Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
CONTENTS 1. Apa itu metode PCR?  2. Komponen-komponen PCR  3. Prinsip PCR  4. Varian-Varian metode PCR  5. Aplikasi PCR da...
Apa itu metodePCR? PCR = Polymerase Chain Reaction Merupakan teknik amplifikasi DNA in vitro Ditemukan oleh Karl Mullis...
Kelebihanmetode PCR 1. Simple 2. Powerful     A. sensitive – sensitivity     B. specific – specificity     C. reliable –...
Komponen-Komponen PCR Template        (DNA  cetakan) Primer DNA polimerase dNTPs Larutan buffer (+  Nuclease-free wat...
Mesin ThermalCycler                                   Mesin Thermal Cycler Generasi Terbaru Mesin Thermal Cycler Generasi ...
Consumables
Prinsip PCR Merupakan teknik amplifikasi fragmen  DNA secara enzimatik dan bersifat in vitro Pada setiap n siklus PCR se...
Sumber: Viljoen et al. 2005, Molecular Diagnostics PCR Handbook, Springer, p.22
DNA Replication
Komponen-Komponen Penting dalam         Replikasi DNA
Komponen-Komponen Penting dalam            Replikasi DNAa. DNA cetakan : molekul DNA yang akan   direplikasib. Molekul deo...
The ReactionPCR tube              THERMOCYCLER
Denature (heat to      95oC)Lower temperature to 56oC  Anneal with primers Increase temperature to 72oC DNA polymerase +  ...
Varian-VarianPCR Basic PCR Nested PCR Multiplex  PCR Real Time  PCR RT-PCR Inverse
PCR & GelElectrophoresis     PCR         Gel Electrophoresis
Real Time PCR
HRM AnalysisHigh Resolution Melting Analysis
Homoduplexes C or T                                             C                           T                             ...
Struktur DNA                                                                 Ikatan Hidrogen                              ...
Applications of PCRBasic Research                  Applied Research• Mutation screening            • Genetic matching• Dru...
Aplikasi DalamDunia Farmasi  Farmakogenetik  Farmakogenomik  Resistensi        Mikroba   Terhadap Obat  Disease Suscep...
Penyakit InfeksiTropis di Indonesia  Demam     berdarah   dengue  Malaria  TBC  Demam tifoid  Melioidosis  Dll
Aplikasi PCR dalamDiagnosis  Penentuan genotipe virus Dengue: DEN   1-4  Penentuan    spesies    Plasmodium   dalam kasu...
Sumber: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166093405001564  Sumber: http://jcm.asm.org/content/43/5/2435.f...
Aplikasi PCR dalamPengobatan  Penentuan profil mutasi gen mikroba.   Mis: mutasi gen GyrA menyebabkan   penurunan      se...
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567576912001488Sumber: http://aac.asm.org/content/early/2012/02/22/AAC....
Suggested Readings
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Pemanfaatan pcr dalam diagnosis
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Pemanfaatan pcr dalam diagnosis

1,564 views

Published on

  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Pemanfaatan pcr dalam diagnosis

  1. 1. CONTENTS 1. Apa itu metode PCR? 2. Komponen-komponen PCR 3. Prinsip PCR 4. Varian-Varian metode PCR 5. Aplikasi PCR dalam diagnosis
  2. 2. Apa itu metodePCR? PCR = Polymerase Chain Reaction Merupakan teknik amplifikasi DNA in vitro Ditemukan oleh Karl Mullis pada tahun 1983 → Nobel Prize in Chemistry 1989 = majalah Science menobatkan PCR sebagai “major scientific development” 1993 = Taq polymerase, enzim esensial dalam PCR, dinobatkan sebagai “molecule of the year” Publikasi yang menggunakan metode PCR
  3. 3. Kelebihanmetode PCR 1. Simple 2. Powerful A. sensitive – sensitivity B. specific – specificity C. reliable – reliability; fidelity 3. fast
  4. 4. Komponen-Komponen PCR Template (DNA cetakan) Primer DNA polimerase dNTPs Larutan buffer (+ Nuclease-free water) DNA-dye atau Probe
  5. 5. Mesin ThermalCycler Mesin Thermal Cycler Generasi Terbaru Mesin Thermal Cycler Generasi I Mesin Real Time PCR
  6. 6. Consumables
  7. 7. Prinsip PCR Merupakan teknik amplifikasi fragmen DNA secara enzimatik dan bersifat in vitro Pada setiap n siklus PCR sempurna akan diperoleh 2n DNA target Mis: DNA target (template) awal = 1 molekul, maka setelah 30 siklus, DNA target akan berjumlah 230 molekul = 1.073.741.824 molekul Pada umumnya terdiri atas TIGA tahap utama yaitu 1. Tahap denaturasi DNA (denaturation)
  8. 8. Sumber: Viljoen et al. 2005, Molecular Diagnostics PCR Handbook, Springer, p.22
  9. 9. DNA Replication
  10. 10. Komponen-Komponen Penting dalam Replikasi DNA
  11. 11. Komponen-Komponen Penting dalam Replikasi DNAa. DNA cetakan : molekul DNA yang akan direplikasib. Molekul deoksi-ribonukleotida: dATP, dTTP, dCTP, dan dGTPc. DNA Polymerase: enzim yang mengkatalisis proses polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNAd. DNA primase: enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNAe. DNA helikase dan DNA girase: enzim yang membuka ikatan untaian DNA induk & berperan dalam mencegah aktivitas supercoilingf. Single strand binding protein (SSB): molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbukag. DNA ligase: enzim yang menyambung fragmen-fragmen DNA dATP = Deoxyadenosine triphosphate http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/D/DNAReplication.html
  12. 12. The ReactionPCR tube THERMOCYCLER
  13. 13. Denature (heat to 95oC)Lower temperature to 56oC Anneal with primers Increase temperature to 72oC DNA polymerase + dNTPs
  14. 14. Varian-VarianPCR Basic PCR Nested PCR Multiplex PCR Real Time PCR RT-PCR Inverse
  15. 15. PCR & GelElectrophoresis PCR Gel Electrophoresis
  16. 16. Real Time PCR
  17. 17. HRM AnalysisHigh Resolution Melting Analysis
  18. 18. Homoduplexes C or T C T G A Homozygotes represented by a single base change are differentiated by a difference in Tm melt.20
  19. 19. Struktur DNA Ikatan Hidrogen Ikatan Fosfodiester Gula Pentosa Fosfat Basa Purin/Pirimidin Susunan DNA: Double helix, Antiparalel Chargaff’s Rule: DNA from any cell of all organisms should have a 1:1 ratio (base Pair Rule) of pyrimidine and purine bases and, more specifically, that the amount of guanine is equal to cytosine and the amount of adenine is equal to thymineCopyright © 2004 Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings
  20. 20. Applications of PCRBasic Research Applied Research• Mutation screening • Genetic matching• Drug discovery • Detection of pathogens• Classification of organisms • Pre-natal diagnosis• Genotyping • DNA fingerprinting• Molecular Archaeology • Gene therapy• Molecular Epidemiology• Molecular Ecology• Bioinformatics• Genomic cloning• Site-directed mutagenesis• Gene expression studies
  21. 21. Aplikasi DalamDunia Farmasi  Farmakogenetik  Farmakogenomik  Resistensi Mikroba Terhadap Obat  Disease Susceptibility
  22. 22. Penyakit InfeksiTropis di Indonesia  Demam berdarah dengue  Malaria  TBC  Demam tifoid  Melioidosis  Dll
  23. 23. Aplikasi PCR dalamDiagnosis  Penentuan genotipe virus Dengue: DEN 1-4  Penentuan spesies Plasmodium dalam kasus infeksi malaria  Identifikasi gen Mycobacterium tuberculosis yang bertanggung jawab dalam patogenesis  Genotyping Salmonella enterica serovar Typhi sebagai penyebab
  24. 24. Sumber: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166093405001564 Sumber: http://jcm.asm.org/content/43/5/2435.full.pdf+html
  25. 25. Aplikasi PCR dalamPengobatan  Penentuan profil mutasi gen mikroba. Mis: mutasi gen GyrA menyebabkan penurunan sensitivitas terhadap fluorokuinolon  Penentuan aktivitas ekspresi gen yang bertanggung jawab dalam imunitas tubuh (mis: gen IL dan MHC) sebagai gambaran tingkat imunitas seseorang  Identifikasi fragmen DNA tertentu pada individu sebagai hasil integrasi DNA
  26. 26. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567576912001488Sumber: http://aac.asm.org/content/early/2012/02/22/AAC.06414-11.abstract
  27. 27. Suggested Readings

×