La Guerra dei Trent'Anni, scatenata da tensioni religiose in Boemia, vide contrapporsi i protestanti e i cattolici, culminando nella defenestrazione di Praga del 1618. Il conflitto, suddiviso in quattro fasi, coinvolse diversi stati europei e portò a significative perdite territoriali per l'Impero. La pace di Westfalia del 1648 sancì l'indipendenza delle province unite, il riconoscimento della Svezia come potenza e l'estensione delle clausole di tolleranza religiosa a tutte le confessioni protestanti.