Kritizálta a rómaikatolikus egyház dogmáit, amik nem voltak biblikusak, de hívő volt. Ő írta: „Úgy gondolom elsősorban, hogy Istennek tetsző kijelenteni, hogy a Szent Biblia soha nem beszél igazságtalanságot, ha helyesen van értelmezve”.
Hitéért el kelletthagynia Graz városát, mivel nem akarta megtagadni protestáns voltát.Kepler írta: „Mivel mi, asztronómusok a Magasságos Isten „papjai” vagyunk, a természet könyve kapcsán, szükséges azért, hogy jó tanítók legyünk, nem a mi elménk dicsőségére, de mindenek felett Isten dicsőségére.”