Sekolah Katolik Santo Markus didirikan pada tahun 1960-an di Cililitan, Jakarta Timur atas prakarsa Pastor Robertus Bakker SJ untuk memenuhi kebutuhan pendidikan di Paroki Cililitan. Sekolah ini pertama kali berupa TK kemudian berkembang menjadi SD dan SMP. Pada tahun 1972 didirikan Yayasan Santo Markus Penginjil untuk mengelola sekolah-sekolah katolik di paroki tersebut. Saat ini Sekolah