Pembangunan pertahanan di era otonomi daerah membutuhkan koordinasi yang baik antara pemerintah pusat dan daerah. Pertahanan merupakan tanggung jawab bersama yang melibatkan seluruh komponen masyarakat dan pemerintahan. Perlu penyelarasan peraturan dan pembagian peran yang jelas antara pusat dan daerah dalam sistem pertahanan negara.