Sistem pernafasan moluska bergantung pada habitatnya, yaitu apakah di laut, air payau, air tawar atau darat. Moluska laut bernafas menggunakan insang, sedangkan yang di darat menggunakan paru-paru. Cephalopoda mengatur aliran udara ke insangnya secara ritmis menggunakan otot mantel. Siput air tawar memiliki rongga mantel yang berfungsi sebagai paru-paru.