2. Struktur Primer,
Sekunder, Tertier dan
Kuartener
Molekul sangat besar
BM 12.000 - jutaan
2
Enzim : Protein yang mempunyai kemampuan
katalitik
Enzim aktivitas katalitik rusak
Panas, asam kuat
Tripsin
Struktur primer
diperlukan untuk
aktivitas enzim
3. KLASIFIKASI ENZIM
Berdasarkan kesepakatan internasional (International Union
of Biochemistry), enzim dikelompokkan dengan nomor:
1. Oksidoreduktase: berfungsi mengoksidasi / mereduksi
substrat dengan memindahkan hidrogen atau elektron
2. Transferase: memindahkan gugus tertentu dari molekul
donor ke molekul akseptor
3. Hidrolase: memutus ikatan kovalen dalam substrat dengan
penambahan air
4. Liase: berfungsi dalam penambahan gugus ke ikatan
rangkap atau sebaliknya
5. Isomerase: berfungsi dalam pemindahan gugus dalam
molekul itu sendiri untuk menghasilkan isomernya
6. Ligase: berfungsi membentuk ikatan kovalen dengan
hidrolisis ATP
4. Sifat-sifat Enzim
Dibutuhkan hanya dalam jumlah kecil
Tidak mempunyai efek pada reaksi
termodinamika
Selama reaksi tidak bertambah secara irreversibel
Tidak mensuplai energi untuk reaksi kimia, maka
bukan penentu ketika terjadi reaksi
termodinamika eksergonik atau endergonik
Tidak menentukan rasio produk dengan reaktan
dalam posisi equilibrium
Enzim hanya meningkatkan kecepatan saat
reaksi kimia eksergonik terjadi
4
5. Tidak seperti katalis anorganik, enzim mempunyai
spesifisitas tertentu terhadap reaktan, enzim dapat
mengikat (binding) sehingga suatu reaksi dapat
dikatalisis.
Reaktan yang diikat oleh enzim disebut substrat
5
6. SISI AKTIF ENZIM
Bagian enzim yang mengikat substrat, disebut juga
sisi katalitik
Terletak pada permukaan enzim / dalam lekukan (cleft)
Luasnya < 5% dari seluruh enzim
Bentuk sisi aktif seperti substratnya (Emil Fischer)
Merupakan bagian yang juga mengikat gugus prostetik
Berbentuk 3 dimensi yang dibentuk oleh gugus dari
berbagai asam amino
Berisi residu polar yang penting untuk pengikatan dan
katalisis, juga non-polar untuk memperkuat
pengikatannya
7. MOLEKUL ENZIM & SUBSTRAT
Enzim dengan BM sedang (BM 100.000) diameter 7
nm
Molekul substrat (BM 250) panjang 0,8 nm
8. BEBERAPA PENGERTIAN
Kofaktor: senyawa / molekul baik organik maupun
anorganik yang dibutuhkan untuk aktivitas enzim
Koenzim: kofaktor yang berupa senyawa organik
kompleks (koenzim berfungsi membawa gugus
berfungsi yang dipindahkan dalam reaksi
enzimatis)
Gugus prostetik: koenzim yang mengikat erat
pada enzim
Holoenzim: bentuk aktif enzim alami (kompleks
enzim-kofaktor)
Apoenzim: protein yang tertinggal setelah
kofaktor dihilangkan
9. ISOENZIM = ISOZIM
Beberapa bentuk suatu enzim yang mengkatalis
reaksi yang sama yang mana mereka berbeda satu
dengan yang lain karena perbedaan komposisi dan
susunan asam aminonya, serta berbeda sifat-sifat
kinetiknya
Misalnya :
Afinitas terhadap substrat
Aktivitas maksimum
Sifat pengaturannya
Isoenzim dapat digunakan untuk mengetahui
hubungan kekerabatan
10. ENZIM SEBAGAI BIOKATALIS
Kecepatan reaksi S P tergantung dari jumlah molekul S
yang masuk “transition state” tiap satuan molekul
Dua macam cara untuk menaikkan kecepatan reaksi:
Menaikkan suhu suhu naik 10 °C kecepatan mjd 2 kali lipat
Menambahkan katalisator menurunkan tenaga aktivasi
11. MEKANISME ENZIM DALAM PERANNYA
SEBAGAI BIOKATALIS
MENGARAHKAN KEDEKATAN DAN
ORIENTASI SUBSTRAT
MENGHASILKAN REGANGAN DAN
PUNTIRAN TERHADAP IKATAN YANG PEKA
MELALUI INDUCED FIT
REAKSI UMUM ASAM-BASA
REAKSI KOVALEN
12. KEDEKATAN DAN ORIENTASI SUBSTRAT
KEDEKATAN DAN
ORIENTASI TIDAK
MENGUNTUNGKAN
KEDEKATAN
MENGUNTUNGKAN
ORIENTASI TIDAK
MENGUNTUNGKAN
KEDEKATAN DAN
ORIENTASI
MENGUNTUNGKAN
15. www.themegallery.com
LOCK AND KEY Fisher Struktur enzim kaku(rigid)
E S
ES
E P
kesesuaian bentuk
ruang antara E dan S
reaksi enzimatis
lemah untuk
menerangkan fenomena
inhibisi
INDUCED-FIT Koshland Struktur enzim fleksibel
E +
ES S E*S
+
E P P
E*P E*S*
bentuk ruang E dan S tidak perlu sesuai reaksi enzimatis
setelah terbentuk kompleks ES enzim terinduksi perubahan konformasi enzim (E*S)
bentuk ruang E & S sesuai (E*S*) reaksi enzimatis berlangsung S berubah menjadi
P (bentuk ruangnya tidak sesuai) P dilepas & enzim kembali ke konformasi semula
dapat menerangkan fenomena inhibisi, tapi lemah untuk menerangkan kespesifikan reaksi
enzimatis tidak semua molekul dapat menginduksi enzim
S
S
+ +
Model Reaksi Enzim
17. pH
pH ekstrem (sangat tinggi / sangat rendah)
aktivitas enzim hilang
Inaktivasi disebabkan tidak hanya denaturasi
juga perubahan muatan pada sisi aktif enzim
dan juga pada substrat mengganggu reaksi
18. SUHU
Baik reaksi enzimatis maupun non-enzimatis,
kenaikan suhu akan mempercepat reaksi
Pada reaksi enzimatis, suhu tinggi enzim mengalami
denaturasi aktivitas hilang
Biasanya enzim tidak aktif di atas suhu 60 °C kecuali
enzim yang dihasilkan oleh bakteri termofilik (tetap
stabil pada 85 °C, bahkan di atasnya)
Suhu rendah laju inaktivasinya sangat lambat
sehingga dapat diabaikan.
19. KONSENTRASI ENZIM &
KONSENTRASI SUBSTRAT
Konsentrasi enzim
Makin tinggi konsentrasi enzim, reaksi makin cepat
Jika konsentrasi substrat tetap, penambahan
konsentrasi enzim tidak akan mempercepat reaksi
karena substrat telah jenuh dengan enzim
Konsentrasi substrat
Makin tinggi konsentrasi substrat, reaksi makin cepat
Jika konsentrasi enzim tetap, penambahan
konsentrasi substrat tidak akan mempercepat reaksi.
Kecepatan ini disebut kecepatan maksimum (Vmax)
20. KEMURNIAN ENZIM
Satuan enzim dinyatakan sebagai unit
Unit of enzyme activity :
Is defined as that amount which causes transformation
of 1.0 μmol (10-6 mol) of substrate per minute at 25 °C,
under optimal condition
Makin murni enzim, enzim makin aktif. Kemurnian
diukur dengan aktivitas enzim spesifik
Specific activity :
The number of enzyme unit per mg of protein
Mengukur kemurnian enzim, sehingga dalam proses
pemurnian harga ini naik terus dan mencapai maksimum
dan tetap pada saat enzim murni
21. INHIBITOR
Dua macam inhibitor : irreversible dan
reversible
Irreversible inhibitor : mengikat secara
kovalen dan permanen gugus berfungsi
pada molekul yang diperlukan untuk
katalisis sehingga enzim tidak aktif
(contoh: diisopropil fluorofosfat = DFP,
iodoasetamida)
Reversible inhibitor : ada 3macam inhibitor;
kompetitif, unkompetitif, dan nonkompetitif
22. REVERSIBLE INHIBITOR
Inhibitor kompetitif
Mengikat pada sisi aktif enzim
Hanya dapat mengikat pada enzim bebas
Berebut sisi aktif dengan substrat
Mengurangi jumlah enzim yang akan
bergabung dengan substrat
Tidak mengganggu kecepatan pemecahan
ES kompleks produk
Dapat diatasi dengan penambahan substrat
23. REVERSIBLE INHIBITOR
(lanjt.)
Inhibitor unkompetitif
Mengikat sisi lain selain sisi aktif
Hanya dapat mengikat enzim-substrat
kompleks, tidak dapat mengikat enzim
bebas
Mengganggu kecepatan pemecahan ES
kompleks produk
Penambahan substrat akan mempertinggi
penghambatan
24. REVERSIBLE INHIBITOR
(lanjt.)
Inhibitor nonkompetitif
Mengikat sisi lain selain sisi aktif
Dapat mengikat baik enzim-substrat
kompleks maupun enzim bebas
Mengikat ES kompleks mengganggu
pembentukan produk
Mengikat enzim bebas mengganggu
pengikatan substrat ke enzim
26. KINETIKA ENZIM
Kinetika enzim menunjukkan adanya
kejenuhan (saturation)
Michaelis-Menten (1913) membuat dasar
teori ini
Syarat berlakunya hukum Michaelis-Menten
Enzim dalam keadaan aktif
pH dan suhu optimum
Konsentrasi enzim tetap
27. Untuk mengetahui laju atau kecepatandiperlukan faktor [S] terhadap t
(diferensial turunan)
Kecepatan
awal
KonstantaMichaelis-Menten
(Konsentrasisubstrat pada saat enzimmencapai
setengah Vmaks)
Konsentrasi
substrat
Kecepatan
Maksimum
28. MICHAELIS-MENTEN PLOT
V : kecepatan
[S] : konsentrasi substrat
Vmax : kecepatan maksimum
Km : konstanta Michaelis-
Menten
E + S ES E + P
29. KONSTANTA MICHAELIS-MENTEN
Km: Konstanta Michelis-Menten
Konsentrasi substrat dimana V = ½ Vmax
dan dinyatakan misalnya dalam mol/l
Harga tetap pada kondisi yang sama
Mengirakan afinitas (daya tempel) enzim
terhadap substrat. Makin besar Km makin
rendah afinitasnya, dan sebaliknya
Dapat dipakai untuk menganalisis jenis
inhibitor
30. PLOT LINIER
Lineweaver-Burk membuat plot linier dengan
seperkecepatan vs seperkonsentrasi substrat,
sehingga :
V =
Vmax [S]
Km + [S]
V Vmax [S]
Km + [S]
=
1
=
1 Km + [S]
Vmax [S]
=
V
1 Km
Vmax
1
Vmax
+
[S]
1
Y = bx + a Sumbu X =
V
1
Sumbu Y =
[S]
1
32. MACAM PLOT LINIER
The three most common straight-line form:
Lineweaver-Burk
Eadie-Hofstee
Hanes-Woolf
=
V
1 Km
Vmax
1
Vmax
+
[S]
1
V
1
vs
[S]
1
V vs
[S]
V
vs [S]
V
[S]
=
V - Km Vmax
+
[S]
V
=
V
[S] Km
Vmax
[S]
Vmax
+
=
V
[S] 1
Vmax
Km
Vmax
[S] +
atau
33. KEUNTUNGAN PLOT LINIER
Vmax dan Km dapat ditentukan lebih teliti
Dapat mengetahui adanya pengamatan
yang jelek / tidak benar
Dapat memberikan informasi lebih jelas
tentang inhibitor enzim
34. ANALISIS INHIBITOR DENGAN PLOT
LINIER
Tanpa
Inhibitor
Dengan
Inhibitor
1/V
1/[S]
1/Vmax
ES
Ks
Ki
Kp
E + S E + P
I
+
EI
- 1/Km
Ki =
[ E ] [ I ]
[ EI ]
Vmax tetap
Km berubah
Kmapp Km
= 1 +
[ I ]
Ki
INHIBITOR KOMPETITIF
35. ANALISIS INHIBITOR DENGAN PLOT
LINIER (lanjt.)
1/V
1/[S]
1/Vmax
- 1/Km
Tanpa
Inhibitor
Dengan
Inhibitor
ES
Ks
Ki
Kp
E + S E + P
I
+
ESI
Vmax berubah
Km berubah
Vmaxi
Vmax
=
1 +
[ I ]
Ki
Kmapp
Km
=
1 +
[ I ]
Ki
INHIBITOR UNKOMPETITIF
36. ANALISIS INHIBITOR DENGAN PLOT
LINIER (lanjt.)
1/V
1/[S]
1/Vmax
- 1/Km
Tanpa
Inhibitor
Dengan
Inhibitor
ES
Ks
Ki
Kp
E + S E + P
I
+
EI + S
Vmax berubah
Km tetap
Vmaxi
Vmax
=
1 +
[ I ]
Ki
I
+
Ki
EIS
Ks
INHIBITOR NONKOMPETITIF