Wilayah perairan Indonesia mencakup 2/3 luas wilayah Indonesia dan merupakan yang terpanjang di dunia. Wilayah ini terdiri atas laut teritorial selebar 12 mil laut, perairan kepulauan di garis pantai, dan perairan pedalaman. Indonesia juga memiliki hak atas ZEE sejauh 200 mil laut dan landas benua berdasarkan UNCLOS 1982.