Sel prokariotik dan sel eukariotik memiliki perbedaan utama yaitu kehadiran membran inti. Sel prokariotik tidak memiliki membran inti sehingga tidak ada pemisahan antara sitoplasma dan nukleoplasma. Sedangkan sel eukariotik memiliki membran inti sehingga terdapat batas yang jelas antara sitoplasma dan nukleoplasma.