Rekayasa protein melibatkan berbagai disiplin ilmu untuk mengembangkan protein dengan sifat baru untuk aplikasi industri dan kesehatan melalui desain rasional, mutagenesis acak, dan teknik lainnya."
Teknik pemurnian protein meliputi beberapa tahapan seperti memecah sel, menghilangkan debri sel, pengendapan, dan pemurnian menggunakan berbagai teknik kromatografi seperti gel filtrasi dan penukar ion untuk memisahkan protein berdasarkan ukuran, muatan, dan sifatnya. Karakterisasi protein meliputi penentuan bobot molekul, komposisi asam amino, dan urutan asam aminonya.
Elektroforesis protein dan gel digunakan untuk memisahkan protein dan asam nukleat berdasarkan muatan, ukuran, dan bentuknya menggunakan medan listrik. Teknik ini melibatkan pemisahan molekul dalam gel poliakrilamida atau agarosa sebagai matriks penyangga. Hasil pemisahan dapat dideteksi dengan pewarnaan untuk menganalisis komposisi protein.
Polymerase Chain Reactions (PCR) adalah teknik untuk mensintesis sekuens DNA tertentu dengan menggunakan enzim DNA polimerase dan dua primer yang mengikat pada target DNA. PCR dapat meningkatkan jumlah DNA ribuan kali melalui siklus pemanasan dan pendinginan yang menurunkan, melepas, dan memperpanjang primer. Teknik ini memiliki banyak aplikasi dalam ilmu forensik, genetika, dan diagnosis penyakit.
Dokumen ini membahas tentang uji protein untuk mengetahui protein yang mengandung ikatan peptida dan gugus benzena. Dilakukan dua uji yaitu uji biuret untuk mendeteksi ikatan peptida dan uji xantoprotein untuk mendeteksi inti benzena. Hasil pengamatan menunjukkan sample protein mana yang mengandung ikatan peptida dan inti benzena.
Rekayasa protein melibatkan berbagai disiplin ilmu untuk mengembangkan protein dengan sifat baru untuk aplikasi industri dan kesehatan melalui desain rasional, mutagenesis acak, dan teknik lainnya."
Teknik pemurnian protein meliputi beberapa tahapan seperti memecah sel, menghilangkan debri sel, pengendapan, dan pemurnian menggunakan berbagai teknik kromatografi seperti gel filtrasi dan penukar ion untuk memisahkan protein berdasarkan ukuran, muatan, dan sifatnya. Karakterisasi protein meliputi penentuan bobot molekul, komposisi asam amino, dan urutan asam aminonya.
Elektroforesis protein dan gel digunakan untuk memisahkan protein dan asam nukleat berdasarkan muatan, ukuran, dan bentuknya menggunakan medan listrik. Teknik ini melibatkan pemisahan molekul dalam gel poliakrilamida atau agarosa sebagai matriks penyangga. Hasil pemisahan dapat dideteksi dengan pewarnaan untuk menganalisis komposisi protein.
Polymerase Chain Reactions (PCR) adalah teknik untuk mensintesis sekuens DNA tertentu dengan menggunakan enzim DNA polimerase dan dua primer yang mengikat pada target DNA. PCR dapat meningkatkan jumlah DNA ribuan kali melalui siklus pemanasan dan pendinginan yang menurunkan, melepas, dan memperpanjang primer. Teknik ini memiliki banyak aplikasi dalam ilmu forensik, genetika, dan diagnosis penyakit.
Dokumen ini membahas tentang uji protein untuk mengetahui protein yang mengandung ikatan peptida dan gugus benzena. Dilakukan dua uji yaitu uji biuret untuk mendeteksi ikatan peptida dan uji xantoprotein untuk mendeteksi inti benzena. Hasil pengamatan menunjukkan sample protein mana yang mengandung ikatan peptida dan inti benzena.
Makalah ini membahas pengaruh pemberian deksametason terhadap ekspresi gen moesin pada sel-sel stroma sumsum tulang kelinci. Penelitian menunjukkan bahwa pemberian deksametason menurunkan ekspresi mRNA moesin hingga 75-85% pada dua sampel kelinci. Protein moesin terkait dengan organisasi sitoskeleton sel. Hasil ini menunjukkan bahwa deksametason dapat memodulasi gen moesin dan berpengaruh terhadap
Dokumen tersebut memberikan penjelasan mengenai prinsip kerja Inductively Coupled Plasma - Atomic Emission Spectroscopy (ICP-AES) untuk analisis logam trace dalam sampel lingkungan. ICP-AES memanfaatkan plasma sebagai sumber atomisasi dan eksitasi, meliputi proses nebulisasi sampel, pembentukan plasma oleh ICP torch, generasi frekuensi tinggi, deteksi cahaya oleh spektrometer, dan analisis data melalui antarmuka komputer. Dokumen ini juga memb
Tiga metode utama untuk mengidentifikasi senyawa tumbuhan meliputi:
1. Spektroskopi UV dan IR untuk mengidentifikasi gugus fungsional
2. Spektroskopi NMR untuk menentukan struktur molekul
3. Spektroskopi massa untuk menentukan rumus molekul
Isolasi Dan Karakterisasi Fragmen C DnaYassier Anwar
Fragmen cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 (GmMt2) dari kedelai kultivar Slamet berhasil diisolasi dan berukuran 246 bp. Analisis menunjukkan fragmen GmMt2 memiliki urutan nukleotida dan asam amino yang sama dengan metallothionein dari Arabidopsis thaliana dan berperan dalam mengikat logam dan mendetoksifikasi unsur logam serta membatasi kerusakan oksidatif pada tanaman.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu metode yang sering digunakan pada bioteknologi modern yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
Teknik southern blot, northern blot, dan western blot memungkinkan deteksi DNA, RNA, dan protein secara spesifik. Southern blot melibatkan pemotongan DNA, elektroforesis, transfer ke membran, hibridisasi dengan probe DNA, dan deteksi. Northern blot melibatkan isolasi RNA, elektroforesis, transfer ke membran nilon, hibridisasi dengan probe RNA, dan deteksi. Western blot melibatkan transfer protein dari gel ke membran untuk deteksi ekspresi protein menggunakan antibodi.
Sintesis protein terjadi melalui proses transkripsi dan translasi. Transkripsi melibatkan pencetakan mRNA oleh DNA di inti sel, sedangkan translasi melibatkan pembentukan protein di ribosom menggunakan kode genetik dari mRNA. Hasil akhirnya adalah terbentuknya berbagai protein fungsional seperti enzim dan hormon.
Teknik PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA spesifik secara cepat dan akurat melalui siklus pengulangan proses pemanasan dan pendinginan yang memisahkan dan memperbanyak DNA target. Teknik ini memungkinkan deteksi dan karakterisasi DNA dalam jumlah sedikit untuk berbagai aplikasi medis dan forensik.
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida yang mengandung unsur-unsur C, H, O, N dan ada pula yang mengandung unsur S dan P.
1. Dokumen tersebut membahas tentang gen dan ekspresi gen, yang meliputi replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi mRNA, dan translasi mRNA menjadi protein.
2. Replikasi DNA melibatkan enzim DNA polimerase yang mensintesis DNA baru berdasarkan cetakan DNA induk, membentuk DNA ganda.
3. Transkripsi melibatkan RNA polimerase yang mensintesis mRNA berdasarkan cetakan DNA, sehingga kode genetik dapat diekspresikan.
Makalah ini membahas pengaruh pemberian deksametason terhadap ekspresi gen moesin pada sel-sel stroma sumsum tulang kelinci. Penelitian menunjukkan bahwa pemberian deksametason menurunkan ekspresi mRNA moesin hingga 75-85% pada dua sampel kelinci. Protein moesin terkait dengan organisasi sitoskeleton sel. Hasil ini menunjukkan bahwa deksametason dapat memodulasi gen moesin dan berpengaruh terhadap
Dokumen tersebut memberikan penjelasan mengenai prinsip kerja Inductively Coupled Plasma - Atomic Emission Spectroscopy (ICP-AES) untuk analisis logam trace dalam sampel lingkungan. ICP-AES memanfaatkan plasma sebagai sumber atomisasi dan eksitasi, meliputi proses nebulisasi sampel, pembentukan plasma oleh ICP torch, generasi frekuensi tinggi, deteksi cahaya oleh spektrometer, dan analisis data melalui antarmuka komputer. Dokumen ini juga memb
Tiga metode utama untuk mengidentifikasi senyawa tumbuhan meliputi:
1. Spektroskopi UV dan IR untuk mengidentifikasi gugus fungsional
2. Spektroskopi NMR untuk menentukan struktur molekul
3. Spektroskopi massa untuk menentukan rumus molekul
Isolasi Dan Karakterisasi Fragmen C DnaYassier Anwar
Fragmen cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 (GmMt2) dari kedelai kultivar Slamet berhasil diisolasi dan berukuran 246 bp. Analisis menunjukkan fragmen GmMt2 memiliki urutan nukleotida dan asam amino yang sama dengan metallothionein dari Arabidopsis thaliana dan berperan dalam mengikat logam dan mendetoksifikasi unsur logam serta membatasi kerusakan oksidatif pada tanaman.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu metode yang sering digunakan pada bioteknologi modern yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
Teknik southern blot, northern blot, dan western blot memungkinkan deteksi DNA, RNA, dan protein secara spesifik. Southern blot melibatkan pemotongan DNA, elektroforesis, transfer ke membran, hibridisasi dengan probe DNA, dan deteksi. Northern blot melibatkan isolasi RNA, elektroforesis, transfer ke membran nilon, hibridisasi dengan probe RNA, dan deteksi. Western blot melibatkan transfer protein dari gel ke membran untuk deteksi ekspresi protein menggunakan antibodi.
Sintesis protein terjadi melalui proses transkripsi dan translasi. Transkripsi melibatkan pencetakan mRNA oleh DNA di inti sel, sedangkan translasi melibatkan pembentukan protein di ribosom menggunakan kode genetik dari mRNA. Hasil akhirnya adalah terbentuknya berbagai protein fungsional seperti enzim dan hormon.
Teknik PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA spesifik secara cepat dan akurat melalui siklus pengulangan proses pemanasan dan pendinginan yang memisahkan dan memperbanyak DNA target. Teknik ini memungkinkan deteksi dan karakterisasi DNA dalam jumlah sedikit untuk berbagai aplikasi medis dan forensik.
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida yang mengandung unsur-unsur C, H, O, N dan ada pula yang mengandung unsur S dan P.
1. Dokumen tersebut membahas tentang gen dan ekspresi gen, yang meliputi replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi mRNA, dan translasi mRNA menjadi protein.
2. Replikasi DNA melibatkan enzim DNA polimerase yang mensintesis DNA baru berdasarkan cetakan DNA induk, membentuk DNA ganda.
3. Transkripsi melibatkan RNA polimerase yang mensintesis mRNA berdasarkan cetakan DNA, sehingga kode genetik dapat diekspresikan.
Fish sauce atau kecap ikan diperoleh dari proses fermentasi ikan dan garam laut. Fermentasi dilakukan oleh enzim ikan dan mikroorganisme halophilik selama berbulan-bulan. Kecap ikan memiliki rasa asin kaya dan aroma khas ikan, serta kaya akan protein dan asam amino. Produksi kecap ikan telah ada sejak zaman Romawi dengan berbagai variasi metode pembuatan di berbagai negara Asia Tenggara.
Tane koji and starter cakes are important cultures used to produce koji and ferment foods like sake, miso, and rice wines. Tane koji is a spore culture of Aspergillus oryzae grown on rice to be used as an inoculum for koji production. Starter cakes are mixed culture starters containing fungi and yeast used to ferment foods in Asia. Both tane koji and starter cakes play a key role in producing enzymes and fermenting foods through solid-state fermentation processes.
Produksi sake dimulai di China dengan mengunyah beras dan meludahkannya untuk memecah pati menjadi glukosa menggunakan enzim air liur. Sake kemudian menjadi minuman penting di Jepang hingga produksinya dikontrol pemerintah. Pada abad ke-10, kuil mulai memproduksi sake secara besar-besaran. Pada zaman Meiji dan abad ke-20, undang-undang baru mengizinkan produksi sake skala rumah tangga dan komersial.
Dawadawa is a traditional African fermented food condiment produced from locust beans. It is widely used in West and Central African cuisine to enhance the flavor of dishes. The traditional production process involves several labor-intensive steps like lengthy cooking, dehulling by hand, and sun drying. Researchers have proposed modified techniques to reduce processing time and effort, such as using sodium carbonate to aid faster dehulling. Studies show dawadawa has health benefits like controlling blood sugar and treating hypertension. New methods are also being explored like using soybeans as a substrate instead of locust beans. Overall, dawadawa is an important part of African food culture but traditional production can be optimized for improved efficiency
8 Kontrol pasca transkripsi 261114.pptssuser4743df
The document discusses various types of RNA processing and post-transcriptional control in eukaryotes. It describes:
1. Pre-mRNA processing which involves capping, splicing, and polyadenylation in the nucleus.
2. Various proteins and small nuclear RNAs involved in splicing pre-mRNA and regulating alternative splicing.
3. mRNA transport mechanisms from the nucleus to the cytoplasm which requires nuclear pore complexes and mRNA-protein complexes.
4. Post-transcriptional control in the cytoplasm through microRNAs and regulated translation and mRNA decay.
5. Processing of ribosomal RNA and transfer RNA which is critical for synthesizing ribosomal subunits in the nucleolus.
Next generation DNA sequencing refers to modern massively parallel DNA sequencing technologies that can generate millions of sequences simultaneously. It involves sequencing small DNA fragments in parallel and then bioinformatics to assemble the sequences. Major NGS platforms include pyrosequencing (Roche 454), Illumina sequencing, and Ion Torrent semiconductor sequencing. Each has advantages like high throughput and lower costs but also limitations such as shorter read lengths or errors in homopolymers. The first human genome cost over $2 billion but can now be sequenced for around $1000.
Dokumen tersebut membahas berbagai aspek regulasi transkripsi pada bakteri dan eukariot, termasuk kontrol transkripsi, elemen genetik yang meregulasi ekspresi gen, mekanisme aktivasi dan represi transkripsi oleh faktor transkripsi, serta regulasi inisiasi, elongasi dan terminasi transkripsi.
Bioinformatics Tools and Database for Olant Biotechnology Metabolomics.pdfssuser4743df
This document discusses the use of metabolomics tools and databases for plant biotechnology research. It begins with an introduction to metabolomics and its focus on cellular metabolites. It then discusses various analytical techniques used in metabolomics, including GC-MS, LC-MS, CE-MS, FTICR-MS, MALDI, IMS, and NMR. It also covers data processing, network analysis, and applications of metabolomics in improving fruits, legumes, and cereal crops.
Dokumen ini membahas mekanisme genetika molekuler seperti struktur DNA dan transkripsi RNA, kode genetik, sintesis protein, replikasi DNA, perbaikan DNA, dan virus. Topik utama meliputi struktur DNA ganda, transkripsi RNA dari DNA, kode genetik yang mentranslasi RNA menjadi protein, dan mekanisme replikasi, perbaikan, dan rekombinasi DNA. Juga dibahas siklus hidup berbagai jenis virus dan bagaimana mereka menginfeksi sel in
Chapter 3 Recombinat DNA & Genomics.pptssuser4743df
This document discusses recombinant DNA technology and genomics. It begins by introducing key concepts like restriction enzymes, plasmids, and bacterial transformation that enabled gene cloning in the 1970s. It describes how restriction enzymes cut DNA at specific recognition sequences, and how plasmids can act as vectors to carry foreign DNA. Libraries of genomic DNA or cDNA fragments can be screened to identify genes of interest using probes or PCR. Once cloned, genes can be mapped using restriction enzymes and gel electrophoresis to determine their structure. Applications include producing proteins like insulin through gene expression in bacteria.
QTL Mapping, MAS and Genomic Selectionssuser4743df
This document provides an overview of quantitative trait loci (QTL) mapping and linkage disequilibrium. It discusses the history of QTL mapping, including early linkage-based approaches and more recent linkage disequilibrium methods enabled by dense marker maps. Key concepts covered include definitions of linkage disequilibrium, factors influencing linkage disequilibrium in livestock populations, extent of linkage disequilibrium in different species, and applications for marker-assisted selection and genomic selection. Practical exercises are also outlined related to haplotyping, estimating linkage disequilibrium, and genomic prediction methods.
This document provides information on various fermented dairy products and the microorganisms involved in their production. It discusses the microbes used in making yoghurt, kefir, viili, and other products. It also outlines the steps for producing some of these foods, such as boiling milk before inoculating it with kefir grains. The health benefits of kefir are highlighted as regulating the immune system and promoting bile production, among others.
Dokumen tersebut memberikan ringkasan singkat tentang kefir, yaitu produk olahan susu yang dihasilkan melalui proses fermentasi oleh berbagai mikroba seperti bakteri asam laktat dan ragi. Dokumen tersebut menjelaskan sejarah, komposisi mikroba, cara pembuatan, manfaat kesehatan, serta faktor yang mempengaruhi karakteristik kefir.
This document discusses fermented foods. It begins by explaining that fermented foods originated around 7000-8000 BC in Mesopotamia and the Indus Valley. Currently, more than 2000 different fermented foods are consumed worldwide. There are three main fermentation processes - natural fermentation which uses the microorganisms naturally present but results in inconsistent products, back slopping which uses starter cultures from previous batches but may lead to changes over time, and controlled fermentation which uses pure starter cultures to consistently produce high quality products with low risk of contamination. The document then contrasts Asian and Western fermented foods, noting Asian foods are less reliant on animal products and use ingredients native to their geography. Key Asian fermented foods produced
1. 1
1
3. Struktur dan fungsi protein
3.1 Hirarki struktur protein
3.2 Pelipatan protein
3.3 Fungsi protein
3.4 Regulasi fungsi protein: degradasi protein
3.5 Regulasi fungsi protein: modifikasi kovalen dan
nonkovalen
3.6 pemurnian, deteksi dan karakterisasi protein
3.7 Proteomik
12. 12
3.2 Pelipatan protein
Ikatan peptida yang berbentuk bidang datar
membatasi bentuk yang dapat dicapai waktu
pelipatan protein
Urutan asam amino protein menentukan
pelipatannya
Chaperone membantu pelipatan protein
Protein dapat mengalami modifikasi pasca
translasi
Sel meregulasi degradasi protein
16. 16
Penyakit akibat kesalahan
pelipatan protein
Penyakit sapi gila (prion)
Alzheimer: protein amiloid β berubah
dari struktur heliks menjadi β-
sheet
19. 19
Enzim
Laju reaksi
meningkat 106 –
1012 kali
Energi aktivasi
suatu reaksi
turun
Spesifisitas
tinggi
Sisi aktif enzim
mengikat
substrat
19
22. 22
Serin protease
Menghidrolisis ikatan peptida
Residu serin mempunyai peranan penting
Sisi aktif
Lekukan: terdapat Ser, Asp & His
His sering terdapat pada sisi aktif enzim karena
mudah menerima atau melepaskan proton pada
pH fisiologis
Sisi pengikatan substrat
Berbentuk kantong
Menentukan spesifisitas enzim
25. 25
Mekanisme katalisis dari chymotrypsin (1)
Pengikatan substrat polipeptida.
Transfer proton dari ser ke his. Substrat dalam keadaan transisi
berbentuk tetrahedral.
26. 26
Mekanisme katalisis dari chymotrypsin (2)
Transfer proton dari residu di ujung C, yang dilepaskan dengan pemutusan
ikatan C-N. Peptida ujung N terikat pada ser melalui ikatan asil.
Molekul air terikat enzim, menggantikan polipeptida yang lepas.
27. 27
Mekanisme katalisis dari chymotrypsin (3)
Molekul air mentransfer protonnya ke His57. Keadaan
transisi tetrahedral terbentuk.
28. 28
Mekanisme katalisis dari chymotrypsin (4)
Fragmen peptida kedua dilepaskan: Ikatan asil dilepas, proton
ditransfer dari his ke ser. Enzim kembali ke keadaan semula
O-H
29. 29
Stabilitas keadaan transisi
Keadaan intermediat
tetrahedral
Stabil
Akibat ikatan H dari proton
gugus amino Ser 195 & Gly
193 dengan O dari
tetrahedron
Mirip dengan keadaan
transisi yang diperlukan
30. 30
Motor molekuler
30
Linear motion:
Miosin, kinesin, dinein
Rotary motion:
•Pergerakan bakteri,
•Pengemasan DNA ke dalam
kapsid virus
•Sintesis ATP
Convert energy from ATP or ion gradient into
mechanical force
31. 31
Regulasi aktivitas protein
1. Regulasi konsentrasi protein
Laju sintesis
Laju degradasi
2. Mengubah aktivitas spesifik protein
Afinitas pengikatan substrat
Konformasi aktif vs konformasi tidak aktif
3. Perubahan lokasi atau konsentrasi di dalam
sel dari:
Protein tersebut
Substrat
Ligan
33. 33
Di dalam lisosom
Di dalam sitoplasma
Ubiquitin
menentukan protein
mana yang akan
didegradasi
Protein yang terikat
poli-ubiquitin akan
didegradasi oleh
proteasome
Degradasi
protein
37. 37
Regulasi aktivitas protein dengan GDP/GTP
37
GEF =guanine nucleotide exchange factor
GAP =GTPase activating protein
RGS = regulators of G protein signalling
GDI = guanine nucleotide dissociation inhbitors
47. Asai untuk mendeteksi suatu
protein spesifik
Tergantung sifat spesifik protein
tersebut
Pengikatan ligan
Reaksi spesifik
Mengikat antibodi spesifik
Asai harus sederhana dan cepat
Reaksi menghasilkan warna atau cahaya
47
50. Deteksi molekul yang dilabel
Autoradiografi
Pengukuran radioaktivitas secara
kuantitatif
Geiger counter → ion
Scintillation counter → cahaya
Phosphorimager
51. Autoradiografi
Film yang kena radiasi akan
menjadi hitam
Intensifying screen akan
berfluorosensi bila kena sinar β
pada suhu rendah
Film diletakkan antara sumber
radiasi dan intensifying screen
Radiasi yang menembus film
akan dipantulkan kembali ke
film sebagai cahaya
Jumlah radioaktif dapat
dikuantifikasi dengan
densitometer
Densitometer
52. Liquid scintillation counting
Bahan radioaktif dimasukkan ke dalam
tabung berisi scintillation fluid
Scintillation fluid mengandung fluor
yang dapat berfluorosensi bila terkena
radiasi
Tabung photomultiplier mengubah
foton menjadi count per minute (cpm)
53. Phosphorimaging
Lapisan molekul pada plat
phosphoimager mengabsorbsi
sinar β dan tereksitasi
Phosphoimager melakukan
scanning terhadap plat dengan
sinar laser
Energi dari sinar β dilepaskan dan
ditangkap oleh detektor yang
dihubungkan ke komputer
Energi dikonversi menjadi gambar
berwarna
Energi terrendah kuning, tertinggi
hitam
54. Percobaan
pulse chase
Pulse: cells labelled
for 1 hour with
[35S]Met, Cys
Chase: cells grown
in non-radioactive
medium
Immunoprecipitation
SDS-PAGE
54
55. 55
55
MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/
ionization time of flight)
Rasio m/z
Peptida + asam
organik dikeringkan
pada logam/keramik
Sampel ditembak
dengan sinar laser,
peptida lepas dalam
bentuk gas terionisasi
Partikel terionisasi diakselerasi dalam medan listrik dan
terbang ke arah detektor
Waktu untuk mencapai detektor ditentukan massa dan
muatan
57. Penentuan urutan asam amino
dgn alat MS/MS
Mass spek I
Protein diberi perlakuan dengan protease
Massa masing-masing peptida ditentukan
Mass spek II
Peptida ditembak dengan atom-atom gas berenergi tinggi
Ikatan peptida putus, terbentuk fragmen-fragmen yang
masing-masing berbeda 1 aa
Fragmen-fragmen peptida dipisahkan dan massanya
ditentukan
Urutan asam amino ditentukan berdasarkan perbedaan
massa antara peptida
Bila massa aa jauh lebih tinggi, berarti ada modifikasi
pasca translasi
57
58. Penentuan struktur primer
protein
Secara kimia
Degradasi Edman: gugus amino pada
ujung N dilabel, asam amino dipotong dan
diidentifikasi dengan HPLC
Siklus diulangi
Dari sequence gen/genom
Kombinasi MS dengan database
Sidik jari massa peptida: BM peptida yang
dihasilkan setelah dipotong protease
58
59. Penentuan konformasi protein
Kristalografi sinar X
Mikroskopi krio-elektron
Spektroskopi NMR (Nuclear Magnetic
Resonance)
59
60. 60
X-ray
cristallografy
60
Sinar X: panjang gelombang 0,1 nm
(diameter atom H)
Kristal protein diberi sinar X
Sebagian besar menembusnya
Sebagian dibelokkan, dibeberapa titik
bertemu & dicatat oleh detektor
Dari pola yang muncul dapat
ditentukan strukturnya
Data
Resolusi 0,5 nm: struktur tulang
punggung protein
Resolusi 0,15 nm: posisi semua
atom yang bukan H
61. 61
NMR (Nuclear Magnetic
Resonance)
Dapat menentukan struktur protein kecil/domain protein
(≤200 aa)
Diperlukan larutan protein dalam konsentrasi tinggi
Larutan protein diletakkan pada medan magnetik yang kuat
Momen magnetik / spin dari inti atom H menjadi searah medan
magnetik
Diberi pulsa frekuensi radio (RF):
Spin berubah
Spin kembali searah, radiasi RF dilepaskan
Inti tereksitasi mempengaruhi absorbsi dan emisi radiasi inti yang lain,
tergantung jarak antara inti
Dengan informasi urutan asam amino, struktur 3D dapat ditentukan
62. 3.7 Proteomik:
Mempelajari semua atau sebagian besar
protein dalam sistem biologi
Jumlah
% proteome yang diekspresi
Konsentrasi relatif masing-
masing protein
Modifikasi
Konsentrasi relatif masing-
masing bentuk protein
Aplikasi
Pola ekspresi protein untuk
diagnostik/target obat
Interaksi
Lokasi
Fungsi
62
63. LC-MS/MS
Campuran protein dipotong dgn protease
Peptida difraksinasi dgn LC
Fraksi di ES ke MS/MS
Urutan asam amino peptida-peptida ditentukan
Dari database dapat diketahui protein apa saja
yang terdapat dalam campuran protein semula
63
64. Identification of proteins in
organelles
Cell
lysis
64
Density
gradient
centrifugation
SDS-PAGE
and
immuno-
blotting
Proteolysis
and
LC-MS/MS