Dokumen tersebut membahas berbagai aspek regulasi transkripsi pada bakteri dan eukariot, termasuk kontrol transkripsi, elemen genetik yang meregulasi ekspresi gen, mekanisme aktivasi dan represi transkripsi oleh faktor transkripsi, serta regulasi inisiasi, elongasi dan terminasi transkripsi.

1. 7. Regulasi
transkripsi

2. 7.1 Kontrol transkripsi bakteri
7.2 Kontrol ekspresi gen dan RNA polimerase
eukariot
7.3 Elemen genetik pada gen pengkode protein
7.4 Aktivator dan represor transkripsi
7.5 Inisiasi transkripsi oleh RNA polimerase II
7.6 Mekanisme molekuler represi dan aktivasi
transkripsi
7.7 Regulasi aktivitas faktor transkripsi
7.8 Regulasi elongasi dan terminasi transkripsi
7.9 Sistem transkripsi eukariot yang lain
2

3. 3
Kontrol transkripsi eukariot

4. 7.1 Kontrol
transkripsi bakteri
4

5. Operon
lac
5

6. Interaksi represor-operator
lac

7. Faktor σ E. coli
σ70
σ S
σ 32
σ E
σ F
FecI
σ 54

8. 8

9. 9
Sistem
regulasi yang
terdiri dari
dua
komponen
PhoR/PhoB
pengaruh [P]

10. 7.2 Kontrol ekspresi
gen dan RNA
polimerase eukariot
10

11. Analisis daerah kontrol
transkripsi gen pax6 pada
mencit transgenik
 3 alternative promoters function in different cell types

12. Transgenic mice with β-galactosidase
reporter gene
 LP = Lens pit
 P = pancreas

13. Daerah lestari ~ 500 kb hilir gen
SALL1 (represor transkripsi)

15. 15
Pemisahan 3 macam RNA pol
melalui kromatografi kolom
Hijau:
sintesis RNA
bila ada
amanitin

16. Fungsi RNA pol

17. 17
Struktur RNA pol bakteri dan ragi

18. 18
Subunit
RNA pol
E. coli
dan ragi

19. 19
Hijau:
CTD tidak
difosforilasi
Merah:
CTD
difosforilasi
Fosforilasi CTD RNA Pol II
Salivary gland polytene chromosome of Drosophila
isolated just before molting

20. 7.3 Elemen genetik
pada gen pengkode
protein
20

21. 21
Consensus sequence
TATA box

22. 22
Analisis delesi untuk identifikasi
daerah kontrol transkripsi

23. 23
Arsir:
daerah
yang
dimutasi
Analisis mutasi untuk identifikasi
daerah kontrol transkripsi

24. 24
Perubahan
ekspresi gen
akibat DNA
SV40

25. 25
Organisasi elemen kontrol
yang meregulasi ekspresi
gen eukariot

26. 7.4 Aktivator dan
represor transkripsi
26

27. 27
DNase
foot-
printing
Merah: 32P
 DNase

28. 28
DNase foot-printing

29. 29
Electrophoretic mobility shift
assay

30. 30
Assai in vitro untuk faktor transkripsi
Assai:
DNA templat
RNA pol II
Faktor transkripsi umum
NTP radioaktif

31. 31
Assai
transfeksi
in vivo
mengukur
aktivitas
transkripsi

32. 32
Mutan delesi

33. 33
Struktur
aktivator
transkripsi
eukariot

34. 34
Daerah kontrol gen EGR-1
WTI = represor
AP1, SRF, TCF = aktivator

35. 35
Interaksi represor dengan DNA

36. 36
Protein pengikat DNA: zinc
finger

37. 37
Protein pengikat DNA:
leucine zipper

38. Pengikatan ligan pada reseptor
estrogen
Interaksi
heliks ko-
aktivator
dengan
heliks yang
hijau

39. 39
Kombinasi faktor transkripsi pada
bagian DNA berbeda

40. 40
Pengikatan kooperatif dua faktor
transkripsi pada elemen kontrol

41. 41
Model enhancesome pada
enhancer gen interferon

42. 7.5 Inisiasi
transkripsi oleh RNA
polimerase II
42

43. 43
Pembentukan kompleks pre-
inisiasi RNA pol II in vitro

44. Kompleks pre-inisiasi RNA pol II

45. 7.6 Mekanisme
molekuler represi
dan aktivasi
transkripsi
45

46. 46
Lokus mating type ragi

47. 47
Lokasi protein SIR3 pada
heterokromatin

48. 48
Mekanisme silencing pada telomer
RAP1 terikat DNA telomer
SIR3 & SIR4 terikat :
RAP1
SIR2 (histon deasetilase)
ekor histon tanpa gugus asetil

49. Represi kompleks protein polycomb
Mempertahankan represi gen pada tipe sel tertentu
Protein polycomb = subunit PRC1 & PRC2
PRC2: domain SET metilasi Lys27 pada histon H3
PRC1 terikat nukleosom termetilasi melalui dimer
subunit Pc (chromodomain terikat Lys27 termetilasi)
Kromatin terkondensasi, tidak dapat ditranskripsi

50. 50
Imunopresipitasi kromatin
Deteksi tingkat asetilasi
histon
•Histon diikat silang dengan
DNA secara in vivo
•Kromatin diisolasi dan
dipatahkan
•Tambahkan antibodi
terhadap ekor histon yang
terasetilasi
•Imunopresipitasi
•Lepaskan DNA & PCR

51. 51
Mekanisme deasetilasi histon
pada kontrol transkripsi ragi

52. 52
Mekanisme hiperasetilasi histon
pada kontrol transkripsi ragi

53. Asosiasi transgen yang direpresi
dengan heterokromatin

54. 54
Expression of fusion
proteins
 Hamster cell lines
with tandem array E.
coli lac operators
integrated into
heterochromatin
region
 Transfected with
expression vector
containing:
a. lac repressor gene
b. lac repressor gene
fused to an activation
domain
Red: antibody staining of lac repressor

55. 55

56. 56

57. 57

58. 58

59. 59

60. 60

61. 61

62. 7.7 Regulasi
aktivitas faktor
transkripsi
62

63. 63
Hormon yang mengikat reseptor
dalam sitosol atau inti sel

64. 64
Faktor transkripsi: superfamily
reseptor inti

Motif Zn Finger
Homologi tinggi
1 domain
aktivasi

65. 65
Reseptor:
GRE = glukokortikoid | homodimer
ERE = estrogen |
VDRE = vitamin D3 |
TRE = hormon tiroid | heterodimer
RARE = retinoic acid |
DNA response
element yang terikat
reseptor inti

66. 66
Ekspresi protein fusi
Imunofluorosensi: antibodi terhadap β-galaktosidase
Dex = dexamethasone (glukokortikoid)

67. 67
Aktivasi gen oleh hormon
AD = domain
aktivasi
DBD = domain
pengikat DNA
LBD = domain
pengikat ligan

68. 7.8 Regulasi
elongasi dan
terminasi transkripsi
Transkripsi genom HIV dan gen hsp
68

69. 69
Kompleks anti-terminasi
Elemen TAR pada DNA
HIV: dikenali oleh Tat dan
siklin T
•SiklinT aktivasi CDK9
(kinase)
•CTD terfosforilasi
•Transkripsi dilanjutkan

70. 7.9 Sistem
transkripsi eukariot
yang lain
70

71. 71
Kompleks inisiasi
RNA pol I ragi
UAF = upstream activating factor
CF = core factor

72. 72
Elemen kontrol gen yang
ditranskripsi RNA pol III
Box A, B & C
Internal promoter element
Sisi pengikatan TF III

73. Transkripsi mitokondria
 RNA pol dikode DNA inti
 Subunit besar: mirip RNA pol T7
 Subunit kecil B
 Faktor transkripsi A mitokondria: perlu untuk
inisiasi transkripsi
 Promoter
 Awal transkripsi kaya AT
 Manusia: ada 2, 15 pb
 Kedua untai ditranskripsi seluruhnya, diproses jadi
mRNA, rRNA dan tRNA
 Ada promoter khusus untuk rRNA
73

74. Transkripsi kloroplast
 RNA pol
1. Multisubunit
• Mirip RNA pol bakteri
• α, β, β’, ω dikode kloroplast
• Faktor σ dikode inti
• Promoter ~ cyanobacteria
2. Satu subunit
• Mirip bakteriofag dan mitokondria
• Dikode inti
74