UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL ESTUDIANTE : MAMANI MAMANI , Josselyn Leidy CODIGO : 2018205065

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
SIMULACION DE ELECTROFORESIS EN GEL
DE AGAROSA UTLIZANDO EL PROGRAMA
SNAP GENE CON DATOS DE ARTICULO
CIENTIFICO:
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
ESTUDIANTE:
MAMANI MAMANI, Josselyn Leidy
CODIGO:
2018205065
ASIGNATURA
BIOTECNOLOGIA
DOCENTE
Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
FECHA DE ENTREGA
29 – 10 - 2021

2. Tabla de contenido
INTRODUCCION......................................................................................................................3
1. OBJETIVOS ...........................................................................................................................4
2. MATERIALES Y METODO......................................................................................................4
2.1. Materiales ....................................................................................................................4
2.2. Métodos .......................................................................................................................4
3. METODOLOGÍA....................................................................................................................4
4. Resultados:........................................................................................................................10
5. CONCLUSIÓN.................................................................................................................17
6. CUESTIONARIO.............................................................................................................17
7. BIBLIOGRAFIA ....................................................................................................................20

3. INTRODUCCION
La electroforesis es una técnica de separación muy usada en las investigaciones de proteínas y
ácidos nucleicos (ADN y ARN), que se basa en la movilización de las moléculas disueltas en una
solución de electrolitos a través de un gel por la acción de la corriente eléctrica. Esta técnica fue
desarrollada basándose en investigaciones adelantadas por varios investigadores interesados
en explicar por qué los iones disueltos en agua se mueven bajo la influencia de una corriente
eléctrica, dichas investigaciones describieron la migración de los iones y el orden en que lo
hacían, pero no lograron separar moléculas o partículas
Basándose en el conocimiento acumulado con las explicaciones de movilidad de iones y gracias
a la vinculación con un grupo de investigaciones que venía trabajando en la separación de
proteínas en la universidad de Uppsala, el científico Sueco Arne Wilheim Tiselius desarrolló en
su trabajo doctoral la técnica que llamó “Método de frente móvil en el estudio de la
electroforesis de proteínas” que publicó en 1930, esta técnica tenía dos problemas
fundamentales: el calentamiento que dificultaba la separación de las proteínas y la dificultad de
observar separación de las moléculas que se mueven más lento .
Después de su graduación se vinculó como profesor de la misma universidad y desarrolló
investigaciones en temas de fisicoquímica.
Posteriormente Tiselius viaja a Estados Unidos donde desarrolló un trabajo posdoctoral de un
año en la universidad de Princeton con el Dr. H.S. Taylor que tenía el apoyo de la fundación
Rockefeller en donde tiene contacto con varios Bioquímicos de la época y además obtiene
conocimientos para mejorar los dispositivos usados en su tesis doctoral, esta experiencia
renueva su interés por la separación de proteínas y realiza una nueva publicación dando a
conocer sus mejoras en 1937 y sus aplicaciones para separar proteínas del suero, lo que le hizo
merecedor al premio nobel en 1948.
Aparecieron así los primeros aparatos de electroforesis denominados como Tiselus, en honor a
su creador y financiados en su mayor parte por el instituto Rockefeller. A pesar de ser aparatos
enormes, difíciles de usar y caros, en los años 50 llego a haber cientos de ellos en diversos
laboratorios y el método de frente móvil se consideró un método altamente preciso.

4. 1. OBJETIVOS
Demostrar el uso de SNAPGENE en simulación de electroforesis en gel de agarosa
utilizando el programa snap gene con el articulo científico: “Aislamiento de bacterias
con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada
por derrame de petróleo en Condorcanqui – amazonas – Perú”
2. MATERIALES Y METODO
2.1.Materiales
✓ Laptop
✓ Software SnapGene
2.2.Métodos
En este presente trabajo se utilizo el software SNAPGENE, una de sus funciones es la clonación
es más simple cuando puedes ver exactamente lo que estás haciendo, Visualización del ADN,
Personaliza la visualización de los sitios de las enzimas, características, primers, ORFs, colores de
ADN y más. El mapa puede ser en formato circular o lineal, entre otros.
3. METODOLOGÍA
PASO 01: Entrar a la página de NCBI, seleccionar GENE y en el buscador colocar NR_112010.1.
luego dar clic en “BUSCAR”

5. PASO 02: Luego seleccionamos el primer link
PASO 03: Nos manda al depósito de esa secuencia . En la esquina hay una opción “SEND TO”
damos clic en FILE y en “Format” seleccionamos FASTA.
Luego damos clic en CREATE FILE

6. PASO 04: Al tener el documento descargado, vamos a crear una carpeta para esta practica
Paso 05: Al tener al archivo descargado y guardado en una carpeta, vamos a abrir el archivo,
pero en BLOC DE NOTAS para verificar la secuencia

7. Paso 06: se va a repetir el paso y lo vamos guardando en una carpeta
Paso 7 : abrimos SNAP GENE y damos clic en OPEN luego seleccionamos OPEN FILES
Paso 8: Elegimos uno de los documentos que hemos guardado en la carpeta , en este caso lo
registre como A1_Agua contaminada y damos ok. Al seleccionar, nos dirigimos a “Tools” y
seleccionamos Simulate Agarose Gel.

8. Paso 9: En este paso es donde debemos agregar las cepas bacterianas, en los carriles
Seleccionamos 16 (las cepas en total son 13) y el porcentaje 1.0%. En la parte superior se puede
observar una enumeración; es decir son los carriles.
N° de Carriles

9. Paso 10: Para poder agregar las demás cepas, seleccionamos el siguiente número. como se ve
en la imagen al seleccionar el numero 8 nos aparece ese comunicado, lo único es dar clic en
CHOOSE DNA SEQUENCES y se abrirá una pestaña donde se guardó las cepas con sus respectivos
nombres.
Paso 11: Cuando damos clic en ABRIR nos aparecerá un comunicado (no se cambia nada) solo
damos clic en ok.

10. 4. Resultados:
Agua Contaminada: A1 - Klebsiella oxytoca NR_112010.1

11. Agua Contaminada: A2 - Enterobacter cloacae NR_102794.2
Agua Contaminada: A3 - Pseudomonas koreensis NR_025228.1

12. Agua Contaminada: A4 - Serratia marcescens NR_036886.1
Agua Contaminada: A5 - Pseudomonas prosekii NR_132724.1

13. Agua Contaminada: A6 - Acinetobacter rudis NR_115988.1
Agua Contaminada: A7 - Proteus vulgaris NR_115878.1

14. Suelos Contaminado: S1 – Pseudomonas moraviensis NR_043314.1
Suelos Contaminado: S2 – Proteus hauseri NR_104767.1

15. Suelos Contaminado: S3 – Proteus vulgaris NR_115878.1
Suelos Contaminado: S4– Proteus terrae NR_146019.1

16. Suelos Contaminado: S5– Morganella morganii NR_113580.1
Suelos Contaminado: S6 – Serratia marcescens NR_036886.1

17. 5. CONCLUSIÓN
Finalmente, se puede destacar la gran utilidad de SNAPGENE que es tan fácil de usar que mi
laboratorio lo adoptó al instante. Ahorra mucho tiempo y dinero, ya que ahora hacemos toda
nuestra clonación en SnapGene primero y detectamos cualquier inconveniente en la estrategia
antes de que nos detenga.
6. CUESTIONARIO
1. ¿indique diferencias entre el ADN Y ARN?
Algunas de las diferencias entre ADN y ARN ya las hemos mencionado, por ejemplo, que el
ADN es de cadena doble y el ARN de cadena simple. Otras diferencias:
- El azúcar que lo componen es diferente. En el ADN es la desoxirribosa y en el ARN la
ribosa
- En las bases nitrogenadas del ARN la Timina se sustituye por Uracilo, siendo entonces
Adenina, Guanina, Citosina.
- El peso molecular del ARN es menor que el del ADN
ARN ADN
Composición
química
Pentosa Posee 𝛽 − 𝐷 𝑟𝑖𝑏𝑜𝑠𝑎 Posee 𝛽 − 𝐷 𝑑𝑒𝑠𝑜𝑥𝑖𝑟𝑟𝑖𝑏𝑜𝑠𝑎
Base
Adenina, guanina, citosina y
uracilo. Todas ellas en
distintas proporciones
Adenina, guanina, citosina y
timina. La proporción de adenina
es identifica a la timina, lo mismo
ocurre con guanina y citosina
Estructura
Cadena
Los ARN son monocatenarios,
están constituidos por una
sola cadena polinubleotidica
(excepto en algún virus)
El ADN es bicatenario, está
constituido por una doble cadena
polinucleótidas (excepto en
algunos virus)
Configuración
Salvo el ARNt (con estructura
en hoja de trébol), no
presentan una estructura
espacial determinada
Estructura en doble hélice, con
las dos cadenas unidas mediante
el emparejamiento de las bases
A=T y G=C
Función
En el proceso de transcripción
se traslada información
(secuencia de bases) del ADN
a otras moléculas: el ARNm
(mensajero), actúa como
intermediario para llevar la
información contenida en el
ADN al citoplasma.
La traducción de la secuencia
de bases del ARNm se realiza
en los ribosomas (constituidos
por ARNr y proteínas) del
citoplasma. Los ARNt
específicos transportan a los
aminoácidos colocándolos en
el orden exacto para formar la
proteína
La información sobre qué
aminoácidos y en qué orden
deben unirse para producir todas
las proteínas celulares está
codificada en la secuencia de
bases del ADN. Un "gen" se
define como un fragmento de
ADN que contiene la información
para la síntesis de una cadena
polipeptídica

18. 2. ¿Qué es SNAPGENE y como nos serviría en Ingeniería Ambiental?
- SnapGene es un programa de biología molecular utilizado para documentar secuencias
de ADN. proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar
todos sus procedimientos de biología molecular. Es una aplicación impresionante para
manejar los procedimientos de biología molecular. Proporciona una serie de útiles
herramientas de análisis de secuencias de ADN y soporta una variedad de formatos de
archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un gran recurso de laboratorio que le
ayudará en su visualización y análisis de secuencias de ADN.
- En poder realizar una clonación de microorganismos con potencial biorremediador
3. ¿Qué es el GEN16s y para que tipos de microorganismo sería útil?
- Es un gen común que contiene las huellas de la deriva filogenética en la evolución de las
especies, solo permiten en poder reconocer la distancia filogenética entre especies.
Se utiliza para unos estudios filogenéticos, por su secuencia esta altamente conservada
entre distintas especies.
4. Describir el proceso de electroforesis para el ADN
- Sumergir el sistema conteniendo los geles polimerizados en su tanque correspondiente.
Existen dos tanques de electroforesis y cada uno de ellos lleva dos electrodos: uno de
polo positivo y otro de polo negativo que serán conectados a una fuente de poder.
Asimismo, contiene el buffer de electroforesis para ADN, en este caso el buffer TBE 1X
(Figura N° 9). Al momento de sumergir los geles en el tanque, asegurarse que los pocillos
del gel estén totalmente saturados de buffer.
- Para colocar el ADN en los pocillos es importante mezclar cinco volúmenes de solución
que contiene el ácido nucleico con un volumen del buffer de la muestra de ADN
concentrada 6 veces o buffer de muestra 6X. Añadir un volumen de buffer de la muestra
repartidos en alícuotas, de acuerdo al número de muestras que se colocarán en los
pocillos, sobre un pedazo de lámina extensible de parafina (Figura N° 10). Acto seguido,
añadir cinco volúmenes de cada una de las muestras de ADN sobre las alícuotas de
buffer de la muestra y mezclar totalmente.
- Mediante el uso de puntas de 20 µl proceder a cargar cuidadosamente la muestra en
los pocillos evitando la contaminación del pocillo contiguo
- Considerar el uso de un marcador de peso molecular estándar de ADN para la
determinación del peso molecular de la muestra. Preparar el marcador de acuerdo a las
intrucciones del fabricante.
- Una vez finalizada la colocación del ADN en los pocillos, cubrir el tanque con la tapa y
conectar los cables correspondientes de los electrodos en la fuente de poder.
- Encender la fuente de poder y proceder a seleccionar el voltaje adecuado. El voltaje
dependerá principalmente de las necesidades del operador y del tipo de ADN que es
utilizado. Para el caso de productos de PCR, el voltaje puede estar comprendido entre
75 a 100 voltios. Es importante señalar que en la electroforesis de ADN el valor del
voltaje debe ser constante, a diferencia del valor del amperaje que dependerá
principalmente del valor del voltaje.
- Luego de seleccionar las condiciones de voltaje, iniciar el proceso de la electroforesis.
Durante el proceso se evidenciarán dos frentes de corrida de diferente color y distancia
de migración. Ambos colores, azul oscuro y azul claro corresponden a los colorantes azul

19. de bromofenol y xilene cianol, respectivamente, que conforman el buffer de la muestra.
El xilene cianol en geles de poliacrilamida al 8% migra de manera similar a un fragmento
de ADN de 160 pb, mientras que el azul de bromofenol a esta misma concentración de
poliacrilamida es equivalente a un fragmento de 45 pb. Detener la electroforesis hasta
que ambos frentes de corrida se localicen en la posición deseada por el operador (este
proceso debe ser estandarizado).
- Finalizada la electroforesis proceder al desmontaje del equipo empezando con la
desconexión de los electrodos de la fuente de poder, removiendo el sistema que
contiene el gel de poliacrilamida.
- Levantar lentamente uno o ambos espaciadores a la vez, de tal manera que se vaya
realizando la separación de los vidrios que contienen el gel.
- Remover el gel de uno de los vidrios. Para realizar este proceso se requiere de mucho
cuidado, pues el gel es muy frágil y puede romperse con facilidad. Para desprender el
gel del vidrio, remojarlo nuevamente con buffer de electroforesis y usar uno de los
espaciadores a manera de espátula para levantarlo por una de las puntas. Desplazar el
gel hacia un envase limpio para su respectiva tinción en bromuro de etidio o en nitrato
de plata.
- Los vidrios, los espaciadores y el tanque deberán ser lavados con abundante agua y
detergente que no deje residuos. Posteriormente enjuagarlos con agua destilada y
secarlos a temperatura ambiente o en una estufa a 37° C.
5. ¿Qué es la agarosa?
La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no tóxica que supone
una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas de Biología Molecular,
Bioquímica y Biología Celular. Su uso más extendido es para construir geles que
permitan separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada
para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos o antígenos. Igualmente se utiliza
para el cultivo celular y microbiología.
6. ¿Qué es un marcado de peso molecular, cuáles son sus tipos?
- Son una herramienta utilizada durante la electroforesis para conocer el tamaño
estimado de un fragmento y muy continuo en usar en laboratorios de biología
molecular. Como la medicina, industria, etc.

20. 7. BIBLIOGRAFIA
Hess, E. J., Jinnah, H. A., Kozak, C. A., & Wilson, M. C. (1992). Spontaneous locomotor
hyperactivity in a mouse mutant with a deletion including the Snap gene on chromosome
2. Journal of Neuroscience, 12(7), 2865-2874.
Bayless, A. M., Zapotocny, R. W., Han, S., Grunwald, D. J., Amundson, K. K., & Bent, A. F.
(2019). The rhg1‐a (Rhg1 low‐copy) nematode resistance source harbors a copia‐family
retrotransposon within the Rhg1‐encoded α‐SNAP gene. Plant direct, 3(8), e00164.
Gibbs, M. How does SnapGene estimate oligonucleotide (primer) melting temperatures (Tm)?.
Matsye, P. D., Lawrence, G. W., Youssef, R. M., Kim, K. H., Lawrence, K. S., Matthews, B. F., &
Klink, V. P. (2012). The expression of a naturally occurring, truncated allele of an α-SNAP gene
suppresses plant parasitic nematode infection. Plant molecular biology, 80(2), 131-155.