1. Programmatic GUI Matlab untuk pengolahan citra MRI dan visualisasi citra secara tiga dimensi dengan koding yang dapat dijalankan pada Matlab r2014b atau versi berikutnya. Citra MRI terdiri atas 27 slice horizontal yang ditransformasikan menjadi slice sagital dan coronal untuk visualisasi 3D. 2. Metode segmentasi citra MRI meliputi thresholding, active contour, region growing, jaringan saraf tiruan, dan model deformable untuk membagi citra menjadi region of interest. 3. Per

1. PENGOLAHAN CITRA
DIGITAL PADA MODALITAS
MRI

2. A. Definisi Pengolahan Citra
• Pengolahan citra adalah setiap bentuk pengolahan sinyal dimana
input adalah gambar, seperti foto atau video bingkai, sedangkan
output dari pengolahan gambar dapat berupa gambar atau
sejumlah karakteristik atau parameter yang berkaitan dengan
gambar.
• Pengolahan citra merupakan proses pengolahan dan analisis citra
yang banyak melibatkan persepsi visual. Proses ini mempunyai ciri
data masukan dan informasi keluaran yang berbentuk citra. Istilah
pengolahan citra digital secara umum didefinisikan sebagai
pemrosesan citra dua dimensi dengan komputer.

3. Tujuan pengolahan Citra untuk :
• memperbaiki kualitas gambar, dilihat dari aspek radiometric dan aspek
geometric. Aspek radiometric terdiri dari peningkatan kontras, restorasi
citra, transformasi warna sedangkan aspek geometric terdiri dari rotasi,
skala, translasi, trnsformasi geometric).
• melakukan proses penarikan informasi atau deskripsi obyek atau pengenalan
obyek yang terkandung pada citra.
• melakukan pemilihan citra ciri (feature images) yang optimal untuk tujuan
analisis.
• melakukan kompresi atau reduksi data untuk tujuan penyimpanan data,
transmisi data, dan waktu proses data.

4. Operasi-operasi pada pengolahan citra diterapkan
bila:
• Perbaikan atau memodifikasi citra dilakukan untuk meningkatkan kualitas penampakan
citra/menonjolkan beberapa aspek informasi yang terkandung dalam citra (image
enhancement). contoh : perbaikan kontras gelap/terang, perbaikan tepian objek,
penajaman, pemberian warna semu, dll.
• Adanya cacat pada citra sehingga perlu dihilangkan/diminimumkan (image restoration).
contoh : penghilangan kesamaran (debluring) >> citra tampak kabur karena pengaturan
fokus lensa tidak tepat / kamera goyang, penghilangan noise.
• Elemen dalam citra perlu dikelompokkan, dicocokan atau diukur (image segmentation).
Operasi ini berkaitan erat dengan pengenalan pola.
• Diperlukannya ekstraksi ciri-ciri tertentu yang dimiliki citra untuk membantu dalam
pengidentifikasian objek (image analysis). Proses segementasi kadangkala diperlukan
untuk melokalisasi objek yang diinginkan dari sekelilingnya. Contoh : pendeteksian tepi
objek.

5. Lanjutan...
• Sebagian citra perlu digabung dengan bagian citra yang lain (image
reconstruction). contoh : beberapa foto rontgen digunakan untuk membentuk
ulang gambar organ tubuh.
• Citra perlu dimampatkan (image compression) contoh : suatu file citra
berbentuk BMP berukuran 258 KB dimampatkan dengan metode JPEG menjadi
berukuran 49 KB.
• Menyembunyikan data rahasia (berupa teks/citra) pada citra sehingga
keberadaan data rahasia tersebut tidak diketahui orang (steganografi &
watermarking)

6. B. Definisi MRI
• Magnetic Resonance Imaging (MRI) adalah suatu teknik penggambaran
penampang tubuh berdasarkan prinsip resonansi magnetik inti atom
hidrogen. Teknik penggambaran MRI relatif komplek karena gambaran
yang dihasilkan tergantung pada banyak parameter. Pemeriksaan gambar
hasil MRI memerlukan ketelitian dan ketepatan.
• Segmentasi adalah proses pemisahan objek dengan latar belakangnya.
Salah satu metode untuk segmentasi adalah region growing. Proses
region growing dimulai dari beberapa pixel benih (seed) kemudian
berkembang ke seluruh gambar dan akan berhenti apabila sudah tidak
ada lagi benih (seed) tetangga yang dapat ditambahkan lagi.

7. C. Pengolahan Citra Digital Pada MRI
1. programmatic GUI Matlab untuk pengolahan citra MRI
dan visualisasi citra secara tiga dimensi
2. Sementasi citra

8. 1. programmatic GUI Matlab untuk pengolahan
citra MRI dan visualisasi citra secara tiga dimensi
• programmatic GUI Matlab untuk pengolahan citra MRI dan
visualisasi citra secara tiga dimensi dengan coding, coding dapat
dijalankan minimal menggunakan matlab r2014b (karena
menggunakan komponen baru yaitu uitab). Citra MRI dalam matlab
terdiri dari 27 slice tampang horizontal (axial). Tampang
horizontal tersebut kemudian ditransformasi menjadi tampang
sagittal (35 slice) dan tampang coronal (45 slice) menggunakan
transformasi radon. Selanjutnya masing-masing tampang
divisualisasikan secara tiga dimensi.

9. a. Tampang horizontal (axial)

10. b. Tampang axial

11. c. Tampang axial

12. 2. Segmentasi citra
• segmentasi citra adalah membagi citra menjadi beberapa daerah
region of interest (ROI) yang homogen atas dasar kemiripan
tertentu.
• Berdasarkan tekniknya, metode segmentasai dapat dibagi menjadi
tiga kategori utama yakni:
a. metode konvensional
b. klasifikasi dan pengklasteran
c. metode model deformable

13. a. Metode Konvesional
1. Teknik thresholding
Teknik thresholding atau nilai ambang merupakan titik pusat dalam aplikasi segmentasi
yang bertujuan untuk memisahkan bagian tertentu dengan bagian lainnya. Teknik ini
digunakan untuk mendapatkan daerah yang mengandung tumor dan mengubah citra
grayscale menjadi citra biner .
2. Teknik Active Contour
Teknik active contour merupakan teknik segmentasi citra yang sensitif, adaptif, dan
mudah menemukan batas-batas objek yang penuh noise atau tidak jelas .
3. Teknik Region
Segmentasi berdasarkan region dibagi menjadi dua teknik yaitu region growing dan
watershed. Teknik region growing adalah mengelompokkan piksel atau sub wilayah
menjadi wilayah yang lebih besar dengan menambahakan setiap piksel tetangga yang
mempunyai kesamaan ciri. Sedangkan teknik watershed adalah teknik segmentasi
berbasis gradien yang memiliki perilaku seperti air.

14. b. Metode klasifikasi dan pengklasteran
1. Teknik Artificial Neural Network (ANN)
Artificial Neural Network (ANN) adalah sebuah komputasi terinspirasi dari system saraf
dengan jaringan antar unit saling terhubung yang disebut node.
2. Teknik Self-organizing map (SOM)
Self-organizing map (SOM) dikenalkan tahun 1982 oleh Kohonen. SOM merupakan bagian
dari jaringan saraf tiruan dengan kemampuan mengurangi ciri atau fitur masukan lebih
sedikit sehingga proses komputasi menjadi lebih ringkas.
3. Teknik Markoov Random Field (MRF)
Markoov Random Field (MRF) merupakan metode yang dapat dilakukan untuk
segmentasi citra. MRF digunakan untuk mengetahui jumlah tumor yang ada pada citra.
4. Teknik Fuzzy C-Means (FCM)
Fuzzy C-Means (FCM) bekerja dengan menetapkan keanggotaan setiap data yang sesuai
untuk pusat klaster berdasarkan jaraknya.

15. c. Metode model deformable
• metode model deformable merupakan metode segmentasi untuk
data citra MRI bidang tiga dimensi.

16. E. Software pengoahan citra
Beberapa perangkat lunak yang digunakan untuk pengolahan
citra antara lain :
• ImageJ
• Matlab
• OriginLab OriginPro
• CorelDraw

17. TERIMA KASIH