Presentation schedule of PBBMI seminar.

1. ANALISIS KEMELIMPAHAN BAKTERI RHIZOSFER
MEDIA TANAM TANAMAN KEDELAI (Glycine max (L.)
Merill) BERBASIS POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
PADA AWAL FASE PERTUMBUHAN
Adinda Nurulita Putri
Paul Benyamin Timotiwu
Wawan A. Setiawan
Universitas Lampung
25-26 Agustus 2022
SEMINAR NASIONAL XXV
PERHIMPUNAN BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER INDONESIA

2. PENDAHULU
AN
2
1

3. Pendahuluan
3
Latar Belakang
Tanaman kedelai  salah satu bahan pangan
sumber protein terpenting bagi masyarakat
Indonesia
Produksi tanaman faktor genetik dan lingkungan
Faktor lingkungan  termasuk komunitas bakteri
rhizosfer
Bakteri rhizosfer  sebagian bermanfaat bagi
tanaman , sebagian lain merugikan tanaman karena
ada yang bersifat patogen
▰ Bermanfaat  membantu proses penyerapan
hara makro seperti nitrogen, menghasilkan
fitohormon dan enzim yang membantu tanaman
Tujuan:
mengetahui kemelimpahan bakteri
rhizosfer pada tanah media tanam
tanaman kedelai pada fase awal
pertumbuhan tanaman berbasis
Polymerase Chain Reaction (PCR).
Analisis berbasis PCR  mampu
mengamplifikasi sekuen DNA dalam
jumlah kecil menjadi berjumlah cukup
banyak untuk dianalisis, termasuk
sekuen barcoding bakteri

4. METODE
PENELITIAN
4
2

5. Metode Penelitian
▰ Sampel Tanah  pH 6,95 dari Desa Tanjung Kesuma, Kecamatan
Purbolinggo, Kabupaten Lampung Timur, Provinsi Lampung
▰ Analisis PCR Laboratorium Biomolekuler UPT LTSIT Universitas
Lampung
5

6. Metode Penelitian
▰ Preparasi Sampel Tanah
Sampel  tanah rhizosfer
tanaman kedelai dengan 4
varietas berbeda  Anjasmoro,
Argomulyo, Dena-1, dan Devon-1.
Tiap varietas  5 ulangan.
Masing-masing diambil secara
acak sebanyak 3 sampel dan
dihomogenkan.
Tanah diambil pada 14 HST, saat
kotiledon sudah terlepas
▰ Ekstraksi Sampel Tanah
¤ Perkayaan bakteri  media NB
steril (pengenceran 10-1)  diinkubasi
di waterbath 24 jam.
¤ ¤ Ekstraksi DNA  protokol kit
Wizard® Genomic Purification
Kit (Promega, AS).
6

7. Metode Penelitian
▰ Analisis Konsentrasi dan
Kemurnian DNA
Konsentrasi DNA hasil
ekstraksi dianalisis
menggunakan
Nanophotometer (Implen,
Jerman) dan ditunjukkan
dalam ng/µL dan kemurnian
pada rasio absorbansi
A260/A280
▰ Amplifikasi dengan
Polymerase Chain
Reaction (PCR)
Hasil ekstraksi DNA dapat
dilanjutkan ke proses amplifikasi
dengan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) karena konsentrasi
dan kemurnian DNA pada
absorbansi A260/A280 yang diuji
dengan UV-Spektrofotometer
menunjukkan hasil ≥ 50 ng/µl dan
1,8, secara berturut- turut,
menggunakan primer 16s rRNA
▰ Visualisasi Hasil
Amplifikasi dengan
Elektroforesis
Hasil amplifikasi divisualisasi
dengan metode capillary
electrophoresis digital dan
tervisualisasi dalam bentuk
gel image. Semakin tebal pita
sekuen DNA bakteri yang
tervisualisasi,
mengindikasikan semakin
banyak pula jumlah bakteri
pada sampel
7

8. HASIL
PENELITIAN
8
3

9. Konsentrasi dan Kemurnian DNA Hasil
Ekstraksi
▰ Konsentrasi dan Kemurnian
DNA
▰ Keterangan :
• P= Bakteri Gram
+
• N=Bakteri Gram
–
• 1 = Anjasmoro
• 2 = Argomulyo
• 3 = Dena-1
• 4 = Devon-1
▰ Gambar Hasil Analisis
Konsentrasi dan Kemurnian
DNA
9
Sampel Konsentrasi (ng/µL) Kemurnian
(A260/A280)
P1 402 2,013
P2 755 2,013
P3 473 2,043
P4 291 1,997
N1 470 2,028
N2 634 2,027
N3 855 2,024
N4 306 2,007

10. Amplifikasi dengan Polymerase Chain
Reaction (PCR)
▰ Pereaksi PCR ▰ Program Thermocycling
▰ Gambar Proses PCR
10
No Pereaksi Volume (µL)
1 Master
Mix
10.5
2 63 F 0.25
3 1387 R 0.25
4 ddH2O 8
5 Template
DNA
@ 2
No Fase T (℃) t (m)
1 Pra
Denaturasi
95 5
2 Denaturasi 95 1
3 Annealing 53,9 1
4 Elongasi 72 1
5 Elongasi
Akhir
72 5
6 Cooling 20 10

11. Visualisasi dengan Elektroforesis
11

12. 12

13. KESIMPULAN
13
4

14. Berdasarkan pita yang tervisualisasi dari hasil amplifikasi
sekuen DNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR),
pita dari sekuen DNA bakteri rhizosfer tanaman kedelai
varietas Anjasmoro paling tebal, sedangkan dari varietas
Devon-1 paling tipis. Maka dapat disimpulkan bahwa,
kemelimpahan bakteri pada rhizosfer kedelai varietas
Anjasmoro terindikasi paling tinggi dan Devon-1 paling
rendah.
14

15. Terima Kasih
15