahkan protein dan materi seluler lainnya dari molekul
DNA. Selain itu, kuantitas dan kualitas DNA sering diukur sebelum proses lanjutan lainnya untuk memastikan akan
didapatkan hasil yang optimal. Ekstraksi DNA secara umum memiliki tahapan-tahapan yang meliputi isolasi dari
jaringan, pelisisan dinding dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi serta presipitasi atau pemadatan.
Dalam prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk lisis, larutan buffer
untuk digesti, dan protein kinase K. Proses penghancuran sel (lisis) secara kimia dilakukan dengan mamanfaatkan
senyawa kimia seperti EDTA (Etil Ediamin Tetra Asetat) dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat). EDTA merusak atau
menghancurkan sel dengan cara mengikat ion magnesium. Ion magnesium berfungsi dalam mempertahankan
integritas sel dan mengingkatkan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. SDS yang merupakan
sejenis deterjen digunakan untuk merusak membran sel.

9. 3.1 Alat
1. Pisau
2. Cangkir plastik transparan
3. Sendok
4. Batang pengaduk
5. Piring
6. Wadah penampung
3.2 Bahan
1. Buah Mangga
2. Alkohol
3. Es batu
4. Garam
3.3 Prosedur
1. Dilakukan pengupasan kulit pada buah mangga, kemudian dicuci dengan air
bersih sampai tidak ada kotoran yang tersisa.
2. Setelah mangga dicuci bersih kemudian dipotong kecil-kecil lalu dihaluskan.
3. Setelah buah mangga dihalus lalu dimasukkan kedalam cangkir plastik
transparan kemudian ditambahkan garam lalu dihomogenkan didiamkan
lagi selama 20 menit.
4. Sembari menunggu etanol yang mau digunakan didinginkan terlebih dahulu
dalam wadah berisi air es batu.
5. Setelah didiamkan selama 20 menit campuran ditambahkan dengan larutan
sabun kemudian homogenkan selama 30 menit.
6. Setelah 30 menit campuran disaring menggunakan penyaring
7. Setelah disaring yang digunakan adalah hasil filtrat untuk tahap selanjutnya.
8. selanjutnya filtrat ditambahkan larutan etanol dingin yang sudah
didinginkan lalu dihomogenkan
9. Kemudian amati ekstrak DNA buah mangga yang terjadi.

10. 4.1 Hasil
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa perlakuan inkubasi pada suhu 65°C selama 20 menit menghasilkan konsentrasi
DNA tertinggi yaitu 2707.6 ng/μl, sementara perlakuan inkubasi suhu 70°C selama 10 menit menghasilkan DNA dengan
kemurnian paling tinggi, yaitu 1.94 . Inkubasi 65°C selama 20 menit dapat mendegradasi protein dari dinding sel secara
optimal dan memaksimalkan keluarnya DNA dari sel dibandingkan perlakuan inkubasi lain, sehingga dapat meningkatkan
konsentrasi DNA hasil ekstraksi.
Hasil pembuatan ekstraksi DNA buah mangga proses pembuatan ekstraksi DNA buah mangga dengan melarutkan ekstrak
tersebut dengan melarutkan sabun kemudian dihomogenkan selama 30 menit. Setelah 30 menit campuran disaring
menggunakan penyaring, Setelah disaring yang digunakan adalah hasil filtrat untuk tahap selanjutnya. Selanjutnya filtrat
ditambahkan larutan etanol dingin yang sudah didinginkan lalu dihomogenkan. Maka ekstrak DNA buah mangga yang
terjadi ada dua lapisan yang lapisan dibawah merupakan residu mangga dan yang melayang naik ke bagian atas atau
lapisan atas disebut DNA buah mangga yang nantinya akan mengumpul bagian atas akibat penambahan etanol
4.2 Pembahasan
PDNA genom dapat diisolasi dengan berbagai macam teknik. Pada prinsipnya, sel harus dipecah (lysis) terlebih dahulu
menggunakan beberapa agensia, baik secara fisik maupun kimiawi. Dinding sel juga dapat dipecahkan dengan
penggerusan menggunakan bufer ekstraksi diikuti dengan inkubasi pada suhu 65°C. Detergen seperti sodium dodecil sulfat
(SDS), sarkosil, dan CTAB dapat digunakan untuk proses lisis . Sementara inkubasi setelah penambahan detergen berfungsi
untuk memaksimalkan proses pelisisan sel. Polisakarida adalah kontaminan umum dalam ekstrak DNA tumbuhan dan
dapat menghambat analisis enzimatis DNA lebih lanjut, sehingga perlu dihilngkan. Pada Penelitian ini proses lisis sel
dilakukan secara mekanik dengan penggerusan dan secara kimiawi dengan penambahan reagen Nucleon PhytoPure.
Setelah dinding sel pecah, sel-sel tersebut dilarutkan dalam reagen dari kit Nucleon PhytoPure (reagen I dan reagen II)
yang mengandung potassium SDS

11. 6.1 Kesimpulan
1. Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan cara lisis membran sel, presipitasi
(pemisahan/pengendapan)
2. Ekstrak DNA buah mangga yang terjadi ada dua lapisan yang lapisan dibawah merupakan
residu mangga dan yang melayang naik ke bagian atas atau lapisan atas disebut DNA buah
mangga yang nantinya akan mengumpul bagian atas akibat penambahan etanol maka
percobaan tersebut berhasil dan jika percobaan yang dilakukan tidak berpengaruh atau tidak
bereaksi maka percobaan tersebuat gagal.
6.2 Saran
1. Diharapkan Buah mangga yang digunakan dalam kondisi segar agar kualitas produk lebih
maksimal.
2. Diharapkan praktikum selanjutnya meneruskan judul ini kembali.

12. TERIMA KASIH