Sevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya (BIOL 301/302), iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. On yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Geçen yıl olduğu gibi bu yıl da kitap Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Ayrıca, her iki cilde “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2010, Malatya
1868 yılında İsviçreli bilim adamı Friedrich MIESHER, balık spermlerinin çekirdeklerini ve akyuvar çekirdeklerini izole ederek yaptığı çalışmalarda, bu hücrelerin çekirdeklerinin asit özelliği gösterdiğini gözlemiştir. Bilim adamı, bu moleküllere çekirdekte bulunan asit anlamına gelen “nükleik asit” adını vermiştir. Bugünkü bilgilerimize göre, nükleik asitler bütün canlılarda bulunan organik moleküllerdir. Çünkü, organik moleküller canlı tarafından sentezlenebilen ve canlının yapısını oluşturan moleküllerdir. Her canlı organizmada veya hücrede iki çeşit nükleik asit vardır: ribonükleik asit (RNA) ve deoksiribonükleik asit (DNA). Sadece virüsler ya DNA ya da RNA içerirler. DNA ve RNA fosforca zengin organik moleküller olup, organizman›n genetik bilgi deposudur. Nükleik asitlerin kimyasal yapısında C (karbon), H (hidrojen), O (oksijen), N (azot) ve P (fosfor) elementleri bulunur. Nükleik asitlerin biyolojik fonksiyonu genetik informasyonun saklanması, çoğaltılması, çeşitlendirilmesi ve nesilden nesile aktarılması şeklinde sıralanabilir. Tüm nükleik asitler polimerik yapılar olup bir çok farklı büyüklüklerde bulunabilirler (1 milyondan 1 milyara kadar değişik moleküler büyüklükte). Transfer RNA’lar (tRNA) en küçük moleküllerdir (25,000 dalton kadar).
Biyolojik lipidler bir çok farkli kimyasal yapıda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin en yaygın bilinen özellikleri sudaki erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda erimeyen) özelliklerinden dolayı diğer biyolojik moleküllerden hem yapı ve hem de fonksiyonel farklar gösterirler. Lipidlerin fonksiyonları da, kimyasal yapıları gibi farklılıklar gösterir.
ÇEVİRİ EDİTÖRLERİNDEN
Moleküler Biyolojinin günümüzdeki dâhilerinden kabul edilen Sydney Brenner bir biyokimyacıyı bilinmeyen bir genin bilinen enzimini, bir genetikçiyi bilinmeyen bir proteinin bilinen genini bir moleküler biyologu da her ikisini çalışan olarak tanımlamaktadır. çalışan Uygulamalı ve moleküler seviyede Biyokimya anlatan birçok kitap bulunmaktadır. Oldukça geniş kapsamlı bu kitaplar yerine
konuları daha pratik şekilde sunan “Instant notes in Biochemistry” kitabını çevirmeye karar verdik. Bu kitap ile lisans öğrencileri temel biyokimya eğitimininde konuları hızlı ve detaylarda kaybolmadan öğrenebilecektir.
Her ünite başında verilen anahtar notlar konunun özetini anlatmakta ve ilgili konular ile diğer ünitelerde üzerinde durulması gerekli alt başlıklara kolaylıkla geçilmektedir. Bu istenilen konunun gerekli detaylarına ulaşmada oldukça hızlı bir yöntemdir. Biyokimya eğitimininde kullanıcı dostu bu yöntemle karmaşık biyokimyasal ilişkilerin sindirilmesi oldukça kolaydır.
Kitabın ünitelerinin Türkçeye çevrilmesi bu konularda araştırma yapan ve alanında yetkin öğretim üyelerince titizlikle ve sabırla yapılmıştır. Kitap lisans seviyesinde temel biyokimya eğitimi için uygun olduğundan sağlık ve doğa bilimlerinin ilgili bölümlerinde faydalı olacaktır.
Kitabın Türkçeye çevrilmesi ile Biyokimya alanında fazlaca kullanılan yabancı terimlerin dilimizdeki karşılıkları kullanılmaya çalışılmıştır. Oldukça hızlı gelişen Biyokimya biliminde kullanılan terimlerin dilimizdeki karşılıklarının bulunması ve kullanılması ancak çevrilen / hazırlanan kitaplar ile başarılabilecektir. Bu aşamalı da olsa Türkçemizin bilim dilinde yerini almasını sağlamaktadır.
Yusuf TUTAR
Hikmet GEÇKİL
Mehmet KARATAŞ
2009
Nanopartiküller ve immun sistem; etkileri ve güvenilirlikleriSema Arısoy
Son yıllarda etkin maddelerin yan etkilerini azaltmak ve hedeflendirme sağlamak için nanopartiküler ilaç sistemleri geliştirilmiştir. Ancak bu sistemler insan vücudunda her zaman istenen etkiyi sağlayamamaktadır. Bunun nedenlerinden biride immun sistemdir.
BİR GRUP SENTETİK VE BİTKİSEL SEKONDER BİLEŞİĞİN MEMELİ UBİKİTİN PROTEAZOM Sİ...Mustafa ULGEY
Ubikitin, tüm ökaryotik hücrelerde bulunan, primer yapısı yüksek oranda korunmuş, ısıya dayanıklı, 76 amino asitlik bir polipeptittir. Ubikitin hedef proteinlere ubikitinasyon adı verilen posttranslasyonal bir reaksiyon ile kovalent olarak bağlanır. Bir protein, bir veya daha fazla lizini üzerinden bir ubikitin monemeri ile konjuge olabileceği gibi (monoubikitinasyon), lizin uzerinden bağlanmış ubikitin zincirleri ile de (poliubikitinasyon) bağlanabilir. Sadece dört veya daha fazla ubikitinin 48. lizin (K48) üzerinden oluşmuş poliubikitin zinciri ile modifiye olmuş proteinler proteazoma sevk edilir.
Proteazom tripsin benzeri, kimotripsin benzeri ve kaspaz benzeri olmak üzere 3 enzim aktivitesi gösterir. Bu aktiviteler sonucu poliubikitine proteinleri yıkma eğilimindedir. Bu sistemde oluşacak bozukluklar, inflamasyon, immün bozukluklar, kistik fibröz, viral enfeksiyon, diyabet ve kalp hastalıkları gibi birçok hastalığa öncülük eder.
Kanser üzerine yapılan çalışmalarda son yıllarda proteazom inhibisyonuna olan ilgi artmıştır. Bunun temelini büyük ölçüde Bortezomib’in klinikteki başarısı oluşturmaktadır. Bortezomib özellikle Multipl miyelomada etkili olsade geniş antitümöral aktivitesi ile prostat ve meme kanserinde de kullanılmaktadır. Bunun yanında laktasistin gibi birçok doğal proteazom inhibitörleri üzerinde durulmuştur.
Bizim çalışma amacımız bazı sentetik ve doğal sekonder metabolitlerin meme kanserinde antiproteazomal aktivitesinin taranmasıdır. Asteraceae familyasından olan Centaurea urvillei DC. subsp. Urvillei ’den izole edilen 14 madde ve N-(sübstitüe)-fenil-2-(açilamino)asetamid, propanamit ve sülfonamit grubu 14 sentetik bileşik çalışmada kullanılmıştır.
Çalışma sonucunda özellikle bitkisel metabolitlerde aktivite gözlenmiş ve kamferol ve apigenin’in meme kanserinde apoptozisi indüklediği tespit edilmiştir. Bu da bu bileşiklerin antiproteazomal aktivite yoluyla meme kanserinde umut verici ilaç aday molekülleri olabileceğini göstermiştir.
İleride yapılacak çalışmalar ile, söz konusu bileşiklerin antiproteazomal etkilerinin meme kanserine spesifik olup olmadığı, diğer kanserlerdeki etkinliği incelenerek tespit edilmeye çalışılacaktır. Antiproteazomal etkinliğinin tüm proteazom substratlarda mı etkin olduğu yoksa bazı spesifik substratlara mı etki ettiği, ayrıca proteazomun hangi enzimatik aktivitesinin inhibe edildiği gelecekte yapılması planlanan çalışmalardır.