ASAM NUKLEAT
Imocahriau.blogspot.com
SEJARAH PENEMUAN ASAM NUKLEAT

1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat yang
        tersusun oleh suatu gugus gula, gugus fosfat, dan
        gugus basa


  Ada dua jenis asam nuklet:
  1. DNA (deoxyribonucleid acid)
  2. RNA (ribonucleid acid
     asam nukleat memiiki peran penting dalam biosintesa protein
   Nukleosida : pentosa +basa
   Nukleotida : pentosa + basa + asam fosfat
GULA RIBOSA
• Gula pada asam
  nukleat adalah ribosa.

• Ribosa (β-D-furanosa)
                                5
  adalah gula pentosa
  (jumlah karbon 5).            4           1

                                    3   2
• Dalam penulisan diberi
  tanda prime(') untuk
  membedakan
  penomoran pada basa
  nitrogen
PERHATIKAN




• Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom
  karbon nomor 1).
• Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom
  karbon nomor 5).
• Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
BASA NITROGEN
• Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada
  atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau
  deoksiribosa.
• Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1
  dari struktur cincinnya.
• Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
  struktur cincinnya.
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN




Perhatikan struktur cincinnya
BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT
GUGUS FOSFAT




Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan dengan
 basa nitrogen) + satu atau lebih gugus fosforil
              disebut nukleotida.
RIBONUKLEOTIDA
• Gula ribosa yang berikatan
  dengan basa nitrogen (dalam
  contoh di samping adalah suatu
  pirimidin, urasil dan sitosin)
  pada atom karbon nomor 1‘nya
  disebut ribonukleosida (dalam
  contoh di samping adalah uridin
  dan sitidin).
• Ribonukleosida yang
  terfosforilasi pada atom karbon
  nomor 5‘nya disebut
  ribonukleotida (dalam contoh di • Penyampaian ribonukleotida
  samping adalah uridilat atau      biasana dalam bentuk singkatan
  sitidilat)                        (misalnya) U, atau UMP (uridin
                                    monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA UTAMA




  Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada
pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’
                     dari ribosa
KERAGAMAN IKATAN FOSFAT




         • Hidrolisis RNA oleh enzim
           menghasilkan ribonukleosida 5’-
           mono-fosfat atau ribonukleosida
           3'-monofosfat.
KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT




               1
        2
  3
Nucleosida mono-, di-, dan trifosfat
ASAM NUKLEAT
   Monomer nukleotida dapat berikatan satu
    sama lain melalui ikatan fosfodiester
    antara -OH di atom C nomor 3‘nya
    dengan gugus fosfat dari nukleotida
    berikutnya.
   Kedua ujung poli- atau oligonukleotida
    yang dihasilkan menyisakan gugus
    fosfat di atom karbon nomor 5'
    nukleotida pertama dan gugus
    hidroksil di atom karbon nomor 3'
    nukleotida terakhir.
KERANGKA GULA-FOSFAT




• Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat
  tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.
• Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki
  gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki
  gugus hidroksil di atom karbon nomor 3‘, atau biasa disebut ujung
  5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
• Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan
  negatif.
BASA NITROGEN DAPAT BERPOSISI
        SYN- ATAU ANTI-
KONFORMASI KERANGKA DASAR
      GULA-FOSFAT


          • Polinukleotida memiliki
            kebebasan berotasi tak terbatas,
            kecuali pada kerangka cincin
            ribosanya.
NUKLEOTIDA DAN ASAM NUKLEAT
    Ribonukleotida adalah
        penyusun RNA




        Ribonukleotida
                            RNA
KOMPOSISI BASA PENYUSUN ASAM
          NUKLEAT

       Organisme    A      G      C      T
Escherichia coli   24,7   26,0   25,7   23,6
Khamir             31,3   18,7   17,1   32,9
Gandum             27,3   22,7   22,8   27,1
Salmon             29,7   20,8   20,4   29,1
Ayam               28,8   20,5   21,5   29,3
HASIL PENELITIAN CHARGAFF
1.   Asam nukleat yang diisolasi dari berbagai jaringan
     organisme yang sama memiliki komposisi basa yang
     sama
2.   Komposisi basa Asam nukleat beragam pada
     organisme yang berbeda
3.   Komposisi basa Asam nukleat suatu spesies tidak
     berubah oleh umur, nutrisi, dan lingkungan
4.   Jumlah residu adenin selalu setara dengan jumlah
     residu timin, sedangkan jumlah residu guaninn
     selalu setara dengan jumlah residu sitosin
KESIMPULAN PENELITIAN CHARGAFF


   Asam nukleat merupakan bahan penentu sifat
    mahluk hidup
   Asam nukleat diturunkan/ditransfer dari induk ke
    keturunannya
MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN




   DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di atom
                C nomor 2’, lebih stabil
RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
• Turunan penting dari
  ribosa adalah 2'-
  deoksiribosa, sering
  hanya disebut
  deoksiribosa, yang pada
  karbon nomor 2‘nya OH
  digantikan oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di
  DNA (deoxyribonucleic
  acid)                       DNA   RNA
• Ribosa ditemukan di RNA
  (ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H
  di atom C nomor 2
  mempengaruhi struktur!
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA – PENYUSUN DNA
• Gula 2'-deoksiribosa yang
  berikatan dengan basa nitrogen
  (dalam contoh di samping
  adalah purin - adenin dan guanin)
 pada atom karbon nomor 1‘nya
 disebut deoksiribonukleosida
 (dalam contoh di samping
 adalah deoksiadenosin dan
 deoksiguanosine).
• Deoksiribonukleosida yang
  terfosforilasi pada atom karbon
  nomor 5‘nya disebut                 Penyampaian Deoksiribonukleotida
  Deoksiribonukleotida (dalam         biasanya dalam bentuk singkatan
  contoh di samping adalah            (misalnya) A, atau dA (deoksiA),
  deoksiadenilat dan                  atau dAMP (deoksiadenosin
  deoksiguanilat).                    monofosfat)
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA UTAMA
PENAMAAN NUKLEOTIDA (1)
PENAMAAN NUKLEOTIDA (2)
ASAM NUKLEAT
     Monomer nukleotida dapat berikatan
      satu sama lain melalui ikatan
      fosfodiester antara -OH di atom
      C nomor 3‘nya dengan gugus
      fosfat dari nukleotida
      berikutnya.
     Kedua ujung poli- atau
      oligonukleotida yang dihasilkan
      menyisakan gugus fosfat di
      atom karbon nomor 5'
      nukleotida pertama dan gugus
      hidroksil di atom karbon nomor
      3' nukleotida terakhir.
IKATAN HIDROGEN ANTAR
  RANGKAIAN BASA DNA




    Watson-Crick base pairing
NUKLEOTIDA DAN ASAM NUKLEAT
Deoksiribonukleotida adalah
 penyusun DNA




                 H

    Deoksiribonukleotida
                              DNA
STRUKTUR DNA
• DNA terdiri atas dua
  rangkaian heliks anti-paralel
  (paralel berlawanan arah)
  yang melilit ke kanan suatu
  poros.
• Ukuran lilitan adalah 36 Å,
  yang mengandung 10.5
  pasangan basa per putaran.
• Kerangka yang berselang-
  seling antara gugus
  deoksiribosa dan fosfat
  terletak di bagian luar.
• Ikatan hidrogen antara basa
  purin dan pirimidin terletak d
  bagian dalam.
RANGKAIAN BENANG DNA
• Basa penyusun suatu benang DNA
  yang antiparallel tidak sama
  melainkan bersifat komplemen
  terhadap benang pasangannya.

• Basa C berpasangan dengan G,
  sedangkan A dengan T. Hal ini
  sangat bemanfaat dalam kaitan
  untuk penyimpanan dan
  pemindahan.
DIMANA ASAM NUKLEAT BERPERAN?
• DNA mengandung gen, informasi yang mengatur
  sintesis protein dan RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan
  pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.)
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari
  ribosom, mesin biologis pembuat protein
• Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan
  pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang
  menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi
  urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya
  fungsi-fungsi katalis
Terima Kasih

Asam nukleat 6

  • 1.
  • 2.
    SEJARAH PENEMUAN ASAMNUKLEAT 1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat yang tersusun oleh suatu gugus gula, gugus fosfat, dan gugus basa Ada dua jenis asam nuklet: 1. DNA (deoxyribonucleid acid) 2. RNA (ribonucleid acid asam nukleat memiiki peran penting dalam biosintesa protein
  • 3.
    Nukleosida : pentosa +basa  Nukleotida : pentosa + basa + asam fosfat
  • 4.
    GULA RIBOSA • Gulapada asam nukleat adalah ribosa. • Ribosa (β-D-furanosa) 5 adalah gula pentosa (jumlah karbon 5). 4 1 3 2 • Dalam penulisan diberi tanda prime(') untuk membedakan penomoran pada basa nitrogen
  • 5.
    PERHATIKAN • Ikatan gularibosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). • Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). • Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
  • 6.
    BASA NITROGEN • Basanitrogen berikatan dengan ikatan-b pada atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. • Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya. • Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya.
  • 7.
    BASA PIRIMIDIN DANPURIN Perhatikan struktur cincinnya
  • 8.
  • 9.
    GUGUS FOSFAT Nukleosida (GulaRibosa yang berikatan dengan basa nitrogen) + satu atau lebih gugus fosforil disebut nukleotida.
  • 10.
    RIBONUKLEOTIDA • Gula ribosayang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). • Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di • Penyampaian ribonukleotida samping adalah uridilat atau biasana dalam bentuk singkatan sitidilat) (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat)
  • 11.
    RIBONUKLEOTIDA UTAMA Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa
  • 12.
    KERAGAMAN IKATAN FOSFAT • Hidrolisis RNA oleh enzim menghasilkan ribonukleosida 5’- mono-fosfat atau ribonukleosida 3'-monofosfat.
  • 13.
    KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT 1 2 3 Nucleosida mono-, di-, dan trifosfat
  • 14.
    ASAM NUKLEAT Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3‘nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
  • 15.
    KERANGKA GULA-FOSFAT • Olehkarenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling. • Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki gugus hidroksil di atom karbon nomor 3‘, atau biasa disebut ujung 5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3' • Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan negatif.
  • 16.
    BASA NITROGEN DAPATBERPOSISI SYN- ATAU ANTI-
  • 17.
    KONFORMASI KERANGKA DASAR GULA-FOSFAT • Polinukleotida memiliki kebebasan berotasi tak terbatas, kecuali pada kerangka cincin ribosanya.
  • 18.
    NUKLEOTIDA DAN ASAMNUKLEAT Ribonukleotida adalah penyusun RNA Ribonukleotida RNA
  • 19.
    KOMPOSISI BASA PENYUSUNASAM NUKLEAT Organisme A G C T Escherichia coli 24,7 26,0 25,7 23,6 Khamir 31,3 18,7 17,1 32,9 Gandum 27,3 22,7 22,8 27,1 Salmon 29,7 20,8 20,4 29,1 Ayam 28,8 20,5 21,5 29,3
  • 20.
    HASIL PENELITIAN CHARGAFF 1. Asam nukleat yang diisolasi dari berbagai jaringan organisme yang sama memiliki komposisi basa yang sama 2. Komposisi basa Asam nukleat beragam pada organisme yang berbeda 3. Komposisi basa Asam nukleat suatu spesies tidak berubah oleh umur, nutrisi, dan lingkungan 4. Jumlah residu adenin selalu setara dengan jumlah residu timin, sedangkan jumlah residu guaninn selalu setara dengan jumlah residu sitosin
  • 21.
    KESIMPULAN PENELITIAN CHARGAFF  Asam nukleat merupakan bahan penentu sifat mahluk hidup  Asam nukleat diturunkan/ditransfer dari induk ke keturunannya
  • 22.
    MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN  DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di atom C nomor 2’, lebih stabil
  • 23.
    RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA •Turunan penting dari ribosa adalah 2'- deoksiribosa, sering hanya disebut deoksiribosa, yang pada karbon nomor 2‘nya OH digantikan oleh H. • Deoksiribosa ditemukan di DNA (deoxyribonucleic acid) DNA RNA • Ribosa ditemukan di RNA (ribonucleic acid). • Penggantian –OH oleh H di atom C nomor 2 mempengaruhi struktur!
  • 24.
    DEOKSIRIBONUKLEOTIDA – PENYUSUNDNA • Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah purin - adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan deoksiguanosine). • Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut Penyampaian Deoksiribonukleotida Deoksiribonukleotida (dalam biasanya dalam bentuk singkatan contoh di samping adalah (misalnya) A, atau dA (deoksiA), deoksiadenilat dan atau dAMP (deoksiadenosin deoksiguanilat). monofosfat)
  • 25.
  • 26.
  • 27.
  • 28.
    ASAM NUKLEAT Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3‘nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
  • 29.
    IKATAN HIDROGEN ANTAR RANGKAIAN BASA DNA Watson-Crick base pairing
  • 30.
    NUKLEOTIDA DAN ASAMNUKLEAT Deoksiribonukleotida adalah penyusun DNA H Deoksiribonukleotida DNA
  • 31.
    STRUKTUR DNA • DNAterdiri atas dua rangkaian heliks anti-paralel (paralel berlawanan arah) yang melilit ke kanan suatu poros. • Ukuran lilitan adalah 36 Å, yang mengandung 10.5 pasangan basa per putaran. • Kerangka yang berselang- seling antara gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di bagian luar. • Ikatan hidrogen antara basa purin dan pirimidin terletak d bagian dalam.
  • 32.
    RANGKAIAN BENANG DNA •Basa penyusun suatu benang DNA yang antiparallel tidak sama melainkan bersifat komplemen terhadap benang pasangannya. • Basa C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Hal ini sangat bemanfaat dalam kaitan untuk penyimpanan dan pemindahan.
  • 33.
    DIMANA ASAM NUKLEATBERPERAN? • DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. • DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.) • Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom, mesin biologis pembuat protein • Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom • Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino • RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi katalis
  • 34.