SlideShare a Scribd company logo
Johannes Pernaa
PhD, Beng
Version 2.0
Edumol user guide
18.5.2017
Content
● Edumol history
● Architechture
● Basic tools, buttons & operations
Edumol history
● 2008–2010:
● Jmol-based site
● Java
● 2010–2014
● iPads arrived
● Site continued via Jmol
● 2014 – Edumol 1.0
● JSmol had been developed
● Edumol changed its core to Jsmol
● 2017 – Edumol inspired molecular modeling book was launched
Field of
compu-
tational
chemistry
Edumol
features
3D user interface
Notice: Protein has to be reatrieved via PDB ID, like ”2mlt” returns melittin.
Base
● File
● Open & save file
● Export 3D to Blender or 3D printing
● Export Image
● Export mol to ChemSketch
● 3D canvas
● Height + width if needed
● Background color
● High resolution for fast web connection
● NIST search via chemical formula
Export 3D
● Works really fine.
3D-printing works really fine.
Move
● Rotate via 1 click
● Front, right, up
● X, Y, Z -axis
● Click atom and center molecule
● Spin
● Set high resolution on, if you wish
● to see the molecule rotating
Model & Biomodel
● Molecule models
● CPK
● Ball-and-stick
● Try all out
● Biomodel options
● Structures
● Colors
● Hydrogen bonds
Visualize
● MEP = Molecular electrostatic potential
● Charge distributions of molecules
● Charge related properties of molecules
● Shape and size
● Good article from Chemistry LibreTexts
● Atom labels
● Partial charge and dipole vector
● Atom numbers
Measure
Calculate
● Works only for geometrical optimization
● MMFF94 molecular mechanics calculations
2D editing
FEATURES
● JSME 2D editing tools
● Intergrated to JSmol core
● Search structures
from databases
● If NCI is down, 2D isn't
working
● Note! Protein structures can't
be edited in 2D side
Learn molecular modeling
Introduction to Molecular Modeling in Chemistry Education
This book offers theoretical
insights and hands-on modeling
activities. The goal is to learn how
to implement molecular modeling
in chemistry teaching.
The exercises are performed using
Edumol.fi web application, which is
a free JSmol-JSME-based
molecular modeling and
visualization service.
Order the book.

More Related Content

More from Johannes Pernaa

Kehittamistutkimus 2017
Kehittamistutkimus 2017Kehittamistutkimus 2017
Kehittamistutkimus 2017
Johannes Pernaa
 
Miksi opiskella kemiaa 2017
Miksi opiskella kemiaa 2017Miksi opiskella kemiaa 2017
Miksi opiskella kemiaa 2017
Johannes Pernaa
 
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
Johannes Pernaa
 
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvua
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvuaSähköisistä oppimateriaaleista kasvua
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvua
Johannes Pernaa
 
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluento
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluentoVerkkokurssin suunnittelu -koontiluento
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluento
Johannes Pernaa
 
Tämä on e-kirja 17.4.2016
Tämä on e-kirja 17.4.2016Tämä on e-kirja 17.4.2016
Tämä on e-kirja 17.4.2016
Johannes Pernaa
 
Työpaja: Verkkokurssin laatiminen
Työpaja: Verkkokurssin laatiminenTyöpaja: Verkkokurssin laatiminen
Työpaja: Verkkokurssin laatiminen
Johannes Pernaa
 
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
Johannes Pernaa
 
Hypekäyrä TVT-suunnittelussa
Hypekäyrä TVT-suunnittelussaHypekäyrä TVT-suunnittelussa
Hypekäyrä TVT-suunnittelussa
Johannes Pernaa
 
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
Johannes Pernaa
 
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
Johannes Pernaa
 
Sähköiset arviointikäytänteet S2014
Sähköiset arviointikäytänteet S2014Sähköiset arviointikäytänteet S2014
Sähköiset arviointikäytänteet S2014
Johannes Pernaa
 
3d-webprojekti
3d-webprojekti3d-webprojekti
3d-webprojekti
Johannes Pernaa
 
Big data ja sen mahdollisuudet
Big data ja sen mahdollisuudetBig data ja sen mahdollisuudet
Big data ja sen mahdollisuudet
Johannes Pernaa
 
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
Johannes Pernaa
 
Pernaa lukiopaivat-12112013
Pernaa lukiopaivat-12112013Pernaa lukiopaivat-12112013
Pernaa lukiopaivat-12112013
Johannes Pernaa
 
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjatTVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
Johannes Pernaa
 
Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Ohjelmistovertailu - KMV 2013Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Johannes Pernaa
 
Johdatus1 energia-ja-rakenne
Johdatus1 energia-ja-rakenneJohdatus1 energia-ja-rakenne
Johdatus1 energia-ja-rakenne
Johannes Pernaa
 

More from Johannes Pernaa (20)

Kehittamistutkimus 2017
Kehittamistutkimus 2017Kehittamistutkimus 2017
Kehittamistutkimus 2017
 
Miksi opiskella kemiaa 2017
Miksi opiskella kemiaa 2017Miksi opiskella kemiaa 2017
Miksi opiskella kemiaa 2017
 
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
ChemistryLab Gadolin - Esera 2017
 
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvua
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvuaSähköisistä oppimateriaaleista kasvua
Sähköisistä oppimateriaaleista kasvua
 
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluento
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluentoVerkkokurssin suunnittelu -koontiluento
Verkkokurssin suunnittelu -koontiluento
 
Tämä on e-kirja 17.4.2016
Tämä on e-kirja 17.4.2016Tämä on e-kirja 17.4.2016
Tämä on e-kirja 17.4.2016
 
Työpaja: Verkkokurssin laatiminen
Työpaja: Verkkokurssin laatiminenTyöpaja: Verkkokurssin laatiminen
Työpaja: Verkkokurssin laatiminen
 
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
Tämä on e-kirja ja näin se tehdään (2015)
 
Hypekäyrä TVT-suunnittelussa
Hypekäyrä TVT-suunnittelussaHypekäyrä TVT-suunnittelussa
Hypekäyrä TVT-suunnittelussa
 
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
Forssan Peda.net-koulutus 8.12.2014
 
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
Sähköiset arviointikäytäntänteet 23-24.10
 
Sähköiset arviointikäytänteet S2014
Sähköiset arviointikäytänteet S2014Sähköiset arviointikäytänteet S2014
Sähköiset arviointikäytänteet S2014
 
3d-webprojekti
3d-webprojekti3d-webprojekti
3d-webprojekti
 
20140510 kvs
20140510 kvs20140510 kvs
20140510 kvs
 
Big data ja sen mahdollisuudet
Big data ja sen mahdollisuudetBig data ja sen mahdollisuudet
Big data ja sen mahdollisuudet
 
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
Sähköinen oppikirja oppimisympäristönä - ITK 2014
 
Pernaa lukiopaivat-12112013
Pernaa lukiopaivat-12112013Pernaa lukiopaivat-12112013
Pernaa lukiopaivat-12112013
 
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjatTVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
TVT-opetuksessa: Sähköiset oppikirjat
 
Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Ohjelmistovertailu - KMV 2013Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Ohjelmistovertailu - KMV 2013
 
Johdatus1 energia-ja-rakenne
Johdatus1 energia-ja-rakenneJohdatus1 energia-ja-rakenne
Johdatus1 energia-ja-rakenne
 

Recently uploaded

MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptxMathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
nolicaliso1
 
Parent PD Design for Professional Development .docx
Parent PD Design for Professional Development .docxParent PD Design for Professional Development .docx
Parent PD Design for Professional Development .docx
AntonioJarligoCompra
 
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal UseIntroduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
Excellence Foundation for South Sudan
 
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHatSQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
Scholarhat
 
Odoo 17 Events - Attendees List Scanning
Odoo 17 Events - Attendees List ScanningOdoo 17 Events - Attendees List Scanning
Odoo 17 Events - Attendees List Scanning
Celine George
 
Imagination in Computer Science Research
Imagination in Computer Science ResearchImagination in Computer Science Research
Imagination in Computer Science Research
Abhik Roychoudhury
 
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
Celine George
 
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
Codeavour International
 
Introduction to Banking System in India.ppt
Introduction to Banking System in India.pptIntroduction to Banking System in India.ppt
Introduction to Banking System in India.ppt
Dr. S. Bulomine Regi
 
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate ChangeOur Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
Postal Advocate Inc.
 
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POSHow to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
Celine George
 
2 Post harvest Physiology of Horticulture produce.pptx
2 Post harvest Physiology of Horticulture  produce.pptx2 Post harvest Physiology of Horticulture  produce.pptx
2 Post harvest Physiology of Horticulture produce.pptx
UmeshTimilsina1
 
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
UmeshTimilsina1
 
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
MANIVALANSR
 
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
ALBERTHISOLER1
 
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdfC# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
Scholarhat
 
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHatJava MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
Scholarhat
 
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
Glenn Rivera
 
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
DrRavindrakshirsagar1
 
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEWRDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
Murugan Solaiyappan
 

Recently uploaded (20)

MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptxMathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
MathematicsGrade7-Presentation-July-12024.pptx
 
Parent PD Design for Professional Development .docx
Parent PD Design for Professional Development .docxParent PD Design for Professional Development .docx
Parent PD Design for Professional Development .docx
 
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal UseIntroduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
Introduction to Google Productivity Tools for Office and Personal Use
 
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHatSQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
SQL Server Interview Questions PDF By ScholarHat
 
Odoo 17 Events - Attendees List Scanning
Odoo 17 Events - Attendees List ScanningOdoo 17 Events - Attendees List Scanning
Odoo 17 Events - Attendees List Scanning
 
Imagination in Computer Science Research
Imagination in Computer Science ResearchImagination in Computer Science Research
Imagination in Computer Science Research
 
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
Mail Server Configuration Using App passwords in Odoo 17
 
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
Codeavour 5.0 International Impact Report - The Biggest International AI, Cod...
 
Introduction to Banking System in India.ppt
Introduction to Banking System in India.pptIntroduction to Banking System in India.ppt
Introduction to Banking System in India.ppt
 
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate ChangeOur Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
Our Guide to the July 2024 USPS® Rate Change
 
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POSHow to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
How to Manage Line Discount in Odoo 17 POS
 
2 Post harvest Physiology of Horticulture produce.pptx
2 Post harvest Physiology of Horticulture  produce.pptx2 Post harvest Physiology of Horticulture  produce.pptx
2 Post harvest Physiology of Horticulture produce.pptx
 
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
11. Post harvest quality, Quality criteria and Judgement.pptx
 
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
slidesgo-mastering-the-art-of-listening-insights-from-robin-sharma-2024070718...
 
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
Brigada Eskwela 2024 PowerPoint Update for SY 2024-2025
 
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdfC# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
C# Interview Questions PDF By ScholarHat.pdf
 
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHatJava MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
Java MCQ Questions and Answers PDF By ScholarHat
 
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
DepEd School Calendar 2024-2025 DO_s2024_008
 
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
Genetics Teaching Plan: Dr.Kshirsagar R.V.
 
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEWRDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
RDBMS Lecture Notes Unit4 chapter12 VIEW
 

Edumol user guide (V 2.0)

  • 1. Johannes Pernaa PhD, Beng Version 2.0 Edumol user guide 18.5.2017
  • 2. Content ● Edumol history ● Architechture ● Basic tools, buttons & operations
  • 3. Edumol history ● 2008–2010: ● Jmol-based site ● Java ● 2010–2014 ● iPads arrived ● Site continued via Jmol ● 2014 – Edumol 1.0 ● JSmol had been developed ● Edumol changed its core to Jsmol ● 2017 – Edumol inspired molecular modeling book was launched
  • 6. 3D user interface Notice: Protein has to be reatrieved via PDB ID, like ”2mlt” returns melittin.
  • 7. Base ● File ● Open & save file ● Export 3D to Blender or 3D printing ● Export Image ● Export mol to ChemSketch ● 3D canvas ● Height + width if needed ● Background color ● High resolution for fast web connection ● NIST search via chemical formula
  • 8. Export 3D ● Works really fine. 3D-printing works really fine.
  • 9. Move ● Rotate via 1 click ● Front, right, up ● X, Y, Z -axis ● Click atom and center molecule ● Spin ● Set high resolution on, if you wish ● to see the molecule rotating
  • 10. Model & Biomodel ● Molecule models ● CPK ● Ball-and-stick ● Try all out ● Biomodel options ● Structures ● Colors ● Hydrogen bonds
  • 11. Visualize ● MEP = Molecular electrostatic potential ● Charge distributions of molecules ● Charge related properties of molecules ● Shape and size ● Good article from Chemistry LibreTexts ● Atom labels ● Partial charge and dipole vector ● Atom numbers
  • 13. Calculate ● Works only for geometrical optimization ● MMFF94 molecular mechanics calculations
  • 14. 2D editing FEATURES ● JSME 2D editing tools ● Intergrated to JSmol core ● Search structures from databases ● If NCI is down, 2D isn't working ● Note! Protein structures can't be edited in 2D side
  • 15. Learn molecular modeling Introduction to Molecular Modeling in Chemistry Education This book offers theoretical insights and hands-on modeling activities. The goal is to learn how to implement molecular modeling in chemistry teaching. The exercises are performed using Edumol.fi web application, which is a free JSmol-JSME-based molecular modeling and visualization service. Order the book.