Metabolisme protein melibatkan sintesis dan degradasi asam amino. Terdapat 20 asam amino esensial untuk kesehatan yang berasal dari protein makanan. Defisiensi beberapa asam amino dapat menyebabkan penyakit seperti kwasiorkor dan marasmus. Katabolisme asam amino menghasilkan senyawa antara seperti piruvat dan asetil CoA melalui berbagai enzim.