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![ani.option(2)
[hmtlfile] ・・・デフォルトのHTML出力ファイル
[OUTDIR]
[IMAGES] ・・・デフォルトの画像出力先フォルダ
デフォルトの出力先フォルダ。特に指定
しなければ、tmpフォルダが使用される。
• outdir・・・デフォルトの出力先フォルダ
• htmlfile・・・HTML出力(index.html)
• images・・・作成した画像を含むフォルダ](https://image.slidesharecdn.com/animation1-0-120128032323-phpapp02/85/How-to-use-animation-packages-in-R-Japanese-17-320.jpg)
How to use animation packages in R(Japanese)
- 1. これからの可視化は動画の時代 ~Rでanimationパッケージ で動画を作成する方法~ @sleipnir002 Tokyo.R#20
- 2. 自己紹介 @sleipnir002 •Tokyo.Rでパターン認識の発表をシリーズで やっています。 •職業：ITコンサル 自主規制 •データマイニングのIT業界への普及と促進の ために活動しています。 •ガイア好きです。 •好きなAKB48のメンバーはこじはるです。
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- 4. パッケージ概要 Rのプロットを結合して、アニメーション形式で出力するパッケージ 1.Rから複数のアニメーションフォーマットへの エクスポートをサポート →自分の望む形式に変換して、ホームページやレポート に埋め込みができる！ 2. 統計教育用のサンプルアニメーションを含む →統計の勉強になる！ これからは動画で可視化の時代！！
- 5. animationを使って動画を作成してみよう！ library(animation) Package animation ani.options(outdir="/var/XXX/") オプションの設定 s<-function(x, k){x^3+k*x^2-5*x+4} ani.start() 録画開始 for(i in -30:30){ plot(s(-30:30, i), type="l", ylim=c(- 3次関数の係数を変更し 10000, 10000)) てプロット } ani.stop() 録画停止 HTML形式のファイルが作成されていることを確認する。
- 6. インストール • install.packages(“animation”)だけでOK! • 以下のコマンドのインストールが必要 •ImageMagick・・・画像処理用のコマンドラインツール $ sudo apt-get install imagemagick • SWF Tools・・・SWF生成用のコマンドラインツール $ sudo apt-get install libfreetype6-dev libgif-dev xpdf libjpeg8 libjpeg8-dev ←r-base-devを削除した。 $ wget http://www.swftools.org/swftools-0.9.1.tar.gz $ tar -zxvf swftools-0.9.1.tar.gz $cd swftools-0.9.1 $./configure $make $sudo make install OS:Ubuntu 10.10 64bitの場合
- 7. 出力形式 • HTML形式・・・ブラウザ上で再 生するページを作成 • GIF形式・・・GIFに出力 • SWF形式・・・FLASHに出力 • PDF形式・・・Texで埋め込み • 動画形式・・・mpeg4等に出力 • 動画をRのグラフィックデバイ ス上に作成することも可能。
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- 9. animationを使って動画を作成する3つの方法 A) savehoge()形式で特定フォーマットで保存 B) ani.start()形式でHTML形式で保存 C)ani.record()で録画、ani.replayで再生を行う。
- 10. *ソース１を参照 A)saveHTML 動画を閲覧できるHMTLページを作成する。 >saveHTML(expr={bisection.method()}, img.name="bi") >saveHTML(expr={newton.method()}, img.name="newton") • JSを使用してHTMLから動画を閲覧可能にする。 • exprで指定した手順でplotした画像を動画にする。 • img.nameの引数を保存する画像の拡張子に使用する。 • saveHTMLを複数回実行すると、ページ上にはHTMLが複数 表示される。 方程式の根を求めるアルゴリズムのデモ
- 11. *ソース１を参照 A)saveGIF GIF形式の動画を作成する。 >saveGIF(expr={boot.iid()}, clean=TRUE, img.name="boot", movie.name="boot.gif") • ImageMagickのコマンドを使用して、動画を作成する。 • exprで指定した手順でplotした画像を動画にする。 • img.nameで指定した接頭辞で保存する。 • ファイルはオプションoutdirで指定したディレクトリに movie.nameの名前で保存される。 ブートストラップのデモ
- 12. *ソース１を参照 A)saveSWF FLASH形式の動画を画像から作成する。 > saveSWF({expr=kmeans.ani(centers=4)},swftools=NULL, img.name="kmeans", swf.name="kmeans.swf") • SWF Toolsのpng2swfコマンドなどを使用して、画像をFLASH に変換する。 • exprで指定した手順でplotした画像を動画にする。 • img.nameで指定した接頭辞で保存する。 • ファイルはオプションoutdirで指定したディレクトリに swf.nameの名前で保存される。 K-means法の動きを表すアルゴリズムのデモ
- 13. B)ani.start(), ani.stop() HTMLによるアニメーションページを作成 >ani.start() >・・・ >ani.stop() デモは省略 • 自動的にoutdirにJSファイルをコピーして、start開始後、stop までに作成されたplotで動画を作成する。 • saveHTMLとは出力画面の形式が異なる。 • 指定したフォルダに必要なjavascriptファイルを出力するので 注意。
- 14. *ソース2を参照 C)ani.record (), ani.replay() recordでカレントのデバイスを録画して、replayで再生する。 >for(i in 0:9){ + rbfsvm <- ksvm(x,y,kernel=rbfdot(sigma=1), C=1+i*20) + ani.record() + plot(rbfsvm,data=x,key.axes=axis(4, seq(-7, 7, by=1)), zlim=c(-7, 7)) +} >ani.replay() • ani.recordでカレントのデバイスの画像を保存して、記録する。 • ani.replayで記録した動画の再生を行う。 SVMの正則化のコストを大きくした時の挙動のデモ
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- 16. ani.option(1) >ani.option() or ani.option(“interval”) #オプション内容の確認 >ani.option(oopt) #デフォルトに戻す。 >ani.options(interval=0.5)#インターバルを0.5に設定 • interval・・・フレームの間隔（秒） • nmax・・・フレームの最大数 • ani.width,ani.height・・・画像の幅と高さ • ani.dev,ani.type・・・デバイス、画像の種類
- 17. ani.option(2) [hmtlfile] ・・・デフォルトのHTML出力ファイル [OUTDIR] [IMAGES] ・・・デフォルトの画像出力先フォルダ デフォルトの出力先フォルダ。特に指定 しなければ、tmpフォルダが使用される。 • outdir・・・デフォルトの出力先フォルダ • htmlfile・・・HTML出力(index.html) • images・・・作成した画像を含むフォルダ
- 18. まとめ • animationパッケージでRで簡単に動画が作成 できるからみんな動画で可視化してみよう。 • animationパッケージで動画を作成する際の フォーマットはGIF,HTML,SWF,MPEGなど • 統計教育用アニメーションがいっぱいあるの で、暇な人は見てみよう。
- 19. ソース１ #A)saveHoge関数のデモ #SaveHTML #２分割法で方程式を解く動画サンプル saveHTML(expr={bisection.method()}, img.name="bi") #ニュートン法で方程式を解く動画サンプル saveHTML(expr={newton.method()}, img.name="newton") #SaveGIFブートストラップのデモ動画サンプル saveGIF(expr={boot.lowess(cars, f=1, pch = 20, iter=20, xlab = "speed", ylab = "dist")}, clean=TRUE, img.name="boot", movie.name="boot.gif") #SaveSWF k-means法による動画の可視化 saveSWF({kmeans.ani(centers=3)},swftools=NULL,img.name="kmeans", swf.name="kmeans.swf")
- 20. ソース2 #C)ani,record,ani.replay方式のデモ~SVMの正則化項を大きくしていった際の挙動の可視化 #ライブラリの読み込みとデータの生成 library(kernlab);library(mlbench) dat <- mlbench.2dnormals(400,cl=2, r=sqrt(20), sd=2);x <- dat$x; y <- dat$classes #これまでの画像のクリアー ani.record(reset=TRUE) for(i in 0:9){ #SVMの正則化項のコストを大きくしながらモデルを作成 rbfsvm <- ksvm(x,y,kernel=rbfdot(sigma=1), C=1+i*20) plot(rbfsvm,data=x,key.axes=axis(1, seq(-i, 7, by=1)), zlim=c(-7, 7), sub=paste("C=", 1+i*20)) #直前のプロットを記録する。 ani.record() } #記録した画像を再生 ani.replay() *パターン認識 (Rで学ぶデータサイエンス 5) 共立出版(金森ほか, 2009)を参考に作成
- 21. ソース3 #ハートの方程式 love<-"僕とお付き合いしてください" x 0.01 (t 2 40t 1200) sin( t / 180) y 0.01 (t 2 40t 1200) cos( t / 180) retx<-function(t, d){d * 0.01 * (-(t^2)+40*t+1200)*sin(pi * t /180)} rety<-function(t){0.01 * (-(t^2)+40*t+1200)*cos(pi * t /180)} ani.options(outdir="/var/www/html/rtmp", interval = 0.05, nmax = 150) (0 t 60) saveGIF( expr={ #ハートの方程式を徐々に記述していく。 plot(retx(1, 1), rety(1), xlim=c(-15, 15), ylim=c(-10, 20), xlab="", ylab="") for(t in 2:60){ plot(c(retx(1:t, -1), retx(1:t, 1)), c(rety(1:t), rety(1:t)), xlim=c(-15, 15), ylim=c(-10, 20), main=, xlab="", ylab="") } #告白のを付け加えた状態で画像を固定する。 for(t in 1:30){ plot(c(retx(1:60, -1), retx(1:60, 1)), c(rety(1:60), rety(1:60)), xlim=c(-15, 15), ylim=c(-10, 20), main="", xlab="", ylab="") mtext(love, side = 3, line = -16, cex= 2, col="red") } }, movie.name="heart.gif" ) *ハートはhttp://www.mathematische-basteleien.de/heart.htmを参考に作成
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- 25. ♪ DREAMS COMES TRUE『LOVE LOVE LOVE』
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- 29. 理系大学院生の彼は勉強熱心で まじめな青年
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- 44. 「ねぇSちゃん、Rのプロットにサブタイトルを付け たいんだけど、付け方がわからないから 教えてくれないかな」
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- 48. R君は自分のPCをSちゃんの前に 置きました
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- 50. Sちゃんはソースコード読み、 一瞬はっとします
- 51. そして、彼女はそのソースコードに sub=“yes”と書き加え、 二人はめでたく結ばれました。
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- 56. animationで素敵なRライフを Be happyWith animation ※今日の資料はコードも含めてblogにアップします。