Bakteri Nitrosomonas dan Nitrobacter dapat digunakan untuk mengurai amonia yang dihasilkan dari sisa pakan dan kotoran ikan menjadi senyawa nitrit dan nitrat yang aman bagi ikan melalui filter biologis. Filter biologis menggunakan kombinasi bakteri dan tanaman untuk merombak amonia secara alami.

1. BAKTERI PENGURAI AMONIA
Berdasarkan sistim pengairannya, budidaya ikan dapat dikelompokkan menjadi budidaya
terbuka, setengah terbuka dan tertutup. Aliran air yang masuk ke fasilitas budidaya sistim
terbuka sama banyaknya dengan air yang keluar. Pada sistim tertutup, air yang sudah
digunakan diresirkulasi sehingga tidak ada penambahan air kecuali untuk mengganti air yang
hilang karena menguap atau merembes.
Untuk menumbuhkan ikan yang dibudidaya, diperlukan pakan, baik pakan alami maupun
pakan buatan. Pakan yang dikonsumsi akan dimetabolisme oleh ikan sehingga nutriennya
diserap oleh tubuh dan sisanya diekskresi sebagai feses (kotoran ikan). Pakan buatan yang
diberikan mungkin saja tidak dikonsumsi oleh ikan karena tidak disukai atau terlalu banyak,
sehingga nutrien yang terkandung didalam sisa pakan tersebut tidak dapat dimanfaatkan oleh
ikan
Sisa pakan dan kotoran ikan akan mengendap di dasar kolam. Keduanya akan mengalami
dekomposisi oleh bakteri. Proses dekomposisi akan merombak sisa pakan dan kotoran
hingga terbentuk amonia yang bersifat racun terhadap ikan. Alam memiliki kemampuan
untuk merombak amonia menjadi senyawa nitrat yang dapat dimanfaatkan oleh tanaman.
Apabila sisa pakan dan kotoran meningkat secara cepat, maka dibutuhkan waktu lebih lama
bagi alam untuk merombaknya. Kondisi ini menjadi berbahaya apabila sisa pakan dan
kotoran terakumulasi dalam bentuk amonia, sehingga ikan yang dipelihara akan mengalami
keracunan atau mati.
Upaya untuk mengurangi pengaruh merugikan dari meningkatnya sisa pakan dan kotoran
dapat dilakukan dengan menggunakan saringan (filter). Ada tiga jenis filter dengan
kemampuan yang khas, yaitu filter fisik, kimiawi, dan biologis.
Filter biologis menggunakan kombinasi mikroba dan tanaman. Mikroba berperan untuk
merombak senyawa amonia menjadi nitrit dan nitrat yang relatif aman bagi ikan.
Nitrosomonas adalah bakter yang memiliki kemampuan untuk merombak senyawa amonia
menjadi senyawa nitrit; sedangkan Nitrobacter memiliki kemampuan merombak nitrit
menjadi nitrat. Senyawa nitrat yang terbentuk akan dimanfaatkan oleh tumbuhan (pakan
alami) untuk tumbuh dan berkembang, sehingga dapat menyediakan pakan alami bagi ikan.
Mikroba Nitrosomonas dan Nitrobacter dapat ditumbuhkan dalam media budidaya dengan
cara menginokulasi mikroba tersebut ke dalam kolam atau mendisain media budidaya
sedemikian rupa sehingga kedua mikroba tersebut dapat tumbuh dan berkembangbiak.