Rにおける大規模データ解析(第10回TokyoWebMining)

Rにおける大規模データ解析
～bigmemoryパッケージ～

2011年2月27日
第10回 TokyoWebMining 1st week
@sfchaos

本発表の趣旨

� Rは便利な統計解析ツールとして注目を浴びていますが，
大規模なデータを扱うことが得意ではありません．
� そこで，本発表では，大規模データを扱うパッケージの
一つであるbigmemoryとその兄弟パッケージについて紹
介します．
� HadoopやMahoutなどを使うほどではなく，かといってR
の標準機能だけでは扱いに困るほどの規模のデータを扱
う方のお役に立てれば幸いです．

2

アジェンダ

1. 自己紹介
2．Rの長所と短所
3．Rにおける大規模データ管理
4. bigmemoryパッケージを用いた並列計算
5. まとめ

3

アジェンダ

1. 自己紹介
5. まとめ

4

自己紹介

� TwitterID: @sfchaos
� 出身地: 埼玉県
� 職業：コンサルタント
� 数年間，金融工学のモデル構築・データ解析
� 最近，大規模データ解析に着手(Hadoop/Mahout)
� 学生時代の専攻は物理・応用数学(非線形力学系・カオ
ス)
※博士ではありません

5

アジェンダ

1. 自己紹介
5. まとめ

6

2.1 Rとは

� 統計計算とグラフィックスのための言語・環境
� 多様な統計手法 (線形・非線形モデル、古典的統計検定、
時系列解析、判別分析、クラスタリング等) とグラ
フィックスを提供
� フリーソフトであり，近年，大いに注目を集めている

7

2.2 Rの長所(の一例)

� ベクトルや行列等のオブジェクトの扱いやすさ
> x <- 1:10
> x
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> x[x%%2==0] # 偶数番目の要素の取り出し
[1] 2 4 6 8 10
> y <- matrix(1:10, nrow=2)
> y
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
> apply(y, 1, mean) # 各行の平均
[1] 5 6

8

� きれいなグラフィクス

Average Yearly Sunspots
1750 1800 1850 1900 1950

150
spots

100

50

0

150
spots

100
50
0
1750 1800 1850 1900 1950

Year

9

� 最新の手法を用意した豊富なパッケージ群

10

2.3 Rの短所

� マルチCPU(コア)の環境でも基本的に1CPU(コア)

12

2.3 Rの短所

� 基本的にオンメモリでデータを保持，計算を実行

13

2.3 Rの短所

� ベクトル，行列，配列などの要素数の上限が231-1

14

2.3 Rの短所

� 基本的にオブジェクトの参照渡しができず値渡しを行う
ため，コピーがあちこちで発生しメモリを消費する

15

2.3 Rの短所

� 基本的にオブジェクトの参照渡しができず値渡しを行う
ため，コピーがあちこちで発生しメモリを消費する

大規模なデータを扱ったり
計算速度を上げるためには工夫が必要
→高性能計算(High Performance Computing)

16

アジェンダ

1. 自己紹介
4. Bigmemory Project
6. まとめ

17

3.1 RにおけるHPC
明示的な並列化
内部的な並列化
グリッドコンピューティング
乱数
並列計算
リソース管理・バッチスケジューリ
ング
応用
GPU
大規模データ管理
コンパイルコードへの簡便なインタフェース
プロファイリングツール
CRAN Task View: High-Performance and Parallel Computing with R
http://cran.r-project.org/index.html
18

3.1 RにおけるHPC
明示的な並列化(マルチコア/CPU計算等)
内部的な並列化
グリッドコンピューティング
乱数
並列計算
リソース管理・バッチスケジューリ
ング
応用
GPU
大規模データ管理(RAMを超えるデータ管理)
コンパイルコードへの簡便なインタフェース
プロファイリングツール
CRAN Task View: High-Performance and Parallel Computing with R
http://cran.r-project.org/index.html
19

3.2 大規模データ管理パッケージ

� ffとbigmemoryが代表的なパッケージ．
� 両方のパッケージともバックエンドでC++を使用．

20


� ff
� データをディスクに置き，必要に応じてメモリにロードする．
� 行列，データフレーム，因子など多数のデータ型を用意してい
る．

� bigmemory
� 大規模データをディスク等に置き，必要に応じて物理メモリに
キャッシュする．
� 扱えるデータ型は行列のみである．
� 1台の計算機上で複数のRのプロセスでオブジェクトを共有する
ことが可能である．

21


� ff
る．
どちらが優位かについては
一概に言えない
� bigmemory

22


� ff
る．
� bigmemory

23


� ff
る．
� bigmemory
並列計算・並行計算が可能に

24

3.3 bigmemoryを用いて解決するRの欠点

欠点 bigmemoryの使用による解決度合い
マルチCPU(コア)の環境でも基 ○
本的に1CPU(コア) 並列計算，並行計算が可能に
○
基本的にオンメモリでデータ
を保持，計算を実行 RAMをはるかに超えるデータの扱いが
可能に
ベクトル，行列，配列などの ○
要素数の上限が231-1 要素数の上限は252まで拡張
基本的にオブジェクトの参照
渡しができず値渡しを行うた ◎
め，コピーがあちこちで発生参照渡しでオブジェクトを渡せる
しメモリを消費する

25

3.4 The bigmemory project

� 大規模行列の管理/解析/集計を行うパッケージ群
� 2010年度の米国の統計学会の
統計計算分野で、2010年の
"John M. Chambers Statistical
Software Award"を受賞
� 次の5つのパッケージで構成される
パッケージ名機能
bigmemory 大規模行列の管理
biganalytics 大規模行列の解析
bigtabulate 大規模行列の集計
bigalgebra 大規模行列の演算
synchronicity 大規模行列の処理の同期・排他制御
26

3.5 bigmemoryパッケージの基本的な使い方

� Data Expo 2009
アメリカの旅客機のフライトデータ(1987年～2008年)
� 約1億2,300万レコード，29フィールド(約12GB)

27

� データの読み込み
> library(bigmemory)
> airline <- read.big.matrix("AirlineAllData.csv", header=TRUE,
sep=",", backingifle="AirlineAllData.bin",
descriptorfile="AirlineAllData.desc")
� 行列サイズの確認
> dim(airline)
[1] 123534969 29
� 行列要素へのアクセス・値の格納　
> airline[1:5, 1:5]
> airline[1:5, ]
> airline[1:5, 1] <- 1986

通常のRの関数を使った場合とほとんど同じように操作できる

28

� bigtabulateを用いると，データの要約・集計も可能に
> library(bigtabulate)
> # 各列の要約(最小値、最大値、平均値、NAの数)
> summary(airline)
> # 年ごと月ごとのフライト数
> bigtable(airline, c("Year", "Month"))
> # 曜日ごとの到着時間の遅れの統計量(最小値、最大値、平均値、標
準偏差、NAの数)
> bigtsummary(airline, "DayOfWeek", cols="ArrDelay", na.rm=T)

29

3.6 (ご参考)大規模データを扱うメカニズム

� メモリマッピングという技術を用いて，ファイルをメモ
リのように扱い，必要なときに高速にキャッシュする．

ファイルから
メモリに
メモリ高速キャッシュディスク

ファイル

ファイルを
CPU
メモリのように扱う

30

アジェンダ

1. 自己紹介
5. まとめ

31

4.1 並列計算とは

� ジョブを分割して複数のCPU(orコア)で処理すること

CPU

CPU

CPU

CPU

1CPU(コア)での処理に比べ計算速度が向上

32

4.2 bigmemoryを用いた並列計算

� 旅客機の製造後の経過年数を推定する問題
(Vignette "The Bigmemory Project"に掲載されている例)

> # 1つの旅客機のフライト日から製造された月を推定する関数
> birthmonth <- function(y) {
+ minYear <- min(y[,'Year'], na.rm=TRUE)
+ these <- which(y[,'Year']==minYear)
+ minMonth <- min(y[these,'Month'], na.rm=TRUE)
+ return(12*minYear + minMonth - 1)

33

� 普通にやろうとすると・・・
> # 旅客機コード
> allplanes <- unique(x[,'TailNum'])
> planeStart <- rep(0, length(allplanes))
> # 各旅客機に対してfor文で製造月を推定
> for (i in allplanes) {
+ planeStart[i] <- birthmonth( x[mwhich(x, 'TailNum', i, 'eq'),
+ c('Year', 'Month'), drop=FALSE] )}

34

� 普通にやろうとすると・・・
> # 旅客機コード
> allplanes <- unique(x[,'TailNum'])
> planeStart <- rep(0, length(allplanes))
> # 各旅客機に対してfor文で製造月を推定
> for (i in allplanes) {
+ planeStart[i] <- birthmonth( x[mwhich(x, 'TailNum', i, 'eq'),
+ c('Year', 'Month'), drop=FALSE] )}

約9時間もかかる!!

35

� そこで，異なるアプローチで計算を行う
> # 旅客機コードごとのレコード番号
> planeindices <- bigsplit(x, 'TailNum')
> library(doMC)
> registerDoMC(cores=2)
> # 製造月の推定
> planeStart <-
+ foreach(i=planeindices, .combine=c) %dopar% {
+ return(birthmonth(x[i, c('Year','Month'),
+ drop=FALSE]))
+ }

36

> library(doMC)
> registerDoMC(cores=2)
> planeStart <-
+ drop=FALSE]))
+ }
14秒!!

37

> library(doMC) ２コアを使って
> registerDoMC(cores=2) 並列計算
> planeStart <-
+ drop=FALSE]))
+ }
14秒!!

38

> # 製造月の推定旅客機ごとに
> planeStart <- ジョブを分割
+ drop=FALSE]))
+ }
14秒!!

39

+ drop=FALSE]))
+ } 旅客機ごとの製造月の推定

14秒!!

40

結果の集約
+ drop=FALSE]))
+ } 旅客機ごとの製造月の推定

14秒!!

41

4.3 split-apply-combine

CPU

CPU

CPU

CPU

42

CPU

CPU

CPU

CPU

２コアを使って
並列計算

43

CPU

CPU

CPU

CPU

旅客機ごとに２コアを使って
ジョブを分割並列計算

44

CPU

CPU

CPU

CPU

旅客機ごとに２コアを使って旅客機ごとの
ジョブを分割並列計算製造月の推定

45

CPU

CPU

CPU

CPU

旅客機ごとに２コアを使って旅客機ごとの結果の集約
ジョブに分割並列計算製造月の推定

46

split

CPU

CPU

CPU

CPU

ジョブに分割並列計算製造月の推定

47

split apply

CPU

CPU

CPU

CPU


48

"split-apply-combine"

split apply combine

CPU

CPU

CPU

CPU


49

4.4 biganalyticsパッケージにおける実装例

� 非階層的クラスター分析のk平均法
分析対象のデータ ① 指定したクラスター数個分の
クラスター中心をランダムに選ぶ

② 各データに対して ③ 各クラスターに属する点の中心を
最も近い中心を探す新たなクラスター中心とする

クラスターが変化
しなくなるまで
繰り返す
50

4.4.1 k平均法を使用する際の注意点

� 初期中心の選び方に大きく依存 → 複数回試行する
分析対象のデータ ① 指定したクラスター数個分の
クラスター中心をランダムに選ぶ

② 各データに対して ③ 各クラスターに属する点の中心を
最も近い中心を探す新たなクラスター中心とする

クラスターが変化
しなくなるまで
繰り返す
51

4.4.2 設計方針
bigkmeans <- function (x, centers, iter.max = 10, nstart = 1){
(中略)
ans <- foreach(cen = centers, .combine = "choosebest") %dopar% {
require(biganalytics)
(中略)
if (is.null(xdesc)) {
if (mattype == 4) {
res <- .Call("kmeansRIntMatrix", x, center@address,
clust@address, clustsizes@address, wss@address,
as.integer(iter.max))
} else {
res <- .Call("kmeansRNumericMatrix", x, center@address,
}
}
　　　　　(以降略)
}

52

(中略) 並列計算
(中略)
if (mattype == 4) {
} else {
}
}
　　　　　(以降略)
}

53

(中略) 並列計算クラスター中心(split)
(中略)
if (mattype == 4) {
} else {
}
}
　　　　　(以降略)
}

54

(中略)
if (mattype == 4) {
} else {
}
}
1回のk平均法の
実行(apply)
　　　　　(以降略)
}

55

require(biganalytics) 結果の集約(combine)
(中略)
if (mattype == 4) {
} else {
}
}
1回のk平均法の
実行(apply)
　　　　　(以降略)
}

56

4.4.3 bigkmeans関数を用いて計算が速くなる例

� UCI Machine Learning Repository
Gisette Data Set　
http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Gisette
� 手書きの数字の「4」と「9」の5000個の特徴に関するデータ
セット
� 13,500レコード，5000フィールド
� 3つのケースについて計算速度を比較する
� クラスター数は2個
� 収束までの最大反復回数は50回
� クラスタリングの試行回数は10回

k平均法
kmeans関数 bigkmeans関数
データの read.table関数 ① ②
読み込み read.big.matrix関数 ③ ー

57

① read.table関数 + kmeans関数
> z.rt <- read.table("gisette.data", sep="", header=FALSE)
> system.time(z.rt.km <- kmeans(z.rt, centers=2, iter.max=50,
+ nstart=10, algorithm="MacQueen"))
　ユーザシステム経過
413.31 3.18 416.79
② read.table関数 + bigkmeans関数
> z.mat <- as.matrix(z.rt)
> system.time(z.rt.bkm <- bigkmeans(z.mat, centers=2, iter.max=50,
+ nstart=10))
　ユーザシステム　　経過
316.07 0.06 316.46
③ read.big.matrix関数 + bigkmeans関数
> z.bm <- read.big.matrix("gisette.data", sep="", header=FALSE,
+ type="integer")
> system.time(z.bm.bkm <- bigkmeans(z.bm, centers=2, iter.max=50,
+ nstart=10))
　　ユーザシステム　　経過
131.82 　　1.01 　 132.90

58

4.5 biganalyticsパッケージの問題点

� bigmemoryパッケージのbig.matrix型は，既存のRのコー
ドでの行列と同様に扱えないため，分析用の関数を自前
で作らなければならない．
� 現状のbiganalyticsパッケージ(Ver.1.0.14)において，
分析用の関数として提供されているものは，(一般化)線
形回帰，k平均法のみである．

分析関数名通常のRの関数
線形回帰 biglm.big.matrix lm
一般化線形回帰 bigglm.big.matrix glm
k平均法 bigkmeans kmeans

59

� 大規模データの並列(分散)処理といえば・・・

60


61


Mahoutのような機械学習のアルゴリズムを
biganalyticsパッケージの関数として実装してみよう！

62

� 今回はナイーブベイズ分類器を実装する．
� ナイーブベイズ分類器は，教師あり学習によりクラス分
類を行う手法の一つ．
� 一応コーディング完了．ただし，現状では並列化はして
いないw
→ 今後，並列化予定

63

bignaiveBayes <- function(x, ...)
UseMethod("bignaiveBayes")
bignaiveBayes.default <-function(x, ccols, summary.cols, laplace = 0,
datatype, ...) {
call <- match.call()
if (length(summary.cols) != length(datatype))
stop("length(summary.cols) must equal length(datatype)n")
# estimation-function
apriori <- bigtable(x, ccols)
Yname <- names(apriori)
tables <- lapply(summary.cols,
function(i) if (datatype[i] == "char") {
　　tab <- bigtable(x, c(ccols, i))
(tab + laplace) /
(rowSums(tab) + laplace * ncol(tab))
} else {
　　z <- bigtsummary(x, ccols=ccols, cols=i)
　　z <- sapply(z, function(zz) zz[, c("mean", "sd")])
as.table(t(z))
}
)
# fix dimname names
names(tables) <- colnames(x)[summary.cols]
structure(list(apriori = apriori, tables = tables, levels = Yname, call =
call), class = "bignaiveBayes")
}

64

predict.bignaiveBayes <- function(object, newdata, type = c("class", "raw"), threshold =
0.001, datatype, ...) {
type <- match.arg(type)
attribs <- which(names(object$tables) %in% colnames(newdata))
isnumeric <- datatype!="char"
L <- sapply(1:nrow(newdata), function(i) {
ndata <- newdata[i,]
L <- log(object$apriori) + apply(log(sapply(attribs, function(v) {
nd <- ndata[v]
if(is.na(nd)) rep(1, length(object$apriori))
else {
prob <- if (isnumeric[v]) {
msd <- object$tables[[v]]
msd[,2][msd[,2]==0] <- threshold
dnorm(nd, msd[,1], msd[,2])
} else
object$tables[[v]][,nd]
prob[prob == 0] <- threshold
prob
}
})), 1, sum)
if (type == "class") L
else {
L <- exp(L)
L / sum(L)
}
})
if (type == "class")
factor(object$levels[apply(L, 2, which.max)], levels = object$levels)
else t(L)
}

65

アジェンダ

1. 自己紹介
5. まとめ

66

� 統計解析ツールとして有望なRは大規模なデータを扱う
ことが得意ではない．
� そのため，Rで大規模なデータを管理，分析しようとす
ると工夫が必要．
� bigmemoryパッケージを用いるとディスクを用いてRAMを
はるかに超える量のデータを管理でき，また同一計算機
上の複数プロセスでオブジェクトを共有できる．
� bigmemoryとその兄弟パッケージを用いると大規模デー
タの管理や集計が可能だが，biganalyticsパッケージに
入っている分析用の関数はまだまだ少ない．
� そこで，機械学習のアルゴリズムを実装しようと試みた
(to be coninued)．

67

参考文献

� Bigmemory Project
� Michael J. Kane and John W. Emerso(2010):
The Bigmemory project,
http://cran.rproject.org/web/packages/bigmemory/vignettes/Overv
iew.pdf.
� Michael J. Kane and John W. Emerso(2010):
Scalable strategies for computing with massive data: The
Bigmemory project,
http://www.slideshare.net/joshpaulson/big-memory?from=ss_embed.
� 「Rを使ったハイパフォーマンスコンピューティング入門」，
統計数理研究所公開講座，2011年1月24日.

68

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