تعتبر النظافة العامة خارج وداخل المداجن والمفاقس، من أهم الخطوات في تطبيق إجراءات الأمن الحيوي. ويجب أن تكون كافة الإجراءات التطبيقية بسيطة وسهلة، لكن تنَّفَذ بدقة وبصرامة.
الوقاية من الأمراض أقل كلفة من العلاج، وغالباً لايوجد علاج ! خصوصاً عند انتشار الأمراض الفيروسية الخطرة مثل إنفلونزا الطيور (H5 N1) أو النيوكاسل أو الجمبورو وغيرها. لذلك لايمكن الوقاية من أمراض الدواجن دون تطبيق نظام فعال للأمن الحيوي، فهو الوسيلة الأقل كلفة والأكثر فعالية في الوقاية من هذه الأمراض المختلفة، لأن الخسائر الإقتصادية الناجمة عن انعدام أو اختراق هذا الأمن في المداجن والمفاقس قد تكون فادحة وأحياناً كارثية.