peptida ikatan kovalen dalam peptida penentuan struktur peptida degradasi edman analisis N-terminal Sanger Residu C-terminal

1. Elisa Umami
Ilmiyah Nur Rahmatika
Mukhamad Nasir
Rinya Laksti Dara Yolanda
Wardha Anis Sulalah
Kelompok VI

2. PEPTIDA7.7

3.  Peptida
 Peptida merupakan polimer asam amino.
 Asam amino yang menyusun peptida
dinamakan residu. Asam amino penyusun
tersebut terikat oleh ikatan peptida

4.  Peptida

5.  Peptida
 Ikatan peptida
terbentuk
antara gugus
amino dari satu
residu dengan
gugus
karboksilat dari
residu yang
lain.

6.  Peptida
Contoh: alanilserina

7.  Peptida
 Dua dipeptida yang berbeda dapat dihasilkan
dari dua asam amino yang sama tergantung
dari gugus karboksil dan amino yang bereaksi.
 Contoh : Serilalanina

8.  Peptida
Glisilvaliltirosina
 Penulisan
rumus peptida
dimulai dari
asam amino N-
terminal di
sebelah kiri
dan asam
amino C-
terminal di
sebelah kanan.

9. 7.8
IKATAN KOVALEN
DALAM PEPTIDA-
PEPTIDA

10.  Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida
 Atom N pada ikatan amida tidak bersifat basa
sebab pasangan elektron bebasnya
terdelokalisasi oleh akibat adanya tumpang
tindih dengan gugus karbonil.

11.  Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida

12.  Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida
 Ikatan disulfida mudah terbentuk karena
oksidasi ringan senyawa-senyawa tiol (R-SH).
Ikatan ini mudah direduksi ringan kembali
menjadi tiol

13.  Ikatan sulfida dapat juga terjadi di dalam satu rantai,
misalnya pada suatu nonpeptida vasopressin terjadi
jembatan disulfida
 Perhatikan juga bahwa C terminal ujung vasopressin
merupakan amida primer –CONH2 dan bukan asam
bebas
 Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida

14.  Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida

15.  Ikatan Kovalen dalam Peptida-
peptida

16. PENENTUAN STRUKTUR
PEPTIDA: ANALISIS ASAM
AMINO7.9

17.  Analisis Asam Amino
 Asam-asam amino apa
saja yang ada ?
 Berapa banyaknya
masing-masing asam
amino ?
 Bagaimana susunan asam
amino tersebut ?

18.  Dua pertanyaan pertama dapat dijawab dengan
menggunakan alat yang disebut “amino acid
analyzer”
 Alat “amino acid analyzer” merupakan
instrumen otomatis yang prinsipnya adalak teknik
analitik yang dikembangkan oleh William Stein
dan Stanford Moore
 Analisis Asam Amino

19. CARA KERJA:
 Salah satu jenis kromatografi yang
dapat digunakan untuk memisahkan
asam amino adalah resin penukar
kation
 Jika larutan asam yang mengandung
campuran asam amino dilewatkan
melalui kolom pada resin penukar ion,
asam amino akan diserap oleh resin
karena gaya tarik menarik antara gugus
sulfonat yang bermuatan negatif dan
asama amino yang bermuatan positif.
 Analisis Asam Amino

20.  Jika kolom ini dicuci dengan larutan buffer pada pH tertentu, asam
amino individu bergerak ke bawah kolom pada tingkat yang berbeda
dan akhirnya menjadi terpisah
 Setiap asam amino yang berbeda yang terelusi di ujung kolom
kromatografi direaksikan dengan ninhidrin
 Analisis Asam Amino

21. Warna yang
ditimbulkan
dideteksi
dengan
spektrometer
Kurva waktu
elusi versus
absorbansi
sperktrometer
akan dihasilkan
 Analisis Asam Amino

22.  Prolina dan
Hidroksiprolina tidak
dapat direaksikan
dengan ninhidrin,
karena gugus 𝛼-amino
merupakan amina
sekunder dan termasuk
bagian dari siklik
 Analisis Asam Amino

23.  Analisis Asam Amino

24.  Analisis asam amino yang paling umum
digunakan adalah menggunakan KCKT
(Kromatografi Cair Kinerja Tinggi) atau HPLC
(High Performance Liquid Chromatography)
 Identifikasi asam amino yang dipisahkan
menggunakan KCKT dapat dilakukan dengan
membandingkan waktu retensi sampel standar
 Analisis Asam Amino

25. PENENTUAN URUTAN
ASAM AMINO DALAM
PEPTIDA: DEGRADASI
EDMAN
7.10

26.  Degradasi Edman
 Prinsipnya : menentukan susunan asam-asam amino
dengan cara memutuskan satu residu asam amino di
N- atau C- terminal dipisahkan dan diidentifikasi
1. Residu pada ujung-N (ujung amino) protein dipotong
satu per satu dengan reaksi kimia, yaitu mereaksikan
peptida dengan fenil isosianat diikuti dengan
hidrolisis lunak menggunakan asam
2. Setelah setiap pemotongan, residu asam amino yang
telah dipotong tersebut dapat diidentifikasi
menggunakan kromatografi.
3. Prosedur tersebut diulangi untuk setiap residu asam
amino.

27.  Degradasi
Edman

28.  Degradasi Edman

29.  Degradasi Edman
 Kelemahan metode ini adalah bahwa polipeptida yang
di-sekuensing tidak dapat lebih panjang dari 50–60
residu (dapat disiasati dengan memotong-motong
polipeptida berukuran besar menjadi peptida-peptida
berukuran lebih kecil sebelum dilakukan reaksi).

30. ANALISIS N-TERMINAL
SANGER

31.  Analisis N-Terminal Sanger
 Analisis N-terminal Sanger menggunakan 2,4-
dinitroflorobenzena (DNFB). Ketika sebuah
polipeptida direaksikan dengan DNFB pada
larutan basa, reaksi subtitusi aromatik nukleofilik
akan terjadi pada gugus amino bebas dari residu
N-terminal.
 Hasil hidrolisis polipeptida adalah campuran asam
amino N-terminal yang mengandung gugus 2,4-
dinitrofenil
 Setelah asam amino terpisah dari campurannya,
maka dapat dilakukan identifikasi berdasarkan
perbandingan larutan standarnya.

32.  Analisis N-Terminal Sanger

33.  DNFB akan bereaksi dengan gugus amino
bebas dalam polpeptida termasuk pada 𝜀-
amino lisina
 Fakta inilah yang mempersulit analisi Sanger.
 Seharusnya hanya residu asam amino N-
terminal pada peptida yang akan bereaksi
dengan gugus 2,4-dinitrofenil.
 Karena kelemahan tersebut, metode
Degradasi Edman lebih banyak digunakan
 Analisis N-Terminal Sanger

34. PENENTUAN URUTAN
ASAM AMINO DALAM
PEPTIDA: RESIDU C-
TERMINAL
7.11

35.  Residu C-Terminal
 Metode yang digunakan untuk menganalisis
C-terminal menggunakan enzim
karboksipeptidase.

36. Analisis dilakukan dengan cara :
menginkubasikan polipeptida dengan
karboksipeptidase dan mengamati munculnya asam
amino yang pertama dalam larutan. Degradasi
selanjutnya akan muncul setelah residu C-terminal
pertama lepas, akan timbul C-terminal yang baru.
Proses ini akan berlanjut sampai seluruh peptida
terhidrolisis.
 Residu C-Terminal

37. Any Questions ?