Kebijakan pemerintah kolonial Belanda berpengaruh besar terhadap perkembangan agama Kristen di Indonesia. Agama Kristen Katolik diperkenalkan oleh misionaris Portugis dan Spanyol, sedangkan Protestan oleh misionaris Belanda. Namun, penyebarannya sulit karena rakyat lebih memilih Islam dan Kristen dianggap identik dengan penjajahan.