GIS hastalıklarında Genetik Test

1. GIS hastalıklarında
Genetik Test
Ajlan Tükün

2. Genetik Hastalıklar
Genetik
Hastalıklar
Kalıtsal
Prenatal/postnatal
tanı
Hastalık
Tedavi stratejisi
Konjenital
Konjenital
olmayan
Yatkınlık
Önleme
stratejisi
Kalıtsal
olmayan
Kromozomal
Tanı
Sporadik
kanser
Tedavi stratejisi

3. Neden Genetik Test

4. Genetik Test
Geniş Ölçekli testler
Hedefe Yönelik Testler
FISH
Karyotip analizi
Array CGH – Moleküler Karyotipleme
STR (linkage) analizleri
DNA array uygulamaları (SNP array, vb.)
qRT-PCR (SNP analizleri, kopya sayısı, vb.)
MLPA / Southern blot
Hedefe yönelik DNA dizileme (Sanger ve yeni nesil
dizileme) – gen panelleri, likit biyopsi, NIPT
WES/WGS (tüm ekzom/genom dizileme)

5. Genetik Testin Gücü
Duyarlılık Ölçek Mutasyon
DİREKT
YÖNTEMLER
Sitogenetik 5-10x106 bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon,
İnsersiyon
Translokasyon, İnversiyon
FISH 1-5x106 bp
<106 bp (?)
Hedef bölge Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon,
İnsersiyon
Translokasyon, İnversiyon
CGH 6x104-106bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon
İNDİREKT
YÖNTEMLER
Array 8x104-105bp Tüm genoma
ulaşabilir
Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon
Dizi analizi 1 bp Hedef bölge Nokta mutasyon,
Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük
duplikasyon
Yeni nesil dizi
analizi
1 bp Tüm genoma
ulaşabilir
Nokta mutasyon,
Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük
duplikasyon
Genetik testler DIŞLAYICI değildir!!!

6. GENETİK ETKİSİ BİLİNEN GIS HASTALIKLARI
• Kalıtsal GIS hastalıkları
• GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar
• Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları
• Kalıtsal GIS kanserleri
• GIS tutulumu olan kanser sendromları
• Solid doku kanserleri

7. Kalıtsal GIS hastalıkları

8. Progresif Familial Intrahepatik Kolestazis (PFIC Tip 1,2,3)
Hastalık ne
yapıyor?
• Otozomal resesif
• Erken çocuklukta portal fibroz ve siroz
• Artmış HCC riski
• Çocukluk çağında exitus
Neden Genetik
Test yapılmalı?
• Kesin Tanı
Genetik Test
sonuçlarından nasıl
yararlanılmalı?
• İndeks olgu tanısı
• Ebeveyn taşıyıcılığı
• Prenatal tanı

9. GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar

10. FMF
Türkiye’de
• taşıyıcı sıklığı %20
• hastalık sıklığı 1/1000
Genetik test
MEFV geni mutasyonları
Klinik Tanı
• Mutasyon (–), Colch yanıtı (+)

11. FMF’de neden genetik test yapıyoruz?

12. FMF’de mutasyon dağılımımız nasıl?
Amiloidoz
↑risk: M694V, M694I, M680I
↓risk: E148Q
C. Tunçer , K. Bilecen, B. Sağlam Ada , K. Yararbaş, M. Say , A. Topal, F. Delibaş, G. Tunca, E. Kavak , A. Tükün, Y. Laleli.
Haplotype Analysis of Common MEFV Variants in Turkey.
9th International Congress of Familial Mediterranean Fever and Systemic Auto-Inflammatory Diseases.2017 May 5-7, Cyprus
MEFV whole gene NGS analysis of 4048 patients in Turkey

13. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?

14. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?

15. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?

16. Kistik fibrozis
• En yaygın tek gen hastalığı: otozomal resesif
• Epitel hücreleri: su ve iyon geçişi kontrolü
• CFTR mutasyonu (+)=> kontrol bozulur
• Yoğun salgı
– Tuzlu ter
– Pankreas yetmezliği
– Kronik akciğer hastalıkları gelişir

17. Kistik Fibrozis’te Genetik
• CFTR geni
– 7q31
• Farklı mutasyonlar
– Nokta mutasyonlar
– Büyük delesyon ve duplikasyonlar

18. Kistik Fibrozis Tanısında Genetik test
• Endikasyon
– Postnatal
• Semptomatik
• Aile öyküsü
– Prenatal
• Semptomatik
• Anne baba taşıyıcılığı
• Genetik test
– Hedefe yönelik test
– Geniş kapsamlı test
• Tüm gen dizi analizi
• Delesyon/duplikasyon analizi

19. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?

20. Hemokromatozis
• Progresif demir birikimi
– Siroz
– Kalp yetmezliği
– Artropati
– Diabetes mellitus ve diğer endokrin yetmezlikleri
• Otozomal resesif geçişli
– HFE (6. kromozom)

21. Hemokromatozis’de Genetik
Medscape Wednesday, October 11, 2017

22. Hemokromatozis Raporu

23. Wilson Hastalığı
• Bakır Birikimi
– Karaciğer: kronik hepatit ve siroz
– Beyin
– Göz: Kayser-Fleischer halkası
– Böbrek
– Kemik
• Tanı yaşı: 2-3. dekad
• Hastalığın erken teşhisi ve tedavisi
– Etkileri geri çevirebilir
– Kalıcı hasar oluşumunu engelleyebilir
• Seruloplazmin eksikliği

24. ATP7B Geni
• Hastalık nedeni: bakır taşıyan seruloplasmin eksikliği
• Hastalığa neden olan gen: ATP7B
– His1069Gln (Doğu ve Kuzey Avrupa’da %40 )
– Arg778Leu (Asya’da %30)
– Asn1270Ser

25. Wolman Hastalığı
• Lysosomal acid lipase defekti (LALD)
• 1 /40,000 -300,000
• lizozomal depo hastalığı
• LIPA geni mutasyonları

26. LIPA mutasyonları
• Resesif etkili
• Homozigot veya "compound" heterozigot
• Genotip/fenotip ilişkisi
– İnfantil formda ağır mutasyonlar: nonsense ve
frameshift
– Çocuk ve erişkin: %50-70 ekson 8 splice site, c.894G > A

27. LALD
• Başlangıç yaşı ve ilerleme hızı değişken
– Neden olan mutasyona bağlı
• İnfantil formda ilk haftada hızla gelişen semptomlar
– 6/12 y üzerinde yaşam nadir
• Çocuk ve erişkin forma
– Dislipidemi (LDL C↑, HDL C↓)
– Hepatomegali
– Transaminazlar yüksek
– Mikroveziküler hepatosteatoz
– KC hasarı-> fibrozis-> siroz -> KC yetmezliği
– Erken çocuklukta KVS semptomları
• Diğer KVS, KC ve metabolik hastalıklarla örtüşen bulgular
nedeni ile LALD "under-recognized" kabul edilir

28. LIPA mutasyonları: klinik ile korelasyon
Atherosclerosis 235 (2014) 21e30

29. LALD Tanı Algoritması
Atherosclerosis 235 (2014) 21e30

30. LALD’de neden genetik test yapıyoruz?
Atherosclerosis 235 (2014) 21e30
• Sebelipase alfa
– recombinant form of LAL
– 2015: FDA approvel (tradename: Kanuma)
– United States, European Union, Japan

31. Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları

32. Çölyak Hastalığı
• Çölyak ilişkili HLA heterodimerleri
– DQ2 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*05 ve HLA-DQB1*02)
• Çölyak %90
• genel popülasyonda %20-30
– DQ2 ‘ye ek olarak DQ8 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*03 ve HLA-
DQB1*0302)
• %2-3' ünde hastalık tablosu gelişir
– HLA DRB1*04 allelinin varlığının da hastalığa yatkınlıkla ilişkili olduğu
söylenmektedir.
• Hastalıkla ilişkili allellerin tamamının yokluğunda tanı dışlanması sağlanabilir

33. Crohn hastalığı
Ann Med Surg (Lond). 2015 Sep; 4(3): 248–253
• HLA B27

34. Crohn hastalığı
• NOD2 (CARD15 )
• ATG16L1, IL23R, IRGM
C Gasche, and P Grundtner Gut 2005;54:162-167

35. Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler
Tüm ekzom dizileme (WES)
DNA eldesi
Multipleks PCR
DNA dizileme
Biyoinformatik analiz
>%97 CCDS (consensus coding
sequences)
~ 19K hedef gen
~ 300K amplikon

36. Kalıtsal GIS kanserleri
Tüm KRK’lerin ~%5-8’i kalıtsaldır.

37. Risk
Genel populasyon(ABD) ~%2-6
Bir 1. derece akrabada KRK 2-3 kat
İki 1. derece akrabada KRK 3-4 kat
1. derece akraba <50 KRK 3-4 kat
Bir 2. veya 3.derece akrabada KRK ~1.5- kat
İki 2. derece akrabada KRK 2-3 kat
Aile Öküsü: Yaklaşık Risk

38. Neden genetik test?
• Kişisel risk bilgisi sağlar
• Aile bireyleri için bilgi sağlar
• Tedavi / Prevensiyon seçeneklerini etkiler

39. Mutasyon taşıyıcılarında malign tümör gelişimini önleme
Hedef organın malign gelişim öncesi çıkarılması

40. !!! Hedef organın profilaktik olarak
çıkarılmasının kabul edilebilirliği; tanımlanacak
genetik defektin o hastalık için kesin kriter
olmasına bağlıdır.

41. Cerrahi Profilaksi Kriterleri
Genetik defektin öngördüğü risk yüksek olmalı
Gelişecek hastalık için morbidite ve mortalite riski yüksek olmalı
Gelişecek tümör için tahmini başlangıç yaşı ortalama yaşam süresine
göre erken olmalı
Hedef organ yokluğu yaşamla bağdaşmalı
Bu organın çıkarılması tümör gelişimi riskini çok düşürmeli
Önerilen cerrahi girişimin komplikasyon riski düşük olmalı
Önerilen cerrahi girişimi beklenen yaşam süresini uzatmalı
Cerrahi sonrası yaşam kalitesi yüksek olmalı

42. Ailesel Polipsiz Kolon Kanseri (HNPKK =Lynch sendromu)
• Tüm KRK olgularının %2-3’ü
• O. dominant; yüksek penetrans
• Ortalama başlangıç yaşı 40-50
• Birden çok kuşakta tutulum
• %60-70 sağda/proksimal KRK tümörler
• Polip görülebilir, çoklu primer tümör sık. Atenüe FAP
ile karışabilir

43. genetik danışmanlık ve bilgilendirilmiş onam
Doğrudan Genetik Test
Aile öyküsü Amsterdam II kriterlerine uygunsa veya
3-2-1 kuralı
3 veya fazla akrabada HNPKK ilişkili kanser, biri 1.dereceden
2 veya fazla kuşakta hasta birey
1 veya fazla olguda 50 yaş altında tanı almış olmak
Hasta KRK ve bir 1. derece akrabası HNPKK ilişkili kanser
hastası; olgulardan biri 50 yaş altındaysa
HNPKK Genetik Test Endikasyonu

44. HNPCC Genetik Test
MLH1
MSH2
MSH6
PMS2
EPCAM

45. Gen Takip başlangıcı Takip Sıklığı
Risk azaltıcı
cerrahi
MLH1
20-25
(ailede 25 yaşından önce tanı alan birey varsa o
bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce )
Yılda 1 kez
kolonoskopi subtotal
koloktemi
MSH2
EPCAM
MSH6 25-30
(ailede 30 yaşından önce tanı alan birey varsa o
bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce)
1-2 yılda 1 kez
kolonoskopiPMS2
HNPCC Gen vs.Fenotip

46. HNPKK’de kanser riskleri
%kanser
100
80
60
40
20
0 20 40 60 800
Yaş
Kolorektal 78%
Endometrium 43%
Mide 19%
Safra yolları 18%
İdrar yolları 10%
Over 9%

47. MMR mutasyonları (n=540)
MMR mutasyonu olan
29%
MMR mutasyonu
saptanmayan
71%
PMS2
20%
MLH1
40%
MSH2
40%

48. Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI)
• MSI-H: ≥%30 bölgede instabilite
• MSI-L: < %30 bölgede instabilite
• MSS: instabil bölge yok
NR-21, BAT26, BAT25, NR-24, MONO27
75 hastanın tümör dokusunda yapılan çalışmada
• 8 hastada MSI-H
• 19 hastada MSI-L
• 48 hastada MSS

49. Familyal Adenomatöz Polipozis (FAP=Gardner sendromu)
Klinik
100’den fazla kolorektal adenomatöz polip veya
100’den az polip ve FAP hastası 1.derece akraba
Moleküler tanı pozitif
En sık tutulum:kolon
Malignite riski yüksek

50. Kolorektal polipler
7-36 yaş:Ort 16
Kolon Kanseri
%93 ort 39 y
%7 <21 yaş
GI yolda diğer tümörler
Diğer kanserler
K. ciğer
Tiroid
S. kesesi
Pankreas
Sürrenal
Sant Sinir Sist
Desmoid tümör
%5 morbidite/mortalite
FAP kanser tutulumu

51. • Otozomal dominant
• Hastaların anne ya da babaları %75-80 hasta
• Taze mutasyon: %20-25
• Hasta bireyin çocuklarında risk: %50
FAP kalıtım

52. APC
MUTYH
FAP Genetik Test

53. mutasyon + 31
34%
mutasyon - 59
66%
APC
81%
MUTYH
16%
double mutant
3%
FAP mutasyonları (n=190)

54. • Mide kanseri vakalarının çoğunluğu sporadik
• Olguların %5’i kalıtsal
• CDH1 (E-kaderin) geninde meydana gelen “germline”
mutasyonlar HDGC (Herediter Difüz Gastrik Kanser)’lerin
yaklaşık %30-40’ından sorumlu
Diffüz Gastrik Ca

55. GIS tutulumu olan kanser sendromları

56. Peutz-Jeghers Sendromu (STK11)
• Gastrointestinal polipler
– En sık
• Jejunum
• ileum
• duodenum
– Daha az
• Mide
• kalın barsak
• nasal pasaj
• Mukokutanöz pigmentasyon
– Çocukluk çağında
– Ağız, göz, burun delikleri , perianal ve bukkal mukoza
• Artmış Ca riski
– kolorektal, gastrik, pankreatik
– meme/over
• Tanı
– Klinik bulgular
– STK11 gen analizi
• Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %100(dizi+MLPA)
• Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %91(dizi+MLPA)

57. Solid Doku Kanserleri

58. Sporadik kolorektal kanserde MSI
• MSI’nin 2/3’ü sporadik CRC tümör dokularında saptanır
• MSI olan çoğu tümörde MLH1 ve PMS2 ekspresyon kaybı
• Genellikle MLH1 geninin metilasyonu
• Sıklıkla BRAF (genelde V600E) mutasyonu varlığı

59. Sporadik kolorektal kanserde MSI
NCCN Genetic/Familial High-Risk Assessment:Colorectal 2016 v.2
Doku Testleri
Olası
Etyoloji
Test
Önerisiİmmünohistokimya
MSI
BRAF
V600E
MLH1
promotor
metilasyonu
MLH1 MSH2 MSH6 PMS2
+ + + + Düşük ? ?
Sporadik
LS dışı
kalıtsal
YOK
+ + + + Yüksek ? ?
LS
Sporadik
Germline
MMR
? ? ? ? Yüksek ? ?
LS
Sporadik
Germline
MMR

60. Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test
Colorectal Basic S M L
RAS bilinmiyor KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 58 NGS
NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 HER2 FISH
BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 MET FISH
PIK3CA 20 PIK3CA 20 ALK FISH
HER2 FISH HER2 FISH PIK3CA FISH
MET FISH MET FISH ROS1 FISH
ALK FISH
EGFR 19,21
MET 17, 19
FGFR1 FISH
RAS WT BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 58 NGS
PIK3CA 20 PIK3CA 20 HER2 FISH
HER2 FISH HER2 FISH MET FISH
MET FISH MET FISH ALK FISH
PIK3CA FISH PIK3CA FISH PIK3CA FISH
ALK FISH ALK FISH FGFR1 FISH
HER2 20 ROS1 FISH
MET 17, 19
FGFR1 FISH
EGFR 19,21
RAS M PIK3CA 20 PIK3CA 20 PIK3CA 20 58 NGS
PIK3CA FISH PIK3CA FISH MET FISH
MET FISH MET FISH FGFR1 FISH
MET 17, 19 MET 17, 19 PIK3CA FISH
MET 16, 2 MET 16, 2
AKT1 4 MET 11, 14
FGFR1 FISH
AKT1 4
KIT 17,11

61. Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test
Tümör İlaç Etkin genetik test
Kemorefrakter mCRC Hedefli immünoterapi
(pembrolizumab vb)
MSI
Kemorefrakter mCRC Temozolomide MGMT metilasyonu
mCRC
5FU TSER*3R, DPD*2A, MTHFR
İrinotekan UGT1A1
EGFR inhibitörleri KRAS mutasyonları
NRAS E2-4 mutasyonları
Gastrointestinal stromal
tümör (GIST)
İmatinib KIT geni
ekzon 9, 11, 13 ve 17
mutasyonları
PDGFRA geni
ekzon 12 ve 18 mutasyonları

62. Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler
NGS Tabanlı Testler:
Kalıtımsal kan numunesi
HNPCC, FAP, CDH vb.
>50 gen
bölgesi
Somatik solid/paraffin doku/likid biyopsi
CKIT, PDGFRA vb.
%15 cut-off

63. Likid biyopsi

64. Likid biyopsi endikasyonları
Bilinen kanser belirteçleri
• tümör dokusundan salınan DNA parçalarının kanda yakalanması
• “hücre-dışı dolanan tümör DNA” (circulating tumor DNA=ctDNA )
Klinik yarar açısından likid biyopsi aşağıdaki olgulara uygulanabilir:
• Tümör dokusunda yapılan genetik incelemeleri sonucunda tedavi hedefi olabilecek
mutasyonlar saptanmış olan olgularda hastalık takibinin yapılması (akciğer kanserinde ALK
füzyonu veya EGFR, BRAF genlerinin aktive edici mutasyonları; mide kanserinde ERBB2
amplifikasyonu)
• Hedefe yönelik tedavi altındayken hastalığın ilerlemesi durumunda direnç mutasyonlarının
incelenmesi (akciğerde MET amp veya EGFRT790M mutasyonu gibi)
• Hastalık gelişiminde duyarlılığın gelişmesinin kontrolü (üçlü negatif primeri olduğu halde
metastatik meme kanserinde ERBB2-amplifikasyonunun saptanması)

65. Likid biyopsi olgusu
EGFR, ALK, HER2, BRAF: (-)
KRAS: (+)
PDL1: (+)
İMMÜNOTERAPİ
Likid biyopsi
KRAS ile 2 aylık takip
KRAS (-) PET (-)13. Ay

66. Likid biyopside rapor

67. GIS hastalıklarında genetik testleri neden yapıyoruz?
•Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı
•PFIC, Kistik fibroz, FMF
•Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı
•PFIC, Kistik fibroz, FMF
Tanı Testleri
•Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test
•PFIC, Kistik fibroz, FMF
•Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test
•PFIC, Kistik fibroz, FMF
Taşıyıcı Testleri
•Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test
•Çölyak, Crohn, HNPCC
•Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test
•Çölyak, Crohn, HNPCC
Prediktif Testler
•Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test
•FAP
•Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test
•FAP
Presemptomatik Testler
•Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test
•FMF, mCRC’de BRAF
•Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test
•FMF, mCRC’de BRAF
Prognostik testler
•İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test
•GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI
•İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test
•GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI
Farmakogenetik

68. 26.10.2017 68
• Numuneler ile birlikte gelen, hasta onayının da
bulunduğu Hasta İstem/onam Formu çok önemlidir.
• Bu form olmadığı takdirde hiçbir çalışma yapılamaz.
Genetik testlerde örnek kabulünde nelere dikkat etmeliyiz?

69. • Ön tanı/endikasyonu
• Hekim ve iletişim bilgisi
• Hekim imzası
• Hasta imzası
26.10.2017 69
Genetik testlerde tetkik istem/onam formu neden var?

70. Genetik Test Bilgilerimize nereden ulaşabilirsiniz?