BKSP Jabotabek memiliki organisasi berbentuk forum dimana Gubernur sebagai ketua, Sekretaris Daerah sebagai Sekretaris Forum, Ketua Bappenad sebagai wakil Sekretaris, Bupati dan walikota se Jabotabek sebagai anggota. Forum dibantu oleh sekretaris teknis yang bertanggung jawab j]kepada pimpinan Forum. Tugas pokok adalah menyiapkan bahan penyusunan dan penetapan rancangan meliputi koordinasi analisis perencanaan, analisis pelaksanaan, analisis evaluasi penyusunan program dan laporan serta memberikan layanan teknis administratif kepada Forum Kerjasama.