BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI ve MİKROBİYOM ANALİZLERİ SUNUMU

1. BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI
ve
MİKROBİYOM ANALİZLERİ
Kıvanç Bilecen, PhD
Ar-Ge Koordinatörü
Düzen Laboratuvarlar Grubu

2. Bağırsak Mikrobiyotası ve Mikrobiyom Analizleri
Mikrobiyata/MikrobiyomMikrobiyata/Mikrobiyom
Yeni Nesil DNA Dizileme YöntemleriYeni Nesil DNA Dizileme Yöntemleri
Mikrobiyom TestleriMikrobiyom Testleri
Klinik ÖnemKlinik Önem
Hasta BeklentileriHasta Beklentileri

3. Qin et al. 2010
Mikrobiyota
1g intestinal içerik1g intestinal içerik
101-104 mide/duodenum101-104 mide/duodenum
104-108 jejunum/ileum104-108 jejunum/ileum
1010-1012 kalın bağırsak1010-1012 kalın bağırsak
Kısa zincirli yağ asitleri (SCFA)Kısa zincirli yağ asitleri (SCFA)
Vitaminler (K, B12, folik asit)Vitaminler (K, B12, folik asit)
Amino asitlerAmino asitler
Savunma/Kolonizasyon direnciSavunma/Kolonizasyon direnci

4. Mikrobiyota
Cox et al 2014 Cell

5. Mikrobiyota

6. Mikrobiyota
Gilbert et al., 2015

7. Mikrobiyota ve Probiyotik Pazar
Probiyotik pazar büyüklüğü ~30-40 milyar dolar

8. Mikrobiyom Analiz Pazarı
Mikrobiyom analizi pazar büyüklüğü
~294 milyon dolar (2019)

9. Mikrobiyom Analizi Hedef DNA Bölgeleri

10. DNA Dizileme
Sanger Dizileme, 1977

11. Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS)
Pyrosequencing
Sentezleyerek Dizileme

12. Sanger ve NGS
Sanger DizilemeSanger Dizileme
LOD %10-20
NGSNGS
Kapsam 30 – 100.000X
LOD <%5
~ aynı anda milyonlarca Sanger

13. NGS Verisi

14. NGS ile Yolculuğumuz
2012/08 2013/01
İlk raporİlk rapor
2014/11
Son raporSon rapor
1,718 tekil analiz1,718 tekil analiz
2014/10 2014/11
İlk Rapor
(2014/11/15)
İlk Rapor
(2014/11/15)
11.025 tekil analiz
(~35 ay)
11.025 tekil analiz
(~35 ay)
2017/10
~315 analiz / ay~315 analiz / ay
2016/07

15. NGS İş Akışı
Hasta Numunesi DNA İzolasyonu
Hedef Bölgeler
(Multiplex-PCR)
2. PCR
barkodlama
Dizileme
Veritabanı araştırması/karşılaştırma
(HGMD, clinVar)
(GreenGenes, NCBI 16S)
Kütüphane

16. Mikrobiyom Analizi

17. Mikrobiyom Analizi
Normal flora ???Normal flora ???
Bifidobacterium,
Lactobacillus,
Bacteroides,
Clostridium,
Escherichia,
Streptococcus
Ruminococcus
Bifidobacterium,
Lactobacillus,
Bacteroides,
Clostridium,
Escherichia,
Streptococcus
Ruminococcus
BacteroidetesBacteroidetes
FirmicutesFirmicutes
%60%60 Burkina Faso Florence, Italy
De Phillippo et al, 2010
Koliada et al., 2017

18. Mikrobiyom Analizi

19. Mikrobiyom Analizi
Faecalibacterium prausnitziiFaecalibacterium prausnitzii
Firmicutes/Bacteroides OranıFirmicutes/Bacteroides Oranı
Firmicutes lifleri metabolize edebilir
Düşük karbonhidratlı diyet
Elma pektini ve lactobacilli kültürü (probiyotik)
Bütirat üretimi
Anti-enflamatuvar etki (NF-kappa B aktivasyonunu bloklama)
Chrohn’s hastalığı, bağırsak kanseri düşük sayı

20. Mikrobiyota
Akkermansia muciniphilaAkkermansia muciniphila
Müsin parçalayan bakteri
Yüksek yağ diyeti ince mukus zarı
Mukus tabakasının modülasyonu
Prebiyotik Frukto-oligosakkarit
Probiyotik Bifidobacterium / Lactobacillus

21. BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI
ve
MİKROBİYOM ANALİZLERİ
Kıvanç Bilecen, PhD
Ar-Ge Koordinatörü
Düzen Laboratuvarlar Grubu
TEŞEKKÜRLER …