DAS Ciliwung mengalami berbagai masalah biofisik dan sosial ekonomi akibat pengelolaan yang kurang optimal. Kerusakan lingkungan, pencemaran, dan banjir terjadi karena perubahan tutupan lahan, eksploitasi air tanah berlebihan, dan ketidaksesuaian rencana tata ruang. Masalah ini diperburuk oleh lemahnya koordinasi antarsektor, tumpang tindih kepentingan, dan kurangnya keterlibatan masyarak