MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH HỌC PHÂN TỬ.pdf

1. MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM
TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH
HỌC PHÂN TỬ
Nguyen Le Thanh (MRes)
thanhnl@pnt.edu.vn
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 1

2. 1. GIỚI THIỆU CHUNG
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 2

3. Chất lượng XNSHPT
• Môi trường XN
– XNSHPT là gì?
• DNA/RNA/protein?
– Môi trường, hóa chất, dụng cụ thí nghiệm, v.v…: sạch, vô trùng
• Mục đích, kiến thức xét nghiệm:
– Tham khảo tài liệu (ISO?)
– Phải qua huấn luyện sử dụng máy móc
• Máy móc:
– Hiệu năng máy móc
– Lập trình chương trình
• Các sai lầm trong một XN SHPT
– Sai lầm loại 1 là loại sai lầm khi kết quả nghiên cứu cho thấy có sự
khác biệt (như giả thuyết đặt ra), nhưng thực tế là không có sự
khác biệt.
– Sai lầm loại 2 là kết quả nghiên cứu cho thấy không có mối quan
hệ giữa các yếu tố, nhưng thực tế thì có.
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 3

4. Các bước quy trình XN
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 4
1. Sample collection
(Blood, urine, feaces, tissue, etc.)
2. Sample treatment,
record, & storage
3. Analysis
(Diagnostic tests)
4. Report & Diagnosis

5. (1) Thu thập mẫu
• Mẫu gì?
• Lúc nào?
• Trước khi phát bệnh?
• Sau khi phát bệnh?
• Như thế nào?
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 5

6. (2) Xử lý bảo quản mẫu
• Tinh sạch loại bỏ tạp chất
• Di chuyển vận chuyển
• Chất chống đông?
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 6

7. (3) PP phân tích
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 7
Bảng 7.1. Một số ví dụ XN SHPT trong y học lâm sàng
Mục
đích
Tầm soát
nguy cơ
Tầm
soát
Chẩn
đoán
Tiên lượng
Hướng
điều trị
Theo dõi
Ví dụ
XN
SHPT
Kiểm tra
dấu hiệu
xơ nang
Định
tính
hoặc
định
type
HPV
Nhiễm
vi
khuẩn
lao
Phân loại
ung thư vú
vào các
phân nhóm
sử dụng
(OncoType
Dx hay
Mamma
Print)
Xác định
tình
trạng
đột biến
gen như
KRAS,
BRAF, và
Her2
Định
lượng
(đo tải
lượng)
siêu vi
viêm
gan C

8. (3) PP phân tích
• Định tính
• PCR
• Real-time PCR
• Lai PT
• Định lượng tuyệt đối
• Real-time PCR Đường tiêu chuẩn
• Định lượng tương đối
• Real-time PCR gen tham chiếu
• Nghiên cứu di truyền học
• Giải trình tự DNA
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 8

9. (3) PP phân tích
• Các đối chứng
– Chứng dương là gì?
– Chứng âm là gì?
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 9

10. (3) PP Phân tích: Đối chứng
• Nhóm kiểm tra và nhóm chứng:
– Nhóm kiểm tra: Xem phản ứng khi có thay đổi
– Nhóm chứng: Không tạo thay đổi
• Chứng dương:
– Phản ứng được biết trước, chắc chắn sẽ xảy ra khi có thay đổi
• Chứng âm:
– Không ứng dụng thay đổi
– Để làm gì?
• False positive/False negative: Dương giả/Âm giả
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 10

11. (3) PP Phân tích:
Độ nhạy và độ đặc hiệu
• Độ nhạy?
– Độ nhạy của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự có
bệnh và có kết quả xét nghiệm dương tính trong toàn bộ các trường
hợp có bệnh.
– Độ nhạy = số dương tính thật/(số dương tính thật + số âm tính giả)
– Độ nhạy 100% có ý nghĩa như thế nào?
– Độ nhạy cao ảnh hưởng gì đến sai lầm của XN?
• Độ đặc hiệu?
– Độ đặc hiệu của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự
không có bệnh và có kết quả xét nghiệm âm tính trong toàn bộ các
trường hợp không bị bệnh.
– Độ đặc hiệu = Số trường hợp âm tính thật/ (số trường hợp âm tính
thật + số trường hợp dương tính giả)
– Độ đặc hiệu 100% có ý nghĩa như thế nào?
– Độ đặc hiệu cao ảnh hưởng gì đến sai lầm của XN?
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 11

12. Ví dụ:
Dùng PCR để phát hiện Mycobacterium tuberculosis trong máu bệnh nhân
• Đoạn trình tự IS1081 đặc thù cho Mtb
• Primer có sẵn
• Thiết kế phản ứng PCR
Mẫu kiểm tra
Chứng dương
Chứng âm
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 12

13. Ví dụ:
Dùng PCR để phát hiện Mycobacterium tuberculosis trong máu bệnh nhân
• Đoạn trình tự IS1081 đặc thù cho Mtb
• Primer có sẵn
• Thiết kế phản ứng PCR
Mẫu kiểm tra DNA từ máu bệnh nhân
Chứng dương Mẫu DNA Mtb
Chứng âm
Nước, không DNA
khuôn
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 13

14. (+) (-)
Mẫu 1 Mẫu 2
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 14

15. 3 November 2018 BM HS-SHPT YH 15

16. 3 November 2018 BM HS-SHPT YH 16

17. Điện di
(-)
(+)
• Chứng dương: thang DNA/RNA (marker/ladder)
• Chứng âm: nước
• Để làm gì?
BM HS-SHPT YH 17
3 November 2018

18. Xét Nghiệm:
Chạy điện di PCR của 01 mẫu máu để phát hiện trình tự 419kb
IS6110 của M. tuberculosis
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 18

19. Xét Nghiệm:
Chạy điện di PCR của 01 mẫu máu để phát hiện trình tự 419kb
IS6110 của M. tuberculosis
Thang
(+)
PCR
S1 S2
(-)
PCR
S3 H2O
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 19

20. Trường hợp 1: Không có band
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 20

21. Trường hợp 2:
Có thang, nước (chứng âm điện di) hoạt động/Không có band
H2O
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 21

22. Trường hợp 3
H2O
(+)
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 22

23. Trường hợp 4
H2O
(+) (-)
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 23

24. Trường hợp 5
H2O
(+) (-)
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 24

25. Trường hợp 6
H2O
(+) (-)
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 25

26. Ý chính
• Hạn chế ngoại nhiễm, nội nhiễm
• Hạn chế, kiểm soát, kiểm tra đối chiếu hiện
tượng dương giả âm giả
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 26

27. (4) Tổng hợp kết quả và đưa ra phân
tích chẩn đoán
• Kỹ thuật phân tích? Cần phải chú ý những gì?
• Tham khảo:
(a) Độ xác thực
(b) Độ chính xác
(c) Đường tuyến tính
(d) Chất gây cản trở
(e) Độ nhạy phân tích
(f) Độ đặc hiệu phân tích
(g) Giới hạn phát hiện
(h) Giới hạn đo
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 27

28. (4) Tổng hợp kết quả và đưa ra phân
tích chẩn đoán
• Xác nhận phân tích có mục tiêu là xác định
được sự hiện diện hay không và nguyên
nhân/nguồn gốc (nếu có) cho những sai sót
kỹ thuật có thể xảy ra khi phân tích mẫu bệnh
phẩm.
• Xác nhận lâm sàng có mục tiêu là xác định
những nguồn gốc cho những biến thiên sinh
học có thể xảy ra khi phân tích mẫu bệnh
phẩm. Quy trình này ảnh hưởng đến việc kết
quả của một XN SHPT có thật sự có ý nghĩa
về mặt y học lâm sàng hay không.
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 28
Tải bản FULL (61 trang): https://bit.ly/3JxeMv8
Dự phòng: fb.com/TaiHo123doc.net

29. (4) Tổng hợp kết quả và đưa ra phân
tích chẩn đoán
• Một số sai sót kỹ thuật:
– Thiết kế thí nghiệm
– Chất lượng mẫu
– Chất ức chế
– Thiếu sót trong QLCL (QC – quality control)
– Phân tích dữ liệu
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 29
Tải bản FULL (61 trang): https://bit.ly/3JxeMv8
Dự phòng: fb.com/TaiHo123doc.net

30. (4) Tổng hợp kết quả và đưa ra phân
tích chẩn đoán
• Trong phòng thí nghiệm đi ra tới lâm sàng?
• Bối cảnh:
– Dân cư
– Tình trạng bệnh của bệnh nhân
3 November 2018 BM HS-SHPT YH 30
5591300