1. R.3.0.0 is released!!
2013年4月20日
第30回Tokyo.R
@sfchaos

2. 2
というわけで，
2013年4月3日

3. 3
R-3.0.0
リリース！
The R Project for Statistical Computing

4. 4
いろめき立つ
R界隈
R-statistics blog
SOURCEFORGE.JP Magazine

5. 5
何が変わったか？

6. 6
@kohskeさんのページに
まとまっている
R.3.0.0の大事な変更点

7. 7
大きな変更点
Long Vectorの導入

8. 8
Long Vectorとは
長いベクトルのこと

9. 9
> x <- rep(0, 2^31-1)
> x <- rep(0, 2^31)
エラー： サイズ 8.0 Gb のベクトルを割り当てることができません
追加情報: 警告メッセージ：
1: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size)
2: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size)
3: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size)
4: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size)
R-2.15.3までは
1ベクトルのサイズは
231
-1まで(32ビット)
※ベクトルだけでなく，配列や行列などのオブジェクトにも同じ制約あり

10. 10
これがもっともっと
長くなった
※ただし，いろいろと微妙らしい
前出の@kohskeさんのページ参照
出典： Wikipedia 太陽系

11. 11
その比なんと
221
(≒106.3
)
/* both config.h and Rconfig.h set SIZEOF_SIZE_T, but Rconfig.h is
skipped if config.h has already been included. */
#ifndef R_CONFIG_H
# include <Rconfig.h>
#endif
#if ( SIZEOF_SIZE_T > 4 )
# define LONG_VECTOR_SUPPORT
#endif
#ifdef LONG_VECTOR_SUPPORT
typedef ptrdiff_t R_xlen_t;
typedef struct { R_xlen_t lv_length, lv_truelength; } R_long_vec_hdr_t;
# define R_XLEN_T_MAX 4503599627370496
# define R_SHORT_LEN_MAX 2147483647
# define R_LONG_VEC_TOKEN -1
252
231
-1

12. 12
まさにマシマシ

13. 13
コードも簡潔にchar *R_alloc(size_t nelem, int eltsize)
{
R_size_t size = nelem * eltsize;
double dsize = (double)nelem * eltsize;
if (dsize > 0) { /* precaution against integer
overflow on 32-bit*/
SEXP s;
#if SIZEOF_SIZE_T > 4
/* In this case by allocating larger units we can
get up to
size(Rcomplex) * (2^31 - 1) bytes, approx 16Gb
*/
if(dsize < R_LEN_T_MAX)
s = allocVector(RAWSXP, size + 1);
else if(dsize < sizeof(double) * (R_LEN_T_MAX - 1))
s = allocVector(REALSXP, (int)
(0.99+dsize/sizeof(double)));
else if(dsize < sizeof(Rcomplex) * (R_LEN_T_MAX -
1))
s = allocVector(CPLXSXP, (int)
(0.99+dsize/sizeof(Rcomplex)));
else {
error(_("cannot allocate memory block of size
%0.1f Gb"),
dsize/1024.0/1024.0/1024.0);
s = R_NilValue; /* -Wall */
}
#else
if(dsize > R_LEN_T_MAX) /* must be in the Gb range
*/
error(_("cannot allocate memory block of size
%0.1f Gb"),
dsize/1024.0/1024.0/1024.0);
s = allocVector(RAWSXP, size + 1);
#endif
ATTRIB(s) = R_VStack; R_VStack = s;
return (char *) DATAPTR(s);
}
else return NULL;
}
char *R_alloc(size_t nelem, int eltsize)
{
R_size_t size = nelem * eltsize;
/* doubles are a precaution against integer
overflow on 32-bit */
double dsize = (double) nelem * eltsize;
if (dsize > 0) {
SEXP s;
#ifdef LONG_VECTOR_SUPPORT
/* 64-bit platform: previous version used REALSXPs
*/
if(dsize > R_XLEN_T_MAX) /* currently 4096 TB */
error(_("cannot allocate memory block of size
%0.f Tb"),
dsize/pow(1024.0, 4.0));
s = allocVector(RAWSXP, size + 1);
#else
if(dsize > R_LEN_T_MAX) /* must be in the Gb range
*/
error(_("cannot allocate memory block of size
%0.1f Gb"),
dsize/pow(1024.0, 3.0));
s = allocVector(RAWSXP, size + 1);
#endif
ATTRIB(s) = R_VStack;
R_VStack = s;
return (char *) DATAPTR(s);
}
/* One programmer has relied on this, but it is
undocumented! */
else return NULL;
}
src/main/memory.c
(R.version.tar.gzを解凍)

14. 14
あと，R.3.0.0では
パッケージを
入れ直す必要が
あることに注意

15. 15
以上！
詳しくはこのあとの
@wdkzさんのLTで

16. 16
SEXP attribute_hidden do_Rprofmem(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho)
{
SEXP filename;
R_size_t threshold;
int append_mode;
checkArity(op, args);
if (!isString(CAR(args)) || (LENGTH(CAR(args))) != 1)
error(_("invalid '%s' argument"), "filename");
append_mode = asLogical(CADR(args));
filename = STRING_ELT(CAR(args), 0);
threshold = REAL(CADDR(args))[0];
if (strlen(CHAR(filename)))
R_InitMemReporting(filename, append_mode, threshold);
else
R_EndMemReporting();
return R_NilValue;
}
#include "RBufferUtils.h"
attribute_hidden
void *R_AllocStringBuffer(size_t blen, R_StringBuffer *buf)
{
size_t blen1, bsize = buf->defaultSize;
/* for backwards compatibility, probably no longer needed */
if(blen == (size_t)-1) {
warning("R_AllocStringBuffer(-1) used: please report");
R_FreeStringBufferL(buf);
return NULL;
}
if(blen * sizeof(char) < buf->bufsize) return buf->data;
if(blen * sizeof(char) < buf->bufsize) return buf->data;
blen1 = blen = (blen + 1) * sizeof(char);
blen = (blen / bsize) * bsize;
if(blen < blen1) blen += bsize;
if(buf->data == NULL) {
buf->data = (char *) malloc(blen);
ところで
ソースコードが
読みにくくないか？

17. 17
読みやすいコード発見namespace CXXR {
class String;
template <typename, SEXPTYPE,
typename Initializer = RObject::DoNothing> class FixedVector;
typedef FixedVector<int, INTSXP> IntVector;
typedef FixedVector<RHandle<>, VECSXP> ListVector;
typedef FixedVector<RHandle<String>, STRSXP> StringVector;
/** @brief Untemplated base class for R vectors.
*/
class VectorBase : public RObject {
public:
/**
* @param stype The required ::SEXPTYPE.
* @param sz The required number of elements in the vector.
*/
VectorBase(SEXPTYPE stype, std::size_t sz)
: RObject(stype), m_truelength(sz), m_size(sz)
{}
/** @brief Copy constructor.
*
* @param pattern VectorBase to be copied.
*/
VectorBase(const VectorBase& pattern)
: RObject(pattern), m_truelength(pattern.m_truelength),
m_size(pattern.m_size)
{}
クラスを用いて
オブジェクト指向で記
述

18. 18
ドキュメントもある

19. 19
その名はCXXR
CXXR: Refactorising R into C++

20. 20
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <boost/noncopyable.hpp>
class BigDataFrame : boost::noncopyable
{
public:
enum DataType {CHAR=1, SHORT=2, INT=3, DOUBLE=4, COMPLEX=5};
public:
BigDataFrame(index_type nrow, index_type ncol) : nrow_(nrow), ncol_(ncol) {
// initializing shared pointer
p = std::shared_ptr<Monitor>(new Monitor[ncol],
std::default_delete<Monitor[]>());
Rの中身を
C++で書き直す
プロジェクト

21. 21
useR!2009,2010等で
発表されている
Provenance Tracking in CXXR
(useR!2009)
CXXR and Add-on Packages
(useR!2010)

22. 22
おわコンかと思いきや
最近の論文も
CXXR: an extensible R interpreter

23. 23
調査して
いつかどこかで
紹介する(かも)