3. Latar Belakang
penyakit penting
yang baru
ditemukan
berpotensi menjadi
penyebab
kehilangan hasil
Berasosiasi
dengan Squash
Leaf Curl China
Virus
(SLCCNV)
Pemantauan
penyakit untuk
pencegahan
penyebaran
ELISA : deteksi
virus
Antiserum
spesifik
SLCCNVC
belum tersedia
komersil
Antiserum
berkualitas diperoleh
melalui teknologi
recombinant protein
overexpression
Kloning DNA -
recombinant
protein
overexpression
menyiapkan klon DNA SLCCNV
isolat Indonesia yang selanjutnya
digunakan untuk pembuatan
recombinant protein overexpression
sebagai produksi antiserum => alat
deteksi SLCNNV
4. Bahan dan Metode
1
2 3
Deteksi SLCCNV Kloning DNA target
Konfirmasi Hasil
Kloning SLCCNV
• Ekstraksi DNA total daun
bergejala dengan CTAB
• Amplifikasi primer universal
geminivirus SPG1 (F) dan SPG2
(R) mengamplifikasi gen TrAP
dan Rep
• Reaksi amplifikasi
• Predenaturasi (940C 5 menit)
• denaturasi (500C 1 menit)
• Pemjangna utas DNA (720C 10
menit)
• Penyimpanan suhu 40C
• Fragmen DNA divisualisasi
• Elektroforesis dan visualisasi
• Penyisipan DNA SLCCNV pada
plasmid pTZ57R/T melalui reaksi
ligase
• Menghasilakn pTZ-SLCCNV
• Transformasi plasmid dengan heat
shock (E. coli DH5α)
• Inkubasi transformasi di media LB
(Luria Bertani) cair
• Hasil perbanyakan ditumbuhkan
pada media agar LB suhu 370C
yang telah diberi 100 μL ampisilin
• Koloni tunggal berwarna putih pada
medium dimasukkan ke tabung mikro
berisi komponen PCR
• Isolasi plasmid menggunakan metode
alkali lysis
• Plasmid pTZ-SLCCNV dipotong dengan
enzim restriksi BamHI dan EcoRI
• Reaksi restriksi diinkubasi pada suhu
37°C 16 jam
• Visualisasi
• Sekuen nukleotida produk amplifikasi
• Data dianalisis
5.
6. Sampel daun tanaman mentimun dengan
gejala keriting menguning yang diambil
dari daerah Tabanan, Bali positif terinfeksi
Begomovirus
Gambar 1
Amplifikasi DNA target SLCCNV berukuran ± 912 pb menggunakan
primer universal Geminivirus SPG1/SPG2.
M : Penanda DNA (1 kb DNA ladder);
K- : kontrol negatif;
K+ : kontrol positif (sampel tanaman cabai terinfeksi Geminivirus);
TT : isolat daun mentimun yang positif terserang SLCCNV
7. ORGANIC
Fresh
food
Healthy
food
Farm
Fresh
Keberhasilan proses ligase dapat dilihat dari tumbuhnya
koloni bakteri berwarna putih (bakteri rekombinan) pada
medium LB
Gambar 2
Koloni bakteri hasil transformasi yang ditumbuhkan pada medium agar-agar luria bertani yang
mengandung ampisilin. Lingkaran merah menandakan koloni yang diambil kemudian koloni
tersebut di amplifikasi.
8. Lima koloni bakteri rekombinan berhasil dikonfirmasi dengan PCR menggunakan
pasangan primer SPG1/SPG2, yaitu ditunjukkan dengan teramplifikasinya pita DNA
berukuran ± 912 pb
Gambar 3
Hasil PCR koloni klon rekombinan pTZ-SLCCNV. M
= Penanda DNA (1 kb DNA ladder; Thermo Scientific);
K+ = control positif;
K- = kontrol negatif;
1–5 = PCR koloni transforman yang mengandung
pTZSLCCNV dengan ukuran pita ± 912 pb.
9. lima klon pTZ-SLCCNV berhasil diisolasi menghasilkan plasmid
DNA berukuran ± 3798 pb
Hasil isolasi plasmid terhadap klon
rekombinan pTZ-SLCCNV.
M = Penanda DNA 1 Kb;
1–5 = klon DNA rekombinan
SLCCNV tanpa pemotongan enzim
restriksi;
K2 = Kontrol plasmid yang telah
tersisipi DNA target (klon
rekombinan);
K1 = Kontrol plasmid yang tidak
tersisipi
Gambar 4
10. Hasil pemotongan plasmid rekombinan pTZ-SLCCNV dengan
enzim restriksi EcoRI/BamHI menghasilkan dua pita DNA
berukuran sekitar 2886 pb (plasmid vektor pTZ57R/T) dan ± 912
pb (fragmen DNASLCCNV)
Gambar 5
Pemotongan plasmid rekombinan pTZ-TrAp dan Rep
SLCCNV dengan enzim restriksi Bam HI dan EcoRI.
M = Penanda DNA (1 kb DNA ladder);
1 = pTZ-SLCCNV yang tidak dipotong;
2 = pTZ-SLCCNV yang berhasil terpotong.
11. Analisis kesejajaran sikuen SLCCNV isolat Bali memiliki nilai homologi
tertinggi dengan isolat Malaysia, Cina, Vietnam, Filipina, India dan
T h a i l a n d d e n g a n k i s a r a n s e k i t a r 9 0 . 9 – 9 8 . 0 %
12. Analisis filogenetika menunjukkan
bahwa SLCCNV isolat Bali memiliki
hubungan kekerabatan yang dekat
dengan SLCCNV dari Malaysia yang
menginfeksi tanaman labu
Gambar 6
Pohon filogenetika klon gen TrAp dan Rep SLCCNV galur Bali dibandingkan dengan
galur-galur dari beberapa negara. Tomato leaf curl New Delhi virus asal India
(KC465466) dan Tomato yellow leaf curl virus asal Cina (GU434143) digunakan
sebagai pembanding dari luar grup. Pohon filogenetika dikonstruksi menggunakan
perangkat lunak MEGA versi 6.06 dengan Algoritma UPGMA menggunakan 1000 kali
bootstrap.
13. Penyebab penyakit daun kuning yang menginfeksi tanaman
mentimun di Bali berhasil dideteksi menggunakan metode PCR
kloning. Hasil analisis perunutan nukleotida menunjukkan bahwa
penyakit daun kuning pada mentimun berasosiasi dengan SLCCNV
dari kelompok Begomovirus. Lebih lanjut, plasmid rekombinan pTZ-
SLCCNV yang dihasilkan pada penelitian ini dapat digunakan untuk
pembuatan antiserum yang dapat diperlukan untuk deteksi rutin
SLCCNV.
KESIMPULAN
