Hyperchem adalah aplikasi pemodelan molekul yang memungkinkan perhitungan kimia kompleks seperti dinamika molekul dan mekanika kuantum. Program ini dapat digunakan untuk membuat sketsa 2D dan 3D molekul, optimasi geometri, dan visualisasi hasil perhitungan kimia kuantum. Hyperchem juga memiliki perpustakaan residu protein dan asam nukleat untuk pemodelan molekul besar.
Kontribusi Islam Dalam Pengembangan Peradaban Dunia - KELOMPOK 1.pptx
Hyperchem-Aplikasi-Kimia-Komputasi
1. HYPERCHEM
Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi yang relatif mudah untuk
digunakan karena sifatnya yang langsung bisa menunjukkan tampilan dari apa yang akan
kita buat. Hyperchem merupakan tools dasar dalam molecular modeling. Software ini dapat
digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam
model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll.
Program HyperChem merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh
HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem
merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah
digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga
dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan
HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia
kuantum yang lain.
HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memungkinkan
perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:
1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu
mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan
nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN
(masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari
sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB).
4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label
struktural.
6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.
Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum
(semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan
gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris
meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan
ZINDO/S.
7. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode
SCFab initio dan semiempiris.
8. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
9. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
2. a. Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
b. Display Molekul (Molecular Display)
c. Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
d. Metode Komputasi (Computational Methods)
Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? Dalam pengoperasian aplikasi ini dapat
dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah
pengoperasian aplikasi ini. Pada tutorial kali ini kita akan belajar membuat
pemodelan struktur 2-Methyl 2-Butena dengan menggunakan Hyperchem. Langkah yang
harus dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Buka aplikasi Hyperchem yang telah diinstall dengan double click pada icon
Hyperchem maka akan keluar tampilan awal Hyperchem yaitu sebagai
berikut.
2. Untuk memulai menggambar atom karbon dan ikatannya, kita klik icon Draw .
3. Selanjutnya klik menu Build lalu klik Element Default. Kemudian pilih unsur yang akan
digambar dan dalam tutorial ini adalah unsur C (karbon).
4. Setelah struktur 2-Methyl 2-Butena digambar, selanjutnya kita akan menggambar
ikatannya dengan cara meng-klik dan drag sesuai dengan struktur yang kita buat yaitu
sebagai berikut.
3. 5. Setelah struktur utama terbentuk, kita akan menambahkan atom hidrogennya dengan
cara klik menu Build lalu klik Add Hydrogens.
6. Kita juga dapat menampilkan struktur molekul yang sudah kita buat dalam bentu 3D
sehingga hasilnya akan jadi lebih bagus. Caranya adalah dengan klik menu Display lalu
klik Rendering. Silakan untuk pilih Balls and Cylinders pada Atom Rendering, atau anda
juga dapat memilih pilihan lain sesuai kehendak anda.
7. Struktur molekul yang sudah kita buat masih belum mendekati sempurna. Untuk
menyempurnakan bentuknya, silakan klik icon Invoke Model Builder .
8. Demikian tampilan dari struktur 2-Methyl 2-Butena yang kita peroleh yaitu sebagai
berikut.
4. 9. Selanjutnya kita akan melakukan optimisasi geometri dengan cara klik menu Setup lalu
klik Ab Initio kemudian klik menu Compute lalu klik Geometry Optimization. Tunggu
hingga proses selesai maka akan didapatkan tampilan sebagai berikut.
Demikian tutorial mengenai aplikasi Hyperchem. Semoga bermanfaat!
Selamat mencoba, syemangaaaaaaaat teman – teman (: