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![この後(少なくとも俺は)こうしてる
• 基本的に
1. （適当に）文章書いて
2. 間にRのコードを挟む
な感じで書いていく
• 時々、[Knit HTML]押してチェック
←行ったり来たり→
.Rmd
(R Markdown)
knitr
※もっといいやり方あったら教えてください
.html
26](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-26-320.jpg)
![まずは基本的な書き方
• [Knit HTML]ボタン押すと以下のよう
な、出力が得られる
※宗教上の理由で古いRを使っております
29](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-29-320.jpg)
![インラインChunk
• 以下の内容を.Rmdファイルに追記
`r XXX`でインライン展
開されるchunkになる
carsデータに関する回帰分析だーっ！
```{r lm_result}
x <- lm(dist~speed, data=cars)
```
この結果、回帰係数の切片は
`r coef(x)["speed"]`となった。
31](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-31-320.jpg)
![他の言語、突っ込む(Rcpp)
• フィボナッチ数列計算関数作成
```{r engine_rcpp, engine='Rcpp'}
#include<Rcpp.h>
// [[Rcpp::export]]
int fibCpp(const int x){
if(x==0 || x==1){return(x);}
return(fibCpp(x-1) + fibCpp(x-2));
}
```
53](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-53-320.jpg)
![ドキュメント変換に向けて
• HTML以外にするためには、ある程
度knitrが中でどんな動きをしている
のかを知っておくのが得策
• というわけで、[Knit HTML]ボタンを
押した場合の挙動をちょいと紹介
70](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-70-320.jpg)
![[Knit HTML]ポチった時の動作
.Rmd
(R Markdown)
knit関数
(knitrパッケージ)
.md
(Markdown)
markdownToHTML関数
(markwodnパッケージ)
.html
(HTML)
※実際はRstudio内部にあるMarkdownからHTMLにする内部関数が使われてるらしい
71](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-71-320.jpg)
![[Knit HTML]ポチった時の動作
• 模倣するには、以下のように書く
library(knitr)
library(markdown)
output <- knit(“TokyoR36_Basic.rmd”,encoding=“UTF-8”)
#「invalid multibyte string at」
#というエラーが出るので解消するためにロケール変えてる。
#Windows 7だけかも？
#ロケール変えなくていいなら
#knitr::knit2html関数もほぼ同じ挙動
Sys.setlocale(locale=“C”)
markdownToHTML(output, output=“ TokyoR36_Basic.html")
72](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-72-320.jpg)
![PDFで出力したい
• [.md]→[.tex]→[.pdf]とTeX経由でPDFへ
• 以下のような”おまじない”でPDFになります
• コマンドプロンプトで「pandoc –D latex」と
打って出る結果が、デフォルトのTeXのテン
プレートになるので、スタイル変更したい場
合は、適当に改変する必要有(*)
library(knitr)
env <- new.env()
assign(“table.format”, “markdown”, env)
output <- knit(“TokyoR36_Basic.Rmd”, envir=env, encoding=“UTF-8”)
system(sprintf(“pandoc -s %s -V documentclass=ltjltxdoc -o hoge.tex”, output))
system(“lualatex -interaction=nonstopmode hoge.tex”)
※おとなしくユーザガイド見るのが一番いい(http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html
※ @sky_y氏作の日本語訳有！多謝！(http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/)
83](https://image.slidesharecdn.com/tokyor3620140222-140222014213-phpapp02/85/knitr-pandoc-R-Markdown-Reproducible-Research-83-320.jpg)
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- 27. まずは基本的な書き方 • 本文の間にチャンクと呼ばれる ```{r label,option1, …., optionN} ----ここにRのコード----``` を書き、Rのコードを埋め込んでいく (label・optionはIDと処理のオプション) • .Rhtmlでも.Rnwでも基本こんな感じ （Chunkの開始・終了タグがちょいと違うだけ） 27
- 28. まずは基本的な書き方 • 以下の内容を.Rmdファイルに追記 やぁ、みんなこんにちは！ ぼくのRのversionは ```{r my_r_version,warning=TRUE} R.version.string ``` Rのコード ダヨ！！！ Chunk Chunkのlabel. ID的なもん Chunkのオプション的なもん 28
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- 31. インラインChunk • 以下の内容を.Rmdファイルに追記 `r XXX`でインライン展 開されるchunkになる carsデータに関する回帰分析だーっ！ ```{rlm_result} x <- lm(dist~speed, data=cars) ``` この結果、回帰係数の切片は `r coef(x)["speed"]`となった。 31
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- 35. 表の追加 • resultsオプションに、”そのまま出力”を 意味する’asis’を指定 • knitr内のkable関数を使用(xtableも可) •format=“markdown”でpandoc用 markdownテーブルへ出力可 ```{r table1, results='asis'} x <- lm(dist ~ speed, data=cars) kable(summary(x)$coef, format="html",digits=2) ``` ※その他、panderパッケージなるものを使う手もある 35
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- 37. 図の追加 • 単純にPLOT関数を書けばOK • fig.(width|height)には出力(Not張付) 画像サイズをインチ単位で指定 • fig.capオプションに文字列を指定する と図のキャプションも入る(Word等時) ```{r plot_cars, fig.width=5, fig.height=4} plot(cars) ``` 37
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- 39. 図の追加 • ggplot2なんかもOK ```{r plot_iris,fig.width=5, fig.height=4} library(ggplot2) qplot(Sepal.Length, Sepal.Width, data =iris, colour=Species) ``` 39
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- 48. スクリプトの共有 • read_chunk関数により、Rで書いた他の ファイルを取りこむことが可能 • 以下の内容のファイルが”share/shared.R” として保存してあると仮定 ##@knitr plus10r plus10 <- function(x){ x+10 } plus10(3) ## @knitr subset_iris subset(iris, Sepal.Length>7.6) 48
- 49. スクリプトの共有 .Rmdの例 その出力結果 ```{r read_shared_r} read_chunk("share/shared_r.R") ``` ```{r plus10r} ``` shared_r.R内の関数が ##@knitr plus10r という書式で指定されたラベルで実行できる！ 49
- 50. .Rmdファイルの分割 • 以下のような内容の.Rmdを作成 (share/shared_rmd.Rmdとした) ```{r child_rmd} print("これは別ファイルに記述されたRMarkdownです") ``` • 別の.Rmdでchildオプションで指定 ```{r child1, child="share/shared_rmd.Rmd"} ``` 50
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- 52. 他の言語、突っ込む • engineオプションを指定することで、 他の言語(python, ruby,sed, awk, haskell, SAS, perl)をchunkとして突っ 込める • 更に、Rcppを指定するとRcppのコー ドを書く事も可能 52
- 53. 他の言語、突っ込む(Rcpp) • フィボナッチ数列計算関数作成 ```{r engine_rcpp,engine='Rcpp'} #include<Rcpp.h> // [[Rcpp::export]] int fibCpp(const int x){ if(x==0 || x==1){return(x);} return(fibCpp(x-1) + fibCpp(x-2)); } ``` 53
- 54. 他の言語、突っ込む(Rcpp) • 作成した関数を.Rmd内部で使用 ```{r ruse_rcpp} #Rcppで作成した関数を使用 fibCpp(10) ``` 54
- 55. 他の言語、突っ込む(python) • フィボナッチ数列計算関数作成＆実行 ```{r engine='python'} deffibPy(n): if n == 0 or n == 1 : return n else: return fibPy(n-1) + fibPy(n-2) print fibPy(10) ``` 55
- 56.
- 57. Chunkのエイリアス • Chunkオプションには、略記のため の”別名”を付けることも可能 ```{r} set_alias(w ="fig.width", h = "fig.height") ``` ```{r w=7, h=6} plot(cars) ``` ※正確にはchunkオプション以外にPackageオプションがあり、aliasはその１つ 57
- 58. コードをAppendixに載せる Aという手法を用いると、以下のような結果が算出される。 ```{r AppA, echo=FALSE} 1+1 ``` 一方、手法Bを用いると、以下のような結果となった。 ```{rAppB, echo=FALSE} 2+3 ``` ～Appendix～ 手法Aのコード ```{r AppA, eval=FALSE} ``` 手法Bのコード ```{r ref.label=c('AppB'), eval=FALSE} ``` ※ちなみにall_labels関数を用いると全chunkのlabelが引ける 58
- 59.
- 60. テンプレートからの作成 • Rのソースコードを雛型として、一気に 定型レポート作成する関数もあり –spin: .R---> .md –stitch: .R ---> .md/.html/.pdf(*1) • spinは変換のみ • stitchは簡単なレポートのテンプレート まで作ってくれる(*2) ※1: 日本語環境だとpdf生成は、相当頑張って設定しないとキツいとおもう… ※2: デフォルトのテンプレートだとsessioninfo, ファイルの生成時間を自動で付けてくれたり する。テンプレートは指定可能。 60
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- 68. Word/PDFで出力したい • Pandocを使って、knitrの出力 (Markdown)をWord/PDFへ変換する 方向で • knitrから直接変換できるものの、日 本語が入ると正直キツい •これは試行錯誤の末の一案なので、 だれかもっといいやり方あったら教 えて… 68
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- 70. ドキュメント変換に向けて • HTML以外にするためには、ある程 度knitrが中でどんな動きをしている のかを知っておくのが得策 • というわけで、[KnitHTML]ボタンを 押した場合の挙動をちょいと紹介 70
- 71.
- 72. [Knit HTML]ポチった時の動作 • 模倣するには、以下のように書く library(knitr) library(markdown) output<- knit(“TokyoR36_Basic.rmd”,encoding=“UTF-8”) #「invalid multibyte string at」 #というエラーが出るので解消するためにロケール変えてる。 #Windows 7だけかも？ #ロケール変えなくていいなら #knitr::knit2html関数もほぼ同じ挙動 Sys.setlocale(locale=“C”) markdownToHTML(output, output=“ TokyoR36_Basic.html") 72
- 73.
- 74. ドキュメント変換の際の注意 • HTMLでチェックしつつ、Markdownに 持って行こうと思う場合、表の形式を HTML⇔Markdownで切り替える必要 がある • とりあえず、以下のようなコード を、.Rmdの頭に書くようにしておいた ```{rtable_format} table.format <- ifelse(exists(“table.format”), table.format, “html”) ``` ※参考程度に後述するhookってのを使うのもあり 74
- 75. Wordへの変換 • こんな感じでいけます • pandocはRのpandoc関数で召喚 •tableがmarkdownになるように設定 ```{r convert_to_docx, eval=FALSE} library(knitr) env <- new.env() assign(“table.format”, “markdown”, env) output <- knit(“TokyoR36_Basic.Rmd”, envir=env, encoding=“UTF-8”) pandoc(output, format=‘docx’) ``` ※pandocのオプションとして--reference-docxをつけると.docxの書式等を指定したテンプレートが使える ※ @sky_y氏作の日本語訳有！多謝！(http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/) 75
- 76.
- 77.
- 78.
- 79. 数式の文字化け修正 ファイル内の <m:t> を <w:rFonts w:hAnsi="Cambria Math" w:ascii="CambriaMath"/><m:t> に置換&保存する 79
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- 82.
- 83. PDFで出力したい • [.md]→[.tex]→[.pdf]とTeX経由でPDFへ • 以下のような”おまじない”でPDFになります •コマンドプロンプトで「pandoc –D latex」と 打って出る結果が、デフォルトのTeXのテン プレートになるので、スタイル変更したい場 合は、適当に改変する必要有(*) library(knitr) env <- new.env() assign(“table.format”, “markdown”, env) output <- knit(“TokyoR36_Basic.Rmd”, envir=env, encoding=“UTF-8”) system(sprintf(“pandoc -s %s -V documentclass=ltjltxdoc -o hoge.tex”, output)) system(“lualatex -interaction=nonstopmode hoge.tex”) ※おとなしくユーザガイド見るのが一番いい(http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html ※ @sky_y氏作の日本語訳有！多謝！(http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/) 83
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- 85. この資料で全く解説してない内容 • hookというknitr内で行われるR Markdown処理の拡張方法がある –chunkオプションを拡張する事がで きる –Chunkの処理(前後)に好きな処理 を挟むことが出来る • “knit_hooks”で調べると良い ※正確にはchunkhooksとoutput hooksがある ※render_XXX(関数を調べるとよい 85
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- 90. 参考書籍 Dynamic Documents withR and knitr どちらかとい うとLaTeXとい うか.Rnwの話 題が多い 90
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