Sekularisme telah memberi kesan negatif yang luas terhadap umat Islam di Malaysia, khususnya dalam aspek sosial, politik, ekonomi, pendidikan dan perundangan. Ia telah menyebabkan moral dan akhlak remaja merosot, politik dipisahkan dari agama, sistem ekonomi tidak berlandaskan syariah, sejarah Islam dipalsukan dalam pendidikan, dan undang-undang tidak selari dengan hukum Islam.