The document provides an overview of natural rubber, including its sources, properties, uses, and production process. It defines natural rubber as a natural polymer obtained from the latex of the rubber tree. Key points include natural rubber's monomer (isoprene), how coagulation occurs through acid/base reactions, the vulcanization process involving sulfur to improve properties, and natural rubber's contributions to Malaysia's economy through industries like rubber gloves.
Paul wrote this letter to the Philippians to express his appreciation for their support and concern for him while he was imprisoned. He discusses his joy despite difficulties and encourages the Philippians to remain unified and steadfast in their faith. Paul provides the examples of Jesus Christ's humility, Timothy's faithful service, and Epaphroditus's dedication as models to follow. He exhorts the Philippians to think on things that are virtuous and praiseworthy in order to experience the peace of God. Throughout the letter, Paul emphasizes maintaining a positive attitude and finding joy in all circumstances through one's relationship with Christ.
The document discusses the Christian doctrine of the Trinity, which holds that God exists as three persons - the Father, Son, and Holy Spirit - but is singular in essence. It provides biblical support for the Trinity from both the Old and New Testaments. Examples are given to help illustrate the concept of three persons in one God, such as the tri-parts of man (body, soul, spirit). The key aspects of the Trinity, like co-equality and distinct roles of the persons, are explained.
- The document discusses the divided kingdom of Israel after King Solomon's reign. It summarizes how the kingdom split into the northern kingdom of Israel and the southern kingdom of Judah after Solomon's son Rehoboam became king.
- It then provides biblical examples of how division has occurred throughout scripture according to God's will to separate people, as well as lessons about keeping separate from the world as God's ecclesia while awaiting unity in God's kingdom.
- The key events that led to the divided kingdom are summarized, including the reigns and numbers of kings in both Israel and Judah, and how they were held accountable before ultimately falling or being conquered.
1. The document discusses three main questions regarding human evolutionary genetics: the debate between hybridization models vs. the Southern dispersal route out of Africa, the coevolution of cultural and biological diversity, and challenges to the persistence of racial paradigms given genomic data.
2. Regarding the first question, the author notes several problems with hybridization hypotheses and presents evidence supporting an earlier dispersal of modern humans out of Africa via a Southern route, avoiding contact with Neanderthals.
3. For the second question, the author reviews evidence that increases in brain size did not necessarily correlate with genes associated with cognitive functions, and that cultural and linguistic changes likely evolved in parallel with biological changes.
4.
The document provides an overview of natural rubber, including its sources, properties, uses, and production process. It defines natural rubber as a natural polymer obtained from the latex of the rubber tree. Key points include natural rubber's monomer (isoprene), how coagulation occurs through acid/base reactions, the vulcanization process involving sulfur to improve properties, and natural rubber's contributions to Malaysia's economy through industries like rubber gloves.
Paul wrote this letter to the Philippians to express his appreciation for their support and concern for him while he was imprisoned. He discusses his joy despite difficulties and encourages the Philippians to remain unified and steadfast in their faith. Paul provides the examples of Jesus Christ's humility, Timothy's faithful service, and Epaphroditus's dedication as models to follow. He exhorts the Philippians to think on things that are virtuous and praiseworthy in order to experience the peace of God. Throughout the letter, Paul emphasizes maintaining a positive attitude and finding joy in all circumstances through one's relationship with Christ.
The document discusses the Christian doctrine of the Trinity, which holds that God exists as three persons - the Father, Son, and Holy Spirit - but is singular in essence. It provides biblical support for the Trinity from both the Old and New Testaments. Examples are given to help illustrate the concept of three persons in one God, such as the tri-parts of man (body, soul, spirit). The key aspects of the Trinity, like co-equality and distinct roles of the persons, are explained.
- The document discusses the divided kingdom of Israel after King Solomon's reign. It summarizes how the kingdom split into the northern kingdom of Israel and the southern kingdom of Judah after Solomon's son Rehoboam became king.
- It then provides biblical examples of how division has occurred throughout scripture according to God's will to separate people, as well as lessons about keeping separate from the world as God's ecclesia while awaiting unity in God's kingdom.
- The key events that led to the divided kingdom are summarized, including the reigns and numbers of kings in both Israel and Judah, and how they were held accountable before ultimately falling or being conquered.
1. The document discusses three main questions regarding human evolutionary genetics: the debate between hybridization models vs. the Southern dispersal route out of Africa, the coevolution of cultural and biological diversity, and challenges to the persistence of racial paradigms given genomic data.
2. Regarding the first question, the author notes several problems with hybridization hypotheses and presents evidence supporting an earlier dispersal of modern humans out of Africa via a Southern route, avoiding contact with Neanderthals.
3. For the second question, the author reviews evidence that increases in brain size did not necessarily correlate with genes associated with cognitive functions, and that cultural and linguistic changes likely evolved in parallel with biological changes.
4.
1. The document compares genetic and linguistic diversity in Europe and finds some correlations between the two.
2. Structural features of languages may provide a better basis for comparison than vocabulary. Principal component analysis of genetic and linguistic data show some similarities in clustering.
3. Recent population mixing can account for some inconsistencies between the genetic and linguistic patterns. Overall, geography, genetics, and language are interrelated but influenced by separate evolutionary processes over long time periods.
This document summarizes research on human genetic population structure and diversity. The key points are:
- 85% of human genetic variation exists within populations, 10% among continental groups, and 5% among populations within the same continent.
- Clustering analyses of genetic data yield inconsistent groupings depending on the traits or markers used, and populations form a continuous gradient without clear boundaries.
- The patterns of genetic diversity are consistent with an origin of modern humans in Africa followed by serial founder effects during dispersal, around 56,000 years ago.
1. The human genome is very similar to the chimpanzee genome, with individual genetic diversity among humans being the lowest of all primates.
2. While population differences among humans are also relatively low, genetic studies show inconsistent clustering of genotypes across genes and loci.
3. Models of human migration out of Africa best explain observed genetic patterns, with gradients of diversity correlated with distance from Africa.
Perché alle Olimpiadi le gare di sprint le vincono sempre atleti caraibici, le maratone gli africani dell'est, che però nel nuoto non combinano niente? Non sarà che ci sono differenze razziali? La risposta, ancora una volta, è no.
Seminario di Cultura Digitale - mercoledì 17 maggio 2017
Aula Seminari EST - Dip. di Informatica - ore 14:15
Vincenzo Palleschi (Istituto di Chimica dei Composti Organometallici – CNR)
Lo studio del genoma umano: un nuovo strumento per la Storia e l’Archeologia
La scoperta del DNA risale ai primi anni ’50 del secolo scorso, ma solamente da pochi anni, con il completamento del Progetto Genoma Umano, si è finalmente trovata la chiave per la sua completa decrittazione. L’analisi delle informazioni contenute nel DNA è complessa, a causa dall’enorme quantità di dati che sono codificati in questa molecola. Complessi algoritmi informatici hanno comunque consentito di estrarre importanti informazioni dallo studio del genoma umano. Analizzando le mutazioni casuali del DNA, è possibile ricostruire con precisione la storia dell’evoluzione dell’umanità negli ultimi 150.000 anni e delle migrazioni che hanno portato l’Uomo a popolare tutta la Terra. Il DNA dell’Homo sapiens contemporaneo mantiene anche traccia dell’incontro con altre specie di Homo prodotte da linee evolutive parallele, e dei complessi rapporti che si sono con loro instaurati. Nel corso del seminario discuteremo dei principali strumenti analitici ed informatici per l’analisi del DNA, e ne commenteremo l’importanza per gli studi Storici e Archeologici.
1. The document compares genetic and linguistic diversity in Europe and finds some correlations between the two.
2. Structural features of languages may provide a better basis for comparison than vocabulary. Principal component analysis of genetic and linguistic data show some similarities in clustering.
3. Recent population mixing can account for some inconsistencies between the genetic and linguistic patterns. Overall, geography, genetics, and language are interrelated but influenced by separate evolutionary processes over long time periods.
This document summarizes research on human genetic population structure and diversity. The key points are:
- 85% of human genetic variation exists within populations, 10% among continental groups, and 5% among populations within the same continent.
- Clustering analyses of genetic data yield inconsistent groupings depending on the traits or markers used, and populations form a continuous gradient without clear boundaries.
- The patterns of genetic diversity are consistent with an origin of modern humans in Africa followed by serial founder effects during dispersal, around 56,000 years ago.
1. The human genome is very similar to the chimpanzee genome, with individual genetic diversity among humans being the lowest of all primates.
2. While population differences among humans are also relatively low, genetic studies show inconsistent clustering of genotypes across genes and loci.
3. Models of human migration out of Africa best explain observed genetic patterns, with gradients of diversity correlated with distance from Africa.
Perché alle Olimpiadi le gare di sprint le vincono sempre atleti caraibici, le maratone gli africani dell'est, che però nel nuoto non combinano niente? Non sarà che ci sono differenze razziali? La risposta, ancora una volta, è no.
Seminario di Cultura Digitale - mercoledì 17 maggio 2017
Aula Seminari EST - Dip. di Informatica - ore 14:15
Vincenzo Palleschi (Istituto di Chimica dei Composti Organometallici – CNR)
Lo studio del genoma umano: un nuovo strumento per la Storia e l’Archeologia
La scoperta del DNA risale ai primi anni ’50 del secolo scorso, ma solamente da pochi anni, con il completamento del Progetto Genoma Umano, si è finalmente trovata la chiave per la sua completa decrittazione. L’analisi delle informazioni contenute nel DNA è complessa, a causa dall’enorme quantità di dati che sono codificati in questa molecola. Complessi algoritmi informatici hanno comunque consentito di estrarre importanti informazioni dallo studio del genoma umano. Analizzando le mutazioni casuali del DNA, è possibile ricostruire con precisione la storia dell’evoluzione dell’umanità negli ultimi 150.000 anni e delle migrazioni che hanno portato l’Uomo a popolare tutta la Terra. Il DNA dell’Homo sapiens contemporaneo mantiene anche traccia dell’incontro con altre specie di Homo prodotte da linee evolutive parallele, e dei complessi rapporti che si sono con loro instaurati. Nel corso del seminario discuteremo dei principali strumenti analitici ed informatici per l’analisi del DNA, e ne commenteremo l’importanza per gli studi Storici e Archeologici.
Presentazione divulgativa sul Progetto Microbioma Italiano tenuta in occasione del workshop sui microorganismi organizzato dalla SIP (Soc. Italiana Protistologia) a Pineto (TE), settembre 2016
Impara i concetti, gli strumenti e le tecniche per esplorare il registro fossile! La presentazione fa parte del corso di Paleontologia tenuto da Andrea Baucon presso l'Università di Trieste.
---
Learn the concepts, tools and techniques to explore the fossil record! The presentation is part of the palaeontology course taught by Andrea Baucon at the University of Trieste, Italy.
I progressi tecnologici raggiunti nel campo delle strategie di sequenziamento degli acidi nucleici ("Next Generation Sequencing", NGS) permettono oramai di ottenere con facilità le informazioni contenute all’interno dell’intero genoma umano. Ma solo una piccola percentuale (stimata a 1,6%) del genoma umano viene tradotto nelle proteine che fanno funzionare il corpo umano. Il sequenziamento esomico ("Whole exome sequencing") si concentra proprio sulle parti del genoma che codificano le proteine ("i geni") perché la ricerca di varianti in tali regioni permette di trovare le modificazioni funzionali delle proteine che sono associate a malattie. Dovendo sequenziare solo circa 1/60 dell’intero genoma si ha la possibilità di avere una migliore accuratezza e di ridurre tempi e costi del sequenziamento. Per questo motivo il sequenziamento esomico è diventato uno dei metodi di diagnosi genetica più utilizzato dai medici (sopratutto nel caso in cui non ci siano ipotesi sui geni coinvolti nella malattia).
2. DNA antico
1.Breve storia degli studi di DNA antico (1985-2014)
2.Tecniche per lo studio del DNA antico
3.Un esempio: le mummie di Linzi
4.Modelli di storia demografica umana
5.Cosa ci dice il DNA di Neandertal?
4. 1984. In Allan Wilson’s laboratory, the mtDNA sequence is
determined of an extinct Mammal, the quagga, and its systematic
position
5. 1985. Svante Pääbo obtains the first ancient human sequence,
from an Egyptian mummy
1989. A replication of the experiments shows that the 1985 sequence
contained two errors
6. 1994. Svante Pääbo and Bryan Sykes extract and type the mtDNA
of the Similaun iceman (Ötzi)
Further DNA analyses lead to identification of his parasites and to
reconstruction of the main component of his diet.
7. 1994. Scott Woodward announces to have sequenced DNA from
an 80-million-years-old Dinosaur bone
1995. S. Blair Hedges, Svante
Pääbo and Marc Allard
demonstrate that Woodward
really amplified human DNA
8. 1997. In Svante Pääbo’s lab the first Neandertal mtDNA sequence
is typed, very different from modern human sequences
9. Location of the main Neandertal samples from which amplifiable
DNA was obtained
10. Briggs et al. (2009)
mtDNA trees place Neandertals out of the range of modern
human variation
11. 2005. The evolutionary relationships of the sabretooth tiger
(Smilodon) are identified in Alan Cooper’s lab
12. 2006. Hendrik Poinar’s mtDNA analysis shows a closer
relationship between Mammoth and Asian elephant than
between the two elephant species
13.
14. 2006. Edward Rubin’s and Svante Pääbo’s labs publish,
respectively, 60,000 and 1 million base nuclear sequences of a
Neandertal individual
15. 2007. Wall and Kim demonstrate errors in the 1 million base
Neandertal nuclear sequence
Estimates of the divergence
time for Neandertals and
Europeans
16. 2003, 2008. The mtDNA of the anatomically modern Cro-Magnon
people is shown to differ from the mtDNA of the almost
contemporary Neandertal people
17. Green et al. (2007)
2007. First draft of Neandertal genomic DNA
18. 2010. A new human species, Denisovans, identified from DNA
evidence
19. Tecniche per lo studio del DNA antico
1. Estrazione
2. Prima amplificazione
3. Clonaggio
4. Seconda amplificazione e sequenziamento
22. Mettere 1 gr di polvere d’osso in un tubo da centrifuga di
polipropilene da 15 ml e aggiungere:
3.5 ml di SSC 1X con Pipetus
SDS 10% pari allo 0.5% del volume finale (175 µl) con una
P1000
Chiudere bene i tubi e mescolare su rotore per 5 minuti a
temperatura ambiente
Aggiungere un volume equivalente di fenolo saturo in Tris-HCl
pH 8
Mescolare su rotore per 45 minuti a temperatura ambiente
Mettere in centrifuga per 15 minuti a 5500 rotazioni per minuto
(rpm) e a 4°C
Recuperare il surnatante (fase acquosa) e metterlo in un nuovo
tubo da 15 ml pulito
Aggiungere un volume equivalente di fenolo-cloroformio-alcool
isoamilico saturo in Tris-HCl pH 8
Mescolare su rotore per 5 minuti a temperatura ambiente
Centrifugare per 10 minuti a 4000 rpm e a 4°C
Recuperare il surnatante e metterlo in un nuovo tubo da 15 ml
pulito
Aggiungere un volume equivalente di cloroformio-alcool
isoamilico
Mescolare su rotore per 5 minuti a temperatura ambiente
Centrifugare per 10 minuti a 4000 rpm e a 4°C
Recuperare il surnatante (circa 2 ml) in cui è contenuto il DNA, e
Estrazione con il metodo del fenolo-cloroformio
24. La PCR aumenta esponenzialmente il numero di
molecole di DNA
Occorre conoscere almeno in parte la sequenza nucleotidica del
frammento di DNA che vogliamo amplificare, e in particolare le
sue estremità:
25. 1) Denaturazione a
94°C
2) Appaiamento dei
primers a 50-60°C
3) Estensione a 72°C
Il meccanismo della PCR
29. Con la clonazione si creano copie identiche (cloni) di un
frammento di DNA
DIFFERENZE con la PCR:
• è una reazione in vivo
→ sfrutta l’apparato di replicazione del DNA delle cellule batteriche
non necessita nessuna conoscenza a priori della sequenza del frammento di DNA da
clonare
→ non si usano primers
• è un processo più accurato
→ le copie di DNA ottenute sono esattamente identiche l’una all’altra
→ sistemi di ‘correzione degli errori’ cellulari
30. Come funziona il clonaggio del DNA?
1. Il DNA da clonare viene tagliato con
un enzima di restrizione
4. Il PLASMIDE RICOMBINANTE viene
inserito in una cellula batterica e al suo
interno si duplica
2. inserito in un plasmide tagliato
con lo stesso enzima
3. ad opera della LIGASI o della
TOPOISOMERASI
ENZIMA di RESTRIZIONE
PLASMIDE
LIGASI -
TOPOISOMERASI
PLASMIDE RICOMBINANTE
CELLULA BATTERICA
31. Clonaggio negli studi di DNA antico
Negli estratti di DNA sono presenti più copie di ogni regione del genoma →
dipende dal numero di cellule del tessuto di partenza
In un estratto ottenuto da un reperto antico alcune copie di una determinata
regione sono integre, altre sono degradate:
ATTGC ATTCGC
TAACGTTAAGCG
ATTGC ATTCGC
TAACGTTAAGCG
ATTGC ATTCGC
TAACGTTAAGCG
ATTGCAATTCGC
TAACGTTAAGCG
ATTGCAATTCGC
TAACGTTAAGCG
35. Distribuzione geografica dei 6 gruppi nel continente asiatico centro-orientale.
I 3 blocchi di Linzi, che rappresentano 3 periodi storici distinti, sono molto diversi tra di loro
Distribuzione geografica degli alleli mitocondriali
38. CAMPIONI ANALIZZATI MINOR DISTANZA GENETICA
Linzi: campioni di sangue
prelevato da 50 abitanti moderni
Mongoli, Giapponesi, Coreani…
Linzi (sito di Yixi):
reperti umani di 2000 anni fa
Kirghizi, Kazaki, Uighuri…
Linzi (sito di Liangchun):
63 reperti umani di 2500 anni fa
Turchi, Islandesi, Finlandesi…
C’è una buona affinità genetica negli attuali abitanti di Linzi con le moderne
popolazioni orientali (Mongoli, Giapponesi, Coreani…)
Diversa è la situazione mostrata dai reperti di 2000 anni fa, i quali indicano una
somiglianza con le popolazioni centro asiatiche (Kirgizi, Kazaki, Uighurs…)
Ancor più singolare è la situazione indicata dai reperti di 2500 anni fa, con la minor
distanza genetica verso popolazioni europee (Turchi, Islandesi, Finlandesi…)
39. Il background genetico dei 3 blocchi di reperti studiati è sostanzialmente diverso e si
presenta ben distinto sui vari blocchi
Andando indietro nel tempo si ha una variazione nella struttura genetica, che diventa
più simile a quella delle popolazioni oggi dislocate nell’Asia centrale e in Europa
I periodi storici considerati furono epoche molto travagliate: durante l’epoca dei
“Regni combattenti” Linzi, capitale del regno feudale di Quin, conquistò altri regni,
formando il primo nucleo di quello che sarà, in Cina, il futuro Celeste impero. E’ lecito
supporre che vi fu un notevole rimescolamento nella popolazione, dovuto alle inevitabili
deportazioni e migrazioni di un gran numero di persone
Una popolazione simil-europea doveva vivere nella zona di Linzi, 2500 anni fa, ma, 500
anni dopo, la situazione era già parecchio cambiata, con una struttura genetica più simile
a quella delle attuali popolazioni centro-asiatiche
In conclusione
40. Coon: 5 sottospecie nella nostra specie
“A subspecies meets
two tests: (1) it
occupies a distinct
geographical territory;
(2) it differs from other
subspecies in
measurable
characteristics to a
considerable degree”.
41. L’ipotesi del candelabro
(Coon)
• Le razze umane si sono
separate molto tempo fa
(>500 mila anni fa) e si
sono evolute in sostanziale
isolamento
Differenze attese fra continenti: molto grandi
Neandertal diretti antenati degli europei
Neandertal
42. L’ipotesi multiregionale
(Wolpoff)
• I gruppi umani si sono
separati molto tempo fa (1
milione di anni fa) e si sono
evoluti come una sola specie
attraverso continui scambi
migratori
Differenze attese fra continenti: grandi
Neandertal diretti antenati degli europei, almeno in buona parte
Neandertal
43. L’ipotesi out-of-Africa
(Stringer)
• I gruppi umani che si sono
separati molto tempo fa (>1
milione di anni fa) sono stati
rimpiazzati di recente da un
gruppo uscito dall’Africa
Neandertal
Differenze attese fra continenti: piccole
Nessuna relazione genealogica fra Neandertal ed europei
45. Contributo genetico delle popolazioni africane ai pool
genici non africani secondo i quattro modelli
46. Fagundes et al. (2007)
Models with an African population replacing previous human
continental groups explain genetic data better than any
alternative models
47.
48. Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived
in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years
ago.
We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more
than 4 billion nucleotides from three individuals.
Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day
humans from different parts of the world identify a number of genomic
regions that may have been affected by positive selection in ancestral
modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive
and skeletal development.
We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day
humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa,
suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-
Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each
other.
Riassunto
49. 1. In tutti i campioni, test per la presenza di mtDNA neandertaliano
2. mtDNA di Vi33-26 e Vi33-16 indistinguibili, ma diff(entro) < diff(tra)
3. Piattaforma 454, selezionate sequenze con un match migliore con i primati che
con qualunque altro organismo (contaminazione batterica)
4. Fra il 95% e il 99% di sequenze provengono da non primati
5. Arricchimento delle libraries con enzimi che tagliano preferenzialmente i genomi
batterici
6. Prevalente selezione di regioni ricche di GC
Analisi preliminari
50. Sequenziamento e allineamento del genoma
1. Circa 4 miliardi di bp sequenziate
2. Sequenze allineate con le sequenze di riferimento umane o di scimpanzè
3. Ogni frammento sequenziato su entrambe le eliche, e in genere più di una volta
4. Contaminazione inferiore allo 0.5%
5. Sequenze aggiuntive (in quantità molto minore) da 3 altri campioni neandertaliani
6. Cinque sequenze moderne ex-novo: San, Yoruba, Papua NG, Han, Francese
51. Divergenza da umani moderni
Divergence human-Neandertal = 12.7% (11.9 to
12.4% for the X-chromosome). Assuming a DNA
divergence of 6.5 Myears between human and
chimpanzee genomes, point estimate for the
average divergence of Neandertal and modern
human autosomal DNA sequences of 825,000
years.
At the genomic, but not mtDNA, level,
Neandertals fall inside the variation of present-
day humans.
52. Mutations in several genes in Table 3 have been associated
with diseases affecting cognitive capacities. It may thus be
that multiple genes involved in cognitive development
were positively selected during the early history of modern
humans.
53. Mescolanza fra Neandertal e moderni
1. Identified SNPs by comparing one randomly chosen sequence from each of two
present-day humans and asking if the Neandertals match the alleles of the two individuals
equally often (H0, expected if gene flow between Neandertals and modern humans
ceased before differentiation between present-day human populations began
2. H0 insensitive to demographic history. When single chromosomes are analyzed in two
present populations, differences in demographic histories in the two populations will not
affect the results even if they may profoundly influence allele frequencies.
3. Under the alternative model (H1) of later gene flow between Neandertals and modern
humans, we expect Neandertals to match alleles in individuals from some parts of the
world more often than the others.
4. Analysis restricted to biallelic SNP where two humans carry different alleles and
Neandertals carry the derived (non-chimp) allele.
5. Comparison with 2 Eur. Americans, 2 East Asians, 4 Yoruba from HapMap ??
54. Il test D di introgressione a quattro taxa (ABBA – BABA)
Pop 1 Pop2 Neand Outgr Pop1 Pop2 Neand Outgr
Se i livelli di somiglianza genetica con Neandertal sono uguali per Pop1 e Pop2, E(D) = 0.
D>0 suggerisce introgressione con Pop 2, D<0 suggerisce introgressione con Pop1
56. Segmenti di genoma neandertaliano in genomi non africani
1. Statistic: D= Difference in shared alleles shared with Neandertals between two
humans.
2. D(Asia-Europe) = -0.53, P=0.25
3. D(Europe-Africa) = 4.57, D(Asia-Africa) = 4.81, both P<10-12
4. The greater genetic proximity of Neandertals to Europeans and Asians than to
Africans is seen no matter how we subdivide the data: (i) by individual pairs of
humans, (ii) by chromosome, (iii) by transitions or transversions, (iv) by
hypermutable CpG versus all other sites, (v) by Neandertal sequences shorter or
longer than 50 bp.
5. Contamination of the Neandertal sequences with non-African DNA? However,
the magnitude of contamination necessary to explain the Europe-Africa and Asia-
Africa comparisons are both over 10% and thus inconsistent with estimates of
contamination in the Neandertal data, all below 1%
57. Quattro processi che potrebbero spiegare i dati
Between 1 and 4% of the genomes of
people in Eurasia are derived from
Neandertals
1. Da erectus a Neandertal
2. Da tardi Neandertal ai primi
europei o asiatici
3. Da Neandertal agli antenati di tutti
i non africani
4. Antica struttura di popolazione,
conservata da prima dell’origine
dei Neandertal
58. Forse nel nostro genoma ci sono le tracce di
un’ibridazione con forme umane scomparse?
59. Forse nel nostro genoma ci sono le tracce di
un’ibridazione con forme umane scomparse?
Stoneking and Krause (2011) Nature Rev Genet 12: 603-614
60. Abi-Rached et al. (2011) Science 334: 89-94
Population Freq.
Papua Wosera 20.5 %
Australia Kimberley 8.3 %
China Yunnan 9.0 %
Israeli Jews 3.0 %
Albanians 2.5 %
Finnish 1.1 %
Ibridazioni a più non posso
61. Una possibile distribuzione delle forme umane, 70
mila anni fa
floresiensis
sapiens
erectus
neandertalensis
denisova
62. Campioni neandertaliani studiati a livello genetico
Testing for genetic continuity between Neandertals and
modern Europeans by coalescent simulation and ABC
69. % of model attribution
MOD1 MOD2 MOD3 MOD4
Type I
error
SIMULATED
MODEL
MOD1 0.992 0.005 0.003 0 0.008
MOD2 0.031 0.947 0.009 0.012 0.052
MOD3 0.015 0.022 0.962 0.001 0.038
MOD4 0.002 0.031 0.002 0.963 0.035
Table 3.
Power of the AR procedure to recover the true model, estimated as the
proportion of cases in which data generated by the models listed on the Y-axis
were attributed to the models listed on the X-axis . Type I error , in the last
column, is the fraction of cases in which the true model was not identified.
72. Henn et al. (2012) Proc Natl
Acad Sci USA 109: 17758-17764
Scally and Durbin (2012)
Nature Rev Genet 13: 745-753
73.
74.
75. Se gli antenati dei papuani sono arrivati prevalentemente attraverso la
Southern route, sono passati a 1500 km dal Neandertal più vicino con cui
ibridarsi
Qualche ipotesi migliore?
I modelli di ibridazione hanno un piccolo problema
76. E se contasse la struttura della popolazione antica?
Neandertals
Ancestors of Eurasians
Ancestors of Africans