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Capitolo 14
                    Mappe genetiche
                     negli eucarioti




http://web.unife.it/progetti/genetica/Guido/index.php?lng=it&p=4




          Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Domande 14
• Che conseguenze sulla trasmissione degli alleli ha il
  fatto che i geni (loci) sono tanti, stanno sui
  cromosomi, e i cromosomi sono pochi?
• Che conseguenze genetiche hanno gli scambi fra
  cromosomi omologhi alla meiosi?
• Con che frequenza avvengono questi scambi?
• Queste frequenze ci dicono qualcosa sulla posizione
  reciproca dei loci sul cromosoma?

    Incrocio a tre punti
Trasmissione congiunta di alleli sul cromosoma X (Morgan 1911)




              E’ come un reincrocio




Figura 14.1

                   Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
E quindi:
Se prevalgono nella F2 i fenotipi parentali, la trasmissione
dei due geni non è indipendente: geni associati sul
cromosoma

Se compaiono nella F2 fenotipi non parentali,
l’associazione dei geni sul cromosoma non è completa, e
gli alleli possono essere riassortiti da fenomeni di
ricombinazione
Come indicare alleli associati


                            A      B

                         a+ b          a b
                         a b+          a+ b+
Disposizione degli alleli: trans    cis
                      (repulsion) (coupling)

La posizione occupata da un allele di un certo gene sul
cromosoma si chiama locus, e si indica in genere con la
lettera maiuscola
Cromosomi (e fenotipi)
       parentali e ricombinanti
            A    a           a    a
                      X
            b    B           b    b




Combinazioni di alleli nella progenie:
Ab, aB = parentali      AB, ab = ricombinanti
Esperimento di Barbara McClintock
          (1931) in Zea mais

 C: seme colorato,
 c: non colorato
 Wx: amido normale,
 wx: amido waxy


Anche: carnation, Bar in
Drosophila
Esperimento di Stern:
                                         Relazione fra scambio di
                                         materiale cromosomico e
                                         ricombinazione genetica in
                                         Drosophila




Figura 14.2

              Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Il mezzo ideale per studiare
      associazione e ricombinazione
      è il reincrocio




Figura 14.3

                    Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Reincrocio
Aa Bb X aa bb

Frequenze fenotipiche: AB Ab    aB ab TOT
Osservate              78 122   118 82 400
Attese                100 100   100 100 400

                  Difetto   Eccesso Difetto
Reincrocio
 Aa Bb X aa bb

 Frequenze fenotipiche: AB Ab        aB ab TOT
 Osservate              78 122       118 82 400
 Attese                100 100       100 100 400

 I fenotipi Ab e aB sono presenti in frequenze superiori
 all’attesa
 Perciò Ab e aB sono i fenotipi parentali:
      A     b                  A      B

     a    B                     a     b
La distanza fra locus A e locus B è d = NR / NT =
=(78+82)/400 = 0,4 e cioè 40 cM
Se tutti i cromosomi subiscono crossing-over alla
 meiosi, la frequenza di ricombinazione è del 50%
Cioè la stessa frequenza che si osserva se i geni sono indipendenti




   La frequenza di ricombinazione è metà della frequenza
                       di crossing over
Mappe genetiche

Se il crossing over si verifica in punti casuali del cromosoma,
la ricombinazione sarà più frequente fra loci distanti e meno
fra loci vicini
            A    B                           C




      bassa probabilità    alta probabilità
      di crossing over     di crossing over

La percentuale di ricombinanti può essere utilizzata per
quantificare la distanza fra loci associati:
1 Morgan (1 M) = 100% di ricombinazione
1 centiMorgan (1 cM) = 1% di ricombinazione
Costruzione di mappe genetiche 1




                    b   ci                 B       Ci
                    b   ci             x   b         ci


         B     Ci       b         ci       B           ci   b        Ci

         nero,          grigio,                nero,             grigio,
b   ci
         cinabro        rosso                  rosso            cinabro

         430            419                     40                 44

         TOT=933
Costruzione di mappe genetiche 2

nero,         grigio,      nero,       grigio,
cinabro       rosso        rosso       cinabro

 430           419          40            44     TOT=933


d = NR / (NP + NR) dB-Ci = 84 / 933 = 0.09
   9 cM (centiMorgan) o 9 um (unità di mappa)
Si può studiare, con lo stesso
                                      metodo, anche l’associazione
                                      fra fenotipi e marcatori del DNA




Figura box 14.1

                  Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Figura box 14.2

                  Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Incrocio a tre punti
Tre caratteri in Drosophila




                                Vermillion (v)

Crossveinless (cv)




                     Cut (ct)
Incrocio a tre punti
v v cv cv ct ct X v+ v+ cv+ cv+ ct+ ct+
Starting with the v and cv loci, we see that the recombinants are of
genotype v · cv and v+ · cv+ and that there are 45 + 40 + 89 + 94 = 268 of
these recombinants. Of a total of 1448 flies, this number gives an RF of
18.5 percent.
For the v and ct loci, the recombinants are v · ct and v+ · ct+. There are
89 + 94 + 3 + 5 = 191 of these recombinants among 1448 flies, so RF =
13.2 percent.




           L’incrocio può essere riscritto come
           v+ct cv / v ct+cv+ × v ct cv / v ct cv.
Figura 14.5

              Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Ci vogliono due crossing-over per spostare l’allele del
              locus intermedio dal cromosoma originario




Figura 14.6

                       Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Figura 14.7

              Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Figura 14.8

              Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Le distanze stimate fra loci vicini sono più accurate di
            quelle stimate fra loci lontani perché è minore la
                   probabilità di doppio crossing-over




Figura 14.9

                        Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Correzione di Haldane per l’effetto di crossing-over multipli




Figura 14.10

                       Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
Interferenza


Se i crossing over, CO, fossero indipendenti:
P(doppio CO) = P(CO v-ct) x P(CO ct-cv) =
       = 0.132 x 0.064 = 0.0084

Doppi crossing over attesi, DCA = 1448 x 0.0084 = 12
Doppi crossing over osservati, DCO = 8

 cc = coeff. di coincidenza = DCO/DCA = 0.67
 I = interferenza = 1 – cc = 0.33
Il fenomeno citologico alla base della ricombinazione è
il crossing-over
Meccanismo della ricombinazione
(Modello di Holliday, rottura ad elica singola)
Meccanismo della ricombinazione
(Modello di Holliday,rottura ad elica singola)




                         Eteroduplex: appaiamento
                         temporaneo di eliche non
                         complementari
Meccanismo della ricombinazione
(Modello di Holliday,rottura ad elica singola)
L’intervento dell’endonucleasi
può portare o non portare al
crossing-over
Holliday-junction al microscopio elettronico
Meccanismo della
   ricombinazione
(Modello di Holliday,
      risoluzioni
      alternative
  dell’eteroduplex)
Meccanismo della
    ricombinazione
 (Modello di Holliday,
  conseguenze delle
risoluzioni alternative)
Macchie gemelle in Drosophila (Stern)




           In femmine y+ sn / y sn+
Macchie gemelle




Frequenza troppo alta per essere dovute a doppia mutazione
Macchie gemelle
Crossing-over
   mitotico
Una risorsa online:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606
Mappa del Cromosoma 21
Una risorsa online:
http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/posters/chromosome/chooser.shtml
Mappa del Cromosoma 20
Mappa del Cromosoma Y
Sintesi 14
• La concatenazione dei geni, cioè la presenza di più geni sullo
  stesso cromosoma, fa sì che la loro trasmissione non sia
  indipendente
• L’associazione degli alleli sullo stesso cromosoma è modificata
  dal fenomeno (genetico) della ricombinazione, a cui corrisponde
  il fenomeno citologico del crossing-over
• La probabilità di ricombinazione è proporzionale alla distanza fra
  loci sul cromosoma; si può stimare la seconda sulla base della
  prima: mappe genetiche
• Un metodo classico per mappare i geni negli Eucarioti è
  l’incrocio a tre punti
• Il modello di Holliday descrive il meccanismo molecolare della
  ricombinazione
• Molto raramente, il crossing-over può avvenire anche durante la
  mitosi
• Col sequenziamento dei genomi si è arrivati a produrre mappe
  genetiche molto dettagliate

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14 mappe genetiche eucarioti

  • 1. Capitolo 14 Mappe genetiche negli eucarioti http://web.unife.it/progetti/genetica/Guido/index.php?lng=it&p=4 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 2. Domande 14 • Che conseguenze sulla trasmissione degli alleli ha il fatto che i geni (loci) sono tanti, stanno sui cromosomi, e i cromosomi sono pochi? • Che conseguenze genetiche hanno gli scambi fra cromosomi omologhi alla meiosi? • Con che frequenza avvengono questi scambi? • Queste frequenze ci dicono qualcosa sulla posizione reciproca dei loci sul cromosoma? Incrocio a tre punti
  • 3. Trasmissione congiunta di alleli sul cromosoma X (Morgan 1911) E’ come un reincrocio Figura 14.1 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 4. E quindi: Se prevalgono nella F2 i fenotipi parentali, la trasmissione dei due geni non è indipendente: geni associati sul cromosoma Se compaiono nella F2 fenotipi non parentali, l’associazione dei geni sul cromosoma non è completa, e gli alleli possono essere riassortiti da fenomeni di ricombinazione
  • 5. Come indicare alleli associati A B a+ b a b a b+ a+ b+ Disposizione degli alleli: trans cis (repulsion) (coupling) La posizione occupata da un allele di un certo gene sul cromosoma si chiama locus, e si indica in genere con la lettera maiuscola
  • 6. Cromosomi (e fenotipi) parentali e ricombinanti A a a a X b B b b Combinazioni di alleli nella progenie: Ab, aB = parentali AB, ab = ricombinanti
  • 7. Esperimento di Barbara McClintock (1931) in Zea mais C: seme colorato, c: non colorato Wx: amido normale, wx: amido waxy Anche: carnation, Bar in Drosophila
  • 8. Esperimento di Stern: Relazione fra scambio di materiale cromosomico e ricombinazione genetica in Drosophila Figura 14.2 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 9. Il mezzo ideale per studiare associazione e ricombinazione è il reincrocio Figura 14.3 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 10. Reincrocio Aa Bb X aa bb Frequenze fenotipiche: AB Ab aB ab TOT Osservate 78 122 118 82 400 Attese 100 100 100 100 400 Difetto Eccesso Difetto
  • 11. Reincrocio Aa Bb X aa bb Frequenze fenotipiche: AB Ab aB ab TOT Osservate 78 122 118 82 400 Attese 100 100 100 100 400 I fenotipi Ab e aB sono presenti in frequenze superiori all’attesa Perciò Ab e aB sono i fenotipi parentali: A b A B a B a b La distanza fra locus A e locus B è d = NR / NT = =(78+82)/400 = 0,4 e cioè 40 cM
  • 12. Se tutti i cromosomi subiscono crossing-over alla meiosi, la frequenza di ricombinazione è del 50% Cioè la stessa frequenza che si osserva se i geni sono indipendenti La frequenza di ricombinazione è metà della frequenza di crossing over
  • 13. Mappe genetiche Se il crossing over si verifica in punti casuali del cromosoma, la ricombinazione sarà più frequente fra loci distanti e meno fra loci vicini A B C bassa probabilità alta probabilità di crossing over di crossing over La percentuale di ricombinanti può essere utilizzata per quantificare la distanza fra loci associati: 1 Morgan (1 M) = 100% di ricombinazione 1 centiMorgan (1 cM) = 1% di ricombinazione
  • 14. Costruzione di mappe genetiche 1 b ci B Ci b ci x b ci B Ci b ci B ci b Ci nero, grigio, nero, grigio, b ci cinabro rosso rosso cinabro 430 419 40 44 TOT=933
  • 15. Costruzione di mappe genetiche 2 nero, grigio, nero, grigio, cinabro rosso rosso cinabro 430 419 40 44 TOT=933 d = NR / (NP + NR) dB-Ci = 84 / 933 = 0.09 9 cM (centiMorgan) o 9 um (unità di mappa)
  • 16. Si può studiare, con lo stesso metodo, anche l’associazione fra fenotipi e marcatori del DNA Figura box 14.1 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 17. Figura box 14.2 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 18. Incrocio a tre punti
  • 19. Tre caratteri in Drosophila Vermillion (v) Crossveinless (cv) Cut (ct)
  • 20. Incrocio a tre punti v v cv cv ct ct X v+ v+ cv+ cv+ ct+ ct+
  • 21. Starting with the v and cv loci, we see that the recombinants are of genotype v · cv and v+ · cv+ and that there are 45 + 40 + 89 + 94 = 268 of these recombinants. Of a total of 1448 flies, this number gives an RF of 18.5 percent. For the v and ct loci, the recombinants are v · ct and v+ · ct+. There are 89 + 94 + 3 + 5 = 191 of these recombinants among 1448 flies, so RF = 13.2 percent. L’incrocio può essere riscritto come v+ct cv / v ct+cv+ × v ct cv / v ct cv.
  • 22. Figura 14.5 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 23. Ci vogliono due crossing-over per spostare l’allele del locus intermedio dal cromosoma originario Figura 14.6 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 24. Figura 14.7 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 25. Figura 14.8 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 26. Le distanze stimate fra loci vicini sono più accurate di quelle stimate fra loci lontani perché è minore la probabilità di doppio crossing-over Figura 14.9 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 27. Correzione di Haldane per l’effetto di crossing-over multipli Figura 14.10 Peter J Russell, Genetica © 2010 Pearson Italia S.p.A
  • 28. Interferenza Se i crossing over, CO, fossero indipendenti: P(doppio CO) = P(CO v-ct) x P(CO ct-cv) = = 0.132 x 0.064 = 0.0084 Doppi crossing over attesi, DCA = 1448 x 0.0084 = 12 Doppi crossing over osservati, DCO = 8 cc = coeff. di coincidenza = DCO/DCA = 0.67 I = interferenza = 1 – cc = 0.33
  • 29. Il fenomeno citologico alla base della ricombinazione è il crossing-over
  • 30. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday, rottura ad elica singola)
  • 31. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday,rottura ad elica singola) Eteroduplex: appaiamento temporaneo di eliche non complementari
  • 32. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday,rottura ad elica singola)
  • 33. L’intervento dell’endonucleasi può portare o non portare al crossing-over
  • 35. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday, risoluzioni alternative dell’eteroduplex)
  • 36. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday, conseguenze delle risoluzioni alternative)
  • 37. Macchie gemelle in Drosophila (Stern) In femmine y+ sn / y sn+
  • 38. Macchie gemelle Frequenza troppo alta per essere dovute a doppia mutazione
  • 40. Crossing-over mitotico
  • 46. Sintesi 14 • La concatenazione dei geni, cioè la presenza di più geni sullo stesso cromosoma, fa sì che la loro trasmissione non sia indipendente • L’associazione degli alleli sullo stesso cromosoma è modificata dal fenomeno (genetico) della ricombinazione, a cui corrisponde il fenomeno citologico del crossing-over • La probabilità di ricombinazione è proporzionale alla distanza fra loci sul cromosoma; si può stimare la seconda sulla base della prima: mappe genetiche • Un metodo classico per mappare i geni negli Eucarioti è l’incrocio a tre punti • Il modello di Holliday descrive il meccanismo molecolare della ricombinazione • Molto raramente, il crossing-over può avvenire anche durante la mitosi • Col sequenziamento dei genomi si è arrivati a produrre mappe genetiche molto dettagliate