Dinasti Ayyubiyah didirikan oleh Salahuddin Yusuf al-Ayyubi di Mesir dan bertahan selama sekitar 75 tahun, di mana ia berusaha mengembalikan mazhab Sunni serta membangun madrasah. Setelah menghadapi berbagai tantangan dari raja-raja Eropa selama Perang Salib, kekuasaan dinasti ini berakhir setelah kekalahan tentara Mongol di Ain Jalut. Universitas Al-Azhar berkembang pesat selama periode ini dengan banyak ilmuwan masyhur yang berkontribusi terhadap perkembangan ilmu pengetahuan.