Dokumen tersebut membahas tentang kit pemurnian fragmen DNA/RNA hasil PCR atau reaksi enzim dari merek Magen. Kit tersebut digunakan untuk memisahkan DNA/RNA dari komponen reaksi lainnya dengan hasil lebih dari 80% untuk aplikasi selanjutnya seperti sekuensing, kloning, pelabelan. Terdapat berbagai jenis kit sesuai dengan jumlah sampel dan jenis nukleotida yang akan dimurnikan.
1. Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR
atau reaksi enzim dari Brand Magen
1. DNA
Deskripsi
DNA (deoxyribonucleic acid/asam deoksiribonukleat) adalah suatu asam nukleat
yang mengandung instruksi/informasi genetik spesifik untuk perkembangan biologis
dan fungsional tubuh seluruh makhluk hidup eukariotik, prokariotik dan beberapa
virus.
2. Struktur DNA
DNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari satu basa nitrogen (Adenin,
Guanin, Citosin, Timin), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa (Deoksiribosa), dan satu
gugus posphat. Bentuk dari DNA double helix atau double strand, strand satu
dengan strand kedua bersifat komplementer atau berpasangan dan dihubungkan
dengan ikatan hidrogen (Gambar 1).
Gambar 1. DNA double helix
Bagian dari molekul DNA yang membawa informasi genetik adalah basa
nitrogennya, sementara gula dan fosfat berperan dalam membentuk struktur (tulang
punggung) DNA.
2. RNA
Deskripsi
RNA (Ribonucleic Acid/Asam Ribonukleat) adalah molekul polimer yang terlibat
dalam berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi
gen. Banyak virus mengkodekan informasi genetik mereka menggunakan genom
RNA.
3. Struktur RNA
Sama halnya dengan DNA, RNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari
satu basa nitrogen (Adenin, Guanin, Citosin, Urasil), satu gula D-ribosa dan satu
gugus phospat. Berbeda dengan DNA, RNA hanya memiliki untai tunggal atau
single helix (Gambar 2). Ada tiga macam RNA yang fungsinya berbeda-beda,
namun saling berhubungan dalam proses sintesis protein yaitu mRNA, tRNA, dan
rRNA.
Gambar 2. RNA single Helix
3. Isolasi DNA/RNA
Genom pada semua sel adalah DNA, sedangkan pada virus genom dapat berupa
DNA atau RNA. Saat ini telah berkembang pesat teknologi dalam keilmuan biologi
molekuler. Salah satunya teknologi rekombinan DNA, yaitu teknologi mendasar
yang dilakukan dalam penelitian bioteknologi modern. Teknologi ini mulai
berkembang sekitar tahun 1970an. Prinsip dasar dari teknologi ini adalah
mengisolasi DNA dari organisme target yang disisipkan ke sel inang dengan cara
transformasi atau sering disebut juga dengan kloning DNA. oleh sebab itu penting
untuk melakukan teknik isolasi DNA atau RNA yang benar agar diperoleh sampel
DNA atau RNA yang berkualitas baik.
Sebelumnya pernah kami bahas juga mengenai teknik isolasi DNA/RNA. Disini
akan kami bahas secara ringkas mengenai isolasi DNA/RNA.
4. Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA dari suatu sel
sebagai tahap awal suatu analisis genetik. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada
dasarnya merupakan serangkaian proses pemisahan DNA dari
komponen-komponen sel lainnya. Saat ini isolasi DNA secara teknis menjadi lebih
mudah dengan munculnya berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi dalam bentuk kit.
Isolasi DNA diperlukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi DNA
Yaitu:
1). penghancuran (lisis),
2). ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein,
3). pemurnian DNA.
Prinsip dasar isolasi DNA dapat diaplikasikan dengan berbagai macam tahapan
ekstraksi dan purifikasi DNA dengan berbagai modifikasi disesuaikan dengan
kebutuhan atau jenis sampel yang diekstraksi.
Isolasi RNA
Sama dengan DNA, isolasi RNA digunakan untuk memisahkan RNA dari zat lain
sehingga dihasilkan RNA murni. Dan prinsipnya pun tidak jauh berbeda dengan
isolasi DNA. Isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu: Ekstraksi RNA, Pemurnian RNA,
dan Presipitasi RNA. Namun, molekul RNA relatif lebih pendek dan lebih sulit rusak
dengan shearing sehingga disrupsi sel dapat dilakukan dengan lebih agresif.
Isolasi RNA dapat dilakukan dengan mudah menggunakan Kit Isolasi RNA.
Penggunaan Kit Isolasi RNA memberikan hasil isolat RNA yang lebih murni dari
kontaminan dan dari degradasi RNA.
5. 4. PCR
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah pemeriksaan laboratorium untuk
mendeteksi keberadaan material genetik (DNA/RNA) dari sel, bakteri, virus atau
material genetik makhluk hidup lainnya. Prinsip kerja PCR yaitu sintesis enzimatik
untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Metode
ini dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mullis pada tahun 1985. Metode ini
sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis
genetic.
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA template (95°C),
penempelan (annealing) primer (55-60°C), dan polimerisasi (extension) rantai DNA
(72°C). Teknik amplifikasi DNA menggunakan PCR dapat meningkatkan jumlah
urutan DNA menjadi ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106
-107
kali. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekuler
karena relatif murah, cepat dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Saat
pandemi ini teknik PCR menjadi gold standard dalam pemeriksaan COVID-19.
Kini terdapat 2 jenis PCR yaitu PCR konvensional dan RT PCR (Real time PCR).
Pada analisa PCR konvensional, deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir
reaksi dan pengamatan masih harus dilakukan dengan elektroforesis. Dengan
analisa Real Time PCR memungkinkan untuk dilakukan pengamatan pada saat
reaksi berlangsung. Pada Real Time PCR pengamatan hasil tidak lagi
membutuhkan tahap elektroforesis, sehingga tidak lagi dibutuhkan gel agarose dan
penggunaan Ethydium Bromide (EtBr) yang merupakan senyawa karsinogenik.
RT PCR/Q PCR merupakan pengembangan metode PCR yang hasil amplifikasinya
dianalisis selama proses amplifikasi dengan menggunakan pewarna DNA atau
pelacak berfluoresensi. Adapun perbedaan antara PCR konvensional dan Real
time PCR dapat dilihat pada tabel berikut (Tabel 1).
6. Tabel 1. Perbedaan PCR Konvensional dan Real time PCR
PCR Konvensional Real time PCR
Sensitivitas lebih rendah Sensitivitas lebih tinggi
Presisi lebih rendah Presisi lebih tinggi
Tidak otomatis Otomatis
Hasil tidak dalam bentuk angka Data dikumpulkan dalam fase
pertumbuhan eksponensial PCR
Deteksi keberadaan DNA dilakukan
pada akhir reaksi
Pengamatan dapat dilakukan saat
reaksi berlangsung
Pengamatan keberadaan DNA hasil
amplifikasi dilakukan di gel agarosa
setelah dilakukan elektroforesis
Keberadaan DNA hasil amplifikasi
dapat diamati pada grafik yang muncul
sebagai hasil akumulasi fluoresensi
dari probe (penanda)
5. Kit Permurnian Fragmen DNA/RNA Magen
Produk PCR atau DNA/RNA hasil reaksi enzimatik maupun gel agarose biasanya
dimurnikan dari komponen reaksi untuk menghilangkan nukleotida atau primer atau
molekul kecil yang dapat mengganggu kinerja untuk aplikasi selanjutnya. DNA/RNA
yang dimurnikan dapat digunakan untuk sekuensing DNA/RNA fluoresen otomatis,
kloning, pelabelan, pencernaan enzim restriksi atau transkripsi / terjemahan in vitro
tanpa manipulasi lebih lanjut.
Produk yang kami tawarkan dari brand Magen merupakan Kit untuk memurnikan
dan mengkonsentrasikan fragmen DNA atau RNA dari PCR atau reaksi enzimatis
antara 60bp-20kbp dengan hasil melebihi 80%. Berikut adalah list produk Kit
pemurnian Fragmen DNA/RNA dari Brand Magen.
7. Tabel 2. Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA hasil PCR dari Brand Magen
Nama Produk No. Katalog Size
HiPure Gel Pure DNA Mini Kit D2111-01
D2111-02
D2111-03
20 preps
100 preps
250 preps
HiPure Poly Gel RNA Kit R2114-01
R2114-02
R2114-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure PCR Pure Mini Kit D2121-01
D2121-02
D2121-03
20 preps
100 preps
250 preps
HiPure DNA Clean Up Kit D2141-01
D2141-02
D2141-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure Nucleotide Remove Kit D2142-01
D2142-02
D2142-03
10 preps
50 preps
250 preps
HiPure RNA Clean Up Kit R2144-01
R2144-02
R2144-03
10 preps
50 preps
250 preps
Sumber:
1. https://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat
2. Kemenkes
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC342166/
4. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016117300304