Sel prokariotik dan eukariotik memiliki perbedaan struktur dan organisasi. Sel prokariotik seperti bakteri hanya memiliki membran plasma dan nukleoid DNA, sedangkan sel eukariotik seperti hewan dan tumbuhan memiliki inti sel dan organel seperti mitokondria dan kloroplas. Perbedaan utama lainnya adalah ukuran sel, keberadaan DNA, dan cara pembelahan sel.